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密码子偏性及其应用

生物学通报 2012年第4期47卷 9-11页

作者：武志娟钟金城西南民族大学动物遗传育种学国家民委教育部重点实验室四川成都610041

密码子偏性(codon bias)是指生物体中同义密码子非均衡使用的现象。研究密码子偏性可以使人们更好地理解分子进化、翻译调控等生命过程。在介绍密码子偏性的基础上,概述了影响其形成的各生物学基础,并指出其应用和发展前景。

关键词：密码子密码子偏性基因表达

密码子与反密码子的相互作用——从“摆动假说”到“三中读二”

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遗传 1984年第4期 38-40页

作者：张伊平祁国荣中国科学院上海生物化学研究所

除了一些个别情况,一般认为遗传密码对于各种生物都是通用的。当密码子与反密码子相互作用时,前两个碱基的识别严格根据标准的碱基配对原则,而第三位碱基配对的情况则比较复杂。

关键词：密码子反密码线粒体所有第一位错读粒线体遗传密码 tRNA

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密码子的数学模型与遗传信息的数字表达

沈阳航空工业学院学报 2004年第3期21卷 72-75页

作者：张德荣沈阳航空工业学院辽宁沈阳110034

提出了生物学中的四种碱基 (脆嘧啶C、尿嘧啶U、腺嘌呤A和乌嘌呤G)与易经中的四种“象”(太阳、少阴、少阳和太阴 )之间一种新的对应方案。借助于该对应方案和引进的两个新算符 ,建立了遗传密码子的数学模型 ,并给出了碱基与密码子的一... 详细信息

提出了生物学中的四种碱基 (脆嘧啶C、尿嘧啶U、腺嘌呤A和乌嘌呤G)与易经中的四种“象”(太阳、少阴、少阳和太阴 )之间一种新的对应方案。借助于该对应方案和引进的两个新算符 ,建立了遗传密码子的数学模型 ,并给出了碱基与密码子的一种数字表达方法。在此基础上 ,列出了一个带数字与异常译义的新遗传密码表。最后 ,就遗传信息载体的某些基本性质 (例如互补性、同义性和摆动性 )中可能存在的数字规则。

关键词：遗传密码易经数学模型最大数定则密码子

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密码子与反密码子的本质与拓展

生物学通报 2020年第11期55卷 13-16页

作者：金志忠云南省安宁中学云南安宁650300

结合遗传密码的破译实验,举例阐述密码子的种类,反密码子阅读密码子的规律,以及遗传密码的简并性、变偶性、防错性和遗传密码的特殊识别机制,同时根据副密码子功能、无义抑制突变型tRNA的作用讨论进化与适应发展特性,为遗传信息表达过... 详细信息

结合遗传密码的破译实验,举例阐述密码子的种类,反密码子阅读密码子的规律,以及遗传密码的简并性、变偶性、防错性和遗传密码的特殊识别机制,同时根据副密码子功能、无义抑制突变型tRNA的作用讨论进化与适应发展特性,为遗传信息表达过程中密码子和反密码子的拓展研究提供论据。

关键词：密码子反密码子副密码子变偶性无义抑制突变

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密码子的效能是否有严格的规律性

生物学杂志 1987年第5期 36-32页

作者：赵跃华皖南医学院生物学教研室

最近发现生物界密码子的一致性并不是过去所想象的那么绝对。密码子的三联性是一个较普遍的规律,从细菌到人类细胞所用的密码子都是三个硷基联在一起发挥效能的。从目前已有的资料,尚未见到有二联型或四联型的密码子。尽管这样,并不是... 详细信息

最近发现生物界密码子的一致性并不是过去所想象的那么绝对。密码子的三联性是一个较普遍的规律,从细菌到人类细胞所用的密码子都是三个硷基联在一起发挥效能的。从目前已有的资料,尚未见到有二联型或四联型的密码子。尽管这样,并不是说一个三联体肯定只和一种氨基酸发生联系(只编码一种氨基酸)。

关键词：密码子编码氨基酸氨基羧酸色氨酸化学键氢键

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口蹄疫病毒VP1基因密码子偏好性分析

中国动物检疫 2021年第4期38卷 116-123页

作者：马园仲亮王国华田普厚张涛武俊兰刘月马红艳徐婉瑛石顺利张七斤内蒙古农业大学兽医学院内蒙古呼和浩特010018 额尔克哈什哈苏木综合保障和技术推广中心内蒙古阿拉善750300 内蒙古必威安泰生物科技有限公司内蒙古呼和浩特011500 通辽市家畜繁育指导站内蒙古通辽028000

VP1蛋白是口蹄疫病毒(FMDV)的主要结构蛋白,可诱导机体产生中和抗体以及激发保护性免疫应答。为探究VP1基因密码子偏好性,筛选出其最佳体外表达系统,使用Visual Gene Developer、CodonW、GraphPad Prism等软件,对VP1基因进行密码子偏好... 详细信息

VP1蛋白是口蹄疫病毒(FMDV)的主要结构蛋白,可诱导机体产生中和抗体以及激发保护性免疫应答。为探究VP1基因密码子偏好性,筛选出其最佳体外表达系统,使用Visual Gene Developer、CodonW、GraphPad Prism等软件,对VP1基因进行密码子偏好性分析,同时将VP1基因密码子使用频率与大肠杆菌、毕赤酵母、昆虫杆状病毒和哺乳动物细胞表达系统作了比较。结果显示,VP1基因的CAI为0.21,ENC为55.43,GC3S为65.26%,表明该基因密码子使用偏好较弱并且密码子偏好以G/C碱基结尾。结合VP1基因与各表达系统密码子使用频率比值,发现其与昆虫杆状病毒表达系统频率比值差异最小且CAI最大,因此推断昆虫杆状病毒表达系统是FMDV VP1基因最适体外表达系统。本研究为FMDV亚单位疫苗研制等提供了技术基础。

关键词：口蹄疫病毒 VP1基因密码子外源表达昆虫杆状病毒表达系统

犬细小病毒主要蛋白基因同义密码子偏爱性分析

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石河子大学学报（自然科学版） 2013年第4期31卷 436-442页

作者：王国超刘昱成乔军孟庆玲杨海波贺志昊彭叶龙谢堃陈创夫石河子大学动物科技学院新疆石河子832003

犬细小病毒是一种对犬科动物危害严重的DNA病毒,为了解其主要蛋白的密码子使用特点,本文运用EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)的CHIPS和CUSP程序、CodonW在线软件对CPV全基因组及3种主要蛋白基因的有效密码... 详细信息

犬细小病毒是一种对犬科动物危害严重的DNA病毒,为了解其主要蛋白的密码子使用特点,本文运用EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)的CHIPS和CUSP程序、CodonW在线软件对CPV全基因组及3种主要蛋白基因的有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3)进行分析。结果显示:CPV基因组、NS1、VP1、VP2基因的Nc值分别为36.46、37.86、35.05和32.87,表明CPV对同义密码子的使用具有明显的偏爱性;对第3位核苷酸为A和T的密码子表现出明显的偏爱性;GC含量普遍偏低(均小于40%)。进一步分析发现CPV的3种主要蛋白基因与大肠杆菌、人密码子偏爱性差异较大,与酵母密码子偏爱性差异较小,提示表达系统选择酵母较为合适。

关键词：犬细小病毒密码子偏爱性

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香蕉水通道蛋白基因家族的密码子偏好性分析

园艺与种苗 2018年第5期38卷 4-10页

作者：屈蒙蒙孙雪丽郝向阳时梦谭秋月刘萍元梁蕾廖斌赖钟雄程春振福建农林大学园艺植物生物工程研究所福建福州350002

[目的]研究香蕉水通道蛋白(AQP)基因家族密码子使用特点,为其基因编码规律及功能和分子进化研究提供依据。[方法]采用Codon W、SPSS、Origin等软件分析香蕉AQP基因家族密码子偏好性。[结果]从香蕉基因组中鉴定获得54条香蕉AQP基因,其中... 详细信息

[目的]研究香蕉水通道蛋白(AQP)基因家族密码子使用特点,为其基因编码规律及功能和分子进化研究提供依据。[方法]采用Codon W、SPSS、Origin等软件分析香蕉AQP基因家族密码子偏好性。[结果]从香蕉基因组中鉴定获得54条香蕉AQP基因,其中包括9条NIPs、21条PIPs、4条SIPs和20条TIPs。香蕉AQP基因家族A、T、C、G出现频率平均值分别为12.0%、15.9%、52.3%和37.4%,平均GC3s含量为75.8%,ENc值在31.0~60.7,平均值为42.9;SIPs、NIPs、PIPs和TIPs分别有2、5、7和6个最优密码子,且多以C结尾,少数以G结尾;ENc和CAI呈极显著负相关,说明密码子第3位碱基会影响基因表达能力。[结论]香蕉AQP家族基因密码子偏好性较弱,偏好使用G和C且以G/C结尾的密码子,PIPs和TIPs密码子偏好性受自然选择的影响较大,而NIPs和SIPs受碱基突变的影响较大。

关键词：香蕉水通道蛋白密码子偏好性

酵母 tRNAala密码子GpCpU的酶促合成

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生物化学与生物物理进展 1979年第6期6卷 43-48页

作者：陈德高中国科学院生物物理研究所

tRNA主要有两种生物学功能:一是接受(相应的氨基酸。二是将此氨基酸转移到多肽链中。在后一功能中,tRNA通过其反密码子同mRNA上相应的密码子形成互补碱基间的氢键配对,从而使氨基酸转移到由mRNA碱基顺序决定的多肽序列中。本工作合成酵... 详细信息

tRNA主要有两种生物学功能:一是接受(相应的氨基酸。二是将此氨基酸转移到多肽链中。在后一功能中,tRNA通过其反密码子同mRNA上相应的密码子形成互补碱基间的氢键配对,从而使氨基酸转移到由mRNA碱基顺序决定的多肽序列中。本工作合成酵母tRNAala密码子GpCpU,将用于测验该tRNA的转移活性,即检查该tRNA能否通过其反密码子3＇CpGpI5＇同已结合在核糖体上的密码子5＇GpCpU3＇形成氢键配对而实现转移丙氨酸的功能。迄今报道的关于制备寡核苷酸的方法,主要有三种:化学合成、酶解天然核酸和酶促合成。本工作用最后一种方法,用RNaseN1和

关键词： tRNA 密码子缓冲液 GpCpU ala 柱层析分离 DEAE 酵母