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2018年中国质谱学术大会（CMSC2018）

作者：张英红赵耀杜俊汪福意中国科学院化学研究所活体分析化学中科院重点实验室北京质谱中心安徽师范大学化学与材料科学学院功能性分子固体教育部重点实验分子基材料安徽省重点实验室

癌症严重威胁人类健康,而癌症的治疗也一直备受人们的关注[1]。光敏四价铂抗癌化合物作为抗肿瘤前药具有毒副作用低、耐药性低、生物利用率高、肿瘤靶向性强等优势,被广泛的开发和研究[2-3]。本文合成的光敏四价铂抗癌化合物,经体外细... 详细信息

癌症严重威胁人类健康,而癌症的治疗也一直备受人们的关注[1]。光敏四价铂抗癌化合物作为抗肿瘤前药具有毒副作用低、耐药性低、生物利用率高、肿瘤靶向性强等优势,被广泛的开发和研究[2-3]。本文合成的光敏四价铂抗癌化合物,经体外细胞实验证明其对A549细胞具有良好的抗肿瘤活性,为了更清楚的了解其抗癌作用机理,本文主要研究了光敏四价铂作用前后A549细胞后蛋白质组的变化。我们采用基于同位素标记的相对与绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation, iTRAQ)技术与Nano-LC/MS/MS联用[4],来分析A549(非小细胞肺癌细胞)在光敏四价铂抗癌化合物孵育后,分别经过光照和不光照条件处理后蛋白质组的变化。蛋白质鉴定利用Mascot搜索引擎和人类SwissProt数据库进行分析。我们鉴定到了3800多个蛋白质,蛋白表达水平上调下调1.5倍以上且p 蛋白认为是具有显著差异的蛋白。与对照组相比,蛋白表达显著上调的共有83个,而表达显著下调的蛋白有147个。目前的研究表明,光照后光敏四价铂较对照组蛋白产生较大差异,我们将对差异蛋白进行深入挖掘,研究差异蛋白在细胞中参与的信号通路及发挥抗癌活性的作用机制,有助于了解光敏四价铂的抗癌机制,并且可能找到潜在的治疗靶标和生物标志物。

关键词：光敏四价铂抗癌化合物抗癌活性同位素标记定量蛋白质组学

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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基于生物质谱的定量蛋白质组学分析策略

国外医学（生理病理科学与临床分册） 2004年第4期24卷 389-392页

作者：张鹏飞肖志强陈主初中南大学湘雅医院医学实验研究中心湖南长沙410008

生物质谱技术作为蛋白质组学研究的关键技术 ,在定量蛋白质组学分析中起着十分重要的作用。目前基于生物质谱的定量蛋白质组学分析策略主要有 :荧光染色差异显示双向电泳、同位素代谢标记、同位素亲和标记。

关键词：生物质谱定量蛋白质组学荧光染色差异显示双电泳同位素代谢标记同位素亲和标记(ICAT) 氨基酸化学标记肽质谱差异比较

PC12细胞重离子辐射生物学效应的比较蛋白质组学研究

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化学通报 2010年第11期73卷 1023-1029页

作者：王洪彬王潇王海龙邓玉林北京理工大学生命学院北京100081 中国原子能科学研究院北京102413

在太空探索尤其是深空探索之前,必须了解清楚重离子辐射对宇航员健康的威胁。本文使用2Gy剂量的碳离子束辐射PC12细胞,并在继续培养24h之后采用基于定量驱动的比较蛋白质组学方法分析重离子辐射引起的蛋白表达变化。结果显示,重离子辐... 详细信息

在太空探索尤其是深空探索之前,必须了解清楚重离子辐射对宇航员健康的威胁。本文使用2Gy剂量的碳离子束辐射PC12细胞,并在继续培养24h之后采用基于定量驱动的比较蛋白质组学方法分析重离子辐射引起的蛋白表达变化。结果显示,重离子辐射后的细胞和对照相比,共有15个蛋白在表达水平上发生显著差异。在这些差异蛋白中,较多蛋白属于热休克蛋白,在生物途径上多数和细胞凋亡有关。这些差异蛋白的鉴定,有助于进一步研究重离子辐射生物学效应的分子机制。

关键词：定量蛋白质组学重离子辐射 18O标记

蛋白质组学在中药作用靶点研究中的方法和应用

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中国中药杂志 2020年第5期45卷 1034-1038页

作者：袁枝花于潇段雅迪刘鹏姜艳艳张薇刘斌北京中医药大学中药学院北京102488

中药作用靶点研究是中药研究者用现代化科学语言阐明中药作用机制的重要环节。但由于中药有效成分发挥作用时的复杂性使这一研究任务充满挑战。蛋白质组学作为系统生物学的一个重要分支,从整体角度研究生物体内的特定蛋白质,显著提高了... 详细信息

中药作用靶点研究是中药研究者用现代化科学语言阐明中药作用机制的重要环节。但由于中药有效成分发挥作用时的复杂性使这一研究任务充满挑战。蛋白质组学作为系统生物学的一个重要分支,从整体角度研究生物体内的特定蛋白质,显著提高了中药作用靶点发现的效率,在中药作用靶点研究中具有明显的优势。作者通过查阅相关文献资料,根据蛋白质组学在中药作用靶点研究中技术方法的不同,将其分为:化学蛋白质组学、差异蛋白质组学和定量蛋白质组学,并举例说明了上述3种技术方法在中药作用靶点研究中的应用,为中药作用机制研究提供新的方法和思路。

关键词：化学蛋白质组学差异蛋白质组学定量蛋白质组学中药作用靶点

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质谱技术在蛋白质组学研究中的应用

南京林业大学学报（自然科学版） 2011年第1期35卷 103-108页

作者：甄艳施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

随着蛋白质组学研究的迅速发展,质谱技术已成为应用于蛋白质组学研究中的强有力工具和核心技术。质谱技术的先进性在于为蛋白质组学研究提供的通量和分子信息。笔者重点概述了基于质谱路线的蛋白质组学研究,介绍了基于质谱的定量蛋白质... 详细信息

随着蛋白质组学研究的迅速发展,质谱技术已成为应用于蛋白质组学研究中的强有力工具和核心技术。质谱技术的先进性在于为蛋白质组学研究提供的通量和分子信息。笔者重点概述了基于质谱路线的蛋白质组学研究,介绍了基于质谱的定量蛋白质组学?翻译后修饰蛋白质组学、定向蛋白质组学、功能蛋白质组学以及基于串联质谱技术的蛋白质组学数据解析的研究进展。

关键词：质谱蛋白质组学定量蛋白质组学翻译后修饰定向蛋白质组学功能蛋白质组学

一种基于定量驱动策略和^(18)O标记方法的比较蛋白质组学分析平台

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科学通报 2010年第29期55卷 2815-2822页

作者：王洪彬肖盛元胡高飞才德张永谦张倩朱勇李玉娟邓玉林北京理工大学生命学院北京100081

定量蛋白质组学技术是一种高通量的蛋白质分析技术,有望大大推动生物学和医学研究的发展.最近提出了一种基于定量驱动的定量蛋白质组学分析新策略,它采用定量和定性分析分开的模式,先通过液相色谱一级质谱(LC-MS)定量分析确定差异肽段,... 详细信息

定量蛋白质组学技术是一种高通量的蛋白质分析技术,有望大大推动生物学和医学研究的发展.最近提出了一种基于定量驱动的定量蛋白质组学分析新策略,它采用定量和定性分析分开的模式,先通过液相色谱一级质谱(LC-MS)定量分析确定差异肽段,然后针对这些差异肽段再做液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)定性分析,最后通过定性和定量数据的匹配来获得差异蛋白结果.这种策略被证明可以针对性地鉴定差异肽段,增加差异蛋白的检测个数.我们基于该策略和18O标记方法建立了一种新的定量蛋白质组学分析平台.研究证明了该分析平台在定量蛋白质组学研究中的可行性.本文还根据此研究在理论上提出了一种新的MS/MS分析的数据依赖模式,即实时定量依赖的MS/MS离子选择模式.

关键词：定量蛋白质组学定量驱动策略 ^18O标记

同位素标签技术在人肾小管上皮细胞蛋白质组学研究中的应用

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上海交通大学学报（医学版） 2009年第5期29卷 513-516页

作者：陈永熙李娅张文陈晓农王伟铭张群业黄秋花陈楠上海交通大学医学院瑞金医院肾脏科上海200025 上海交通大学医学院瑞金医院上海血液学研究所医学基因组学国家重点实验室上海200025

目的建立并优化人肾小管上皮细胞蛋白质组学分析所需的相对和绝对定量的同位素标签试剂(iTRAQ)标记技术,为进一步研究奠定基础。方法将人肾小管上皮细胞株HK-2通过细胞裂解、丙酮沉淀、蛋白变性、还原及酶解,最后进行iTRAQ标记和质谱鉴... 详细信息

目的建立并优化人肾小管上皮细胞蛋白质组学分析所需的相对和绝对定量的同位素标签试剂(iTRAQ)标记技术,为进一步研究奠定基础。方法将人肾小管上皮细胞株HK-2通过细胞裂解、丙酮沉淀、蛋白变性、还原及酶解,最后进行iTRAQ标记和质谱鉴定,研究iTRAQ在HK-2细胞的标记情况和蛋白质组学。结果通过质谱检测,检测到带有iTRAQ标记肽段。随机选取20个前体离子,通过3次重复试验,鉴定出iTRAQ标记多肽肽段分别为17、15和18个,标记效率在75.5%～90.0%,且组间标记效率差异无统计学意义(P>0.05)。结论iTRAQ可以在HK-2细胞中标记效果满意,且重复性较好,为进一步研究肾脏疾病的蛋白质组学奠定了基础。

关键词：相对和绝对定量的同位素标签试剂定量蛋白质组学人肾小管上皮细胞

巴洛沙星胁迫下大肠杆菌的比较蛋白质组学研究

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生物技术通报 2019年第3期35卷 103-109页

作者：张良陈小青宋佳宇毛然然姜倩雯林向民福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学福建省农业生态过程与安全监控重点实验室福州350002

随着全球细菌耐药形势的日益严峻,细菌耐药机制已成为热点内容。利用iTRAQ标记的定量蛋白质组学方法,比较大肠杆菌K12 BW25113菌株在1/4 MIC巴洛沙星浓度胁迫下蛋白表达的差异。结果表明,质谱分析法共鉴定到118个差异蛋白,其中52个蛋白... 详细信息

随着全球细菌耐药形势的日益严峻,细菌耐药机制已成为热点内容。利用iTRAQ标记的定量蛋白质组学方法,比较大肠杆菌K12 BW25113菌株在1/4 MIC巴洛沙星浓度胁迫下蛋白表达的差异。结果表明,质谱分析法共鉴定到118个差异蛋白,其中52个蛋白表达上升,66个表达下降;经生物信息学分析发现,细菌可能通过降低TCA循环、丙酮酸循环以及碳代谢等能量代谢来调整细菌的耐药状态;并通过提高核酸代谢等相关蛋白表达,减少巴洛沙星的杀菌压力,促进细菌存活。同时,利用qPCR技术验证碳代谢和嘧啶代谢途径的相关基因在mRNA水平的表达变化,表明大部分基因转录水平表达变化与蛋白水平一致。以上结果为深入研究细菌的耐药过程提供了理论依据,也为更好地控制和防治耐药细菌提供了药物作用靶点。

关键词：大肠杆菌巴洛沙星应激耐药定量蛋白质组学

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微生物蛋白质组学研究进展

微生物学报 2002年第2期42卷 251-254页

作者：吴谋胜彭宣宪厦门大学生命科学学院细胞生物学与肿瘤细胞工程教育部重点实验室厦门361005

微生物基因组研究作为人类基因组计划的一部分，对人类基因组计划及微生物学，甚至整个生命科学都产生巨大的影响。人类基因组测序已经取得突破性进展，现已绘制完毕人类基因组的工作草图，人类基因组计划即将提前完成。目前已采用DNA／... 详细信息

微生物基因组研究作为人类基因组计划的一部分，对人类基因组计划及微生物学，甚至整个生命科学都产生巨大的影响。人类基因组测序已经取得突破性进展，现已绘制完毕人类基因组的工作草图，人类基因组计划即将提前完成。目前已采用DNA／RNA芯片和基因表达序列分析（serial analysis of gene expression, SAGE）来研究基因组的功能。但随着对基因组研究的深入，人们认识到单纯从基因组信息并不可能完全揭示生命的奥秘。因为蛋白质是生物功能的体现者，这使我们不得不考虑基因编码的蛋白质有什么功能。不仅如此，基因在转录、翻译后产生蛋白质的过程，存在着转录水平、翻译水平的调控，蛋白质往往还要经过剪接、修饰加工之后，最终才成为有功能的蛋白质，而且不同组织、不同的分化程度、在不同环境下，生物体所表达的蛋白质是不同的。所以单纯从基因组水平上并不能完全揭示生命活动规律。在这种背景下，蛋白质组学（proteomics）应运而生。蛋白质组学研究主要采用二维电泳技术，生物质谱技术和生物信息学等工具。

关键词：微生物蛋白质组学定量蛋白质组学比较蛋白质组学亚质白质组学基因组学生物信息学研究进展