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蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中环状RNA的鉴定及比较分析

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微生物学报 2021年第5期61卷 1299-1314页

作者：陈华枝蒋海宾祝智威范元婵许雅静孙明会刘佳美熊翠玲郑燕珍付中民徐国钧陈大福郭睿福建农林大学动物科学学院(蜂学学院) 福建福州350002 福建农林大学蜂疗研究所福建福州350002 福建农林大学蜂产品加工与应用教育部工程研究中心福建福州350002

【目的】本研究旨在明确蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)菌丝和孢子中环状RNA(circular RNA,circRNA)的数量、种类和表达谱差异,并探讨共有circRNA、特有circRNA和差异表达circRNA(differentially expressed circRNA,DEcircRNA)在菌丝与孢子中的潜在作用。【方法】基于前期获得的球囊菌菌丝(AaM)和孢子(AaS)的高质量RNA-seq数据,利用find_circ软件预测circRNA。通过Venn分析筛选AaM和AaS的共有circRNA和特有circRNA。根据P≤0.05且|log2 fold change|≥1的标准筛选AaM vs.AaS比较组的DEcircRNA。通过比对GO和KEGG数据库对circRNA的来源基因进行功能和通路注释。利用TargetFinder软件预测circRNA靶向结合的miRNA及miRNA靶向结合的mRNA。采用Cytoscape软件对竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络进行可视化。通过RT-qPCR对DEcircRNA进行验证。【结果】AaM和AaS中分别含有13210156和19011000条短序列读段(anchors reads),其中分别有6124922和11392886条能够比对上球囊菌参考基因组。在AaM和AaS中分别鉴定到1868个和2225个circRNA,二者共有的circRNA为1098个,AaM的特有circRNA为770个,AaS的特有circRNA为1127个。AaM和AaS的circRNA长度主要介于1000–2000 nt,基因间区circRNA为主要环化类型。AaM vs.AaS比较组包含456个上调circRNA和97个下调circRNA。共有circRNA的来源基因可注释到29个功能条目和14类通路;AaM的特有circRNA的来源基因可注释到31个功能和17类通路;AaS的特有circRNA的来源基因可注释到34个功能条目和16类通路;DEcircRNA的来源基因可注释到29个功能条目和40条通路。调控网络分析结果显示,36个共有circRNA靶向4个miRNA进而调控6个与内吞作用通路相关的靶mRNA;4(255)个AaM(AaS)的特有circRNA靶向2(2)个miRNA进而调控8(2)个次级代谢产物生物合成通路相关的靶mRNA;9个DEcircRNA靶向2个DEmiRNA进而调控3个MAPK信号通路相关的DEmRNA。RT-qPCR结果显示10个DEcircRNA的表达趋势与测序数据一致,证实了测序数据的可靠性。【结论】球囊菌菌丝和孢子的共有circRNA、特有circRNA和DEcircRNA可能通过调控来源基因表达和充当ceRNA的方式调节球囊菌的物质和能量代谢、内吞作用、次级代谢产物生物合成和MAPK信号通路,进而影响球囊菌菌丝生长、孢子萌发和致病性。

关键词：白垩病蜜蜂球囊菌菌丝孢子环状RNA 微小RNA 竞争性内源RNA

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产气荚膜梭菌群体感应系统研究进展

中国人兽共患病学报 2022年第12期38卷 1130-1134页

作者：贺曦冶贵生青海大学农牧学院西宁810016 青海省动物疾病病原诊断与绿色防控技术研究重点实验室西宁810016

产气荚膜梭菌是一种分布广泛的条件致病菌,可以导致人与动物多种疾病,其中包括坏死性肠炎、气性坏疽、食物中毒等主要病症。群体感应是细菌之间一种重要的通讯机制,参与调节细菌毒素分泌和致病相关等重要过程。通过对产气荚膜梭菌的群... 详细信息

产气荚膜梭菌是一种分布广泛的条件致病菌,可以导致人与动物多种疾病,其中包括坏死性肠炎、气性坏疽、食物中毒等主要病症。群体感应是细菌之间一种重要的通讯机制,参与调节细菌毒素分泌和致病相关等重要过程。通过对产气荚膜梭菌的群体感应研究现状进行系统介绍,主要描述该菌所含群体感应系统的种类,各个群体感应与生物膜、毒素等致病相关表型的调控机制。产气荚膜梭菌已被证明具有两种群体感应系统,参与该菌毒素产生、生物被膜形成、孢子形成等致病性状。本研究进展为今后进一步研究产气荚膜梭菌致病相关机理提供一定理论基础,同时也为产气荚膜梭菌的生物防控提供新的思路。今后研究应绘制出产气荚膜梭菌完整的QS系统,进一步寻找安全有效的抗感染疗法。

关键词：产气荚膜梭菌群体感应毒素因子生物被膜孢子

蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中长链非编码RNA的比较及潜在功能分析

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中国农业科学 2021年第2期54卷 435-448页

作者：陈华枝王杰祝智威蒋海宾范元婵范小雪万洁琦卢家轩郑燕珍付中民徐国钧陈大福郭睿福建农林大学动物科学学院(蜂学学院) 福建农林大学蜂疗研究所福建农林大学蜂产品加工与应用教育部工程研究中心

【背景】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的真菌病原,可引起成年蜜蜂数量和蜂群群势的急剧下降。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类新近发现的非编码RNA,在表观遗传、细胞周期、剂量补... 详细信息

【背景】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的真菌病原,可引起成年蜜蜂数量和蜂群群势的急剧下降。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类新近发现的非编码RNA,在表观遗传、细胞周期、剂量补偿等众多生命活动中发挥重要生物学功能。【目的】明确球囊菌菌丝和孢子中lncRNA的数量、种类和表达谱差异,并探究共有lncRNA、特有lncRNA和差异表达lncRNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNA)在菌丝与孢子中的潜在功能。【方法】利用基于链特异性建库的lncRNA-seq技术对球囊菌的纯化菌丝(AaM)和纯化孢子(AaS)分别进行测序。根据FPKM(Fragment Per Kilobase of per Million mapped reads)法计算lncRNA在AaM和AaS中的表达水平。通过Venn分析筛选AaM与AaS的共有lncRNA和特有lncRNA。按照P≤0.05且|log2 fold change|≥1的标准筛选AaM vs AaS比较组中的DElncRNA。通过Blast工具将共有lncRNA、特有lncRNA和DElncRNA的上下游基因比对GO和KEGG数据库,以进行功能及通路注释。根据靶向结合关系构建共有lncRNA、特有lncRNA和DElncRNA的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络并利用Cytoscape软件进行可视化。利用RT-qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】AaM和AaS分别测得108 614 646和105 675 408条原始读段(raw reads),经严格过滤得到107 780 032和104 621 402条有效读段(clean reads),Q20分别为98.76%和98.72%,Q30分别达到95.84%和95.78%。共鉴定到850个lncRNA。AaM和AaS的共有lncRNA为701个,二者的特有lncRNA分别为39和110个。上述共有lncRNA通过顺式作用调控3 992个上下游基因,它们涉及细胞进程、代谢进程和催化活性等42个功能条目,以及代谢途径、次生代谢物的生物合成和抗生素的生物合成等117条通路;AaM的特有lncRNA和AaS的特有lncRNA通过顺式作用分别调控243和672个上下游基因。AaM vs AaS比较组包含的255个DElncRNA通过顺式作用调控1 479个上下游基因,它们涉及代谢进程、细胞进程和催化活性等41个功能条目,以及代谢途径、次生代谢产物的生物合成和抗生素的生物合成等107条通路。从共有lncRNA、孢子特有lncRNA和DElncRNA中分别预测到41、5和13个微小RNA(microRNA,miRNA)的前体序列。调控网络分析结果显示,菌丝lncRNA、孢子lncRNA形成较为复杂的ceRNA调控网络;菌丝lncRNA可靶向结合8个miRNA,进而调控77个mRNA;孢子lncRNA可靶向结合7个miRNA,进而调控87个mRNA;2个DElncRNA(TCONS00008630与TCONS00009302)可靶向结合miR-4968-y,进而调控10个mRNA。RT-qPCR验证结果显示4个DElncRNA的差异表达趋势与测序结果一致,表明测序数据真实可靠。【结论】共有lncRNA、特有lncRNA和DElncRNA可能通过调控上下游基因的表达,作为miRNA的前体,以及充当ceRNA影响菌丝和孢子的物质和能量代谢、自噬、转录、MAPK信号通路、泛素介导的蛋白水解、蛋白酶体以及次生代谢产物的生物合成等生物学过程,从而调节球囊菌的生长、发育、生殖和致病性。

关键词：蜜蜂球囊菌长链非编码RNA 菌丝孢子竞争性内源RNA

木霉分生孢子和厚垣孢子对黄瓜幼苗生理特性及枯萎病防效的影响

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干旱地区农业研究 2021年第2期39卷 227-235页

作者：廉华陈玉蓉李梅梁枭马光恕黑龙江八一农垦大学园艺园林学院黑龙江大庆163319 中国农业科学院植物保护研究所北京100081

采用前期筛选出的对黄瓜枯萎病菌有较好拮抗作用的3株木霉菌,即哈茨木霉Trichoderma harzianum 809、拟康氏木霉Trichoderma pseudokoningii 886和棘孢木霉Trichoderma asperellum 525,利用盆栽试验,测定了木霉菌孢子不同类型施用对黄... 详细信息

采用前期筛选出的对黄瓜枯萎病菌有较好拮抗作用的3株木霉菌,即哈茨木霉Trichoderma harzianum 809、拟康氏木霉Trichoderma pseudokoningii 886和棘孢木霉Trichoderma asperellum 525,利用盆栽试验,测定了木霉菌孢子不同类型施用对黄瓜幼苗生长、生理特性及枯萎病防效的影响。结果表明:哈茨木霉809、拟康氏木霉886、棘孢木霉525分生孢子和厚垣孢子对黄瓜枯萎病的盆栽防效均在66.81%以上,且以拟康氏木霉886厚垣孢子防效最高,达到81.46%。当黄瓜幼苗长至三叶一心时,3株木霉菌分生孢子和厚垣孢子处理的黄瓜幼苗株高、茎粗、根体积、叶面积、全株鲜质量均比CK显著上升,以厚垣孢子886的促进效果最显著,其株高、茎粗、根体积、叶面积、全株鲜质量分别较CK增加了85.33%、108.43%、235.29%、144.38%、272.32%。同时,3株木霉菌分生孢子和厚垣孢子处理的黄瓜幼苗叶绿素含量、根系活力、叶片可溶性糖含量、叶片可溶性蛋白含量也均比CK显著上升,厚垣孢子886的促进效果仍最显著,其叶绿素含量、根系活力、叶片可溶性糖含量、叶片可溶性蛋白含量分别较CK增加了97.47%、86.05%、172.49%、201.91%。

关键词：木霉孢子黄瓜幼苗生理特性枯萎病防治效果

等离子体活化水-温热协同处理对扩展青霉孢子的失活作用及机制研究

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等离子体活化水-温热协同处理对扩展青霉孢子的失活作用及机制研究

安徽南部地区浅变质地层孢子化石的发现及其地质意义

中国食品科学技术学会第二十届年会

作者：张殿鹤马燕青牛力源郑州轻工业大学食品与生物工程学院

等离子体活化水(Plasma activated water,PAW)是一种新型非热杀菌技术,在食品保鲜领域应用前景广阔。研究表明,PAW协同温热处理的杀菌效果明显优于单独处理,但其作用机制尚不明确。因此,本项目拟研究PAW协同温热(30-60℃)处理对扩展青霉... 详细信息

等离子体活化水(Plasma activated water,PAW)是一种新型非热杀菌技术,在食品保鲜领域应用前景广阔。研究表明,PAW协同温热处理的杀菌效果明显优于单独处理,但其作用机制尚不明确。因此,本项目拟研究PAW协同温热(30-60℃)处理对扩展青霉(Penicillium expansum)孢子的杀灭效果及作用机制。结果表明,与对照组相比,PAW与温热(60℃)协同处理10 min后,扩展青霉孢子由初始的6.761g(CFU/mL)降低至检测限以下,而PAW单独处理组和60℃温热处理组仅分别降低0.441g(CFU/mL)和2.56 lg(CFU/mL)。扫描电镜结果表明,PAW-温热(60℃)协同处理10 min后,扩展青霉孢子细胞形态发生显著变化。PAW-温热协同处理可显著增强细胞膜通透性,胞外核酸和蛋白含量均显著升高,且导致胞内活性氧水平显著升高(P 孢子,其杀菌作用可能与其破坏细胞结构、造成氧化损伤、增强细胞膜通透性等有关。

关键词：等离子体活化水扩展青霉孢子温热灭活作用机理

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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地质通报 2014年第9期33卷 1267-1273页

作者：高联达王涛王宗起白玉岭赵亮亮中国地质科学院地质研究所北京100037 中国地质科学院矿产资源研究所北京100037

皖南地区广泛分布着溪口群浅变质岩地层,尽管对其进行了大量的研究,但关于地层时代的归属问题仍存在很大争议。在皖南溪口群采集的43件样品中发现较丰富的陆生植物孢子(Spoers)20余属,50余种,其中具有地层意义的孢子有15属25种。这些孢... 详细信息

皖南地区广泛分布着溪口群浅变质岩地层,尽管对其进行了大量的研究,但关于地层时代的归属问题仍存在很大争议。在皖南溪口群采集的43件样品中发现较丰富的陆生植物孢子(Spoers)20余属,50余种,其中具有地层意义的孢子有15属25种。这些孢子组合可与中国华南、西南、西北地区及新疆塔里木盆地巴楚地区晚泥盆世晚期孢子带相比较,也可与西欧、东欧和北美地区晚泥盆世法门阶(Famennian)孢子带对比,其时代为晚泥盆世晚期,相当于西欧晚盆世晚期法门阶(Famennian)。

关键词：皖南溪口群孢子晚泥盆世法门阶

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艾滋病合并肺孢子菌肺炎22例临床分析

中华内科杂志 2005年第9期44卷 652-655页

作者：王焕玲李太生王爱霞盛瑞媛范洪伟刘正印滑立伟秦树林邓国华中国医学科学院中国协和医科大学北京协和医院感染内科 100730 承德医学院附属医院呼吸科

目的探讨AIDS合并肺孢子菌肺炎(PCP)的临床特点,以提高对PCP的认识.方法回顾性分析我院22例AIDS合并PCP的临床资料,并进行相关文献复习.结果 (1)22例患者中,男性占72.7%,年龄(35.0±9.4)岁.感染HIV途径主要经输血(54.5%)和性传播(27.3%)... 详细信息

目的探讨AIDS合并肺孢子菌肺炎(PCP)的临床特点,以提高对PCP的认识.方法回顾性分析我院22例AIDS合并PCP的临床资料,并进行相关文献复习.结果 (1)22例患者中,男性占72.7%,年龄(35.0±9.4)岁.感染HIV途径主要经输血(54.5%)和性传播(27.3%);(2)最常见的临床表现为发热(21例)、进行性加重的呼吸困难(20例)、咳嗽(16例)、咳痰(12例)及体重下降(18例).68.2%(15例)患者肺呼吸音正常或稍粗.外周PaO2<60 mm Hg(1 mm Hg=0.133 kPa)者占63.6%(14例);(3)均为AIDS晚期患者,外周血CD+4T淋巴细胞(3～148)×106/L,其中<100×106/L者占90%(18/20).CD+4/CD+8<0.20者占95%(19/20);(4)常见的胸部影像学表现为双侧肺间质纹理改变(19/22)和斑片影(14/22);(5)治疗药物主要为复方磺胺甲NFDC2唑(SMZco)(100%)和肾上腺糖皮质激素(86.4%).治愈13例、自动放弃5例、死亡4例.死亡患者CD+4T淋巴细胞计数明显低于治愈组(P=0.07). 结论 PCP主要发生于AIDS晚期患者;临床遇有发热、呼吸困难、低氧血症、体重下降来诊的青壮年患者,胸部影像学提示间质纹理改变或斑片影,应警惕AIDS合并PCP的可能;临床怀疑AIDS合并PCP时应尽早给予SMZco治疗.

关键词：肺炎卡氏肺囊虫获得性免疫缺陷综合征临床医学临床分析孢子胸部影像学表现艾滋病 CD4+T淋巴细胞肾上腺糖皮质激素

浒苔孢子在不同材料基质上的附着萌发差异性研究

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海洋与湖沼 2018年第5期49卷 1006-1013页

作者：耿慧霞颜天于仁成张清春孔凡洲周名江中国科学院海洋生态与环境科学重点实验室青岛266071 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室青岛266237 中国科学院海洋大科学研究中心青岛266071 中国科学院大学北京100049

本研究针对黄海绿潮早期发生过程,以浒苔生殖细胞附着生长特征为切入点,以其主要原因藻种浒苔(Ulva prolifera)为材料,对比研究了不同材料附着基质对浒苔孢子附着萌发的影响。发现孢子在2—6h内的附着率达到80%,尤其是在前2h内的附着速... 详细信息

本研究针对黄海绿潮早期发生过程,以浒苔生殖细胞附着生长特征为切入点,以其主要原因藻种浒苔(Ulva prolifera)为材料,对比研究了不同材料附着基质对浒苔孢子附着萌发的影响。发现孢子在2—6h内的附着率达到80%,尤其是在前2h内的附着速率最快,而且在不同材料的基质上都能完成附着萌发,但萌发数量存在显著差异性,孢子在紫菜养殖筏架相关材料(塑料、竹片、尼龙网衣、塑料网衣)上的萌发率显著高于浅滩、礁石和养殖池相关材料(细砂、海泥、石块)。浒苔孢子还可以在藻段上完成附着萌发,而橡胶和鱼粉袋相关材料对浒苔孢子的萌发存在抑制作用。对比浒苔孢子和配子的萌发特性发现两者有异同点,两者在塑料、竹片等筏架相关材料上萌发率均较高,而孢子在藻段以及橡胶浸出液和鱼粉溶液中的萌发数均显著高于配子。本研究发现紫菜养殖筏架更有利于浒苔孢子的附着萌发,这进一步说明苏北浅滩数十万亩的紫菜养殖筏架在绿潮早期形成过程中为浒苔孢子提供了重要的附着基质。本研究结果将为探讨紫菜养殖筏架在绿潮早期发生过程中的重要作用,并为养殖筏架防附着材料的选用提供参考。

关键词：浒苔孢子绿潮附着基

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蝗翅上绿僵菌孢子萌发及附着胞观察

应用与环境生物学报 2010年第5期16卷 750-753页

作者：曹月青朱祥先重庆大学生物工程学院基因工程中心重庆市杀虫真菌生物农药工程中心重庆400044

孢子萌发及附着胞形成是昆虫病原真菌侵染寄主过程中的关键步骤.观察了绿僵菌CQMa102菌株孢子在蝗虫后翅上萌发及附着胞形成率、芽管及附着胞形态情况.结果表明,在蝗翅上培养8h后孢子开始萌发,附着胞通常培养16h时出现,20～36h内大量生... 详细信息

孢子萌发及附着胞形成是昆虫病原真菌侵染寄主过程中的关键步骤.观察了绿僵菌CQMa102菌株孢子在蝗虫后翅上萌发及附着胞形成率、芽管及附着胞形态情况.结果表明,在蝗翅上培养8h后孢子开始萌发,附着胞通常培养16h时出现,20～36h内大量生成.营养丰富有利于孢子萌发,但不利于附着胞形成.与用玻璃作基质相比,蝗翅有利于诱导附着胞形成,且蝗翅上绿僵菌附着胞个体较大,芽管短,分枝少,隔膜少.

关键词：绿僵菌附着胞孢子萌发芽管