检索结果-南通市图书馆

微生物学报 2024年第5期64卷 1593-1606页

作者：傅子玥张道锋黄梦涵李敬霖苏浩辰李文均河海大学海洋学院海洋生物研究所江苏南京210098 中山大学生命科学学院有害生物控制与资源利用国家重点实验室广东广州510275 中国科学院新疆生态与地理研究所荒漠与绿洲生态国家重点实验室新疆乌鲁木齐830011

【目的】潮间带海水中分离获得一株具有水解多糖能力的菌株FZY0027,分析其对不同多糖的水解能力和基因组特征。【方法】通过形态观察、16S rRNA基因测序和基于Illumina NovaSeq和Oxford Nanopore PromethION测序技术全基因组测序对菌株F... 详细信息

【目的】潮间带海水中分离获得一株具有水解多糖能力的菌株FZY0027,分析其对不同多糖的水解能力和基因组特征。【方法】通过形态观察、16S rRNA基因测序和基于Illumina NovaSeq和Oxford Nanopore PromethION测序技术全基因组测序对菌株FZY0027进行鉴定。使用dbCAN、EasyCGTree、BRIG和Easyfig等生物信息学软件将菌株FZY0027和降解糖噬糖菌(Saccharophagus degradans)2-40^(T)进行比较。使用3,5-二硝基水杨酸(3,5-dinitrosalicylic acid,DNS)法测定多糖水解活性。【结果】菌株FZY0027与*** 2-40^(T)的16S rRNA基因序列相似度达到99.9%,初步鉴定为降解糖噬糖菌(***)FZY0027。该菌株在水解淀粉、木聚糖和甘露聚糖时产生的还原糖浓度最高,分别为2.28、1.75和1.10 mg/mL。菌株FZY0027基因组全长5178381 bp,共编码4156个基因,G+C含量为45.8%。菌株FZY0027与*** 2-40^(T)的平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)、平均氨基酸一致性(average amino acid identity,AAI)和DNA-DNA分子杂交(digital DNA-DNA hybridization,dDDH)值分别为96.5%、96.7%和70.0%。经碳水化合物活性酶数据库注释获得303个基因,其中,菌株FZY0027和*** 2-40^(T)分别有糖苷水解酶(glycoside hydrolases,GHs)结构域的基因137个和130个。菌株FZY0027具有多个参与淀粉、木聚糖等多糖水解的基因,这与菌株FZY0027对淀粉和木聚糖的水解能力强的结果一致。然而,与***2-40^(T)相比,菌株FZY0027在实验条件下只能水解少数多糖,这可能需要特定的诱导条件才能充分发挥其多糖水解能力。【结论】菌株FZY0027是一株多能型多糖水解菌,具有潜在开发价值。

关键词：降解糖噬糖菌多糖水解活性基因组生物信息学分析

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