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基于多样性指标的两群替代微粒群优化算法

计算机工程 2008年第4期34卷 187-189页

作者：毛恒王永初华侨大学机电及自动化工程学院泉州362021

粒子群优化算法是进化计算领域中的一个新的分支。该算法简单且功能强大,但是粒子群优化也容易发生过早收敛的问题。该文提出一种两群替代微粒群优化算法,该方法将微粒分成不同的两分群进行搜索寻优。搜索一定次数后,每一次迭代首先判... 详细信息

粒子群优化算法是进化计算领域中的一个新的分支。该算法简单且功能强大,但是粒子群优化也容易发生过早收敛的问题。该文提出一种两群替代微粒群优化算法,该方法将微粒分成不同的两分群进行搜索寻优。搜索一定次数后,每一次迭代首先判断微粒群的多样性是否低于一个阈值,若低于则按照黄金分割率用一分群中若干优势微粒取代另一分群中的劣势微粒。对3种常用函数的优化问题进行测试和比较,结果表明,该两群替代微粒群优化算法比基本微粒群优化算法更容易找到全局最优解,优化效率和优化性能明显提高。

关键词：微粒群优化算法两群替代微粒群优化算法多样性指标黄金分割率

内含子保留型可变剪接预测及可变剪接与蛋白质结构多样性分析

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内含子保留型可变剪接预测及可变剪接与蛋白质结构多样性分析

作者：李敏内蒙古科技大学

学位级别：硕士

真核生物多外显子基因的pre-mRNA可变剪接是一种非常普遍的基因表达调控机制。通过可变剪接一个基因可以产生多个不同的RNA转录本，并进一步表达为不同的蛋白质，增加了蛋白质的多样性。高效准确的区分可变剪接发生的类型对于研究可变... 详细信息

真核生物多外显子基因的pre-mRNA可变剪接是一种非常普遍的基因表达调控机制。通过可变剪接一个基因可以产生多个不同的RNA转录本，并进一步表达为不同的蛋白质，增加了蛋白质的多样性。高效准确的区分可变剪接发生的类型对于研究可变剪接具有重要意义。可变剪接和蛋白质结构多样性的相关性是阐明可变剪接作用机制的重要环节，对人类相关疾病的研究也具有指导意义。本文主要研究以下两方面的内容：（1）从ASTD数据库获取人类保留型内含子和组成型内含子。首先统计分析了内含子的长度分布特征，100bp-200bp的保留型内含子在所有保留型内含子中所占的比例最大，这说明剪接效率与内含子的长度有关。然后，基于序列k-mer(k=1…5)信息，利用结合多样性指标的二次判别法，区分了保留型内含子和组成型内含子，五折交叉检验的预测总精度、敏感性和特异性均大于70%。（2）基于文献挖掘、Ensembl数据库、PDB数据库构建了具有确定三维结构的可变剪接蛋白质变体数据库。从蛋白质结构差异、结构稳定性等方面对导致疾病的可变剪接蛋白质变体对和正常的可变剪接蛋白质变体对进行了比较分析;通过建立真实可变剪接变体集和随机可变剪接变体集，并定义蛋白质的多样性增量和疏水非均一性，研究了可变剪接发生的非随机性。可变剪接和蛋白质结构多样性的研究显示，虽然产生蛋白质结构差异较大的可变剪接事件倾向导致疾病的发生，但现有的多数可变剪接事件与随机剪接相比却倾向于增加蛋白质结构多样性。我们提出了正负选择压力的动态平衡假说解释了这一现象：与生命活动相联系的正选择压力促使增加蛋白质结构多样性的可变剪接事件在群体中固定，但反向的负选择压力约束着可变剪接改变蛋白质结构的尺度，生命中现有的可变剪接正是这两种正负选择压力之间保持动态平衡的结果。

关键词：可变剪接内含子保留多样性指标蛋白质结构疏水性

同方学位论文库评论

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同方学位论文库

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林分结构多样性指标研究综述

林业科学 2002年第3期38卷 140-146页

作者：雷相东唐守正中国林业科学研究院资源信息研究所北京100091

生物多样性保护是森林可持续经营一个重要目标。生物多样性指标 ,大致可分为三类 :物种和群落 ,结构 ,过程。物种只是一个不完整的替代指标。本文综述了林分尺度结构多样性指标的研究进展 ,可分为与距离有关的林分结构多样性指标和与距... 详细信息

生物多样性保护是森林可持续经营一个重要目标。生物多样性指标 ,大致可分为三类 :物种和群落 ,结构 ,过程。物种只是一个不完整的替代指标。本文综述了林分尺度结构多样性指标的研究进展 ,可分为与距离有关的林分结构多样性指标和与距离无关的林分结构多样性指标 ,它们反映林分的树木大小多样性、树木的水平分布格局、树种的空间隔离程度及空间结构的复杂性。

关键词：林分结构多样性指标综述生物多样性

樱桃属(Cerasus)植物根围微生物多样性

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生态学报 2008年第8期28卷 3882-3890页

作者：吕德国于翠杜国栋秦嗣军李芳东刘国成沈阳农业大学园艺学院沈阳110161

研究了樱桃属(Cerasus)5种植物本溪山樱(Cs)、大青叶(Cp)、马哈利(Cm)、考特(Cap)、早红宝石(Ca)各主要生长期根围微生物数量、种群组成、Shannom-Wiener指数(H)、丰富度(S)、Pielou均匀度指数(J)、Simpson优势度(D)和优势微生物种群变... 详细信息

研究了樱桃属(Cerasus)5种植物本溪山樱(Cs)、大青叶(Cp)、马哈利(Cm)、考特(Cap)、早红宝石(Ca)各主要生长期根围微生物数量、种群组成、Shannom-Wiener指数(H)、丰富度(S)、Pielou均匀度指数(J)、Simpson优势度(D)和优势微生物种群变化动态。从樱桃根围共分离到细菌18属,优势菌属主要为假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)和黄杆菌属(Flavobacterium);放线菌为链霉菌的12个类群,优势类群主要为白色类群(Albosporus)、吸水类群(Hygroscopicus)和黄色类群(Flavus);真菌6属,优势菌属为青霉属(Penicillium)。樱桃根围微生物的多样性指数(H)、丰富度指数(S)、均匀度指数(J)及优势度指数(D)随樱桃种类不同而发生变化,细菌的多样性和丰富度指数为Ca>Cs>Cp>Cm>Cap,放线菌为Ca>Cp>Cs>Cm>Cap,真菌为Cm>Ca>Cp>Cs>Cap。各生长期根围微生物种类与数量发生变化,新梢迅速生长期Ca、Cs、Cp和Cm根围微生物种类与数量较多,新梢停长期Cap根围微生物种类与数量较多,落叶期5种樱桃属植物根围微生物种类与数量均较少。

关键词：樱桃属植物根际微生物多样性指标

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东祁连山高寒草地土壤可培养真菌多样性分析

草业学报 2010年第2期19卷 124-132页

作者：张俊忠陈秀蓉杨成德薛莉甘肃农业大学草业学院草业生态系统教育部重点实验室中-美草地畜牧业可持续发展研究中心甘肃兰州730070

为了解东祁连山高寒草地土壤可培养真菌的多样性,选择有代表性的4类草地类型（珠芽蓼草地、禾草草地、沼泽草地、嵩草草地）,运用稀释平板法和基于ITS rDNA基因序列的系统发育分析对其土壤中可培养真菌多样性进行研究,同时应用生态学评... 详细信息

为了解东祁连山高寒草地土壤可培养真菌的多样性,选择有代表性的4类草地类型（珠芽蓼草地、禾草草地、沼泽草地、嵩草草地）,运用稀释平板法和基于ITS rDNA基因序列的系统发育分析对其土壤中可培养真菌多样性进行研究,同时应用生态学评价方法进行分析。用PDA培养基、PSA培养基、玉米粉琼脂培养基和马丁氏-孟加拉红培养基从土壤样品中分离得到76株真菌,通过形态观察选取30株有代表性的菌株进行基于ITS rRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,鉴定所得菌株可分为22个属的26个种,绝大多数属于半知菌亚门和接合菌亚门真菌;物种的丰富度（S）、Shannon-Wiener多样性指数（H）、Simpson优势度（D）和Pielou均匀度指数（J）变化范围分别为15-18,2.47-2.81,0.89-0.93,0.91-0.97;青霉属（Penicillium）真菌为珠芽蓼草地、沼泽草地和嵩草草地的优势菌,镰孢菌属（Fusarium）真菌为禾草草地的优势菌,柔菌属真菌（Doratomyces）为沼泽草地的优势菌,被孢霉属（Mortierella）、柔菌属、小球腔菌属（Leptosphaeria）、毛霉属（Mucor）、木霉属（Trichoderma）、地丝菌属（Geomyces）和镰孢属为4类草地的常见属。另外,4类草地都有大于10%的分离菌种暂时无法确定其分类地位,极可能是新种;东祁连山高寒草地土壤真菌多样性丰富,其多样性和草地类型的特异性有着密切的关系,东祁连山高寒草地有着丰富的土壤真菌资源,存在潜在的开发价值。

关键词：东祁连山高寒草地土壤真菌多样性指标 ITSrDNA鉴定

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城市绿地植物多样性的图形化实现

中国园林 2012年第2期28卷 15-17页

作者：李湛东刘燕潘会堂北京林业大学园林学院

研究随机抽取北京市原城8区内464处各类绿地,进行园林植物调查,计算生物多样性代表性的3个指标:物种丰富度指数、物种均匀度指数和生态多样性指数,统计分析北京市城8区在五环内的园林植物多样性特点,之后应用GIS空间分析模型,将相应数... 详细信息

研究随机抽取北京市原城8区内464处各类绿地,进行园林植物调查,计算生物多样性代表性的3个指标:物种丰富度指数、物种均匀度指数和生态多样性指数,统计分析北京市城8区在五环内的园林植物多样性特点,之后应用GIS空间分析模型,将相应数值采用空间差值计算,并和研究区域的地图叠加,将园林植物多样性指数在城市空间上实现了图形化显示。其结果对于城市园林植物多样性评价以及城市绿地系统涉及生物多样性保护规划的工作都具有现实意义。

关键词：园林植物植物多样性图形化多样性指标 GIS空间分析模型城市绿地

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红壤丘陵区人工林郁闭度与生物多样性分析

红壤丘陵区人工林郁闭度与生物多样性分析

第九届中国林业青年学术年会

作者：李志江西农业大学

通过对江西省泰和县狗丝茅岭20a人工生态系统恢复效果的调查,分析林下植被生物多样性与林分郁闭度的关系,结果显示:郁闭度对生物多样性水平有较强的影响,以0.7左右为适宜;混交林比纯林的物种均匀度较好。

关键词：生物多样性多样性指标郁闭度植被恢复

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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武夷山自然保护区米槠群落物种多样性研究

厦门大学学报（自然科学版） 2005年第B06期44卷 7-10页

作者：何建源福建武夷山国家级自然保护区管理局福建武夷山354315

本文为福建武夷山国家级自然保护区生物多样性GEF项目成果之一,调查了保护区内武夷山中亚热带常绿阔叶林生态定位站定位研究的具有代表性的森林生态系统的物种多样性.米槠群落是保护区内常绿阔叶林的代表性类型之一.应用物种丰富度指数... 详细信息

本文为福建武夷山国家级自然保护区生物多样性GEF项目成果之一,调查了保护区内武夷山中亚热带常绿阔叶林生态定位站定位研究的具有代表性的森林生态系统的物种多样性.米槠群落是保护区内常绿阔叶林的代表性类型之一.应用物种丰富度指数、ShannonWiener多样性指数、Pielou均匀度、Simpson指数和PIE对武夷山米槠群落维管束植物进行了物种多样性研究.结果表明前三者是较好的多样性指标,该群落的物种丰富度指数值为39.058,ShannonWiener指数值H′为4.665,Pielou均匀度为81.56%,Simpson指数为59.022,种间相遇机率PIE为0.983.群落乔木层与灌木层的物种多样性较高,前者各项指数值分别为11.949,3.740,82.32%,26.792,0.963;后者各项指数值分别为19.658,4.110,81.59%,36.897,0.973.

关键词：多样性研究武夷山自然保护区群落米槠武夷山国家级自然保护区中亚热带常绿阔叶林 Simpson指数物种丰富度指数物种多样性森林生态系统 GEF项目生物多样性多样性指数多样性指标维管束植物定位研究代表性均匀度

东祁连山三种高寒灌丛可培养土壤真菌多样性研究

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东祁连山三种高寒灌丛可培养土壤真菌多样性研究