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基于二代测序平台的微单倍型位点的分型研究

中国法医学杂志 2021年第1期36卷 57-60,65页

作者：陈肯武建楠王欢庞铂实周宇荀肖君华李凯东华大学化学化工与生物工程学院上海201620 上海农林职业技术学院上海201699

目的建立基于二代测序平台的微单倍型分型方案,调查其在中国南方汉族人群中的多态性,探讨其法医学应用价值。方法以20个微单倍型位点为研究对象,利用多重PCR构建靶向扩增子文库,以二代测序为检测手段,采用生物信息学方法构建个体微单倍... 详细信息

目的建立基于二代测序平台的微单倍型分型方案,调查其在中国南方汉族人群中的多态性,探讨其法医学应用价值。方法以20个微单倍型位点为研究对象,利用多重PCR构建靶向扩增子文库,以二代测序为检测手段,采用生物信息学方法构建个体微单倍型,最后进行多态性分析。结果总体测序量为2.12G,覆盖所有片段,平均覆盖深度为3353×。微单倍型内含72个SNP位点的观测杂合度范围为0.109~0.587,平均值为0.364;而20个微单倍型位点本身的观测杂合度范围为0.198~0.837,平均值为0.726,均高于SNP位点。20个微单倍型位点中仅一个位点未通过Hardy-Weinberg平衡检验,剩余19个位点的有效等位基因数值为3.119~7.170,多态信息含量为0.620~0.845,平均多态信息含量为0.711。19个有效微单倍型位点的匹配概率为0.044~0.181,累积匹配概率为3.132×10^(-19)。结论本次研究证实了19个微单倍型的参数效能与常用15个STR基因座相当,可独立应用于法医个体识别并具潜在混合物分析价值,该结果为法医遗传学实践提供更多选择。

关键词：法医遗传学微单倍型高通量测序单核苷酸多态性多态信息含量

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利用微卫星标记分析乌骨大骨鸡的遗传多样性

中国兽医学报 2012年第9期32卷 1353-1356页

作者：汉丽梅张雷雷杜斌刘金沈阳农业大学畜牧兽医学院辽宁沈阳110866

利用微卫星标记分析了乌骨大骨鸡的遗传多样性和遗传结构,筛选了鸡基因组7条染色体上的7个微卫星标记位点,随机选取24羽乌骨大骨鸡个体,进行多态性检测,共检测到23个等位基因,每个座位等位基因数目从2个到5个不等,平均等位基因数为3.3... 详细信息

利用微卫星标记分析了乌骨大骨鸡的遗传多样性和遗传结构,筛选了鸡基因组7条染色体上的7个微卫星标记位点,随机选取24羽乌骨大骨鸡个体,进行多态性检测,共检测到23个等位基因,每个座位等位基因数目从2个到5个不等,平均等位基因数为3.3个。该群体平均多态信息含量和平均杂合度分别为0.660 3和0.717 6。结果表明乌骨大骨鸡属多态性较丰富的群体。

关键词：乌骨大骨鸡遗传多样性多态信息含量 MS标记

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明光小耳猪遗传多样性分析

畜牧兽医学报 2009年第2期40卷 272-279页

作者：霍金龙苗永旺霍海龙李大林沈雪鹰屈在久尹玉安云南农业大学动物科学技术学院昆明650201 云南大学云南省生物资源保护与利用重点实验室昆明650091 云南省家畜改良工作站昆明650021 云南省腾冲县畜牧技术推广中心腾冲679100

为深入了解明光小耳猪群体遗传结构，使之得到更好的保护和利用，采用分布在家猪19对染色体上的76个微卫星标记对该猪种65个样品进行群体遗传变异分析。共检测到343个等位基因，每个座位的等位基因数从2到9不等，有效等位基因数在1．223... 详细信息

为深入了解明光小耳猪群体遗传结构，使之得到更好的保护和利用，采用分布在家猪19对染色体上的76个微卫星标记对该猪种65个样品进行群体遗传变异分析。共检测到343个等位基因，每个座位的等位基因数从2到9不等，有效等位基因数在1．2239～4．8079之间，平均每个座位等位基因数为（4．5132±1．2055）个，有效等位基因数为（3．2169±0．7736）个，群体平均表观杂合度、期望杂合度及平均多态信息含量分别为0．9442±0．1595、0．6685±0．0945和0．6103±0．1083。结果表明，明光小耳猪群体遗传变异丰富。

关键词：明光小耳猪微卫星标记等位基因数有效等位基因数杂合度多态信息含量

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云南南部地区野猪群体的遗传多样性

动物学杂志 2008年第6期43卷 137-146页

作者：霍金龙苗永旺霍海龙李大林刘丽仙刘建平李云辉云南农业大学云南省版纳微型猪近交系重点实验室昆明650201 云南农业大学动物科学技术学院昆明650201 云南大学生物资源保护与利用国家重点实验室昆明650091 云南省家畜改良工作站昆明650021 云南农业职业技术学院畜牧兽医系昆明650212 云南省西双版纳州畜牧兽医工作站景洪666100 云南省西双版纳州勐腊县农业局勐腊666300

野猪(Sus scrofa)是家猪的祖先,也是野生动物遗传资源和生物多样性的重要组成部分。为了阐明其群体遗传变异,以对其进一步有效保护和合理利用提供科学依据,本研究采用分布在家猪19条染色体上的76个微卫星标记对云南南部地区野猪群体65... 详细信息

野猪(Sus scrofa)是家猪的祖先,也是野生动物遗传资源和生物多样性的重要组成部分。为了阐明其群体遗传变异,以对其进一步有效保护和合理利用提供科学依据,本研究采用分布在家猪19条染色体上的76个微卫星标记对云南南部地区野猪群体65只个体进行了群体遗传变异分析。共检测到349个等位基因,每个座位的等位基因数从3到9不等,有效等位基因数在1.6835～8.0667之间,平均每个座位等位基因数(4.5921±1.1452)个,有效等位基因数(3.7099±0.9904)个,群体平均表观杂合度、期望杂合度及平均多态信息含量分别为(0.9492±0.1135)、(0.7116±0.0787)和(0.6634±0.0921)。结果表明,本实验检测到的野猪群体遗传多样性较丰富。

关键词：野猪微卫星标记遗传多样性杂合度多态信息含量

利用76个微卫星标记分析滇南小耳猪的遗传多样性

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云南农业大学学报（自然科学版） 2008年第5期23卷 638-643页

作者：霍金龙霍海龙苗永旺李大林刘丽仙刘建平李云辉云南农业大学云南省版纳微型猪近交系重点实验室云南昆明650201 云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201 云南大学生物资源保护与利用国家重点实验室培育基地云南昆明650091 云南省家畜改良工作站云南昆明650021 云南农业职业技术学院畜牧兽医系云南昆明650212 云南省西双版纳州畜牧兽医工作站云南景洪666100 云南省西双版纳州勐腊县农业局云南勐腊666300

滇南小耳猪是云南省优良地方猪种之一，其数量大，分布广。为了阐明其群体遗传变异情况，以对其进一步有效保护和合理利用提供科学依据，本研究采用分布在家猪19条染色体上的76个微卫星标记对该猪群体54个个体进行了群体遗传变异检测。... 详细信息

滇南小耳猪是云南省优良地方猪种之一，其数量大，分布广。为了阐明其群体遗传变异情况，以对其进一步有效保护和合理利用提供科学依据，本研究采用分布在家猪19条染色体上的76个微卫星标记对该猪群体54个个体进行了群体遗传变异检测。共检测到338个等位基因，每个座位的等位基因数在2～8个之间，有效等位基因数在1．9560～5．71432：间，平均每个座位等位基因数（4．4474±1．2044）个，有效等位基因数（3．5091±0．9197）个，群体平均杂合度及平均多态信息含量分别为0．6917±0．09797和0．6388±0．1142。研究结果表明，滇南小耳猪群体遗传多样性较丰富。

关键词：微卫星标记滇南小耳猪遗传多样性杂合度多态信息含量

西安荷斯坦奶牛群5个基因座位遗传多态性的PCR-RFLP分析

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畜牧兽医学报 2005年第6期36卷 545-549页

作者：张润锋陈宏蓝贤勇田燚潘传英胡沈荣苏利红西北农林科技大学动物科技学院陕西省农业分子生物学重点实验室杨凌712100 徐州师范大学生物技术研究所

应用PCR RFLP方法对西安荷斯坦牛的κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、CSN1S2、IGFBP 3 共5 个基因座位进行了多态性分析。结果表明,在西安荷斯坦牛群中,没有发现携带CSN1S2F 等位基因的个体,其多态信息含量为0。κcn基因座位呈现低度多态(PI... 详细信息

应用PCR RFLP方法对西安荷斯坦牛的κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、CSN1S2、IGFBP 3 共5 个基因座位进行了多态性分析。结果表明,在西安荷斯坦牛群中,没有发现携带CSN1S2F 等位基因的个体,其多态信息含量为0。κcn基因座位呈现低度多态(PIC=0 236 6),βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 基因座位的多态信息含量分别为0 316 8、0 368 9、0 443 9,均呈现中度多态。κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3、CSN1S2 基因座位的杂合度和DNA多态度分别为0 274 2、0 394 7、0 487 9、0 489 1、0和0 025 5、0 011 6、0 033 3、0 011 2、0。而且,在西安荷斯坦牛群中,κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 共4 个基因座位均处于Hardy Weinberg平衡状态,CSN1S2 基因座位处于纯合状态。

关键词： PCR-RFLP分析基因座位遗传多态性西安奶牛群多态信息含量多态性分析 DNA多态荷斯坦牛等位基因平衡状态杂合度纯合

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版纳斗鸡群体遗传多样性研究

云南农业大学学报 2007年第3期22卷 393-395,400页

作者：陈涛霍金龙苗永旺刘建平杨泽宇云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201 云南省西双版纳州畜牧兽医工作站云南景洪666100

版纳斗鸡是我国著名的斗鸡品种之一。利用33个鸡微卫星标记对版纳斗鸡群体的47个个体进行了分子水平上的遗传多样性分析,共检测出123条多态性片段,每个微卫星座位上的观察等位基因数在2-6之间,平均每个微卫星座位上的等位基因数和有效... 详细信息

版纳斗鸡是我国著名的斗鸡品种之一。利用33个鸡微卫星标记对版纳斗鸡群体的47个个体进行了分子水平上的遗传多样性分析,共检测出123条多态性片段,每个微卫星座位上的观察等位基因数在2-6之间,平均每个微卫星座位上的等位基因数和有效等位基因数分别为3.7个和2.95个。群体平均杂合度为0.619 4,平均多态信息含量为0.553 3。33个微卫星座位有10个为中度多态座位,其它23个属于高度多态座位。结果表明:版纳斗鸡是一个遗传变异丰富的群体,有较大的选育潜力。

关键词：版纳斗鸡微卫星标记杂合度多态信息含量遗传多样性

4对微卫星DNA标记在3个绵羊品种中多态性的研究

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安徽农业科学 2007年第9期35卷 2571-2572,2574页

作者：张兴国石国庆柳楠任航行代蓉刘国庆莱阳农学院动物科技学院山东青岛266000 新疆农垦科学院畜牧兽医研究所新疆石河子832000 合肥工业大学生物与食品工程学院安徽合肥230036

选用无角道塞特、萨福克与中国美利奴肉羊品种群体,耳组织提取基因组DNA,用4对微卫星引物进行PCR扩增,通过电泳分型、凝胶成像系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型,计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等,从分子水平上分... 详细信息

选用无角道塞特、萨福克与中国美利奴肉羊品种群体,耳组织提取基因组DNA,用4对微卫星引物进行PCR扩增,通过电泳分型、凝胶成像系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型,计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等,从分子水平上分析4个位点的遗传多态性。结果表明,CSSM18,OB2,MCM38,MCMA26这4个位点的等位基因数分别为14、151、3、13,多态信息含量(PIC)丰富,杂合度高,均属于高度多态性位点,用于作为与生产性能相关的遗传标记是较理想的。

关键词：微卫星杂合度多态信息含量有效等位基因

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我国地方鸡种保种群分子遗传多样性的检测

中国家禽 2005年第18期27卷 16-18,20页

作者：苏一军李慧芳张学余中国农业科学院家禽研究所江苏扬州225003

对国家家禽品种资源基因库中保存的10个地方鸡品种保种群进行了微卫星标记遗传多样性检测,计算各群体遗传参数,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明:30个微卫星标记在10个地方鸡品种保种群的平均杂合度在0.6189～0.6953之间,其中藏... 详细信息

对国家家禽品种资源基因库中保存的10个地方鸡品种保种群进行了微卫星标记遗传多样性检测,计算各群体遗传参数,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明:30个微卫星标记在10个地方鸡品种保种群的平均杂合度在0.6189～0.6953之间,其中藏鸡最高,为0.6953;北京油鸡最低,为0.6189;平均多态信息含量均大于0.5,表现为高度多态性;10个鸡品种聚为4类:萧山鸡、茶花鸡、仙居鸡、白耳鸡聚为一类,丝毛乌骨鸡、北京油鸡、大骨鸡、固始鸡聚为一类,狼山鸡和藏鸡分别单独聚为一类。通过对我国地方鸡品种保种群的分子遗传多样性的检测,可以达到监测保种效果的目的。

关键词：地方鸡品种保种群杂合度多态信息含量遗传多样性检测分子遗传多样性地方鸡种种群微卫星标记北京油鸡