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多基因序列法分析中国咖啡炭疽病菌遗传种群

多基因序列法分析中国咖啡炭疽病菌遗传种群

中国植物病理学会2019年学术年会

作者：陆英巩佳莉贺春萍吴伟怀梁艳琼黄兴郑金龙习金根谭思北易克贤中国热带农业科学院环境与植物保护研究所南京农业大学植物保护学院

咖啡是重要的农业贸易商品之一,其产量、产值及消费量均位居世界三大饮料作物(咖啡,茶叶,可可)之首,每年零售额达700亿美元。近年我国咖啡产业迅速发展,2016—2017年我国咖啡种植面积约为12万hm,咖啡豆产量16.03万t,位列全球第13位,亚洲... 详细信息

咖啡是重要的农业贸易商品之一,其产量、产值及消费量均位居世界三大饮料作物(咖啡,茶叶,可可)之首,每年零售额达700亿美元。近年我国咖啡产业迅速发展,2016—2017年我国咖啡种植面积约为12万hm,咖啡豆产量16.03万t,位列全球第13位,亚洲4位。由炭疽菌属(Colletotrichum spp.)引起的炭疽病是咖啡的一个重要病害。炭疽菌种类繁多,遗传多态性丰富,关于炭疽菌种属的分类一直较为混乱,仅根据菌落的形态特征、培养性状、生理学和病理学等特征很难进行精准的分类鉴定,随着分子生物学技术被广泛应用于炭疽菌属真菌的遗传种群研究,使得多个炭疽菌种在属内的分类地位发生了很大变化,为了弄清我国咖啡炭疽病菌的种类,笔者从我国云南、海南咖啡产区采集炭疽病标本,采用组织分离法分离得到28个咖啡炭疽菌菌株。利用ITS (Internal transcribed spacer)、GAPDH (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)、CHS-1 (Chitinsynthase)和ACT (Actin)基因的部分序列,对这些菌株进行基因谱系比较分析。对各菌株分别进行ITS、ACT、CHS-1和GAPDH单基因聚类分析,同时将各菌株的基因按ITS-ACT-CHS-1-GAPDH顺序进行序列拼接后,构建系统进化树,分析单基因与多基因序列拼接聚类结果的异同及咖啡树炭疽菌种群差异。鉴定结果表明:中国咖啡炭疽菌有***、***、***、***、***、***、***、***。其中***占所鉴定菌株的50%,该种为优势种。

关键词：多基因序列咖啡炭疽菌遗传种群

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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贵州百香果果实炭疽病病原菌分离及鉴定

中国南方果树 2023年第3期52卷 50-54,58页

作者：赵晓珍王红王红林解璞马玉华贵州省农业科学院果树科学研究所贵阳550006

炭疽病是贵州百香果果实重要病害之一。采用组织分离法,从贵州百香果炭疽病病果中分离到疑似炭疽菌株B10、ZB3,根据分离纯化菌株的形态特征、柯赫氏法则验证,以及基于ITS-TUB2-ACT-CHS-1多基因序列系统发育树分析,明确引起贵州产区百香... 详细信息

炭疽病是贵州百香果果实重要病害之一。采用组织分离法,从贵州百香果炭疽病病果中分离到疑似炭疽菌株B10、ZB3,根据分离纯化菌株的形态特征、柯赫氏法则验证,以及基于ITS-TUB2-ACT-CHS-1多基因序列系统发育树分析,明确引起贵州产区百香果果实炭疽病病原主要为巴西炭疽菌Colletotrichum brasiliense和喀斯特炭疽菌***。

关键词：百香果炭疽菌形态特征多基因序列巴西炭疽菌Colletotrichum brasiliense

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油茶暹罗刺盘孢菌群体遗传结构分析

植物保护 2017年第3期43卷 49-54页

作者：李杨李河周国英蒋越西蒋仕强刘君昂中南林业科技大学森林有害生物防控湖南省重点实验室长沙410004 中南林业科技大学经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室长沙410004

暹罗刺盘孢菌是油茶炭疽病病原之一,在我国多个油茶产区均有分布。研究油茶暹罗刺盘孢菌群体遗传结构可为全面、有效防治油茶炭疽病害提供理论依据。本研究对分离自海南、江西、湖南、广西4省(自治区)6个地区暹罗刺盘孢菌菌株的ITS、CAL... 详细信息

暹罗刺盘孢菌是油茶炭疽病病原之一,在我国多个油茶产区均有分布。研究油茶暹罗刺盘孢菌群体遗传结构可为全面、有效防治油茶炭疽病害提供理论依据。本研究对分离自海南、江西、湖南、广西4省(自治区)6个地区暹罗刺盘孢菌菌株的ITS、CAL和GAPDH 3个基因的序列进行群体遗传结构分析。根据拼接的上述3个基因的序列,57个暹罗刺盘孢菌菌株可定义为13个单倍型,其中单倍型H7为主要单倍型,分布于本研究所涉及的所有地区。病菌不同地理种群间的遗传分化较大,AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,病菌未经历过大规模的种群扩张。研究结果表明油茶炭疽病原暹罗刺盘孢菌种群具有丰富的遗传多样性。

关键词：暹罗刺盘孢菌地理种群多基因序列群体遗传结构

3种菊科千里光族植物病原链格孢菌的分离与鉴定

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云南农业大学学报（自然科学版） 2018年第6期33卷 1046-1053页

作者：罗欢贾国庚宋正兴张宝玉周燚邓建新长江大学农学院湖北荆州434025

【目的】调查链格孢菌在菊科植物上的危害。【方法】2016—2017年,从湖北、北京、安徽及云南各地采集得到菊科千里光族植物瓜叶菊(Pericallis hybrida)、银叶菊(Senecio cineraria)及白子菜(Gynura divaricate)叶斑病病样4份。采用单孢... 详细信息

【目的】调查链格孢菌在菊科植物上的危害。【方法】2016—2017年,从湖北、北京、安徽及云南各地采集得到菊科千里光族植物瓜叶菊(Pericallis hybrida)、银叶菊(Senecio cineraria)及白子菜(Gynura divaricate)叶斑病病样4份。采用单孢分离的方法从各寄主上分别获得形态相似的链格孢菌大孢子种菌株。随后从各寄主分离物中筛选出1个代表菌株进行致病性、形态学及多基因位点(r DNA-ITS、GAPDH、Alt a 1、EF1-α、RPB2和ATPase)序列分析研究。【结果】4个菌株均可引起其寄主发生病害,且均为瓜叶菊链格孢菌(Alternaria cinerariae)。【结论】这是该菌种在国内的首次报道,也是该菌引起银叶菊与白子菜叶斑病病害的首次报道。

关键词：千里光族瓜叶菊链格孢叶斑病形态学多基因序列

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一种波斯菊叶枯病新病原菌的分离与鉴定

植物保护 2017年第6期43卷 182-186页

作者：罗欢贾国庚范小燕刘海峰裴东方邓建新周燚长江大学农学院荆州434025

波斯菊是一种重要的观赏植物,叶枯病的发生影响其生长及市场价值。本文从陕西杨凌地区采集波斯菊病叶,通过保湿培养、单孢分离方法获得2株分离物。将分离菌的纯培养物接种健康寄主植物,发病后再分离的分离物与原接种病原菌菌株特征相同... 详细信息

波斯菊是一种重要的观赏植物,叶枯病的发生影响其生长及市场价值。本文从陕西杨凌地区采集波斯菊病叶,通过保湿培养、单孢分离方法获得2株分离物。将分离菌的纯培养物接种健康寄主植物,发病后再分离的分离物与原接种病原菌菌株特征相同。采用形态学及rDNA-ITS、EF-1α和GAPDH基因序列分析相结合的方法对分离菌进行鉴定,结果表明,两株菌株均为侵染向日葵链格孢Alternaria helianthiinficiens。这是国内外波斯菊上***的首次报道。

关键词：侵染向日葵链格孢波斯菊叶枯病形态学多基因序列

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海南4个地区暹罗炭疽菌群体遗传结构分析

热带作物学报 2016年第11期37卷 2204-2209页

作者：蒋仕强李杨周国英刘君昂万智蒋越西李河中南林业科技大学林学院森林有害生物防控湖南省重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院经济林培育与保护教育部重点实验室湖南长沙410004

对分离自海南4个地区13种寄主植物上暹罗炭疽菌的ITS-CAL-GAPDH 3基因序列进行群体遗传结构分析。95条暹罗炭疽菌多基因序列可定义为16个单倍型,其中,单倍型H5为主要单倍型,分布于所有寄主植物。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内... 详细信息

对分离自海南4个地区13种寄主植物上暹罗炭疽菌的ITS-CAL-GAPDH 3基因序列进行群体遗传结构分析。95条暹罗炭疽菌多基因序列可定义为16个单倍型,其中,单倍型H5为主要单倍型,分布于所有寄主植物。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内;病菌未经历过大规模的种群扩张过程。研究结果表明,暹罗炭疽菌种群具有丰富的遗传多样性。

关键词：暹罗炭疽菌寄主植物多基因序列群体遗传结构

油茶新炭疽病原Colletotrichum camelliae鉴定及致病性测定

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生物技术通报 2016年第6期32卷 96-102页

作者：李杨李河周国英刘君昂中南林业科技大学经济林培育与保护教育部重点实验室长沙410004 中南林业科技大学森林有害生物防控湖南省重点实验室长沙410004

油茶炭疽病菌能够侵染油茶叶片、花及果实,造成严重落叶、落果,该病害是我国油茶最重要的病害之一。对采集于湖南、江西及海南的油茶炭疽病的病原菌进行了形态学观察及多基因序列分析,同时对分离到的病原菌进行不同品种油茶致病性测定,... 详细信息

油茶炭疽病菌能够侵染油茶叶片、花及果实,造成严重落叶、落果,该病害是我国油茶最重要的病害之一。对采集于湖南、江西及海南的油茶炭疽病的病原菌进行了形态学观察及多基因序列分析,同时对分离到的病原菌进行不同品种油茶致病性测定,结果表明,分离到的5株病原菌为山茶刺盘孢Colletotrichum camelliae,这是国内首次在油茶上发现该病原菌。经***对不同油茶品种致病性测定,发现***对湘林1号、湘林69号、湘林89号、赣无1、赣无16、广西红花、长林3号、长林4号、长林23号、长林53号、长林148号、长林190号等品种的叶片致病,但是在不同品种叶片上出现症状的时间不同。

关键词：油茶山茶刺盘孢炭疽病多基因序列致病性

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小尺度空间油茶炭疽病菌遗传多样性分析

小尺度空间油茶炭疽病菌遗传多样性分析

作者：汤铱泠中南林业科技大学

学位级别：硕士

油茶炭疽病是油茶最重要的病害之一,对油茶的品质及产量产生了极大的危害。2014年以前,报道的油茶炭疽病原只有Colletotrichum gloeosporioides,近两年来,发现了新的炭疽病原Colltotrichum fructicola及Colletotlichum siamense。为了... 详细信息

油茶炭疽病是油茶最重要的病害之一,对油茶的品质及产量产生了极大的危害。2014年以前,报道的油茶炭疽病原只有Colletotrichum gloeosporioides,近两年来,发现了新的炭疽病原Colltotrichum fructicola及Colletotlichum siamense。为了明确油茶的炭疽病原,探索油茶炭疽病菌与寄主的关系,分析其遗传多样性,本论文采集了江西分宜的16个油茶品种的炭疽病叶样品,对病原菌进行了分离纯化,选择ITS、CAL、GAPDH三个基因对病菌进行了菌种鉴定及遗传多样性分析,然后对病原菌进行了回接实验和致病性测定,最后对鉴定出的油茶炭疽病菌优势种进行了遗传多样性分析。试验结果如下:(1)小尺度空间油茶炭疽病菌遗传多样性。292株病原菌,经多基因序列鉴定,属于 6 个种,分别为 ***、***、***、***、***1、***2。各菌株的纯培养特征、分生孢子及附着胞形态与大小都表现出一定的差异,表明油茶炭疽病菌的在形态学上具有多样性。分离菌株中有247株***,占全部菌株的84.59%,是油茶病菌的优势种。其余菌株中,有20株鉴定为 ***、19 株为***,3 株为 ***,1 株 Csp1和2株***2,其中***为首次在油茶上发现。在构建系统发育树的过程中,发现不同的基因标记对不同种的炭疽病菌的分辨力不一样。当三个基因拼接成多基因序列进行分析,其种间及种内分辨率都优于任意一个单基因序列。(2)油茶炭疽病菌与寄主的关系。对16个油茶品种进行病害调查,发现均发生了油茶炭疽病,且发病率及病情指数都较高。对病原菌进行致病力测定,结果为:***>***>***>***>***2>***1。但菌株遗传水平的变化不能完全代表致病力的变化,因为病菌的致病力会产生的一定分化,即同一个种的不同菌株,致病力有一定程度的不同。通过研究分离病菌在不同油茶品种的分布,发现同一个种的菌株可以侵染不同品种的油茶,同一品种的油茶也可以被多个菌种侵染。***在16个油茶品种上均存在,而***分布于12个品种,***分布于10个品种,其他菌种只寄生于一个或两个油茶品种,这可能是由于寄主专一性,也可能是由于该种菌种菌株数量不够。在油茶品种长林21号上分离到的菌株数和菌种数都最多。但是并非分离到的菌株数越多,分离到的菌种就越多,如湘林1号分离的菌株数最少,菌种数却排名第二。由上可知,虽然油茶炭疽病菌有丰富的多样性,而且不同油茶品种对炭疽病菌也有一定的偏好性,但是油茶品种对炭疽病菌在遗传水平上的影响并不大。(3)油茶炭疽病菌优势种***遗传多样性分析。将247个***的多基因序列进行遗传多样性分析,结果表明,247个***多基因序列有21个单倍型,其中Hap2和Hap4是两个主要的单倍型,在所有品种中均有分布。Hap2既是原始单倍型,也是优势单倍型,共有135条序列,占总数的54.7%。每一个品种上基本上都存在自己独特的单倍型。遗传分化系数(Fst)表明不同品种种群的菌株间存在一定的遗传分化。中性检测值都为显著负值,且核苷酸错配分析呈现单峰模式,说明***在历史上经历大规模的种群扩张。单倍型系统发育分析表明,来自不同品种的菌株散乱的分布在系统发育树中。这说明不同品种间的菌株基因交流频繁,基本不存在品种隔离,同时也说明油茶炭疽病菌种内存在丰富的遗传多样性。

关键词：小尺度空间油茶炭疽病菌多基因序列遗传多样性

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1株野生羊肚菌鉴定及菌丝培养特性研究

微生物学杂志 2021年第3期41卷 61-67页

作者：孙靖娥李树江张璐黎羲雷艳张晓勇杨友联六盘水师范学院生物科学与技术学院贵州六盘水553004

对采自六盘水地区的1株野生羊肚菌进行分离鉴定,为田间驯化栽培提供参考。通过多基因(ITS、tef1-α、rpb1和rpb2)序列分析结合形态学鉴定,并采用单因素试验对该株野生羊肚菌生物学特性进行研究。结果表明,该菌株归属黄色羊肚菌支系,最... 详细信息

对采自六盘水地区的1株野生羊肚菌进行分离鉴定,为田间驯化栽培提供参考。通过多基因(ITS、tef1-α、rpb1和rpb2)序列分析结合形态学鉴定,并采用单因素试验对该株野生羊肚菌生物学特性进行研究。结果表明,该菌株归属黄色羊肚菌支系,最适碳源为可溶性淀粉,最适氮源为硝酸钾,最适碳氮比为5/1~20/1,最适生长温度20~25℃,最适pH值5~9。该菌株(Morel2018008)与菌株Mes-15基因型相同,但表型存在差异,其命名有待进一步研究。

关键词：六盘水野生羊肚菌形态学多基因序列生物学特性