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多位点序列分型法揭示中国甘蔗白叶病植原体存在ST1和ST2两个种群

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多位点序列分型法揭示中国甘蔗白叶病植原体存在ST1和ST2两个种群

中国植物病理学会2023年学术年会

作者：张荣跃王晓燕单红丽李婕李银煳黄应昆云南省农业科学院甘蔗研究所云南省甘蔗遗传改良重点实验室

由植原体引起的甘蔗白叶病是甘蔗的毁灭性病害。本文中笔者建立了一个基于7个管家基因(dnaK、tuf、secY、gyrB、secA、recA、hflB)的多位点序列分型方法用于甘蔗白叶病植原体的遗传多样性和种群结构研究。使用该分型方法分析了来自中国... 详细信息

由植原体引起的甘蔗白叶病是甘蔗的毁灭性病害。本文中笔者建立了一个基于7个管家基因(dnaK、tuf、secY、gyrB、secA、recA、hflB)的多位点序列分型方法用于甘蔗白叶病植原体的遗传多样性和种群结构研究。使用该分型方法分析了来自中国白叶病发生区域的87个样本,共鉴定出2个序列型(ST型),其中ST1型分布最为广泛,是主要的ST型,ST2型仅在中国保山地区发现。种群结构分析表明ST1种群和ST2种群为完全分化的两个种群。7个管家基因的核苷酸多样性在0～0.002 68,表明中国甘蔗白叶病植原体遗传多样性非常低。甘蔗白叶病植原体和甘蔗草苗病植原体16S rRNA基因序列一致性大于99.6%,7个管家基因串联序列一致性大于99%。鉴于甘蔗白叶病植原体和甘蔗草苗病植原体具有相同的寄主、症状、传播介体和极高的核苷酸序列一致性,笔者认为甘蔗白叶病植原体和甘蔗草苗病植原体属于同一种植原体。

关键词：植原体多位点序列分型遗传多样性种群结构甘蔗草苗病

来源： cnki会议评论

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婴幼儿食品源阪崎克罗诺杆菌的3种分型方法

中国食品学报 2022年第5期22卷 358-366页

作者：杨秋萍阎彦霏张艳曹晨阳盛焕精崔生辉杨保伟西北农林科技大学食品科学与工程学院陕西杨凌712100 富平县检验检测中心(陕西省羊乳产品质量监督检验中心) 陕西富平711700 中国食品药品检定研究院北京100050

阪崎克罗诺杆菌污染婴幼儿食品可能导致新生儿和婴幼儿脑膜炎、败血症和坏死性小肠结肠炎,对其健康造成严重威胁。采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)和肠杆菌间保守重复序列PCR(ERIC-PCR)对分离于婴幼儿配方乳粉、米粉和... 详细信息

阪崎克罗诺杆菌污染婴幼儿食品可能导致新生儿和婴幼儿脑膜炎、败血症和坏死性小肠结肠炎,对其健康造成严重威胁。采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)和肠杆菌间保守重复序列PCR(ERIC-PCR)对分离于婴幼儿配方乳粉、米粉和辅食中的阪崎克罗诺杆菌进行分子分型,计算3种分型方法的辛普森多样性指数(DI)值,评价3种方法的分型效率,以便精确和快速开展阪崎克罗诺杆菌流行病学研究。PFGE、MLST和ERIC-PCR可分别将37株阪崎克罗诺杆菌分为35个PFGE基因型、28个ERIC-PCR型和23个序列(ST)型,分型结果的DI值分别为99.55%,96.40%和98.05%。3种方法对阪崎克罗诺杆菌均具有较高的分型能力,其中PFEG分型能力最高,分型效率最佳。

关键词：阪崎克罗诺杆菌脉冲场凝胶电泳多位点序列分型肠杆菌间保守重复序列PCR

分离自人体肠道的副干酪乳杆菌K56和ET-22的菌株鉴定

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食品与发酵工业 2022年第1期48卷 62-69页

作者：刘艺茹马霞赵婷刘锦浲于学健刘伟贤程坤张欣曹艳花辛迪冯慧军刘福东赵雯洪维鍊姚粟中国食品发酵工业研究院有限公司中国工业微生物菌种保藏管理中心北京100015 内蒙古乳业技术研究院有限责任公司内蒙古呼和浩特010110 内蒙古伊利实业集团股份有限公司内蒙古呼和浩特010110

以婴儿和成人肠道来源的菌株K56和ET-22为研究对象,选取8株其他来源菌株作为参考,采用形态学、生理生化、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱、全基因组测序、多位点序列分型分析和单核苷酸多态性(single nucleotide polymophism,SNP)分... 详细信息

以婴儿和成人肠道来源的菌株K56和ET-22为研究对象,选取8株其他来源菌株作为参考,采用形态学、生理生化、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱、全基因组测序、多位点序列分型分析和单核苷酸多态性(single nucleotide polymophism,SNP)分析,建立了适用于菌株K56和ET-22的鉴定方法。结果表明,菌株K56和ET-22及参考菌株的基质辅助激光解吸/电离飞行时间鉴定比对值大于2,平均核苷酸一致性值(average nucleotide identity,ANI)达到95%以上,在种水平均鉴定为副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei);对副干酪乳杆菌K56、ET-22和参考菌株的1701个共有核心基因开展基于全基因组测序的多基因序列位点分析,菌株K56和ET-22可与其他参考菌株有效区分,SNP分析表明不同培养代数间副干酪乳杆菌K56的SNP差异为103、ET-22的SNP差异为49,系统发育分析表明该方法可以有效区分副干酪乳杆菌K56、ET-22与其他参考菌株。益生菌的安全性和功能性均在菌株水平具有特异性,已成为业内新的科学共识。该研究建立的益生菌K56和ET-22菌株水平精准鉴定方法体系,对促进其在乳品行业的广泛应用具有重要意义。

关键词：副干酪乳杆菌菌株鉴定全基因组测序多位点序列分型单核苷酸多态性

多位点序列分型法对梅毒螺旋体基因分型的检测

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中国麻风皮肤病杂志 2020年第6期36卷 327-329,334页

作者：任卓张园赵伟李珍裴晓燕杨永华田洪青济南大学山东省医学科学院医学与生命科学学院济南250000 山东第一医科大学附属皮肤病医院(山东省皮肤病医院) 山东省皮肤病性病防治研究所济南250022

目的:通过多位点序列分型法(MLST)检测我院梅毒螺旋体(TP)的临床样本DNA基因型。方法:收集梅毒患者皮损棉拭子,提取其中的TP DNA。提取的DNA通过荧光实时定量PCR证实为TP DNA;使用MLST法对样本进行分析。结果:本研究共检测55例DNA标本,... 详细信息

目的:通过多位点序列分型法(MLST)检测我院梅毒螺旋体(TP)的临床样本DNA基因型。方法:收集梅毒患者皮损棉拭子,提取其中的TP DNA。提取的DNA通过荧光实时定量PCR证实为TP DNA;使用MLST法对样本进行分析。结果:本研究共检测55例DNA标本,发现9种MLST分型,1.1.8分型为42例,3.2.3分型为5例,1.1.1分型为2例,24.1.8分型为1例,25.1.8为1例,1.52.8为1例,1.53.8为1例,1.1.17为1例,25.3.1为1例。其中24.1.8,25.1.8,1.52.8,1.53.8,1.1.17,25.3.1为首次报道的分型。所有分型都存在对大环内酯类药物耐药。结论:我院患者的梅毒螺旋体基因型存在多样性,其中优势分型为1.1.8,各分型都对大环内酯类药物耐药。

关键词：梅毒螺旋体多位点序列分型

多位点序列分型及其在寄生虫群体遗传结构分析中的应用

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中国血吸虫病防治杂志 2014年第4期26卷 449-452页

作者：梁伟涛刘华邓瑶广东省东莞市公安局东莞523000 中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所卫生部寄生虫病原与媒介生物学重点实验室世界卫生组织疟疾血吸虫病和丝虫病合作中心江苏省血吸虫病防治研究所

多位点序列分型技术(Multilocus sequence typing,MLST)具有分辨率、敏感性及特异性高等优点。在寄生虫学研究中,MLST通过扩增多个管家基因进行测序分析和对病原体进行群体遗传结构分析,可为研究虫种进化等提供更多的理论依据。本文就M... 详细信息

多位点序列分型技术(Multilocus sequence typing,MLST)具有分辨率、敏感性及特异性高等优点。在寄生虫学研究中,MLST通过扩增多个管家基因进行测序分析和对病原体进行群体遗传结构分析,可为研究虫种进化等提供更多的理论依据。本文就MLST技术的原理、方法和结果分析及其在几种寄生虫遗传结构分析方面的应用进行综述。

关键词：医学寄生虫学多位点序列分型管家基因群体遗传结构分析隐孢子虫微孢子虫

单核细胞增生李斯特菌LMXJ15全基因组测序及分析

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生物技术通报 2023年第7期39卷 298-306页

作者：杜冬冬钱晶李思琪刘雯菲魏向利刘长勇罗瑞峰康立超新疆农垦科学院分析测试中心、新疆生产建设兵团食品检验所石河子832000

为了解新疆地区单核细胞增生李斯特菌LMXJ15菌株的的基因组特征和进化关系。采用PacBio和Illumina HiSeq测序对LMXJ15菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行预测、注释,并进行多位点序列分型(mutilocus sequence typing,MLST... 详细信息

为了解新疆地区单核细胞增生李斯特菌LMXJ15菌株的的基因组特征和进化关系。采用PacBio和Illumina HiSeq测序对LMXJ15菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行预测、注释,并进行多位点序列分型(mutilocus sequence typing,MLST)及共线性分析菌株间的同源性。结果显示单核细胞增生李斯特菌LMXJ15菌株基因组总长度为3017732 bp,平均GC含量为37.81%,预测到3154个编码基因,编码基因总长度为2734315 bp;包含6个rRNA操纵子和57个tRNA。编码基因通过CRT预测,发现一个CRISPR序列;通过GO数据库的对比分析,得到三类功能方面的2241个基因。预测到可能的毒力基因88个。MLST分析显示LMXJ15菌株为ST8型(sequence type,ST),属于CC8(clonal complex,CC)复合克隆系;进化分析显示其与意大利分离株IZSAM_Lm_15_17439_A144、瑞士分离株LmN1546和一株从熏鲑鱼分离菌株R479a在同一个进化分支上,具有相同的ST型和血清型(1/2a),并通过比较基因组分析显示4株LM的基因组之间的共线性较好。该研究初步分析了LMXJ15菌株基因组特征,毒力基因携带情况,为新疆地区单核细胞增生李斯特菌毒力和进化关系研究提供基础数据。

关键词：单核细胞增生李斯特菌全基因组多位点序列分型

艰难梭菌的感染特征及其危险因素:基于中南地区某市住院腹泻患者的标本

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南方医科大学学报 2024年第5期44卷 998-1003页

作者：周勇吴媛曾汇文陈翠梅谢群贺莉萍湘南学院公共卫生学院湖南郴州423000 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的调查并分析中南地区某市住院腹泻患者艰难梭菌感染情况及相关危险因素。方法收集2020年10~12月湘南学院附属医院、附属第一医院和附属第三医院的住院腹泻患者粪便标本共306例,厌氧培养法分离艰难梭菌菌株,采用实时荧光定量PCR检测A... 详细信息

目的调查并分析中南地区某市住院腹泻患者艰难梭菌感染情况及相关危险因素。方法收集2020年10~12月湘南学院附属医院、附属第一医院和附属第三医院的住院腹泻患者粪便标本共306例,厌氧培养法分离艰难梭菌菌株,采用实时荧光定量PCR检测A、B毒素基因tcdA、tcdB及二元毒素基因cdtA、cdtB;16S rDNA确定无杂菌携带的艰难梭菌菌株,进行多位点序列分型(MLST);使用Etest条进行耐药性检测;以是否感染艰难梭菌为分组依据,比较分析住院腹泻患者艰难梭菌感染的危险因素。结果住院腹泻患者产毒艰难梭菌感染率为8.17%(25/306),毒素基因均为tcdA+tcdB+,未检出二元毒素;分离出无杂菌携带艰难梭菌7株,5种ST型,分别为ST543株,ST129、ST98、ST53和ST631各1株,均位于clade1群;所有菌株对甲硝唑和万古霉素敏感。半年内住院史(OR=3.675,95%CI:1.405~9.612)、PPI用药史(OR=7.107,95%CI:2.575~19.613)、近1个月抗生素使用≥1周(OR=7.306,95%CI:2.274~23.472)、非甾体类抗炎药用药史(OR=4.754,95%CI:1.504~15.031)、患胃肠疾病(OR=5.050,95%CI:1.826~13.968)是腹泻患者艰难梭菌感染的危险因素。结论目前该市住院腹泻患者艰难梭菌感染率水平不高,感染毒素类型为A+B+,基因型以clade1群和ST54型为主,对甲硝唑和万古霉素敏感。建议临床重视对有艰难梭菌感染危险因素暴露史的患者加强预防,减少艰难梭菌院内感染。

关键词：艰难梭菌毒素基因多位点序列分型耐药性危险因素

2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊致泻性大肠埃希菌的耐药情况及分子分型

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中华预防医学杂志 2023年第8期57卷 1199-1205页

作者：施怡茹郁晞胡屹马树文卢晓芸龚羲徐秋芳上海市青浦区疾病预防控制中心微生物检验科上海201700 复旦大学公共卫生学院上海200032 上海市青浦区疾病预防控制中心上海201700

目的分析2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊病例中5种致泻性大肠埃希菌(DEC)分离株的耐药情况和多位点序列分型。方法于2015年1月至2019年12月,采集上海市复旦大学附属中山医院青浦分院腹泻门诊病例的肛拭子样本,将经分离培养鉴定为DEC... 详细信息

目的分析2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊病例中5种致泻性大肠埃希菌(DEC)分离株的耐药情况和多位点序列分型。方法于2015年1月至2019年12月,采集上海市复旦大学附属中山医院青浦分院腹泻门诊病例的肛拭子样本,将经分离培养鉴定为DEC的菌株以微量肉汤稀释法测定菌株的最小抑菌浓度。根据药敏试验结果,选取对第三代头孢菌素类或碳青霉烯类等抗生素耐药,或产超广谱β-内酰胺酶的菌株进行全基因组测序。基于测序获得的MLST分型,通过BioNumerics 7.6软件构建最小生成树,分析当地优势菌群。结果从4494份肛拭样本中共分离出513株DEC,检出率为11.42%;完成其中500株对4类9种抗生素的抗生素药物敏感性试验,分别为330株产毒性大肠埃希菌(ETEC)、72株黏附性大肠埃希菌(EAEC)、95株致病性大肠埃希菌(EPEC)、1株出血性大肠埃希菌(EHEC)和2株侵袭性大肠埃希菌(EIEC)。2015—2019年不同年份间对头孢噻肟-克拉维酸的耐药检出率差异有统计学意义(P分型DEC对萘啶酸的耐药检出率差异有统计学意义(P分型,优势基因型为ST-1491(29.6%,21/71)和ST-10 Complex(23.9%,17/71)。其中,ST-1491全部产ESBLs,均为bla_(CTX-M)耐药基因突变株,ST-10 Complex优势基因型为ST-218(35.3%,6/17)。8株EAEC、14株EPEC和49株ETEC分别被归类为7个、14个和18个ST分型。结论上海市青浦区腹泻门诊病例的DEC对重点药物的耐药情况较严重;EAEC和EPEC的ST分型呈高度多样性,当地优势ST型与国内东南地区的常见基因型基本一致。

关键词：埃希氏菌属腹泻产超广谱β-内酰胺酶多位点序列分型优势菌群

2014—2021年山东省某医院血流感染铜绿假单胞菌的耐药及分子流行病学特征

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中华预防医学杂志 2023年第10期57卷 1558-1564页

作者：王嘉正董秀涛张晓宁邓飘程芳马万山山东第一医科大学第一附属医院(山东省千佛山医院)检验医学科山东省医药卫生临床检验诊断学重点实验室济南250014

目的探讨引起血流感染铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,P.aeruginosa)的耐药性、毒力基因携带情况以及多位点序列分型(MLST)的型别。方法回顾性收集2014年11月至2021年12月山东第一医科大学第一附属医院引起血流感染的铜绿假单胞... 详细信息

目的探讨引起血流感染铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,P.aeruginosa)的耐药性、毒力基因携带情况以及多位点序列分型(MLST)的型别。方法回顾性收集2014年11月至2021年12月山东第一医科大学第一附属医院引起血流感染的铜绿假单胞菌94株。使用基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱仪对铜绿假单胞菌进行菌种鉴定,使用Vitek 2 Compact 全自动细菌药敏分析系统对铜绿假单胞菌进行抗菌药物敏感性实验。应用聚合酶链式反应(PCR)方法对18种常见毒力基因的携带情况进行检测。应用MLST对分离菌株进行分型。采用卡方检验对碳青霉烯类抗生素耐药的铜绿假单胞菌(carbapenem resistantpseudomonas aeruginosa,CRPA)和碳青霉烯类抗生素敏感的铜绿假单胞菌(carbapenem susceptiblepseudomonas aeruginosa,CSPA)菌株的耐药及毒力基因的携带情况进行比较。结果在94株铜绿假单胞菌中,有19株(20.2%)为多重耐药(MDR)菌株,其中有17株为碳青霉烯类抗菌药物耐药株,2株为碳青霉烯类抗菌药物敏感株。所有菌株均包含10种以上的毒力基因,除exoU基因外,其余基因的检出率均在83%以上。本研究共发现66个ST型,包括59个已知ST型和7个新ST型。其中ST244(11株,11.7%)和ST270(7株,7.4%)为优势型别,两种型别的菌株具有相同的毒力基因分布,但对碳青霉烯类抗菌药物的耐药率有所差异,其中ST244型别的菌株中有54.5%(6株)的为CRPA,但7株ST270型别的菌株则均为CSPA。结论引起血流感染铜绿假单胞菌的耐药性处于较低水平,但存在一定数量的碳青霉烯类抗菌药物耐药菌株和多重耐药菌株。这些菌株具有较高毒力基因携带率和分子多态性特征,在临床上应予以关注。

关键词：铜绿假单胞菌耐药性毒力基因多位点序列分型