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基因表达系列分析及其在寄生虫学研究中的应用

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2007年第6期25卷 504-509页

作者：李巧丽张志明乔中东上海交通大学生命科学技术学院上海200240

基因表达系列分析(serialanalysisofgeneexpression,SAGE)是一种高通量、快速定量分析真核细胞基因表达信息的技术。它通过抽取距离每个mRNA中3′端polyA尾最近的一个锚定酶识别位点下游的10～14bp片段作为其代表性标签,连成长串,克隆... 详细信息

基因表达系列分析(serialanalysisofgeneexpression,SAGE)是一种高通量、快速定量分析真核细胞基因表达信息的技术。它通过抽取距离每个mRNA中3′端polyA尾最近的一个锚定酶识别位点下游的10～14bp片段作为其代表性标签,连成长串,克隆到载体中,进行高效测序,统计出研究对象中的mRNA的种类和丰度。SAGE技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因并得到这些基因表达丰度的数量信息,还可比较不同组织、不同时空条件下基因表达的差异。本文将综述基因表达系列分析技术的原理、特点、方法、进展及其在寄生虫学研究中的应用。

关键词：基因表达系列分析 mRNA表达谱寄生虫学

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基因表达系列分析技术的新进展

生物工程学报 2001年第6期17卷 613-616页

作者：李靖陈宇光孔祥银上海大学生命科学学院上海200436 中国科学院上海生物工程中心上海200233

作为新近建立的研究基因表达的有效工具 ,基因表达系列分析 (SAGE)技术能同时对大量的转录物进行定性和定量分析。它不仅可以显示低丰度的转录物 ,提供基因组表达的完整信息 ,而且可以通过不同状态下基因表达图谱的比较 ,深入了解基因... 详细信息

作为新近建立的研究基因表达的有效工具 ,基因表达系列分析 (SAGE)技术能同时对大量的转录物进行定性和定量分析。它不仅可以显示低丰度的转录物 ,提供基因组表达的完整信息 ,而且可以通过不同状态下基因表达图谱的比较 ,深入了解基因表达的时空性和有序性 ,从而寻找和发现新基因。本文介绍了SAGE的工作原理和方法 ,并着重对其最新的应用与研究进展进行了综述。

关键词：基因表达基因表达系列分析 SAGE 原理应用

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基因表达系列分析及其应用前景

免疫学杂志 2003年第4期19卷 315-321页

作者：邓永键郝飞第三军医大学西南医院皮肤科，重庆400038

基因表达系列分析 (Serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术 ,它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。近年来此技术广泛应用于获得表达基因谱的研究 ,并且可以发现新基因信息 ,... 详细信息

基因表达系列分析 (Serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术 ,它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。近年来此技术广泛应用于获得表达基因谱的研究 ,并且可以发现新基因信息 ,还可发现基因的靶向定位以及对其它基因的影响 ,明确表达基因的功能。本文就SAGE的原理、实验方案。

关键词：基因表达系列分析转录组学基因表达谱原理实验方案

基因表达系列分析(SAGE)及其在生命科学中的应用

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中国兽医学报 2008年第1期28卷 106-110页

作者：包文斌陈国宏束婧婷吴圣龙扬州大学动物科技学院

随着基因组计划研究的不断深入,人们迎来了以转录组学(transcriptomics)和蛋白质组学(proteomics)为核心内容的后基因组(功能基因组)学时代,寻找差异表达基因,揭示基因组在时、空上的表达及调控模式,成为近年来生命科学研究的重要组成部... 详细信息

随着基因组计划研究的不断深入,人们迎来了以转录组学(transcriptomics)和蛋白质组学(proteomics)为核心内容的后基因组(功能基因组)学时代,寻找差异表达基因,揭示基因组在时、空上的表达及调控模式,成为近年来生命科学研究的重要组成部分,差异表达基因不仅表现为表达基因的种类改变,还表现为基因表达量的改变.为了全面评价基因表达的总体状况,亟需建立一套全新的方法系统.随着SAGE技术的建立,不仅能快速全面地分析在特定组织和细胞表达的基因并得到这些基因表达丰度的数量信息,而且还可以比较不同时、空条件下基因表达的差异,具有假阳性率低、可重复性强、实验周期相对较短、大量数据可用于多重比较等诸多优点,目前成为基因表达定量和定性研究的一种有效工具.……

关键词：基因表达系列分析差异表达应用

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基因表达系列分析在肿瘤研究中的应用

重庆大学学报（自然科学版） 2005年第2期28卷 128-131,145页

作者：向燕王远亮唐丽灵鲜成玉王蓉张兵兵重庆大学生物工程学院生物力学和组织工程教育部重点实验室重庆400030

基因表达系列分析(serialanalysisofgeneexpression, SAGE)是一种快速分析基因表达信息的技术。它不但能快速、详细地分析成千上万个基因,还能发现新基因,因此是基因表达定性和定量研究的一种新的有效手段。近年来此技术广泛应用于肿瘤... 详细信息

基因表达系列分析(serialanalysisofgeneexpression, SAGE)是一种快速分析基因表达信息的技术。它不但能快速、详细地分析成千上万个基因,还能发现新基因,因此是基因表达定性和定量研究的一种新的有效手段。近年来此技术广泛应用于肿瘤的研究,了解肿瘤发病机制,识别诊断和治疗肿瘤的新基因。可以预测SAGE在肿瘤研究和诊断过程中的应用将会对肿瘤的认识和治疗产生深远的影响。

关键词：基因表达系列分析基因表达谱肿瘤

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基因表达系列分析技术研究进展

动物医学进展 2009年第4期30卷 69-72页

作者：王大力黄大鹏黑龙江八一农垦大学动物科技学院黑龙江大庆163319

基因表达系列分析技术是一种以测序为基础,采用数字化分析手段,在转录物水平上研究细胞或组织基因表达模式的有效工具。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因,获得这些基因表达丰度的数量信息,还可比较不同组织、不同时空... 详细信息

基因表达系列分析技术是一种以测序为基础,采用数字化分析手段,在转录物水平上研究细胞或组织基因表达模式的有效工具。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因,获得这些基因表达丰度的数量信息,还可比较不同组织、不同时空条件下基因表达的差异,具有高通量、高效性的特点,并能发现新基因。论文就基因表达系列分析技术的原理、特点及其改进进行综述。

关键词：基因表达系列分析原理特点

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基因表达系列分析的研究进展及应用

高技术通讯 2003年第5期13卷 100-104页

作者：黎双飞朱作言中国科学院水生生物研究所淡水生态和生物技术国家重点实验室武汉430072

简要概括了SAGE的基本原理和实验程序,侧重对该技术的程序修改和完善以及该方法最近在筛选候选新基因方面的应用进行综述报道。

关键词：基因表达系列分析 SAGE 基本原理实验程序标签库基因测序技术

基因表达系列分析对丹皮酚胂化合物作用的人肝癌细胞HepG2基因表达的初步研究

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基因表达系列分析对丹皮酚胂化合物作用的人肝癌细胞HepG2基因表...

作者：向燕重庆大学

学位级别：硕士

肝癌是我国常见的恶性肿瘤之一,是我国位居第二的癌症“杀手”,但现在还缺乏治疗肝癌的有效药物,研究筛选抗肝癌的药物是我国面临的重要抗癌任务。在分子肿瘤学取得迅速进展的今天,抗癌药物的筛选将由针对疾病的筛选转向针对机制的筛选... 详细信息

肝癌是我国常见的恶性肿瘤之一,是我国位居第二的癌症“杀手”,但现在还缺乏治疗肝癌的有效药物,研究筛选抗肝癌的药物是我国面临的重要抗癌任务。在分子肿瘤学取得迅速进展的今天,抗癌药物的筛选将由针对疾病的筛选转向针对机制的筛选,其关键是寻找可供治疗干预的特殊分子靶点,也就是找到正常细胞与癌细胞之间的生化与分子差异。因此,如果对肿瘤发生和发展的分子机制进行深入研究,试图找到一种全面分析评价抗肿瘤药物对肿瘤作用机制的方法,将为抗肿瘤药物的筛选提供一个新的策略。本文利用LongSAGE技术,定性和定量研究丹皮酚胂化物2-甲氧基-4-羟基-5-乙酰基偶氮苯-4-胂酸(R)对人肝癌细胞HepG2基因表达差异的影响,寻找其作用的分子靶点,探讨丹皮酚胂化物抗肝癌作用的分子机制。以丹皮酚胂化物R作用的人肝癌HepG2细胞作为研究对象,提取总RNA,用生物素的磁珠逆转录合成双链的cDNA,用锚定酶Nla Ⅲ酶切cDNA,将酶切的cDNA片段分成两份,分别与连接子A、B连接。用标签酶Mme Ⅰ酶切连接子和cDNA结合的序列,释放出带有连接子的标签,使用T4 DNA连接酶连接带有连接子A、B的标签,形成130bp的双标签,并进行大规模PCR扩增。锚定酶Nla Ⅲ切除连接子A、B,得到34bp双标签,再把双标签连接成串联体,最后将串联体克隆转化测序。用SAGE2000软件对序列进行分析,获得丹皮酚胂化物作用人HepG2细胞的LongSAGE标签库。将构建好的LongSAGE标签库与SAGEmap中人的肝癌组织的SAGE标签库进行比对,从而了解R作用后人肝癌细胞基因表达差异的情况。从构建好的LongSAGE标签库中挑选克隆45个,进行测序,测序一共得到标签675个,特异性标签为401个,其中单一匹配标签263个,占66%,多重匹配标签57个,占14%,新标签81个,占20%。在构建好的LongSAGE标签库与人的肝癌的SAGE标签库之间,基因表达存在明显差异,主要差异表达的基因有PAFAH2、MCM3、CTPS、GFM2、HSP70、TMSB4X、TXNRD1、CYP3A4、MAP2K2、SET、CASP8、OXCT1等。结果表明,R通过下调了PAFAH2、MCM3、CTPS、GFM2、HSP70的表达,上调了TMSB4X、TXNRD1、CYP3A4、MAP2K2、SET、CASP8、OXCT1的表达而发挥着抗肝癌的作用。 SAGE方法能较完整地、定量地获得基因表达信息,识别丹皮酚胂化物抗肝癌作用的分子靶点,有助于阐明丹皮酚胂化物作用的分子机制,进一步表明丹皮酚胂化物有可能成为一种新的抗肿瘤药物。

关键词：基因表达系列分析丹皮酚肿化物细胞凋亡 LongSAGE 标签

结肠癌实质细胞长标签基因表达系列分析文库的建立及应用

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肿瘤 2010年第6期30卷 505-509页

作者：樊军卫唐华美严东旺王兆文王晓亮彭志海上海交通大学附属第一人民医院普外科上海200080 上海交通大学附属第一人民医院病理科上海200080

目的:应用长标签基因表达系列分析(long serialan alysis of gene expression,LongSAGE)技术定量分析结肠癌实质细胞转录组,并筛选肿瘤相关基因。方法:应用激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)、RNA提取和线性扩增方... 详细信息

目的:应用长标签基因表达系列分析(long serialan alysis of gene expression,LongSAGE)技术定量分析结肠癌实质细胞转录组,并筛选肿瘤相关基因。方法:应用激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)、RNA提取和线性扩增方法得到结肠癌实质细胞及其相应正常结肠上皮细胞的反义RNA(antisense RNA,aRNA)样品,构建LongSAGE文库;然后应用SAGE2000软件对所得序列文本进行分析,筛选肿瘤相关基因;最后采用RT-PCR方法验证该差异表达基因。结果:结肠癌细胞LongSAGE文库标签体总数为50542个,识别出基因总数为16497个。正常结肠细胞LongSAGE文库标签体总数为50124个,识别出基因总数为16417个。LongSAGE文库筛选出结肠癌差异表达基因705个(P基因(transforming growth factor β-induced gene,TGFBI)为LongSAGE文库筛选出的结肠癌相关基因,RT-PCR检测验证了其在结肠癌组织标本中表达上调。结论:LCM-LongSAGE是对结肠癌实质细胞进行定量转录组研究的可行流程。

关键词：结肠肿瘤基因表达谱序列分析,RNA 显微切割基因表达系列分析基因,TGFBI