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十载古基因组研究初步揭示人类演化史

中国科学：地球科学 2022年第5期52卷 970-974页

作者：刘逸宸付巧妹中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室中国科学院古脊椎动物与古人类研究所北京100044 中国科学院大学北京100049

1引言Liu等(2021)在Science发表论文“Insights into human history from the first decade of ancient human genomics”.该论文系统梳理了近十余年来古基因组学的研究进展,以及主要根据古DNA数据复原的人类遗传历史.2001年发布的人类... 详细信息

1引言Liu等(2021)在Science发表论文“Insights into human history from the first decade of ancient human genomics”.该论文系统梳理了近十余年来古基因组学的研究进展,以及主要根据古DNA数据复原的人类遗传历史.2001年发布的人类全基因组草图和随后迅速发展的高通量测序技术为古人类基因组的研究奠定了坚实的基础.2010年,三个古人类的基因组草图发表.

关键词：人类遗传高通量测序技术基因组研究基因组学古DNA 数据复原系统梳理

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泛三维基因组研究推动大豆遗传改良

中国科学：生命科学 2023年第4期53卷 551-552页

作者：黄鲜晖龙跃轩王茂军华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室武汉430070

大豆是世界上最重要的粮食、油料作物之一.中国是大豆的起源中心,同时也是世界上最大的大豆进口国和消费国,急需培育高产、优质且安全的大豆品种[1].常规育种周期长且效率低,不能充分满足人民对大豆日益增长的需求.因此,利用遗传学、分... 详细信息

大豆是世界上最重要的粮食、油料作物之一.中国是大豆的起源中心,同时也是世界上最大的大豆进口国和消费国,急需培育高产、优质且安全的大豆品种[1].常规育种周期长且效率低,不能充分满足人民对大豆日益增长的需求.因此,利用遗传学、分子生物学、生物信息学等多学科技术开展大豆功能基因组研究有助于加快大豆种质资源创新,助力新品种培育.中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜研究员长期从事大豆功能基因组研究,针对影响大豆产量、品质等重要农艺性状的调控网络进行系统解析,开发大豆分子设计育种技术体系.

关键词：新品种培育中国科学院大豆进口起源中心功能基因组生物学研究所多学科技术基因组研究

如何解析灭绝古生物与现生亲缘物种的功能基因组差异?

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地球科学 2022年第10期47卷 3821-3822页

作者：赖旭龙盛桂莲袁俊霞中国地质大学生物地质与环境地质国家重点实验室湖北武汉430078

1背景2022年10月3日,瑞典进化遗传学家斯万特·帕博(Svante Pääbo)荣获本年度诺贝尔生理学与医学奖,使得地质学和生物学交叉而成的古基因组研究成为众人瞩目的焦点.帕博教授通过对已灭绝的尼安德特人及丹尼索瓦人的基因组测序,发现这些... 详细信息

1背景2022年10月3日,瑞典进化遗传学家斯万特·帕博(Svante Pääbo)荣获本年度诺贝尔生理学与医学奖,使得地质学和生物学交叉而成的古基因组研究成为众人瞩目的焦点.帕博教授通过对已灭绝的尼安德特人及丹尼索瓦人的基因组测序,发现这些已灭绝古人类与智人祖先之间存在古老的基因流动(Fu et al.,2016;Prüfer et al.,2017),使学界对人类的演化历史有了全新的理解.与灭绝古人类对解剖学上的现代人有遗传贡献类似,已研究的多个灭绝动物物种或种群也有部分基因至今仍存在于现生生物的基因组中(Barlow et al.,2018;Sheng et al.,2019).现已灭绝的古菱齿象基因组,甚至包含非洲象祖先、猛犸象及非洲森林象三个物种的血统,是不同物种多次杂交的产物(Palkopoulou et al.,2018).

关键词：尼安德特人动物物种遗传学家非洲象众人瞩目基因组研究基因流动古菱齿象

全基因组SNP分型技术在畜禽遗传育种研究中的应用

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畜牧兽医学报 2022年第12期53卷 4123-4137页

作者：刘继强郝晓东武丽娜廖诗莹冯羿方弥世荣刘燊刘建张龙超北京康普森农业科技有限公司北京102200 江西正邦养殖有限公司南昌330096 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100193

随着畜禽资源分子鉴定、物种进化、全基因组育种等热点领域的逐渐兴起,准确的全基因组SNP分型成为了畜禽基因组研究的关键。基因芯片、重测序、简化基因组测序及靶向捕获测序等全基因组SNP分型技术已广泛应用于畜禽基因组研究中。本文... 详细信息

随着畜禽资源分子鉴定、物种进化、全基因组育种等热点领域的逐渐兴起,准确的全基因组SNP分型成为了畜禽基因组研究的关键。基因芯片、重测序、简化基因组测序及靶向捕获测序等全基因组SNP分型技术已广泛应用于畜禽基因组研究中。本文概述了全基因组SNP分型技术的原理及其在全基因组关联分析、选择信号分析和畜禽遗传资源背景分析等方面的应用,以期为畜禽基因组研究和育种应用提供借鉴和参考。

关键词：基因分型基因组研究基因芯片二代测序

基于流式细胞术和高通量测序分析虉草的基因组

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分子植物育种 2022年

作者：李学政毛德才鄢家俊陈仕勇陈莉敏张玉常丹游明鸿李达旭白史且西南民族大学青藏高原研究院四川省草原科学研究院草类植物研究所

为探讨虉草基因组基本信息，本研究采用流式细胞仪结合Illumina测序平台高通量测序技术，对虉草的基因组大小进行测定，并采用K-mer分析法来估计虉草基因组杂合率、重复序列和GC含量等信息。本研究共获得398.26 Gb虉草基因组DNA高通量... 详细信息

为探讨虉草基因组基本信息，本研究采用流式细胞仪结合Illumina测序平台高通量测序技术，对虉草的基因组大小进行测定，并采用K-mer分析法来估计虉草基因组杂合率、重复序列和GC含量等信息。本研究共获得398.26 Gb虉草基因组DNA高通量测序数据，测序深度为98.37×。流式细胞术显示虉草基因组大小为(4.06±0.08) Gb。K-mer分析发现虉草基因组大小为4.05 Gb，重复序列含量约65.15%，杂合率约0.79%，GC含量约45.94%。结果表明，虉草基因组属于微杂合、高重复、大基因组的复杂基因组，该结果为虉草基因组学研究提供了重要的参考依据。

关键词：虉草(Phalaris arundinacea L.) 基因组研究流式细胞术高通量测序

植物基因组研究与利用的新型工具——异源单体附加系

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遗传 2008年第1期30卷 35-45页

作者：谭光轩河南省周口师范学院生命科学系周口466001

在高等植物中,以种间杂交和回交把有益基因从一个物种转移到另一个物种为目的育种项目中,单个外源染色体常常被附加到含有受体细胞完整一套染色体中,形成异源单体附加系。这种异源单体附加系是阐明基因组结构和转移基因的有效工具。它... 详细信息

在高等植物中,以种间杂交和回交把有益基因从一个物种转移到另一个物种为目的育种项目中,单个外源染色体常常被附加到含有受体细胞完整一套染色体中,形成异源单体附加系。这种异源单体附加系是阐明基因组结构和转移基因的有效工具。它可以通过回交形成覆盖整个基因组的渗入系重叠群,用于建立以受体物种基因组为载体的外源物种基因组文库。另外,一套完整的异源单体附加系也可看作是一个拥有分散供体基因组成为单个染色体单位的文库,便于精确高通量地将标记分配到单个供体染色体上,从而可以比较供体染色体和各自的直向同源受体染色体之间的标记位置和同线性关系。同时,也便于研究同源染色体的渗入机制和配对状态。文中介绍了异源单体附加系的培育和特性,并着重阐明了它在遗传育种和基础研究中的应用。

关键词：植物杂交异源单体附加系基因组研究有益基因渗入

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测序技术的发展对瘤胃元基因组研究的影响

黑龙江畜牧兽医 2015年第11期 75-77页

作者：郑秋燕李清毛华明冷静云南省动物营养与饲料重点实验室昆明650201

2005年,454 Life Sciences公司首次开发了第二代测序技术——高通量测序技术,又称“下一代”测序技术,以一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志,同时还可对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌分析,... 详细信息

2005年,454 Life Sciences公司首次开发了第二代测序技术——高通量测序技术,又称“下一代”测序技术,以一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志,同时还可对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌分析,又被称为深度测序[1]。

关键词：测序技术基因组研究基因组文库测序仪基因文库高通量基因序列测定毛细管电泳基因沉默 Sanger

长穗偃麦草抗叶锈基因Lr19的图位克隆和基因组研究

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长穗偃麦草抗叶锈基因Lr19的图位克隆和基因组研究

第八届全国小麦基因组学及分子育种大会

作者：吕忠璠徐寿珅赵兰飞葛文扬马信李安飞王宏伟孔令让山东农业大学作物生物学国家重点实验室

小麦叶锈病是由小麦叶锈菌(Pucciniarecondita f.***.tritici)引起的重大真菌病害,是禾谷类锈病中分布最广、发生最普遍的一种小麦病害,严重时可造成减产25-30%。Lr19是来自于长穗偃麦草的一个有效的抗叶锈性基因,多年来一直保持其抗性,... 详细信息

小麦叶锈病是由小麦叶锈菌(Pucciniarecondita f.***.tritici)引起的重大真菌病害,是禾谷类锈病中分布最广、发生最普遍的一种小麦病害,严重时可造成减产25-30%。Lr19是来自于长穗偃麦草的一个有效的抗叶锈性基因,多年来一直保持其抗性,有较高的育种利用价值,但由于其难以与小麦基因组交换,长久以来无法直接定位。课题组前期通过分子遗传学、细胞遗传学和比较基因组学等方法,证明了7ell染色体与7e12以及7Ei之间存在广泛的可交换性,并利用其对应的小麦-长穗偃麦草异代换系创建作图群体,将Lr19和Fhb7同时定位在7E末端一个连锁区间内。为进一步加密遗传图谱并对Lr19进行图位克隆,将扩大作图群体,并对E染色体基组进行测序。通过共线性比对、基因组信息分析及序列分析开发了一系列SSR标记和SNP标记(Caps标记和KASP标记),将长穗偃麦草抗叶锈病基因Lr19定位在标记Xwmc273和XBE404744之间(约3 Mb)。同时,为转移利用这一高效抗病基因,创制了小麦-长穗偃麦草短片段易位系,为Lr19进行单基因利用以及与Fhb7的聚合利用奠定了基础。

关键词：小麦叶锈病 Lr19 精细定位基因组研究图位克隆

来源： cnki会议评论

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基因组研究揭示人类大迁移之谜

生物学教学 2017年第2期42卷 75-75页

据科学网2016年9月23日报道,英国《自然》杂志报告了来自全球逾280个不同群体的个体高质量基因组。三项研究描述了通常研究覆盖不足的区域的基因多样性,共同为现代人类走出非洲的大迁移提供了新的认知。美国波士顿哈佛医学院的David Re... 详细信息

据科学网2016年9月23日报道,英国《自然》杂志报告了来自全球逾280个不同群体的个体高质量基因组。三项研究描述了通常研究覆盖不足的区域的基因多样性,共同为现代人类走出非洲的大迁移提供了新的认知。美国波士顿哈佛医学院的David Reich等报告了来自142个不同种群的300人的基因组序列,揭示了一系列人类遗传多样性,发现所有现今人类的种群至少在20万年前就开始从非洲分离，自那之后，基因突变累积速度在非洲人以外中提高了约5％。

关键词：哈佛医学院基因组研究基因多样性走出非洲 Reich 美国波士顿基因突变巴布亚人代际哥本哈根大学