检索结果-南通市图书馆

1株多重耐药大肠杆菌噬菌体的分离、鉴定、生物学特性及全基因组分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

吉林农业大学学报 2023年第1期45卷 101-115页

作者：魏炳栋丛聪于维徐永平李纪彬李淑英吉林省农业科学院畜牧分院公主岭136100 大连赛姆生物工程技术有限公司大连116620 吉林省吉嘉饲料添加剂有限公司公主岭136100 大连理工大学生物工程学院大连116024

以多重耐药大肠杆菌F2为宿主菌,从养殖场污水中分离出1株肌尾裂解性噬菌体vB_EcoM_F2。该噬菌体可侵染多株大肠杆菌,一般生物学特性分析表明最佳感染复数为1,潜伏期30 min,爆发期90 min,爆发量为101 PFU/cell;对氯仿不敏感,可在40~50℃... 详细信息

以多重耐药大肠杆菌F2为宿主菌,从养殖场污水中分离出1株肌尾裂解性噬菌体vB_EcoM_F2。该噬菌体可侵染多株大肠杆菌,一般生物学特性分析表明最佳感染复数为1,潜伏期30 min,爆发期90 min,爆发量为101 PFU/cell;对氯仿不敏感,可在40~50℃、pH 4.0~10.0的条件下保持较高活性;全基因组测序结果表明其基因组长为168241 bp,(G+C)%含量为37.32%,含263个开放阅读框,其中113个为已知功能编码序列,含有2个tRNA;不含溶源基因、毒力因子和抗生素耐药基因;全基因组及终末端酶大亚基系统发育树的同源性分析表明,该大肠杆菌噬菌体vB_EcoM_F2与志贺菌噬菌phi25-307亲缘关系较近,但它不能侵染志贺菌属的标准菌株。目前,国际病毒分类委员会(ICTV)及美国国家生物技术信息中心资源(NCBI)已将其归类于肌尾噬菌体科(Myoviridae),Tevenvirinae亚科,Mosigvirus属,未分类的Mosigvirus物种(unclassified Mosigvirus),这就将为大肠杆菌病的噬菌体应用及防控奠定基础。

关键词：多重耐药大肠杆菌噬菌体分离鉴定基因组分析

一株空肠弯曲菌噬菌体vB_Cj_QDYZ的生物学特性和全基因组分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

食品与发酵工业 2023年第18期49卷 9-16,I0001-I0003页

作者：王越林洪王静雪中国海洋大学食品科学与工程学院山东青岛266000

空肠弯曲菌是一种重要的人畜共患病原菌,能引起人类细菌性腹痛腹泻。随着空肠弯曲菌耐药性日益严重,亟需筛选能高效裂解空肠弯曲菌的噬菌体,为应用噬菌体防治空肠弯曲菌污染提供理论基础。该研究分离一株能高效裂解空肠弯曲菌的噬菌体,... 详细信息

空肠弯曲菌是一种重要的人畜共患病原菌,能引起人类细菌性腹痛腹泻。随着空肠弯曲菌耐药性日益严重,亟需筛选能高效裂解空肠弯曲菌的噬菌体,为应用噬菌体防治空肠弯曲菌污染提供理论基础。该研究分离一株能高效裂解空肠弯曲菌的噬菌体,将其命名为vB_Cj_QDYZ。电镜结果显示该噬菌体有一个正二十面体的头部(直径约100.81 nm)和一条可伸缩的尾部(长度约65.90 nm)。噬菌体vB_Cj_QDYZ的温度耐受范围为30~60℃,在pH值为3~12时效价较稳定。噬菌体的最佳感染复数为0.01,一步生长曲线表明,噬菌体的潜伏期是60 min,裂解期是150 min,爆发量是45 PFU/cell。噬菌体的基因组全长为130627 bp,G+C含量为26%,共有165个开放阅读框,3个tRNA。基因组中不含毒力基因、抗生素耐药基因及过敏原基因。比较基因组学表明噬菌体vB_Cj_QDYZ可能是来自Eucampyvirinae亚科,Fletchervirus属的新成员。噬菌体vB_Cj_QDYZ是一株裂解能力较强、热稳定性和pH稳定性良好的空肠弯曲菌噬菌体,具有开发为新型空肠弯曲菌抗菌剂的潜力。

关键词：空肠弯曲菌噬菌体生物学特性基因组分析抗菌剂

诺卡氏菌烈性噬菌体vB_Ncarnea_KYD1的分离纯化与基因组分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

微生物学通报 2022年第11期49卷 4832-4847页

作者：熊文斌卢晗刘新春中国科学院大学资源与环境学院北京101408

【背景】诺卡氏菌是一种广泛分布的好氧放线菌,可在人体内引起局部或播散性感染,尤其是在免疫功能低下的个体中。诺卡氏菌感染在临床上较难鉴定,而且不断有新型诺卡氏菌种被发现。不同类型、不同地域的诺卡氏菌具有流行差异和抗生素敏... 详细信息

【背景】诺卡氏菌是一种广泛分布的好氧放线菌,可在人体内引起局部或播散性感染,尤其是在免疫功能低下的个体中。诺卡氏菌感染在临床上较难鉴定,而且不断有新型诺卡氏菌种被发现。不同类型、不同地域的诺卡氏菌具有流行差异和抗生素敏感性差异,阻碍了适当治疗方式的选择。利用病灶处的宿主菌分离得到噬菌体来控制诺卡氏菌感染的这种方法在近年来受到了各界的关注。【目的】尝试从环境中分离出能够用于临床治疗的针对诺卡氏菌的烈性噬菌体,并研究其基因组学特征。【方法】利用双层平板法分离得到目标噬菌体,观察其噬菌斑形态,并对噬菌体进行分离纯化,在透射电镜下鉴定其特征。提取噬菌体DNA进行全基因组测序与注释,并与数据库内已知噬菌体基因组进行比较,同时构建系统进化树以进行遗传进化分析。【结果】本文以肉色诺卡氏菌为宿主,从环境样本中分离出一株烈性噬菌体vB_Ncarnea_KYD1,在双层平板上可形成直径基因组分析表明,vB_Ncarnea_KYD1DNA为环状,大小为66621bp,共发现102个蛋白质编码区(codingsequence,CDS)及一个tRNA-Ser编码序列。透射电镜观察与系统进化树综合分析可以确定,vB_Ncarnea_KYD1为长尾噬菌体科的一个新属。其在进化过程中经历了复杂的基因重组过程。暂未发现毒力因子相关基因与抗性基因,具备实用价值。【结论】从环境水体中分离出一株烈性肉色诺卡氏菌噬菌体vB_Ncarnea_KYD1,通过电镜观察与基因组分析可知,此株噬菌体为长尾噬菌体,基因组中暂未发现不利于临床应用的相关基因,是一株相对安全的烈性诺卡氏菌噬菌体。研究结果丰富了国内噬菌体资源库,并为后续诺卡氏菌感染疾病的治疗提供支持。

关键词：肉色诺卡氏菌噬菌体基因组分析

K47型肺炎克雷伯菌噬菌体vB_KpnP_ZK2的生物学特性及基因组分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国兽医学报 2022年第5期42卷 906-912页

作者：赵日虹贺蔚纬姜秋杰王楠孙长江冯新顾敬敏韩文瑜吉林大学动物医学学院吉林长春130062 吉林省动物疫病预防控制中心吉林长春130062 吉林省畜牧兽医科学研究所吉林长春130062

肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)是一种常见的人兽共患病原菌,也是目前耐药问题最严重的革兰阴性菌之一,其中K47型是我国耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant K.pneumoniae,CRKP)最主要的血清型之一。本试验利用K47型C... 详细信息

肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)是一种常见的人兽共患病原菌,也是目前耐药问题最严重的革兰阴性菌之一,其中K47型是我国耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant K.pneumoniae,CRKP)最主要的血清型之一。本试验利用K47型CRKP从污水中分离得到噬菌体vB_KpnP_ZK2(缩写为ZK2),对其生物学特性和基因组信息进行研究。通过电镜观察其形态显示ZK2属于短尾病毒科(Podoviridae),其最佳感染复数为0.00000001;一步生长曲线分析表明,ZK2的潜伏期2 min,裂解周期约50 min,暴发量约为186 PFU/cell,表明ZK2能够高效杀菌。生物信息学分析显示,ZK2基因组全长40946 bp,包含编码48个开放阅读框(ORF),其中,ORF42与NCBI数据库中已被证实为解聚酶的序列高度同源,预测ORF42为噬菌体解聚酶。本研究表明噬菌体ZK2有作为治疗CRKP感染药物的潜力。

关键词：肺炎克雷伯菌噬菌体耐碳青霉烯基因组分析

一株铅黄肠球菌噬菌体的生物学特性和全基因组分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

微生物学报 2022年第10期62卷 4008-4018页

作者：张洁琼沈俊涛莫洛菲马迎飞尤晓颜河南科技大学河南省食品微生物工程技术研究中心河南洛阳471023 中国科学院深圳先进技术研究院深圳合成生物学创新研究院中国科学院定量工程生物学重点实验室广东深圳518055 中国科学院深圳理工大学(筹) 合成生物学院广东深圳518055 中国科学院大学北京100049

【目的】铅黄肠球菌是医源感染的机会致病菌,可引起危及生命的败血症、脑膜炎等,但针对其噬菌体的研究尚属空白。噬菌体作为细菌病毒,具有宿主特异性。本研究首次分离到可培养的铅黄肠球菌烈性噬菌体,对其基因组序列的分析和其他特征研... 详细信息

【目的】铅黄肠球菌是医源感染的机会致病菌,可引起危及生命的败血症、脑膜炎等,但针对其噬菌体的研究尚属空白。噬菌体作为细菌病毒,具有宿主特异性。本研究首次分离到可培养的铅黄肠球菌烈性噬菌体,对其基因组序列的分析和其他特征研究为进一步探讨噬菌体与宿主的作用机制及治疗应用提供参考。【方法】噬菌体Ecf_virus_SZ01以健康人粪便中分离的铅黄肠球菌(DO55)作为宿主菌,分离自深圳市南山区未经处理的生活污水样本,利用透射电镜观察噬菌体形态并对其生物学特征和基因组特点进行研究。【结果】透射电镜显示,噬菌体Ecf_virus_SZ01头部直径约为106 nm,尾部直径约为150 nm,尾长且无伸缩性尾鞘,属长尾噬菌体科;该噬菌体的最佳感染复数为0.01;一步生长曲线显示,潜伏期约为30 min,每个受感染细胞产生子代的平均数量为50 PFU/cell;抑菌曲线显示MOI=0.01时对宿主菌具有很好的抑制效果;宿主特异性强,不能实现跨属侵染;测序结果显示其基因组为dsDNA,长度为59409 bp,GC含量为43.2%;该噬菌体共有102个开放阅读框,BLASTn比对显示该噬菌体与NCBI数据库中其他噬菌体相似性极低。【结论】首次分离到宿主为铅黄肠球菌的噬菌体,具有潜伏期短、裂解能力强、宿主专一的特征,基因组与数据库中现有噬菌体相比十分新颖,并对其生物学特性和基因组进行了分析。

关键词：铅黄肠球菌噬菌体生物学特性基因组分析比较基因组学分类学

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

1株9型猪链球菌全基因组分析

中国人兽共患病学报 2022年第8期38卷 707-713页

作者：席小燕李晓琪陈家苑彭凌韶关学院医学院韶关512026 韶关学院英东生物与农业学院韶关512005

目的探索9型猪链球菌基因组功能及遗传关系。方法采用生物信息学方法对1株9型猪链球菌强毒株GD18的全基因组序列进行注释,并与GenBank上的15株猪链球菌进行比较基因组学分析。结果GD18菌株基因组全长2067661 bp,总蛋白1961个,注释到COG... 详细信息

目的探索9型猪链球菌基因组功能及遗传关系。方法采用生物信息学方法对1株9型猪链球菌强毒株GD18的全基因组序列进行注释,并与GenBank上的15株猪链球菌进行比较基因组学分析。结果GD18菌株基因组全长2067661 bp,总蛋白1961个,注释到COG、GO、KEGG、CAZy和PHl-base数据库的基因分别占总蛋白的77.05%、71.29%、43.91%、4.49%和3.37%。毒力因子分析表明猪链球菌毒力因子的复杂以及并非所有的猪链球菌菌株都有一套通用的毒力因子。耐药基因分析表明GD18含多种类的耐药基因,且存在丰富的外排系统。蛋白预测结果显示GD18具有114个信号肽蛋白和30个分泌蛋白。16个菌株基因组比较分析发现共有的核心基因为1244个,非共有基因共1685个,特有基因共1417个。进化分析表明GD18与加拿大分离株89-3576-3亲缘关系最近,且国内菌株基本处在不同分支。结论对1株9型猪链球菌分离株的全基因组、基因功能、进化关系等进行分析,为9型猪链球菌基因组整体水平的研究奠定基础和提供数据支撑。

关键词：猪链球菌 9型基因组分析基因注释

一株利福平高耐受鸭疫里默氏杆菌的分离鉴定及基因组分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国动物传染病学报 2022年第4期30卷 20-30页

作者：刘玲俐赵亚楠靳亚洁祁晶晶田明星王少辉李涛于圣青中国农业科学院上海兽医研究所上海200241

鸭疫里默氏杆菌(RA)为一种可引起鸭、鹅、鸡、火鸡等禽类急性或慢性败血症的革兰氏阴性菌,是鸭场重要病原菌之一。本研究利用鸭疫里默氏杆菌三重PCR鉴定方法,从养殖场病鸭的脏器中分离、鉴定出一株鸭疫里默氏杆菌,将其命名为RAWH9;通过... 详细信息

鸭疫里默氏杆菌(RA)为一种可引起鸭、鹅、鸡、火鸡等禽类急性或慢性败血症的革兰氏阴性菌,是鸭场重要病原菌之一。本研究利用鸭疫里默氏杆菌三重PCR鉴定方法,从养殖场病鸭的脏器中分离、鉴定出一株鸭疫里默氏杆菌,将其命名为RAWH9;通过血清型鉴定实验和Kirby-Bauer药敏实验,确定了其血清型和药敏性;利用细菌基因组三代测序技术和生物信息学平台,我们构建并分析了RA-WH9基因组完成图。结果表明,RA-WH9为1型血清型鸭疫里默氏杆菌,对氨苄西林、多粘菌素B和利福平等抗生素耐药,其对利福平最小抑菌浓度达到50μg/mL。全基因组序列分析表明,RA-WH9染色体总长度为2488018 bp,GC含量34.58%,编码2563个基因,其中包含88个耐药基因,其耐药基因型与耐药表型一致。此外,RA-WH9携带一个全长10736 bp的质粒。本研究丰富了鸭疫里默氏杆菌的基因库,为鸭疫里默氏杆菌病的防控提供了依据。

关键词：鸭疫里默氏杆菌利福平耐药基因组分析

铁氧化菌菌株EEELCW01的基因组分析及砷转化功能

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

湖南农业大学学报（自然科学版） 2023年第4期49卷 428-435页

作者：熊潇然邹奇吴川夏礼兵潘炜松湖南农业大学生物科学技术学院湖南长沙410128 华南师范大学生命科学学院广东广州510006 中南大学冶金与环境学院湖南长沙410083

以从砷污染农田土壤中分离的1株铁氧化细菌EEELCW01为研究对象,对该菌进行全基因组分析,通过GO、KEGG、COG等数据库比对,预测该菌砷相关基因的功能;采用水培试验,验证该菌的砷转化能力。结果表明:菌株EEELCW01基因组大小为4714242 bp,具... 详细信息

以从砷污染农田土壤中分离的1株铁氧化细菌EEELCW01为研究对象,对该菌进行全基因组分析,通过GO、KEGG、COG等数据库比对,预测该菌砷相关基因的功能;采用水培试验,验证该菌的砷转化能力。结果表明:菌株EEELCW01基因组大小为4714242 bp,具有2条大小分别为2065078 bp和2649164 bp的染色体,GC含量为55.99%,染色体上有4588个CDS,包含58个t RNA和12个r RNA;COG数据库注释表明该菌基因功能主要集中在氨基酸转运代谢、无机离子转运代谢等过程,GO数据库注释表明该菌主要包含膜组成部分、氧化还原过程和相关酶活性等功能,KEGG注释显示代谢相关的基因占比最高;菌株EEELCW01基因组中含有多种与砷代谢相关的基因(arsC、ars H、arsB、ars R、acr3、arr A、arxA和arsM);菌株EEELCW01将As(Ⅴ)还原为As(Ⅲ)的能力强,有氧条件下,3 d时还原率达40.1%。可见,可利用该菌株促进砷的生物还原,并联合砷超富集植物进行环境砷污染修复。

关键词：砷铁氧化菌砷转化基因组分析功能注释

肺炎克雷伯菌噬菌体vB_KpnP_643的生物学特性及基因组分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国兽医学报 2024年第2期44卷 298-304页

作者：路艳赵日虹徐莉冀亚路张梅梅顾敬敏韩文瑜吉林大学动物医学学院吉林长春130062 长春市动物疫病预防控制中心吉林长春130062

利用自临床分离的肺炎克雷伯菌从污水中分离得到1株新噬菌体vB_KpnP_643,并对其生物学特性和基因组进行了研究与分析。噬菌体vB_KpnP_643可在涂布有肺炎克雷伯菌平板上呈现出中心透亮且周围有晕环的噬菌斑。电镜观察结果显示,该噬菌体... 详细信息

利用自临床分离的肺炎克雷伯菌从污水中分离得到1株新噬菌体vB_KpnP_643,并对其生物学特性和基因组进行了研究与分析。噬菌体vB_KpnP_643可在涂布有肺炎克雷伯菌平板上呈现出中心透亮且周围有晕环的噬菌斑。电镜观察结果显示,该噬菌体属于短尾病毒科。一步生长曲线表明,噬菌体vB_KpnP_643的潜伏期约3 min,裂解周期约60 min。噬菌体vB_KpnP_643具有较好的热稳定性和酸碱耐受性,可适用于各种环境。此外,基于生物信息学分析,噬菌体vB_KpnP_643基因组全长43331 bp,包含编码64个开放阅读框(ORF),未发现与耐药、毒力及溶原相关的基因,DNA聚合酶的系统发育树分析表明该噬菌体在一个相对独立的分支。本研究结果表明噬菌体vB_KpnP_643有望成为抗击肺炎克雷伯菌感染的一种抗生素替代药物。

关键词：肺炎克雷伯菌噬菌体生物学特性基因组分析