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福建省鼠感染钩端螺旋体调查和分离株基因种的鉴定

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中国人兽共患病学报 2022年第2期38卷 175-181页

作者：徐国英潘敏楠刘维俊林代华韩腾伟周淑姮王加熊刘菁肖方震福建省疾病预防控制中心福建省人兽共患病研究重点实验室福州350012

目的了解福建省鼠感染钩端螺旋体(钩体)现状及分离株基因种的特征,为钩体病防控提供科学依据。方法2015-2019年根据疫情选取14个调查点,采用笼夜法捕鼠并采集心血或肾脏标本进行钩体培养,测定血清抗体;对鼠中分离保存的23株钩体菌株提取... 详细信息

目的了解福建省鼠感染钩端螺旋体(钩体)现状及分离株基因种的特征,为钩体病防控提供科学依据。方法2015-2019年根据疫情选取14个调查点,采用笼夜法捕鼠并采集心血或肾脏标本进行钩体培养,测定血清抗体;对鼠中分离保存的23株钩体菌株提取DNA,PCR扩增16S rRNA基因、PCR产物纯化测序,与GenBank数据库收录的钩体17种基因型进行比对确定基因种,并用Mega 6.0软件构建系统进化树并进行序列分析。结果福建省鼠种以黄毛鼠为主要优势鼠种,占40.87%(499/1221)、其次依次是黄胸鼠19.57%(239/1221)、针毛鼠16.79%(205/1221)和褐家鼠8.85%(108/1221),钩体血清抗体阳性率为29.32%(207/706),以黄毛鼠最高,为42.16%(121/287),不同地区鼠种构成及鼠钩体感染率不同。23株菌株均扩增出16S rRNA基因的目标条带1484 bp,测序及序列分析属于致病性的基因种有13株,其中***(伯氏)占8株,***(问号)占5株,属于非致病的基因种10株。钩体菌株分离自福建省的优势鼠种(黄毛鼠、黄胸鼠、针毛鼠)及不同地区(闽东、闽南、闽西和闽北)。结论福建省鼠类感染钩体普遍,以致病性基因种(***和***)为主,也携带非致病性基因种,需加强钩体病传染源啮齿动物的监测工作。

关键词：钩端螺旋体鼠类感染率基因种

4种中国常见致病性基因种钩端螺旋体标准菌株的建立与评价

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疾病监测 2023年第12期38卷 1478-1483页

作者：邱海燕张翠彩中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的依据《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T 812—2022),建立Leptospira interrogans、***、***和*** 4种中国常见致病性基因种钩端螺旋体标准菌株。方法以56601、56604、56615、566554株致病性代表菌株为研究对象,利... 详细信息

目的依据《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T 812—2022),建立Leptospira interrogans、***、***和*** 4种中国常见致病性基因种钩端螺旋体标准菌株。方法以56601、56604、56615、566554株致病性代表菌株为研究对象,利用暗视野显微镜开展形态学观察。以16S rRNA基因为靶基因进行聚合酶链式反应扩增、测序确定所属基因种。通过多位点序列分型(MLST)方法,对4株代表株进行分子分型分析,确定每株菌株7个位点等位基因号和序列型别(ST)。综合暗视野显微镜形态学观察、16S rRNA基因测序和MLST分型结果系统评价4株代表菌株经不同传代次数后的分子遗传学稳定性。同时通过Illumina NovaSeq测序平台对56604、56615和56655开展全基因组测序分析,了解菌株基因组特征。结果暗视野显微镜下,4株代表菌株均具有典型的钩端螺旋体形态。16S rRNA基因序列分析显示,56601、56604、56615和56655分别隶属于***、***、***和*** 4种不同致病性基因种。MLST分型结果显示4株代表株隶属于4种不同ST型。4株代表株在亲代株及在体外连续传代一定代次后,暗视野显微镜下形态不变,所属基因种和MLST基因型结果一致,证明该4株代表株具有良好的分子遗传学稳定性。基因组测序分析显示,4株代表株基因组大小为3.93~4.69 Mb之间,G+C含量为36.00%~40.87%。结论初步建立并评价了4种中国常见致病性基因种钩端螺旋体标准菌株,为钩端螺旋体病的疾病控制、临床诊断、教学科研、疫苗研发提供菌株资源。

关键词：钩端螺旋体基因种多位点序列分型标准菌株

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2021年贵州省环境致病性钩端螺旋体分离培养及基因种分析

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中国病原生物学杂志 2023年第4期18卷 395-399页

作者：营夏刘英姚光海周敬祝王丹谭勤琴杨幸贵胡勇张翠彩李世军贵州医科大学公共卫生与健康学院环境污染与疾病监控教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州省疾病预防控制中心中国疾病预防控制中心传染病控制所

目的对贵州省2021年钩端螺旋体(钩体)病疫区环境标本进行致病性钩体分离培养,了解其基因种特征,为钩体病防控提供科学依据。方法采集钩体病疫情发生地环境水和土壤样品,采用EMJH培养基进行钩体分离培养。提取疑似钩体生长培养物基因组D... 详细信息

目的对贵州省2021年钩端螺旋体(钩体)病疫区环境标本进行致病性钩体分离培养,了解其基因种特征,为钩体病防控提供科学依据。方法采集钩体病疫情发生地环境水和土壤样品,采用EMJH培养基进行钩体分离培养。提取疑似钩体生长培养物基因组DNA,采用致病性钩体特异性PCR进行检测,同时采用16S rRNA序列分析法对其进行基因种鉴定,并应用MEGA 7.0软件构建系统发育树,分析菌株间进化关系。结果从112份环境样品中分离出50株疑似钩体菌株,致病性钩体特异性PCR检测显示其中3株为致病性钩体,包含环境水样分离出的2株和土壤样品中分离出的1株。16S rRNA序列比对分析显示,经PCR检测为致病性钩体的3株菌株属于钩体致病性基因种,其中2株为Leptospira noguchii基因种,1株为Leptospira borgpetersenii基因种;另外47株菌株中5株菌株属于钩体中间种,42株菌株属于钩体非致病性基因种。系统发育树显示,致病性钩体菌株与其基因种代表性菌株进化关系较近。结论贵州省钩体病疫区环境钩体基因种复杂,同时存在致病性基因种和非致病性基因种,本次检出的2种致病性钩体基因种为贵州省尚未报道的基因种,可为贵州省钩体病疫情防控提供科学依据。

关键词：钩端螺旋体环境 PCR 16S rRNA 基因种

贵州省3株钩端螺旋体分离株PFGE分型与基因种鉴定

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中国人兽共患病学报 2011年第7期27卷 587-591页

作者：李世军张翠彩李秀文唐光鹏田克成刘英蔡星和于春聂一新蒋秀高贵州省疾病预防控制中心传染病防治研究所贵阳550004 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所钩端螺旋体病室北京102206

目的应用脉冲场电泳(PFGE)分型技术和16S rRNA基因测序分析技术分别对贵州省3株动物宿主钩端螺旋体分离菌株进行分子分型和基因种鉴定,了解贵州省钩端螺旋体的分子流行病学特征。方法应用DNA限制性内切酶NotI对钩端螺旋体染色体DNA酶切... 详细信息

目的应用脉冲场电泳(PFGE)分型技术和16S rRNA基因测序分析技术分别对贵州省3株动物宿主钩端螺旋体分离菌株进行分子分型和基因种鉴定,了解贵州省钩端螺旋体的分子流行病学特征。方法应用DNA限制性内切酶NotI对钩端螺旋体染色体DNA酶切后,用PFGE将DNA片段分离,采用BionumericsV4.0将3株钩体菌株PFGE图谱与中国15群15型参考菌株进行聚类分析;同时,应用PCR扩增几乎全长的钩体16S rRNA基因片段,并将扩增产物进行双向序列测定,并与GenBank数据库已注册的核酸序列进行同源性比对、确定基因种、分析亲缘进化关系。结果来自贵州省的3株动物宿主分离钩体菌株PFGE带型命名为LepNot I 002和LepNot I 003,经聚类分析,3株菌株与黄疸出血群黄疸出血型赖株的相似性大于95%。16S rRNA基因测序和分析表明,3株贵州分离钩体菌株之间的同源性为100%,与致病性钩体问号钩端螺旋体种(***)不同血清型参考菌株的同源性达100%。结论 3株贵州动物分离钩体菌株经PFGE分型鉴定与黄疸出血群赖型赖株的相似性大于95%,经16S rRNA基因测序分析鉴定为***种,上述两种方法对贵州省钩体分离菌株的鉴定结果一致,有助于贵州省钩端螺旋体病的主动监测、暴发调查和传染源追踪。

关键词：钩端螺旋体 PFGE 16S rRNA 序列分析同源性基因种

弗劳地枸橼酸盐杆菌基因种与小儿腹泻关系、耐药性的研究

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中国微生态学杂志 2000年第1期12卷 23-26页

作者：张乐海马丽霞傅云霜高华英许国生济南市儿童医院济南250022

从1457例腹泻患儿大便中分离出164株(11.25%)弗劳地枸橼酸盐杆菌复合群的菌株,而对照组中分离率仅4.26%,具统计学差异(P<0.05)。为探讨其致病性,采用不耐热性肠毒素(LT)、耐热性肠毒素(ST)基因探针,菌液直接LT-PCR,家兔肠袢结扎和刚果... 详细信息

从1457例腹泻患儿大便中分离出164株(11.25%)弗劳地枸橼酸盐杆菌复合群的菌株,而对照组中分离率仅4.26%,具统计学差异(P基因探针,菌液直接LT-PCR,家兔肠袢结扎和刚果红结合试验检测细菌的腹泻毒力因子,证实47.1%的菌株产生LT,系腹泻重要毒力因子,不具侵袭性因子。LT阳性菌株见于***,***,***。初步认为弗劳地枸橼酸盐杆菌与小儿腹泻密切相关,耐药性检测表明10%的菌株产生超广谱β-内酰胺酶。

关键词：弗劳地枸橼酸盐杆菌基因种 LT 腹泻

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弗劳地枸椽酸盐杆菌复合群基因种的生化鉴定

中国微生态学杂志 1998年第2期10卷 106-107页

作者：张乐海傅云霜高华英济南市儿童医院

用Ｂｒｅｎｎｅｒ等的方法对从小儿腹泻大便中分离的４０株弗劳地枸椽酸盐杆菌进行基因种的鉴定和分析。７５％的细菌可被准确鉴定，共鉴定出４个基因种。弗劳地枸椽酸盐杆菌（Ｃ．ｆｒｅｕｎｄｉ）居首位（５６．７％），依次为布拉基... 详细信息

用Ｂｒｅｎｎｅｒ等的方法对从小儿腹泻大便中分离的４０株弗劳地枸椽酸盐杆菌进行基因种的鉴定和分析。７５％的细菌可被准确鉴定，共鉴定出４个基因种。弗劳地枸椽酸盐杆菌（Ｃ．ｆｒｅｕｎｄｉ）居首位（５６．７％），依次为布拉基枸椽酸盐杆菌（Ｃ．ｂｒａａｋｉ）（２０．０％），杨格枸椽酸盐杆菌（Ｃ．ｙｏｕｎｇａｅ）（１３．３）和沃克马尼枸椽酸盐杆菌（Ｃ．ｗｅｒｋｍａｎｉ）（１０．０％）

关键词：枸橼酸盐杆菌基因种生化鉴定

中国4株伯氏疏螺旋体5s-23srRNA基因间隔区的克隆、序列分析和外膜蛋白A的克隆及表达

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中国4株伯氏疏螺旋体5s-23srRNA基因间隔区的克隆、序列分析和外...

作者：曾霞广西医科大学

学位级别：硕士

目的：对广西、贵州的4株伯氏疏螺旋体分离株进行基因种鉴定，进而克隆其外膜蛋白A(OSPA)，测序分析其变异情况，体外表达OSPA基因，获取OSPA蛋白，为制备诊断试剂和疫苗研究作基础准备。方法：利用5s-23srRNA(rrf-rrl)基因间隔区引物进... 详细信息

目的：对广西、贵州的4株伯氏疏螺旋体分离株进行基因种鉴定，进而克隆其外膜蛋白A(OSPA)，测序分析其变异情况，体外表达OSPA基因，获取OSPA蛋白，为制备诊断试剂和疫苗研究作基础准备。方法：利用5s-23srRNA(rrf-rrl)基因间隔区引物进行PCR扩增，其产物插入质粒pGEM-T Easy中，构建重组质粒，经测序并与国外分离株进行同源性比较，鉴定4株伯氏疏螺旋体(GXLD-4、9、18和长14)的基因型。应用PCR技术、分子克隆、原核表达等方法从4株伯氏疏螺旋体全细胞DNA组中扩增得到OSPA基因，分别克隆到质粒pGEM-T Easy上，对阳性克隆进行测序和序列分析，与国外分离株进行同源性比较，并用限制性内切酶NdeI和XhoI从重组质粒pGEM-T Easy-OSPA上将OSPA基因切下，分别克隆到表达载体pET3oa中，在大肠杆菌BL1中进行表达。结果：GXLD-4、9、18及长14株(贵州)均可扩增出242bp的5s-23srRNA间隔区基因，同源性达99％以上。与Borrelia valaisiana基因种的同源性均比其他基因种高，核苷酸同源性为97.1～97.9％。4株伯氏疏螺旋体所扩增出的OSPA基因均为774bP，编码258个氨基酸，4株间核苷酸同源性98.7～99.8％，氨基酸同源性98～99％，与国外分离株10MT株、Ya501 株的同源性较好。OSPA基因在大肠杆菌中高效表达，分子量为 3 IKD。结论：4株伯氏疏螺旋体均属于 Borrelia valaisiana基因种，具有相同的 OSPA血清型，与 10MT株和 Ya501株属同一 OSPA血清型，此结果为国内首次报告。重组OSPA在大肠杆菌上的成功表达为制备莱姆病诊断试剂和疫苗研究奠定了基础。

关键词：莱姆病伯氏疏螺旋体 5s-23srRNA(rrf-rrl)基因间隔区外膜蛋白A PCR扩增克隆序列分析基因种基因表达

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物种“内在生物本质主义”:从温和走向激进

世界哲学 2016年第4期 61-71,160页

作者：肖显静中国社会科学院哲学研究所

走向"内在生物本质主义"(INBE)既是可能的,也是必要的。进一步研究表明,温和的INBE者没有看到"基因种概念"的真实性和优越性,主张物种本质的"二元论"或"多元论",是错误的。物种的本质可以而且应该归结为物种成员之共同拥有的内在微观结... 详细信息

走向"内在生物本质主义"(INBE)既是可能的,也是必要的。进一步研究表明,温和的INBE者没有看到"基因种概念"的真实性和优越性,主张物种本质的"二元论"或"多元论",是错误的。物种的本质可以而且应该归结为物种成员之共同拥有的内在微观结构——"DNA序列片段",即未来的、新的、理想的物种"DNA条形码"。它是物种内在本质属性的典型载体,属于"基因种概念",体现了物种的"真实本质",不仅能够解释其他物种概念所能够解释的,而且还能够解释它们所不能解释的,由此可以作为物种唯一的、内在的本质而存在。这是物种本质"一元论",属于激进的INBE。激进的INBE是成立的,因为"DNA条形码"是在物种的形成演变过程中确立的,蕴涵了物种演化、变异的历史性、生态性和关系性,体现了"整体化的‘基因还原论’"以及"历史蕴涵的‘基因决定论’"。

关键词：物种内在生物本质主义 DNA条形码基因种基因还原论基因决定论

福建省北部地区鼠类钩端螺旋体感染状况及分离株分子特征研究

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中国人兽共患病学报 2022年第9期38卷 807-812页

作者：刘维俊王加熊肖方震韩腾伟刘菁曾志伟徐国英福建省疾病预防控制中心福建省人兽共患病研究重点实验室福州350012 福建医科大学公共卫生学院福州350122

目的了解福建省北部地区鼠类钩端螺旋体(钩体)感染状况及分子特征。方法对捕获的鼠类进行信息登记,采集鼠肾进行PCR检测,确定其感染状况。EMJH培养基用于鼠肾标本的钩端螺旋体菌株分离。应用MAT方法对分离株进行血清群鉴定。分别采用16S... 详细信息

目的了解福建省北部地区鼠类钩端螺旋体(钩体)感染状况及分子特征。方法对捕获的鼠类进行信息登记,采集鼠肾进行PCR检测,确定其感染状况。EMJH培养基用于鼠肾标本的钩端螺旋体菌株分离。应用MAT方法对分离株进行血清群鉴定。分别采用16S rRNA、MLST和PFGE的方法对分离株进行分子分型。结果共捕获鼠类227只,检出感染钩端螺旋体的鼠类27只,检出率为11.89%,野栖鼠检出率高于家栖鼠,雄性鼠检出率高于雌性鼠。共分离到4株钩端螺旋体分离株,分离率为1.76%(4/227)。血清学分群显示4株分离株均为黄疸出血群。基因种分型显示4株分离株均为Leptospira interrogans。MLST分型将4株分离株分为2个ST型,PC29、PC30为ST1型,JY19、JY37为ST17型。4株分离株呈现2种PFGE带型,其中,PC29、PC30与黄疸出血群参考株带型一致,JY19、JY37与波摩那群带型具有较高相似度,聚类关系相对较近。结论福建省北部地区的鼠类中存在钩端螺旋体感染。黄疸出血群和Leptospira interrogans分别为福建省北部地区钩端螺旋体的优势血清群和优势基因种,具有不止一种的ST型和PFGE带型,且ST型与PFGE带型呈现地域差异。

关键词：钩端螺旋体鼠类血清群基因种 MLST PFGE