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2021年云南省两地区手足口病病原构成及柯萨奇病毒B2型VP1区基因特征分析

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中国病毒病杂志 2024年第2期14卷 119-123页

作者：寸建萍李楠皮自林周雪花曹亿会姜黎黎周晓芳杨溪伏晓庆田炳均云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所云南昆明650022 云南省曲靖市疾病预防控制中心检验科云南曲靖655000 云南省文山州疾病预防控制中心检验科云南文山663099

目的对2021年云南省曲靖市和文山州两地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原构成及检测到的6株柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CVB2)VP1区基因特征进行分析,为今后手足口病及CVB2感染的防控提供科学依据。方法对2021... 详细信息

目的对2021年云南省曲靖市和文山州两地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原构成及检测到的6株柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CVB2)VP1区基因特征进行分析,为今后手足口病及CVB2感染的防控提供科学依据。方法对2021年1—12月云南省曲靖市和文山州收集到的手足口病病例粪便标本开展肠道病毒实时荧光定量反转录聚合酶链反应(real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR)检测,并对结果为其他肠道病毒(非EV-A71及非CVA16)的标本进行VP1区核酸序列测定。按文献下载CVB2病毒VP1基因代表株参考序列,用Mega 5.2软件进行基因特征分析,用邻位相接法构建系统进化树,所用模式为Kimura二参数置换法(Kimura 2-parameter substitution model)。结果2021年云南省曲靖市和文山州共收集手足口病病例粪便标本1164份,经real-time qRT-PCR检测,检出肠道病毒阳性标本927份,阳性率为79.64%(927/1164),其中EV-A71型109份,占9.36%(109/1164);CV A16型343份,占29.47%(343/1164);其他肠道病毒475份,占51.24%(475/927)。对其他肠道病毒进行基因测序,鉴定出6株CVB2(曲靖市2株、文山州4株),占比为1.26%(6/475),基因特征分析结果表明6株CVB2病毒属于基因型D中的分支2。结论2021年云南省曲靖市和文山州的手足口病病例标本中其他肠道病毒阳性检出率最高,两地区均检出CVB2病毒,且同为D基因型中的分支2,提示在今后手足口病病原监测中应加强对其他肠道病毒的分型分析,以便全面了解手足口病的病原构成,为科学防控提供依据。

关键词：手足口病病原柯萨奇病毒B2型 VP1区基因基因特征分析

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人类埃柯病毒11型的基因特征分析

中华微生物学和免疫学杂志 2011年第12期31卷 1112-1116页

作者：丁峥嵘田炳均罗梅汤晶晶张杰赵智娴云南省疾病预防控制中心昆明650022

目的对来自15个国家和中国2个省不同时间分离的82株人类埃柯病毒11型（ ECHO11）病毒VP1区基因特征进行分析.方法按所查文献下载基因库中不同国家、不同时间发表的82株ECHO11病毒VP1区基因序列,用Mega软件计算不同毒株的核苷酸和氨基... 详细信息

目的对来自15个国家和中国2个省不同时间分离的82株人类埃柯病毒11型（ ECHO11）病毒VP1区基因特征进行分析.方法按所查文献下载基因库中不同国家、不同时间发表的82株ECHO11病毒VP1区基因序列,用Mega软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统发生树.结果 82株病毒可分为4个基因型（基因型A～D）,A和D基因型又各可分为7个亚型,B基因型单独由ECHO11病毒原型株Gregory组成,C基因型可分为3个亚型.不同毒株的核苷酸差异率为7.1% ～26.1%（氨基酸差异率为1.0%～13.0%）,不同基因型之间的核苷酸差异率为21.7% ～24.1%（氨基酸差异率6.0％～12.1%）.结论不同基因型/亚型可以在同一个地区流行很长时间,同一时间内不同的基因型/亚型又可在不同的地区流行,具有明显的时间和地域流行特点.

关键词：埃柯病毒11型基因特征分析

2012年大连市流行性角结膜炎疫情的病原鉴定与基因特征分析

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中国微生态学杂志 2013年第6期25卷 715-717,719页

作者：刘大鹏刘丹红孙楠韩焱姚伟历丹蒋希宏孙茂利薄志坚大连市疾病预防控制中心辽宁大连116021

目的鉴定一起大连市流行性角结膜炎疫情的病原体及型别。方法采用荧光PCR方法针对30份眼拭标本进行检测,确定病原,并针对特定片段扩增产物测序进行分子定型。结果 21份标本荧光PCR检测结果为腺病毒阳性,核苷酸序列与人腺病毒15、29、56... 详细信息

目的鉴定一起大连市流行性角结膜炎疫情的病原体及型别。方法采用荧光PCR方法针对30份眼拭标本进行检测,确定病原,并针对特定片段扩增产物测序进行分子定型。结果 21份标本荧光PCR检测结果为腺病毒阳性,核苷酸序列与人腺病毒15、29、56及其重组型高度同源,多重序列比对后构建的系统进化树上与人腺病毒56及其重组型位于同一分支。结论本次疫情的致病病原为D亚属人腺病毒,疑为人腺病毒56型或其重组型。后续需要开展对五邻体(Penton)及纤突(Fi-ber)基因的全核苷酸序列测定及生物信息学分析最终确定型别。

关键词：流行性角结膜炎人腺病毒56型基因特征分析

云南省2013年柯萨奇病毒A6型基因特征分析

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中国病毒病杂志 2016年第4期6卷 265-269页

作者：寸建萍田子颖徐闻尹洁姜黎黎周晓芳田炳均云南省疾病预防控制中心云南昆明650022

目的对2013年云南省22株柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2013年手足口病实验室监测系统分离到的22株CV-A6病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒VP1区基因参... 详细信息

目的对2013年云南省22株柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2013年手足口病实验室监测系统分离到的22株CV-A6病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒VP1区基因参考序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果 2013年云南省在711份非肠道病毒71型(EV-A71)、非柯萨奇病毒A16型(CV-A16)肠道病毒中共检出CV-A6病毒22份,占3.09%(22/711),CV-A6的阳性总检出率为0.32%(22/6 912)。基因特征分析表明,云南22株CV-A6均为基因1型(Genotype 1)。它们分为3个不同的进化分支,1株为China cluster,6株为Yunnan cluster 1,15株为Yunnan cluster 2。结论除原型株Gdula(AF081297)外,国内外CV-A6病毒存在两个基因型,基因型2又分为8个进化分支,云南分离株分布在3个不同的进化分支,2013年云南省CV-A6的流行存在3个传播链。

关键词：柯萨奇病毒A6型 VP1基因基因特征分析

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人类埃可病毒7型的基因特征分析

中国病毒病杂志 2012年第5期2卷 374-378页

作者：黄国斐田炳均丁峥嵘汤晶晶张杰赵智娴云南省疾病预防控制中心云南昆明650022

目的对来自11个国家和中国2个省份不同时间分离的60株埃可病毒7型(ECHO virus 7,ECH-O 7)病毒VP1区基因特征进行分析。方法在GenBank中用BLASTN软件搜索不同国家、不同时间发表的ECHO 7VP1区基因序列,共搜索到97个序列,去除相同序列后,... 详细信息

目的对来自11个国家和中国2个省份不同时间分离的60株埃可病毒7型(ECHO virus 7,ECH-O 7)病毒VP1区基因特征进行分析。方法在GenBank中用BLASTN软件搜索不同国家、不同时间发表的ECHO 7VP1区基因序列,共搜索到97个序列,去除相同序列后,共得到60株ECHO 7病毒VP1区序列,用MEGA软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统发生树。结果 60株病毒可分为4个基因型(基因型A～D),A基因型单独由ECHO 7原型株Wallace组成,B、C基因型各由1个亚型组成,D基因型由3个亚型组成,每个亚型又分为不同的组。不同毒株的核苷酸差异率为5.9%～23.2%(氨基酸差异率为1.0%～13.0%),不同基因型之间的核苷酸差异率为15.4%～22.5%(氨基酸差异率为1.7%～7.3%)。结论 ECHO 7病毒存在不同的基因型/亚型,不同基因型/亚型可以在同一个地区流行很长时间,同一时间内不同的基因型/亚型又可在不同的地区流行,具有明显的时间和地域流行特点。

关键词：埃可病毒7型基因特征分析进化树 VP1区基因序列

2021—2022年度山东省流感流行分布及基因特征分析

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中华预防医学杂志 2022年第11期56卷 1554-1559页

作者：宋绍霞孙林何玉洁吴巨龙孙文魁张淑李忠寇增强刘倜山东省重大疾病和传染病防治工作领导小组办公室济南250014 山东省疾病预防控制中心传染病防制所山东大学预防医学研究院山东省传染病预防控制重点实验室济南250014

目的分析2021—2022年度山东省流感流行分布特征、流行毒株病原学及其血凝素(HA)基因特性。方法收集2021—2022年度山东省流感样病例(ILI)哨点监测数据,进行描述性分析;采用荧光定量PCR核酸检测、病毒分离方法对采集的ILI标本开展检测,... 详细信息

目的分析2021—2022年度山东省流感流行分布特征、流行毒株病原学及其血凝素(HA)基因特性。方法收集2021—2022年度山东省流感样病例(ILI)哨点监测数据,进行描述性分析;采用荧光定量PCR核酸检测、病毒分离方法对采集的ILI标本开展检测,分析不同时间流感病毒的分布,按每市选取3株病毒进行基因测序,进行HA基因进化分析。结果2021—2022年度,山东省54所流感监测哨点医院共报告ILI 528263例,ILI就诊比例为4.07%,0~4岁ILI最多,为45.86%;呈冬春季流行高峰,最高峰为2021年第52周(6.62%)。共对26754份标本开展了核酸检测,阳性率27.10%,均为B型Victoria系流感病毒,PCR阳性率高峰为2021年第49周(63.78%);共报告ILI聚集性或暴发疫情295起,经实验室确诊269起为流感病毒阳性,以小学发生的疫情为主,2021年12月份报告疫情数最多。基因进化分析显示:HA基因与2020—2023年度推荐的疫苗株遗传距离均较近,介于98.6%~99.5%,且分成2个分支(V1A.3a.1,V1A.3a.2)。结论2021—2022年度,山东省流感流行高峰在12月,毒株型别单一,流感病毒阳性率和暴发疫情报告数均较高,毒株与WHO疫苗推荐株HA基因同源性较好,但整体上流感病毒群体免疫屏障较弱。

关键词：流感流行特征流感病毒核酸检测基因特征分析

2020年云南省曲靖市手足口病病原学监测及基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2022年第2期42卷 148-155页

作者：昌思思杨溪伏晓庆姜黎黎周晓芳寸建萍田炳均昆明市疾病预防控制中心行政办昆明650228 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022

目的了解2020年云南省曲靖市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原学分布并分析病原体的基因特征。方法采集曲靖市2020年儿童HFMD病例粪便标本,从便悬液中直接提取病毒RNA,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus,EV)... 详细信息

目的了解2020年云南省曲靖市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原学分布并分析病原体的基因特征。方法采集曲靖市2020年儿童HFMD病例粪便标本,从便悬液中直接提取病毒RNA,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus,EV)VP4区基因并测序,序列在GenBank进行BLAST搜索确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序,通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1)进行病毒型别鉴定,按文献下载各病原体VP1区基因型/亚型代表株序列,用MEGA5.2软件构建基因进化树,分析各病原体的基因特征。结果2020年共从460份标本中检测到47株EV,总阳性检出率为10.22%(47/460)。检出的病毒依次为柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus A4,CVA4,0.65%,3/460)、CVA6(7.83%,36/460)、CVA10(0.87%,4/460)和CVA16(0.87%,4/460),全为A组病毒(enterovirus species A,EVA),未检测到其他组病毒,其中CVA6检出36株,占7.83%,是检出最多的病毒。EVA71的检出率为零。基因特征分析表明,CVA4的C2、C4两个基因亚型同时在曲靖市流行,CVA6的D3a亚型、CVA16的B1a亚型也在曲靖市流行,而CVA10单独为一个进化分支,可能为曲靖市特有。结论与往年全国的情况一样,EVA71和CVA16的检出率少甚至为零,而CVA6检出率最高,说明2020年曲靖市发生了以CVA6为主的手足口病流行。CVA10基因进化分析表明,曲靖市分离株位于单独的进化分支,可能是曲靖市特有的分支。今后应加强非EVA71和非CVA16尤其是CVA6和CVA10等病毒的实验室和分子流行病学监测。

关键词：手足口病病原学肠道病毒A组病毒基因特征分析

2020年文山州手足口病病原监测及柯萨奇病毒A6型、A16型的基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2022年第6期42卷 478-483页

作者：周雪花杨溪姜黎黎寸建萍周晓芳田炳均文山州疾病预防控制中心检验科文山663099 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022

目的了解2020年文山州手足口病患儿病原学特征并对柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CVA6)和CVA16 VP1区基因特征进行分析。方法直接从2020年云南省手足口病实验室监测系统收集的文山州手足口病患儿粪便标本中提取病毒核酸,先用MD91/... 详细信息

目的了解2020年文山州手足口病患儿病原学特征并对柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CVA6)和CVA16 VP1区基因特征进行分析。方法直接从2020年云南省手足口病实验室监测系统收集的文山州手足口病患儿粪便标本中提取病毒核酸,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus,EV)VP4/VP2结合区基因并进行测序,确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序,进行基因特征分析。按参考文献下载基因库中CVA6和CVA16 VP1区参考序列,用MEGA5.2软件构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果共从317份标本中检测到32株EV,1株星状病毒MLB1型(astrovirus MLB1)。病毒总体检出率为10.41%(33/317),EV检出率为10.09%(32/317),其中肠道病毒A组(enterovirus species A,EVA)31株,占EV阳性数的96.88%(31/32),EVB组病毒1株,占3.12%(1/32),未检测到EVC和EVD组病毒。EV中,检出率最高的病毒是CVA6,占62.50%(20/32),其次是CVA16(18.75%,6/32)、CVA4(9.37%,3/32)、CVA10(3.12%,1/32),未检测到EVA71病毒。基因进化分析表明20株CVA6为D3a亚型,并可分为3个进化分支。6株CVA16为B1a亚型,是中国一直流行的基因型,文山州6株B1a亚型可分为两个进化分支。结论2020年云南省文山州手足口病的病原检测率为10.41%,EV中CVA6是主要的流行毒株,其次是CVA16。基于VP1区基因特征分析表明,2020年文山州手足口病的主要病原是CVA6 D3a亚型,其次是CVA16 B1a亚型,未检测到EVA71。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A组6型柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

2021年云南省手足口病病例中柯萨奇病毒A2型的测序定型和基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2023年第1期43卷 27-34页

作者：刘艳艳杨善蕊段忠文姜黎黎周晓芳寸建萍伏晓庆罗春蕊田炳均昆明市疾病预防控制中心微生物检验科昆明650228 德宏州疾病预防控制中心微生物检验室德宏678400 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022

目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71,EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16,CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测,并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析,为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》,对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理,提取病毒RNA后,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序,编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别,再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序,通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列,Mega5.2软件构建基因进化树,分析病毒基因特征。结果共检测749份非EVA71和非CVA16的肠道病毒标本,两地皆以A组肠道病毒为主,B组肠道病毒有少量报告,CVA16居病原谱第一位。其中CVA25份,检出率为0.67%(5/749),为HFMD的稀有病原。VP4/VP2和VP1两个基因片段的测序检测、定型结果一致。基因特征分析表明,昆明市3株为基因型A,曲靖市2株为基因型D。结论2021年云南省HFMD监测网络中昆明市和曲靖市CVA2的检出率为0.67%,CVA2在这两个市是HFMD的稀有病原。基因进化分析表明,两个基因型分别在昆明市和曲靖市传播但尚未引起流行。昆明市CVA2基因型A为国内首次报道。加强云南省CVA2的实验室监测特别是分子流行病学监测,对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A组2型 VP4/VP2 VP1 基因特征分析