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基于COVID-19相关基因的肝细胞癌分子分型及预后模型构建与验证

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天津医科大学学报 2024年第1期30卷 15-22页

作者：元喆悦白易童文张晓雨崔壮天津医科大学公共卫生学院天津300070 天津市第一中心医院肝胆胰外科天津300192 天津医科大学临床医学系天津300070

目的:基于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)相关基因对肝细胞癌进行分子分型,并建立预后模型。方法:收集GeneCard数据库中COVID-19相关基因,分析其在肝细胞癌患者癌与癌旁组织的基因表达量差异,通过一致聚类分析进行分子分型。使用limma包计... 详细信息

目的:基于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)相关基因对肝细胞癌进行分子分型,并建立预后模型。方法:收集GeneCard数据库中COVID-19相关基因,分析其在肝细胞癌患者癌与癌旁组织的基因表达量差异,通过一致聚类分析进行分子分型。使用limma包计算不同分子亚型之间差异表达基因并进行功能富集分析。使用R软件包“ESTIMATE”评估不同分子亚型的免疫评分。使用Cox比例风险回归模型和lasso回归构建多基因预后模型,并在其他数据库进行外部验证。结果:基于28个COVID-19相关基因将TCGA的365个肝细胞癌(LIHC)样本分成3个亚型,预后较差的C2亚型具有更高的免疫评分。多因素Cox回归分析结果说明5基因模型是肝细胞癌患者的独立预后危险因素。细胞周期、同源重组等肿瘤相关通路随着风险评分的升高而增加,提示高风险组具有更强的侵袭性。结论:构建了基于COVID-19相关基因的肝细胞癌分子亚型,并开发了预后相关的5基因模型(VEGFA、CD14、CD209、REN、PSMD1)。

关键词：肝细胞癌 COVID-19基因分子分型基因标记预后

中国6个人群中Y染色体15个双等位基因标记变异频率分布及单体群分析

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Acta Genetica Sinica 2002年第4期29卷 283-289页

作者：于敏张咏莉陈峰薛雅丽于旸马琳琳黄小义刘岸史榕茜吕芙蕖黄承滨张贵寅李璞傅松滨哈尔滨医科大学生物教研室与医学遗传学研究室哈尔滨150086

以 6个群体 (5个民族 ) 342名男性为研究对象 ,采用等位基因特异性PCR技术对Y染色体上 15个双等位基因标记进行基因分型 ,得到 15个标记的变异频率分布并界定了 6个群体的单体群。结果显示 ,两个汉族人群中M9G的频率相当高 (96 2 0 %和... 详细信息

以 6个群体 (5个民族 ) 342名男性为研究对象 ,采用等位基因特异性PCR技术对Y染色体上 15个双等位基因标记进行基因分型 ,得到 15个标记的变异频率分布并界定了 6个群体的单体群。结果显示 ,两个汉族人群中M9G的频率相当高 (96 2 0 %和 96 4 3% ) ,为一特征性标志 ;四川汉族以高M95T(82 14 % )为显著特点 ;回族以M4 5A(18 5 7% )的高频率有别于其他 5个群体 (0 % )。进一步对单体群分析表明 ,4个少数民族群体享有共同的基本单体群 ,并根据群体间的共有单体群比较推测出 4个少数民族间的相对遗传距离。

关键词：中国基因标记变异频率分布 Y染色体双等位基因单体群

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生物技术通报 1993年第4期9卷 32-38页

931207丫0 Iypoeladium inflatum,ubsp.bla,tosporum菌株的原生质体特征[俄]/Sotnikova,1.v.…J Antibiot.Khimioter一2992,37(2)。-6~11[译自DBA,一992,11(20),。2一11139〕将菌株招(原有菌株)及菌株84了(高活性突变株)培养于含葡萄糖和酵母裂解物的培养基中。在此培养基中,菌株847形成酵母菌状。菌株43菌丝体经二硫苏糖醉预处理及Hol沁”二at‘a复合酶处理1 .5~2小时,获得原生质体。菌株847不需要二硫苏馆醉预处理,但需要H.,。协川‘a复合酶,Driselase(来自Ir,e劣

关键词：启动子调控基因标记电激法自主复制序列荧光素酶转染细胞操纵子包装细胞系质粒表达载体表达产物

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基因标记在造血干细胞移植中的应用

中华血液学杂志 1997年第8期18卷 447-448页

作者：李梁裴雪涛军事医学科学院放射医学研究所

基因标记在造血干细胞移植中的应用李梁裴雪涛基因标记就是将细胞中不存在的某种中性基因如ＮｅｏＲ或ＬａｃＺ等转染到靶细胞内并使之整合到细胞基因组中，这样标志基因就随着宿主细胞基因组的复制而复制并传给子代细胞。通过对标志基... 详细信息

基因标记在造血干细胞移植中的应用李梁裴雪涛基因标记就是将细胞中不存在的某种中性基因如ＮｅｏＲ或ＬａｃＺ等转染到靶细胞内并使之整合到细胞基因组中，这样标志基因就随着宿主细胞基因组的复制而复制并传给子代细胞。通过对标志基因的检测可以追踪观察被标记细胞的行...

关键词：造血干细胞移植基因标记

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生物技术通报 1993年第7期9卷 32-39页

932221用质粒 DNA 转化一种硫杆菌[英]/Plasota,M.…//Acta Microbiol.Pol.-1992,41(1～2)5-11[译自DBA,1993,12(2),93-00627]Thiobacillus

关键词：基因标记报道基因 Thiobacillus 硫杆菌基因组分析启动子调控转染电激法融合蛋白转化体

基因标记定位在猪数量性状改良中的应用(综述)

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养猪 1999年第2期 28-30页

作者：刘顺德宁夏农学院动物科学系

近年来分子遗传的理论和技术进展迅速，为猪数量性状的研究与改良开拓了新的空间。本文就猪数量性状基因的标记、定位在选种上的应用状况作一综述。

关键词：猪数量性状基因标记基因定位选种改良良种

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生物技术通报 1993年第1期9卷 30-36页

关键词：基因标记表达系统启动子调控凝乳酶原核糖体结合位点电激法重组逆转录病毒细胞生长选择标记报道基因

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生物技术通报 1992年第3期8卷 34-40页

关键词：基因标记电激法逆病毒载体启动子调控报道基因表达系统原养型缺失突变株编码序列转化子

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生物技术通报 1992年第7期8卷 36-41页

922444 通过诱导T7 RNA聚合酶强烈抑制氯霉素乙酰转移酶的表达[英]/Kim,H.B.…∥Biotechnol.Lett.-1991,13(10).-751～754[译自DBA,1991,10(25),91-14511] 通过诱导大肠杆菌中的噬菌体T7表达系统强烈抑制氯霉素乙酰转移酶的表达。消化... 详细信息

922444 通过诱导T7 RNA聚合酶强烈抑制氯霉素乙酰转移酶的表达[英]/Kim,H.B.…∥Biotechnol.Lett.-1991,13(10).-751～754[译自DBA,1991,10(25),91-14511] 通过诱导大肠杆菌中的噬菌体T7表达系统强烈抑制氯霉素乙酰转移酶的表达。消化了质粒pYEJ001(含带有大肠杆菌核糖体结合位点序列的无启动子cat基因)和质粒pGEM3(带有T7和SP6启动子),将连接混和物导入大肠杆菌。含由T7和SP6启动子调控的cat基因的质粒分别称为pT7CAT和pSP6CAT。

关键词：启动子调控核糖体结合位点表达系统异源蛋白 RNA 聚合酶基因标记丝状真菌工程菌稳定转染