检索结果-南通市图书馆

应用Bhas42细胞试验检测22个肿瘤促长基因标志物

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国药理学与毒理学杂志 2013年第3期 481-482页

作者：宋征中国医药工业研究总院上海医药工业研究院国家上海新药安全评价研究中心

目的近年来,分子生物学技术的发展对肿瘤的早期诊断有很大推动作用,特别是在基因标志方面,有了很大的发展。本实验采用RT-PCR技术,通过Bhas42细胞转化试验检测22个与促长阶段相关基因在不同组别以及不同时间点表达的情况,这些基因全部... 详细信息

目的近年来,分子生物学技术的发展对肿瘤的早期诊断有很大推动作用,特别是在基因标志方面,有了很大的发展。本实验采用RT-PCR技术,通过Bhas42细胞转化试验检测22个与促长阶段相关基因在不同组别以及不同时间点表达的情况,这些基因全部与细胞分裂周期、调节转录、抗凋亡、正性调节细胞增殖有关,探索目标基因成为检测化合物致癌促长活性标志基因的可能性。方法试验采用已知的促癌化合物佛波酯(TPA)作为阳性物,并采用Bhas42转化细胞作为试验体系。当Bhas42细胞生长至60%～70%密度时,将细胞消化后采用DF5F培养基将细胞悬液的密度调整至2×107 L-1,细胞接种当日为d 0。d 4换成含有相应受试物或0.5%DMSO的DF5F培养基,在加入相应受试化合物的24,48及72 h后,分别取三个化合物的细胞板,吸去培养基,在每孔中加入1 ml TRIzol,吹打均匀后转入1.5 ml离心管,样品经过预处理后对抽提的RNA并进行质量评价。采用RT-PCR方法检测Ccnb1,Rif1,Mcm3,Chek1,Jun,Fosl1,Hells,Vegfa,Stmn1,Prl2c3,Scarb1,Phex,Orm1,Orm2,Nup54,Slc2a1,Il1rl1,Rad51ap1,Tfrc,Ab1,Car13和Pik3r5在不同时间点的表达。结果本实验结果显示给药后24 h,3个基因出现上调,分别为Vegfa,Il1rl1和Pik3r5;给药后48 h,12个基因出现上调,分别为Chek1,Hells,Mcm3,Rad51ap1,Vegfa,Il1rl1,Prl2c3,Slc2a1,Tfrc,Ab1,Stmn1和Rif1;给药后72 h,10个基因出现上调,分别是Chek1,Hells,Rad51ap1,Vegfa,Il1rl1,Prl2c3,Slc2a1,Tfrc,Stmn1和Ccnb1。根据以上结果可知,所选取的22个促长阶段相关基因的表达在不同时间点呈现出不同的敏感性,在细胞达到融合密度后加入化合物的24 h内,阳性化合物即出现3个基因的上调,且在48 h后上调的基因数增加并基本稳定在10个左右,且上述细胞周期及抗细胞凋亡的基因均出现上调。结论本实验基于Bhas42细胞转化实验体系,设置阴性化合物和阳性化合物组,在不同时间点采集细胞样本提取RNA,通过使用RT-PCR技术检测22个基因在不同组别以及不同时间点表达的情况。本实验结果显示TPA结果为阳性,与细胞转化实验结果一致。22个肿瘤促长基因有可能和Bhas42细胞体系结合,成为一种更快捷高速的致癌性筛选方法。

关键词：基因标志物肿瘤 Bhas42细胞

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

结直肠癌早期检测的基因标志物

第二军医大学学报 2007年第8期28卷 903-905页

作者：李鹏朱运峰军事医学科学院附属医院肿瘤学研究室北京100071

研究表明,肿瘤的发生和发展与癌基因和抑癌基因有着密不可分的关系。随着分子生物学理论和技术的发展,对癌基因和抑癌基因的检测已成为肿瘤临床预警和诊断的重要途径。自Fearon和Vogelstein 1990年提出结直肠癌发生的分子模型以来,结直... 详细信息

研究表明,肿瘤的发生和发展与癌基因和抑癌基因有着密不可分的关系。随着分子生物学理论和技术的发展,对癌基因和抑癌基因的检测已成为肿瘤临床预警和诊断的重要途径。自Fearon和Vogelstein 1990年提出结直肠癌发生的分子模型以来,结直肠癌发病的分子机制不断被阐明,通过对与结直肠癌相关的基因改变的检测可以为结直肠癌早期预警提供帮助。尤其是对具有家族病史的人进行相关基因改变的检测,检出率已经达到相当高的水平。本文对近年来被认为与结直肠癌相关的基因作一综述。

关键词：结直肠肿瘤基因突变基因标志物

基于循环肿瘤细胞的基因标志物对转移性前列腺癌的诊断价值

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华实验外科杂志 2018年第4期35卷 764-766页

作者：张靖宁松毅何明芳谢婧婧胡建鹏崔飞伦江苏大学第四附属医院泌尿外科镇江212001 江苏大学医学院镇江212013 南京工业大学生物与制药工程学院 211816 江苏大学附属人民医院泌尿外科镇江212002

目的以转移性前列腺癌患者为研究对象，探讨基于循环肿瘤细胞（CTCs）的前列腺癌相关基因标志物，用于转移性前列腺癌的诊断。方法通过实时定量反转录聚合酶链反应（RT-qPCR）技术对人前列腺癌细胞（LNCap）中人激肽释放酶相关酶2（KLK... 详细信息

目的以转移性前列腺癌患者为研究对象，探讨基于循环肿瘤细胞（CTCs）的前列腺癌相关基因标志物，用于转移性前列腺癌的诊断。方法通过实时定量反转录聚合酶链反应（RT-qPCR）技术对人前列腺癌细胞（LNCap）中人激肽释放酶相关酶2（KLK2）、人激肽释放酶相关酶3（KLK3）、叉头框蛋白A1（FOXA1）、粒状头样转录因子2（GRHL2）及同源盒B13（HOXB13）5个基因的表达进行检测，建立多基因表达的联合检测的方法。采集30例转移性前列腺癌患者和20例健康志愿者的血液样本，利用血液样本和前列腺癌细胞对检测方法的一致性、重复性、线性和灵敏度方面进行了评估。通过比较患者血液样本中CTCs计数和基因表达结果，确定前列腺癌相关标志基因表达水平对于患者预后的意义。结果该联合检测方法中各基因表达水平与单基因表达水平具有一致性；5个基因表达量在LNCap RNA不同稀释浓度（1 pg～1 μg）的对数范围内呈现较明显的线性关系：KLK2（0.995）、KLK3（1.000）、FOXA1（0.992）、GRHL2（0.999）、HOXB13（1.000）；各基因检测浓度范围分别是KLK2（5 pg～1 μg）、KLK3（1 pg～1 μg）、FOXA1（10 pg～1 μg）、GRHL2（100 pg～1 μg）、HOXB13（100 pg～1 μg）；患者血液样本中CTCs计数和基因表达结果对比显示两者具有相关性，即CTCs计数越高的患者，其基因表达阳性率也越高。结论KLK2、KLK3、FOXA1、GRHL2及HOXB13 5个基因表达水平的联合检测方法具有操作更简单便捷的技术优势和较好的准确性和灵敏度。

关键词：前列腺癌转移循环肿瘤细胞基因标志物

同方期刊数据库

基于特征选择方法识别喉癌和下咽癌患者的预后基因标志物

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于特征选择方法识别喉癌和下咽癌患者的预后基因标志物

作者：甘涛吉林大学

学位级别：硕士

喉癌是头颈部常见的恶性肿瘤,且大多数是鳞状细胞癌。下咽癌在临床上相对少见,占头颈部恶性肿瘤的3.0%-5.0%,同时它也是头颈部肿瘤中相对预后最差的恶性肿瘤。近年来,喉癌和下咽癌的发病率呈逐年上升的趋势。基因表达失调是许多疾病发... 详细信息

喉癌是头颈部常见的恶性肿瘤,且大多数是鳞状细胞癌。下咽癌在临床上相对少见,占头颈部恶性肿瘤的3.0%-5.0%,同时它也是头颈部肿瘤中相对预后最差的恶性肿瘤。近年来,喉癌和下咽癌的发病率呈逐年上升的趋势。基因表达失调是许多疾病发生的内在条件,因此,识别喉癌和下咽癌的预后基因标志物,既可以为喉癌和下咽癌的治疗提供新的有效靶点,也可以提供可靠的诊断。本文将喉癌和下咽癌患者的预后基因标志物的筛选分为三个阶段,分别为初筛阶段、特征选择阶段和验证比较阶段。在初筛阶段,在包含20531个基因的微阵列中用Log-rank检验筛选出26个基因。在特征选择阶段,分别使用Lasso回归、Boruta、XGBoost和基于注意力机制的深度神经网络(Attention-based DNN)在26个基因的基础上做进一步特征选择。Lasso回归筛选出的基因标志物为DGCR9、FXYD6、LOC220930、PLAC1和PRAM1,Boruta筛选出的基因标志物为ST13、STIL和DGCR9,XGBoost筛选出的基因标志物为STIL、PLAC1、ZNF578和MRPL35,Attention-based DNN筛选出的基因标志物为DGCR9、KRTAP12、PRPF19和SELL。在验证比较阶段,分别用不同模型筛选出的基因标志物建立Cox回归模型,然后按照所有样本的风险比率(HR)的中位数分为两组,进行Log-rank检验,Lasso回归、Boruta、XGBoost和Attention-based DNN的Log-rank P值分别为1.564321e-06、0.0001945455、0.009050826和1.187648e-05。其中,Lasso回归的Log-rank P值最小。接下来在Lasso回归的基础上做了进一步改进,提出一种基于强化学习和Lasso结合的特征选择方法。该方法让智能体不断尝试特征子集的搜索,以Lasso分类器的准确率作为即时收益,根据特征子集得到的收益动态调整特征子集内特征。最终,智能体会选择最大收益的特征子集作为最优策略,该特征子集即是筛选的预后基因标志物。强化学习和Lasso结合的特征选择方法筛选的预后基因标志物有BMP2,LOC220930,OR52B4和SNORA71D,其对应的HR值中位数分组后的Log-rank检验的P值为8.732182e-07,小于Lasso回归的Log-rank P值。

关键词：基因标志物特征选择 Log-rank检验 Lasso Boruta XGBoost 注意力机制强化学习

基于RNA-Seq数据的心肌病相关基因标志物识别及功能分析

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

基于RNA-Seq数据的心肌病相关基因标志物识别及功能分析

作者：黎桑电子科技大学

学位级别：硕士

心血管疾病一直都是威胁全人类健康的复杂疾病,而心肌病在心血管疾病的发病中占据了重要的位置,并且有着逐年上升的趋势。心肌病又分为继发性心肌病与原发性心肌病,继发性心肌病的病因多数已经清楚,而原发性心肌病的病因迄今为止尚未明... 详细信息

心血管疾病一直都是威胁全人类健康的复杂疾病,而心肌病在心血管疾病的发病中占据了重要的位置,并且有着逐年上升的趋势。心肌病又分为继发性心肌病与原发性心肌病,继发性心肌病的病因多数已经清楚,而原发性心肌病的病因迄今为止尚未明确。本文所研究的扩张型心肌病(Dilated cardiomyopathy,DCM)和限制型心肌病(Restrictive cardiomyopathy,RCM)都属于原发性心肌病。其中,DCM的发病率占心肌病的发病率80%以上,并且心肌病患者中有58.3%死于该病。RCM发病率虽然仅占心肌病发病率的4.5%,然而它是原发性心肌病中最严重的一种类型,并且其预后性很差。因此,对于这两类心肌疾病发生发展机制的研究工作刻不容缓。转录组作为连接基因组遗传信息与蛋白质组生物功能的纽带,相比于基因组,它更具备时间性和空间性,因此被广泛地应用于医学、病理学和药学等相关领域。随着二代测序技术成本的降低,使得转录组测序被大规模地应用于生物学与医学研究中。本文通过对DCM和RCM的RNA-Seq数据进行挖掘,旨在对这两类原发性心肌疾病的发生发展机制进行研究和探索,为两类心肌病的精确诊断、及时控制以及治疗预后等提供一些新思路。本文的主要研究内容如下:(1)采用标准化的RNA-Seq数据处理方法,包括质量控制(Fast QC)、参考序列比对(Tophat)、计数数据的转换(HTSeq)、归一化(EDASeq)和差异表达(DESeq),筛选和识别出分别与DCM、RCM相关的差异表达基因。对于DCM,筛选出451个相关的差异表达基因;对于RCM,筛选出1326个相关的差异表达基因。(2)分别用DCM和RCM相关的差异表达基因构建共表达网络。通过对共表达网络作网络特征分析,找出与疾病相关的关键节点基因,即疾病可能的基因标志物。对每种疾病的基因标志物进行生物功能分析,并对其在疾病发生发展中的作用进行阐释。(3)从生物功能和信号通路的角度,对DCM和RCM的基因标志物进行比较,为从分子层面上区分两类心肌病提供一些新思路。

关键词： DCM RCM 基因标志物基因共表达网络

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

胃癌外周血基因标志物研究

胃癌外周血基因标志物研究

作者：史加宁安徽医科大学

学位级别：硕士

目的通过收集和分析胃癌患者及对照组的血液全基因表达谱的找出与胃癌相关的血液基因标志物。方法1血样收集:样本于2014～2015年采集于安徽医科大学第二附属医院包括:胃癌组36份血液样本;健康对照组:55例;非胃癌的其他肿瘤对照组125例。... 详细信息

目的通过收集和分析胃癌患者及对照组的血液全基因表达谱的找出与胃癌相关的血液基因标志物。方法1血样收集:样本于2014～2015年采集于安徽医科大学第二附属医院包括:胃癌组36份血液样本;健康对照组:55例;非胃癌的其他肿瘤对照组125例。2提取RNA和RNA的质量控制:用PAXgene Blood RNA抽提试剂盒提取外周血总RNA。评估总RNA的浓度和纯度。通过Agilent 2100生物分析仪检测总RNA的片段完整性。3基因芯片杂交:全血RNA与基因芯片杂交分析,RNA样品的基因表达谱利用Affymetrix表达控制台软件处理并经MAS5算法标准化,使之可被比较分析差异。4基因芯片数据分析:运用Sentinel Pair TM,Log Reg TM进行分析运算,用蒙特卡洛方法(Monte Car lo Method)从大量的数据中加速寻找表达有显著差异的基因组(gene panel)。比较分析各基因组在各实验组中的区别能力,甄别出符合假设的基因组。并用逻辑回归统计分析方法评估上述基因构成的基因组合对胃癌的诊断作用。结果5通过自我训练的逻辑回归模型,研究确定了检测胃癌的四个候选基因包括PURB,SMC1L1,DENND1B和PDCD4。这些基因表达在胃癌组与健康对照组对比显示:其中两个基因(PURB,DENND1B)在胃癌组中过表达(2.2倍,1.5倍),另两个基因(SMC1L1,PDCD4)则呈低表达(-1.6倍,-1.7倍)。这个四基因组表达在胃癌与健康对照组之间呈线性倍增变化,差异有统计学意义(P基因组显示的ROC AUC为0.99,准确率95%,敏感性90%,对健康对照组特异性为100%,对非胃癌的其他肿瘤对照组特异性为95%。7为了验证这四个基因组的可能性是否仅仅由于随机的机会,我们进行了2倍交叉验证,从中我们得出结论,所观察到的4个基因组合的表现,不可能是随机的结果。8然后我们用上述建立在训练集上的数学预测模型来评估完全独立样本的测试集,评估的结果与预测模型在训练集的表现相似:ROC AUG为99%,准确率94%,敏感性100%,对健康对照组特异性为100%,对非胃癌的其他肿瘤对照组特异性为88%。9将训练集和测试集的结果相结合,得出这个四个基因组诊断胃癌的准确度为95%,敏感性为92%,特异性为96%。结论本研究显示了使用外周血的基因表达谱检测胃癌的可能性。研究发现了一个外周血四基因组的胃癌特异性基因标志物,这个四基因组包含PURB[purine-rich element binding protein B],SMC1L1[structural maintenance of chromosomes 1A],DENND1B[DENN/MADD domain containing 1B]和PDCD4[programmed cell death 4]四个基因。这一基因组检测胃癌具有极高的准确性、敏感性及特异性,远远超越传统的肿瘤标记物检测。有望成为胃癌的风险评估基因并成为潜在的临床生物学标志,为建立实用的外周血胃癌筛查技术奠定基础。

关键词：基因标志物胃癌基因组外周血

EGFR-TKI获得性耐药相关基因标志物筛选及其对肺腺癌预后预测的价值

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

现代肿瘤医学 2022年第3期30卷 436-442页

作者：周灵巧唐雄莫梦春邱少绵重庆市璧山区人民医院重庆璧山402760 广东省人民医院广东广州510080

目的:寻找有效的表皮生长因子酪氨酸激酶受体抑制剂(epidermal growth factor receptor-tyosine kinase inhibitor,EGFR-TKI)获得性耐药相关基因标志物,用于肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)的预后预测。方法:通过单因素和多因素Cox比例风险回归分析筛选出EGFR-TKI获得性耐药相关基因标志物,并构建LUAD预后风险评分模型。采用基因本体论(gene ontology,GO)进行功能注释。结果:筛选出EGFR-TKI获得性耐药相关基因MYO1D、PCDH7、TNFSF15、COL4A6、BEX2、WFDC21P、CADPS2作为LUAD预后的基因标志物,并基于标志基因构建了LUAD预后风险评分模型。针对建立的风险评分模型,通过Keplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线分析可知,训练组中高风险患者5年生存率(37.8%)明显低于低风险患者(71.5%)(P基因标志物为独立预后因子。GO功能注释显示,筛选出的标志基因可能从调控肌动蛋白、细胞外基质、凋亡等方面调控LUAD预后。结论:筛选出的EGFR-TKI获得性耐药相关基因标志物为独立预后因子并可能成为LUAD的潜在治疗靶点。

关键词： LUAD EGFR-TKI获得性耐药预后基因标志物

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基因标志物与乳腺癌的预后关系

中国临床医学 2004年第2期11卷 142-143,147页

作者：郑航罗荣城第一军医大学附属南方医院肿瘤科广州510515

乳腺癌是女性常见的恶性肿瘤之一,近年来其发病率呈现明显上升趋势,由于临床肿瘤学家们的普遍关注,在发病、诊断和治疗等环节上已经取得了较大进展.早期诊断和提高诊断率对临床治疗预后有及其重要的价值.

关键词：基因标志物乳腺癌预后诊断治疗

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基因标志物在肿瘤早期诊断中的应用

国外医学（临床生物化学与检验学分册） 1997年第5期18卷 222-224页

作者：黄君富第三军医大学西南医院检验科重庆630038

目前临床上常用的肿瘤标志物其特异性、灵敏度用于肿瘤的早期诊断尚存在诸多不足。随着对肿瘤的发生、发展过程中分子改变的阐明，可能会提供一些新的肿瘤标志物。在肿瘤细胞中发生改变的关键分子是细胞癌基因及抑癌基因，这些基因的改... 详细信息

目前临床上常用的肿瘤标志物其特异性、灵敏度用于肿瘤的早期诊断尚存在诸多不足。随着对肿瘤的发生、发展过程中分子改变的阐明，可能会提供一些新的肿瘤标志物。在肿瘤细胞中发生改变的关键分子是细胞癌基因及抑癌基因，这些基因的改变能从那些自肿病或癌前病变脱落下来的细胞中检测出来，而为临床癌症的早期诊断、病情判断、预后判断等提供新的肿瘤标志物。但这些基因标志物在临床的广泛应用还需对分析方法进行简化及自动化，并需对其敏感性、特异性及预示值作出评价。

关键词： C-癌基因肿瘤早期诊断基因标志物