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星虫动物线粒体基因组全序列的基因排列和特征比较

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水产科学 2012年第9期31卷 554-559页

作者：申欣淮海工学院海洋学院江苏连云港222005 中国科学院海洋研究所山东青岛266071

综合利用通用引物PCR和长PCR扩增,获得可口革囊星虫的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法获得可口革囊星虫的线粒体基因组。比较可口革囊星虫与方格星虫线粒体基因组,所有的37个基因均在同一条链上编码。2个星虫动物线粒体基因组蛋白质... 详细信息

综合利用通用引物PCR和长PCR扩增,获得可口革囊星虫的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法获得可口革囊星虫的线粒体基因组。比较可口革囊星虫与方格星虫线粒体基因组,所有的37个基因均在同一条链上编码。2个星虫动物线粒体基因组蛋白质编码基因的起始、终止密码子及氨基酸长度存在差异。2个星虫动物的线粒体基因组,存在6个保守的基因区块:(1)nad6-cob-P-S2-C-M,(2)I-K-nad3-F,(3)nad4L-nad4-L2,(4)nad1-W-atp6,(5)nad5-S1及(6)nad2-cox1。去除转运RNA而仅比较蛋白质编码基因和核糖体RNA,则2个星虫动物线粒体基因组主编码基因的基因排列完全一致,均为:cox1-cox2-atp8-cox3-nad6-cob-srRNA-lrRNA-nad3-nad4L-nad4-nad1-atp6-nad5-nad2。星虫动物、环节动物和螠虫动物线粒体基因组共有5个保守区块:(1)cox1-cox2-atp8,(2)nad4L-nad4,(3)srRNA-lrRNA,(4)cox3-nad6-cob,(5)atp6-nad5。在15个主编码基因中,nad5基因和nad4基因变异位点数最多,因此可作为备选的分子标记,用于分析星虫动物不同物种和群体之间的生物多样性。

关键词：星虫动物线粒体基因组基因排列分子标记

16种环节动物线粒体基因排列、特征比较及系统发育分析

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水产科学 2015年第2期34卷 104-112页

作者：李石磊张明王庆志王笑月李大成刘卫东刘忠颖陈远辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省应用海洋生物技术开放实验室辽宁大连116023

为深入开展环节动物的分类及遗传进化等研究,比较分析了已登录到GenBank中16种环节动物全基因组的结构特征。结果发现,16种环节动物线粒体全基因组序列中A＋T的含量均超54.3%,碱基G存在低含量的偏向,第三位密码子G含量2.6%-12.7%。基因... 详细信息

为深入开展环节动物的分类及遗传进化等研究,比较分析了已登录到GenBank中16种环节动物全基因组的结构特征。结果发现,16种环节动物线粒体全基因组序列中A＋T的含量均超54.3%,碱基G存在低含量的偏向,第三位密码子G含量2.6%-12.7%。基因组的基因组成及排列模式具有一定的保守型,存在5个保守基因联块蔟,线粒体基因组排列顺序在研究环节动物系统发育关系方面起着重要的作用。计算13个编码基因和2个rRNA的基因平均遗传距离,cox1（0.34）相对最保守,atp8（0.8）相对最不保守。大多数环节动物线粒体控制区存在茎环结构。基于13个编码基因氨基酸序列通过3种方法可构建稳健的系统发育树,蛭纲和寡毛纲聚为一进化分枝,构成有环类单系群,螠虫纲、星虫纲和多毛纲聚为一进化分枝,形成单系群。5个纲间的聚类结果与之前的基于线粒体基因和其他分子标记研究研究结果有所不同。多毛纲呈单系发生,被分为两个主要类群,头节动物中的锥头虫科和缩头虫科没有聚为单独的一进化分枝,而是分别聚类到触角动物下面的足刺动物和沟触角动物,多毛纲内部分类不同于现有的形态学分类结果。

关键词：环节动物多毛纲线粒体基因组结构特征基因排列系统发生

鲆鲽类线粒体基因排列、特征比较及系统发生分析

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水产科学 2013年第10期32卷 590-596页

作者：申欣田美孟学平程汉良许建和阎斌伦淮海工学院海洋学院江苏省海洋生物技术重点实验室江苏连云港222005 中国科学院北京生命科学研究院北京100101

鲆鲽类线粒体基因组的基因组成非常保守,均编码37个基因。鲽亚目线粒体主编码链的A+T含量较低,介于53.21%(星斑川鲽)与55.78%(大菱鲆)之间。鳎亚目舌鳎科的两个物种(短吻舌鳎和半滑舌鳎)线粒体主编码链的A+T含量较高,分别达到60.35%和60... 详细信息

鲆鲽类线粒体基因组的基因组成非常保守,均编码37个基因。鲽亚目线粒体主编码链的A+T含量较低,介于53.21%(星斑川鲽)与55.78%(大菱鲆)之间。鳎亚目舌鳎科的两个物种(短吻舌鳎和半滑舌鳎)线粒体主编码链的A+T含量较高,分别达到60.35%和60.59%;而鳎亚目鳎科的塞内加尔鳎线粒体主编码链的A+T含量与鲽亚目物种非常接近,为54.63%。庸鲽属、星鲽属和舌鳎属线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)的比值(Ka/Ks)最低为0,最高为0.2171,表明在鲆鲽类线粒体基因组中存在较强的纯化(负)选择。鲽亚目的9个物种及鳎亚目鳎科的塞内加尔鳎线粒体基因组与脊椎动物线粒体基因组的典型排列方式完全一致。然而,鳎亚目舌鳎科的短吻舌鳎和半滑舌鳎线粒体基因组与此相比,均存在一个tRNA基因(trnQ)的易位与倒位。综合分析12种鲆鲽类内部线粒体单基因的变异位点特征,nad5、nad4和nad2基因是较为理想的分子标记。基于线粒体基因组构建的鲆鲽类系统发生结果支持其在科阶元的亲缘关系为:{[(鲽科+牙鲆科)+菱鲆科]+鳎科}+舌鳎科。鳎亚目的鳎科先与鲽亚目聚类(BPN=100,BPM=100),随后与舌鳎科聚类(BPN=100,BPM=100),从而将鳎亚目分为2支,综合线粒体主编码链的A+T含量与基因排列等基因组特征,鳎亚目是否为单系群受到质疑,值得今后进一步研究来确定。

关键词：基因排列分子标记系统发生选择压力鲆鲽类

后生动物线粒体基因组:起源、大小和基因排列进化

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生物技术通讯 2010年第5期21卷 721-726页

作者：陈念赖小平广州中医药大学中药学院广东广州510006

由于受到强烈的进化约束,后生动物线粒体基因组在大小和基因含量上一直保持稳定,相比之下核基因组则发生了巨大的改变。后生动物线粒体基因组结构的可塑性在一定程度上归功于可能由tRNA基因介导的基因重排事件,虽然亲缘关系密切的物种... 详细信息

由于受到强烈的进化约束,后生动物线粒体基因组在大小和基因含量上一直保持稳定,相比之下核基因组则发生了巨大的改变。后生动物线粒体基因组结构的可塑性在一定程度上归功于可能由tRNA基因介导的基因重排事件,虽然亲缘关系密切的物种间也可能出现基因重排,但同门内的线粒体基因组仍趋向于具有类似的结构特征。我们对后生动物线粒体基因组的起源、大小和基因排列进化方面的特点进行了介绍。

关键词：线粒体DNA 进化后生动物基因排列

糙刺参(Stichopus horrens)线粒体基因组及一种新的基因排列顺序

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糙刺参(Stichopus horrens)线粒体基因组及一种新的基因排列顺序

六种异齿亚纲双壳贝类的线粒体全基因组:多变化的基因排列和系统发生的暗示

培育生物产业，发展绿色经济——第五届中国生物产业大会·2011基因科学与产业发展论坛

作者：范嗣刚胡超群文菁张吕平中国科学院南海海洋研究所海洋生物资源可持续利用重点研究室广东省应用海洋生物学重点实验室中国科学院研究生院湛江师范学院生物学系

线粒体基因组序列在后口动物进化研究中有着重要的作用.本研究使用PCR方法获得糙刺参（Stichopus horrens）线粒体全基因组序列.该序列全长16257 bp,包含13个蛋白编码基因,22个tRNA基因和2个rRNA基因.除了一个蛋白编码基因（nad6）和5个... 详细信息

线粒体基因组序列在后口动物进化研究中有着重要的作用.本研究使用PCR方法获得糙刺参（Stichopus horrens）线粒体全基因组序列.该序列全长16257 bp,包含13个蛋白编码基因,22个tRNA基因和2个rRNA基因.除了一个蛋白编码基因（nad6）和5个tRNA基因(tRNA,tRNA,tRNA,tRNA,tRNA在轻链上编码外,其余的基因都在重链上编码.糙刺参线粒体重链碱基有30.8%A,23.7%C,16.2%G,和29.3%T构成.假定的线粒体控制区长675 bp.基因间间隔碱基长1～50bp,共227 bp.11个基因间有重叠碱基,长1～10 bp,共25 bp.13个蛋白编码基因起始密码子均为ATG,终止密码子大多为TAA（nad3和nad4的为TAG）.亮氨酸编码频率最高（16.29%）,随后是丝氨酸（10.34%）和苯丙氨酸（8.37%）.所有的22个tRNA基因均能折叠成三叶草结构.通过和其他4种海参的线粒体基因排列顺序比较,本研究发现糙刺参的线粒体基因排列顺序是一种新的排列方式.

关键词：线粒体DNA序列全长糙刺参基因排列海参纲

来源： cnki会议评论

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六种异齿亚纲双壳贝类的线粒体全基因组:多变化的基因排列和系统...

2012年中国水产学会学术年会

作者：远洋李琪于红孔令锋中国海洋大学水产学院

本研究新测定了六种异齿亚纲物种的线粒体全基因组,旨在解决本亚纲中一些存在争议的进化关系。值得注意的是同属的两个物种存在不同的基因排列顺序。异齿亚纲的系统发生分析显示缢蛏与竹蛏总科的大竹蛏聚为一支,而与樱蛤总科截蛏科关系... 详细信息

本研究新测定了六种异齿亚纲物种的线粒体全基因组,旨在解决本亚纲中一些存在争议的进化关系。值得注意的是同属的两个物种存在不同的基因排列顺序。异齿亚纲的系统发生分析显示缢蛏与竹蛏总科的大竹蛏聚为一支,而与樱蛤总科截蛏科关系较远。五个樱蛤总科的物种聚在一起,然而双线紫蛤没有与同属的紫彩血蛤关系更近,反而与不同科的三个物种的进化关系更近。通过比较分析樱蛤总科五个物种的基因重排和系统发生关系,结果支持基因重排的比较分析在某种程度上是一种有用的系统发生分析研究工具的结论。基于12个蛋白质编码基因构建的系统发生树支持将缢蛏属划归到竹蛏总科而非樱蛤总科。另外,基因排列和分子序列数据都支持紫云蛤科紫蛤属为非单系发生。

关键词：线粒体全基因组异齿亚纲基因排列

来源： cnki会议评论

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科研人员制作人类基因排列总图

工会博览 2000年第3期 18-18页

目前,世界上规模最大的10家制药公司,正在跟5个遗传学研究实验室通力合作,制作一个详尽的"人类基因排列总图"。我们知道,很多细微的基因差别对疾病的发病情况有所影响,而这项工作的目的,就在于找到这些基因差别。科学家在研究人类的身... 详细信息

目前,世界上规模最大的10家制药公司,正在跟5个遗传学研究实验室通力合作,制作一个详尽的"人类基因排列总图"。我们知道,很多细微的基因差别对疾病的发病情况有所影响,而这项工作的目的,就在于找到这些基因差别。科学家在研究人类的身体方面已经取得了很大的成果,而制作"人类基因排列图"的工作,就是以这些成

关键词：基因排列人类

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人类基因排列总图

健康博览 1999年第10期 41-41页

作者：迪迪

目前,世界规模最大的10家制药公司正与5个遗传学研究实验室通力合作,制作一个详尽的人类基因排列总图。科学家在研究人类染色体方面已经取得了很大的成果,而制作人类基因排列图的工作就是以这些成果为基础的。这是一项长期的国际合作项... 详细信息

目前,世界规模最大的10家制药公司正与5个遗传学研究实验室通力合作,制作一个详尽的人类基因排列总图。科学家在研究人类染色体方面已经取得了很大的成果,而制作人类基因排列图的工作就是以这些成果为基础的。这是一项长期的国际合作项目,目的是标明迄今发现的所有人类基因的位置。

关键词：基因排列人类基因人类染色体遗传学人类身体总图研究实验室国际合作项目科学家排列图

基于多位点分子标记和线粒体基因组学中国蚌类(蚌目:蚌超科)物种分类与系统进化研究

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湖泊科学 2021年第6期33卷 1788-1804,I0001-I0011页

作者：武瑞文安建梅陈如如欧阳珊吴小平山西师范大学生命科学学院临汾041000 南昌大学生命科学学院南昌330031

中国是东亚蚌类(蚌目:蚌超科)物种分布中心,共记录有26属.然而,在世界蚌目框架下,中国仍缺乏一个完整科学的蚌类分类系统.本研究基于多位点分子标记(COI、16S、28S)和线粒体基因组学重构聚焦于蚌超科的蚌目系统发育关系,ML、BI和BEAST... 详细信息

中国是东亚蚌类(蚌目:蚌超科)物种分布中心,共记录有26属.然而,在世界蚌目框架下,中国仍缺乏一个完整科学的蚌类分类系统.本研究基于多位点分子标记(COI、16S、28S)和线粒体基因组学重构聚焦于蚌超科的蚌目系统发育关系,ML、BI和BEAST系统发育结果均支持蚌科5亚科分类系统,即(((Ambleminae+Gonideinae)+Rectidentinae)+Unioninae)+Parreysiinae;珍珠蚌科2亚科分类系统,即(Gibbosulinae+Margaritiferinae);中国蚌类隶属蚌科4亚科(Gonideinae,Rectidentinae,Unioninae,Parreysiinae)13族和珍珠蚌科两亚科(Gibbosulinae,Margaritiferinae).基于化石标定的分子钟显示:蚌科物种分化时间为中三叠世(median=232.07 Ma),其中雕刻蚌亚科(Parreysiinae)起源和物种分化时间早于其他亚科;矩形蚌亚科(Rectidentinae)物种分化时间最晚,为晚白垩世(median=94.72 Ma);小方蚌亚科(Ambleminae)和隆脊蚌亚科(Gonideinae)最近共同祖先分化于晚侏罗纪世(median=144.69 Ma),珍珠蚌科起源于晚石炭世(median=312.61 Ma),物种分化于晚白垩世(median=91.59 Ma),中国蚌科现生物种最早起源时间可追溯到白垩纪(中国尖嵴蚌(Acuticosta chinensis),median=114.36 Ma).蚌超科线粒体基因重排分析显示:蚌超科线粒体基因组有4种基因排列方式(GO),珍珠蚌科独享一种(GO1);蚌科中Unioninae和Ambleminae共享一种(GO2);Gonideinae有2种基因排列方式(GO3和GO4),其中室蚌(Chamberlainia hainesiana)独享一种(GO4),其余物种共享一种(GO3).以往作为高阶元分类的贝壳形态、钩介幼虫形态以及育儿囊类型,并不能作为蚌科属及以上阶元分类依据.本研究重构了世界蚌目聚焦于蚌超科的系统发育关系和进化历史,建立了中国蚌类分类系统,为今后该类群区系多样性研究及资源保护提供了分类依据.

关键词：蚌科珍珠蚌科系统发育线粒体基因组学基因排列形态学解剖学