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香港大学科学家发现可使部分人免受“非典（SAFLS）”病毒感染的基因

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生物学教学 2006年第5期31卷 68-69页

据2005年12月20日《参考消息》援引法新社巴黎2005年12月18日电称，香港大学林成龙副教授领导的研究小组发现了一种基因差异，它可以解释在2003年“非典”爆发期间，为什么有些人会感染“非典”，而另一些人却可保持健康状态。研究人员... 详细信息

据2005年12月20日《参考消息》援引法新社巴黎2005年12月18日电称，香港大学林成龙副教授领导的研究小组发现了一种基因差异，它可以解释在2003年“非典”爆发期间，为什么有些人会感染“非典”，而另一些人却可保持健康状态。研究人员绘制了285名“非典”患者的DNA图谱，并与其他共842名未感染者的DNA图谱作了对比分析。结果发现：那些具有重复的CLEC4M基因的人群感染非典的可能性要小30％；而这种免疫力只出现在那些一对染色体上都有CLEC4M基因重复排列的人身上。

关键词：病毒感染香港大学基因差异非典科学家 DNA图谱健康状态研究人员重复排列 M基因

F0-ATP合酶4个亚基基因与烟草雄性不育性关系的研究

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F0-ATP合酶4个亚基基因与烟草雄性不育性关系的研究

作者：王瑜江西农业大学

学位级别：硕士

本研究以3对烟草雄性不育系(MS中烟90、MS云烟85、MSK326)及其相应保持系(中烟90、云烟85、K326)为材料,通过对烟草不育系与保持系线粒体F0-ATP合酶的4个亚基基因(atp9、atp6、orf25、orfB)基因水平的差异、RNA编辑位点的差异、蛋白质... 详细信息

本研究以3对烟草雄性不育系(MS中烟90、MS云烟85、MSK326)及其相应保持系(中烟90、云烟85、K326)为材料,通过对烟草不育系与保持系线粒体F0-ATP合酶的4个亚基基因(atp9、atp6、orf25、orfB)基因水平的差异、RNA编辑位点的差异、蛋白质水平各级结构的差异以及4个亚基基因编码蛋白的相互作用进行研究,探讨了这几个方面与烟草雄性不育之间的关系。主要研究结果如下:在基因水平上,3对材料中4个目的基因的测序后,经过对比不育系与保持系中的相对应的目的基因序列,结果发现,与保持系相比,不育系中atp9、atp6、orf5和orfB基因序列都存在碱基突变,且每个基因所测序的9个不育系样品的突变位点均保持一致。其中,atp9和orfB基因均存在1个碱基突变位点、atp6基因有6个碱基突变点、orf25基因有2个碱基突变位点。在这些碱基突变位点中,除了atp9基因的第126位点、atp6基因的第253和768位点的碱基突变为同义突变外,4个基因其余碱基突变位点都导致了该位点所编码的氨基酸变化。因此推测,除atp9基因以外,烟草雄性不育系线粒体中F0-ATP合酶的另外3个亚基基因中的其中一个或者几个或者全部基因的基因突变很可能成为导致烟草细胞质雄性不育产生的重要原因之一。在RNA编辑水平上,4个目的基因cDNA测序后,将3对不育系及其保持中4个目的基因cDNA序列与其对应的DAN序列比较,获取编辑位点,结果显示,不育系atp9基因转录本有8个位点发生编辑,这8个编辑位点和保持系中的完全一样,但与保持系相比,不育系atp9基因缺失了 2个编辑位点;保持系atp6基因转录本有6个点位发生了编辑,而不育系atp6基因没有一个位点发生编辑;不育系orf25和orfB基因转录本分别有10和4个位点发生了编辑,但它们均和保持系发生的编辑位点一致,二者间没有变化。以上4个目的基因中RNA编辑方式均为C→U(T)的替换,编辑位点大多数都发生在密码子第一和第二位点,且都导致了该位点密码子编码的相应氨基酸变化,而发生在密码子第三位点的少数编辑位点对氨基酸的变化没有影响。因此得出结论:烟草雄性不育系和保持系线粒体F0-ATP合酶中atp9和atp6基因编辑位点存在的差异可能与烟草细胞质雄性不育的产生有很大关系,而在不育系和保持系中,orf25和orfB基因编辑位点并无差异,因此,单从RNA编辑上考虑,orf25和orfB基因编辑可能与烟草细胞质雄性不育的产生没有直接联系。在蛋白质水平上,通过生物信息学方法对不育系和保持系中4个目的基因编码蛋白各级结构进行分析,结果显示,在一级结构上,不育系atp9、atp6、orf25和orfB基因编码蛋白的氨基酸亲水性均比其相对应保持系目的基因蛋白的氨基酸亲水性强,分子量和等电点与保持系相比都存在不同的差异。在二级结构上,与保持相比,不育系atp9基因编码蛋白中的α螺旋和β转角减少,β折叠和无规则卷曲增加;不育系atp6基因编码蛋白中的a螺旋和无规则卷曲增加,β折叠和β转角减少;不育系orf25基因编码蛋白中的无规则卷曲增加,β折叠减少,α螺旋和β转角无变化;orfB基因编码蛋白中的α螺旋和无规则卷曲增加,β折叠和β转角减少。在预测的结构域和三级结构中,与保持相比较,除不育系atp6基因编码蛋白的三级结构在N端缺失一小部分α螺旋以外,4个目的基因编码蛋白的结构域和三级结构在不育系和保持系二者间均无明显变化。另外,对烟草中atp9、atp6、orf25和orfB基因编码蛋白之间的相互作用进行预测,结果发现atp9和atp6编码蛋白可能发生了互作。因此认为烟草不育系和保持系线粒体Fo-ATP合酶中的4个亚基基因编码蛋白在一级结构和二级结构存在的明显差异以及这种差异导致atp9和atp6基因编码蛋白相互作用发生的变化,可能使F0-ATP合酶的功能受到干扰,从而成为导致烟草细胞质雄性不育产生的一个重要原因。

关键词：烟草雄性不育 F0亚基基因基因差异 RNA编辑生物信息学分析

Analysis of DNA Methylation of Gracilariopsis lemaneiformis Under Temperature Stress Using the Methylation Sensitive Amplification Polymorphism(MSAP) Technique

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Journal of Ocean University of China 2018年第3期17卷 623-631页

作者： PENG Chong SUI Zhenghong ZHOU Wei HU Yiyi MI Ping JIANG Minjie LI Xiaodong RUAN Xudong Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding of Ministry of Education Ocean University of China

Gracilariopsis lemaneiformis is an economically important agarophyte, which contains high quality gel and shows a high growth rate. Wild population of G. lemaneiformis displayed resident divergence, though with a low genetic diversity as was revealed by amplified fragment length polymorphism(AFLP) and simple sequence repeat(SSR) analyses. In addition, different strains of G. lemaneiformis are diverse in morphology. The highly inconsistence between genetic background and physiological characteristics recommends strongly to the regulation at epigenetic level. In this study, the DNA methylation change in G. lemaneiformis among different generation branches and under different temperature stresses was assessed using methylation sensitive amplified polymorphism(MSAP) technique. It was shown that DNA methylation level among different generation branches was diverse. The full and total methylated DNA level was the lowest in the second generation branch and the highest in the third generation. The total methylation level was 61.11%, 60.88% and 64.12% at 15℃, 22℃ and 26℃, respectively. Compared with the control group(22℃), the fully methylated and totally methylated ratios were increased in both experiment groups(15℃ and 26℃). All of the cytosine methylation/demethylation transform(CMDT) was further analyzed. High temperature treatment could induce more CMDT than low temperature treatment did.

关键词： DNA 多型性温度应力敏感技术基因差异温度处理温度压力

Characterization of Chiton Ischnochiton hakodadensis Foot Based on Transcriptome Sequencing

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Journal of Ocean University of China 2018年第3期17卷 632-640页

作者： DOU Huaiqian MIAO Yan LI Yuli LI Yangping DAI Xiaoting ZHANG Xiaokang LIANG Pengyu LIU Weizhi WANG Shi BAO Zhenmin Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding of Ministry of Education Ocean University of China Laboratory for Marine Biology and Biotechnology Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology

Chiton(Ischnochiton hakodadensis) is one of marine mollusks well known for its eight separate shell plates. I. hakodadensis is important, which plays a vital role in the ecosystems it inhabits. So far, the genetic studies on the chiton are scarce due in part to insufficient genomic resources available for this species. In this study, we investigated the transcriptome of the chiton foot using Illumina sequencing technology. The reads were assembled and clustered into 256461 unigenes, of which 42247 were divided into diverse functional categories by Gene Ontology(GO) annotation terms, and 17256 mapped onto 365 pathways by KEGG pathway mapping. Meanwhile, a set of differentially expressed genes(DEGs) between distal and proximal muscles were identified as the foot adhesive locomotion associated, thus were useful for our future studies. Moreover, up to 679384 high-quality single nucleotide polymorphisms(SNPs) and 19814 simple sequence repeats(SSRs) were identified in this study, which are valuable for subsequent studies on genetic diversity and variation. The transcriptomic resource obtained in this study should aid to future genetic and genomic studies of chiton.

关键词：衬衣定序基因本体论软体动物生态系统基因差异粘合剂多型性

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离子束重组DOB菌的基因组学研究

离子束重组DOB菌的基因组学研究

作者：范伟伟新疆大学

学位级别：硕士

在前期研究的基础上,为了进一步深入认识和获取低能离子注入驱动DOB基因组的突变机制和分子信息,我们利用生物信息学方法,基于DOB全基因组De novo测序,对3株低能离子束重组菌株DOB073、DOB113和DOB981进行了比较基因组学研究。结果表明,... 详细信息

在前期研究的基础上,为了进一步深入认识和获取低能离子注入驱动DOB基因组的突变机制和分子信息,我们利用生物信息学方法,基于DOB全基因组De novo测序,对3株低能离子束重组菌株DOB073、DOB113和DOB981进行了比较基因组学研究。结果表明,DOB073和DOB113的基因组分别比原始菌株增加了12 883bp和11 174 bp,但DOB981却减少了223 268 bp;前两者相应的基因数目虽然比原始菌株分别增加了28个和23个,但分别缺失了原始菌株基因组中的13个和18个基因,而DOB981虽减少了189个基因但也有新增基因。有关差异基因分析及其功能注释表明,低能离子束重组菌株DOB073和DOB113基因组中的新基因的功能主要与能量代谢、环境适应和DNA损伤修复相关,分别分布于基因组的前部、后部和中部,而缺失的基因则分别主要体现在与染色体分离蛋白和氯化物通道家族蛋白、DNA相关代谢、抗药性等有关功能上,集中分布于基因组的中部;对于DOB981而言,减少的基因的功能主要与DNA变化相关等,处于基因组中部,而少有的新增基因则与DNA代谢、抗性催化以及硫代谢途径相关等,分布于基因组前、中部。基因组系统发育与进化的分析表明,低能离子束重组菌株DOB073、DOB113与原始菌株亲缘关系最近,而DOB981基因组的进化速度快,与原始菌株的亲缘关系较远。差异基因的COG功能富集分析显示,低能离子束重组菌DOB073、DOB113和DOB981独有的基因功能明显富集于蛋白质翻译、核糖体结构和发育、细胞壁/细胞膜/胞外层发育、防护机制等程度有所差异,尤其DOB981最为特别,而碳水化合物转运与代谢则明显存在于原始菌株的独有基因中。本研究为低能离子注入驱动原核微生物的全基因组突变与进化提供了一定的分子证据,也为低能离子注入驱动新基因的从头起源(De novo origination)研究提供了一定的理论和实践依据。

关键词：低能离子束重组DOB 基因组学基因差异功能注释突变与进化

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科技文摘

中国园艺文摘 2014年第3期30卷 227-236页

胡萝卜抗冻蛋白AFP基因的克隆与序列分析以胡萝卜幼苗为材料,提取基因组DNA,根据GenBank中的已知序列设计引物,利用聚合酶链式反应技术（PCR）体外扩增获得胡萝卜抗冻蛋白基因（AFP）,将其连接到pGEM-Teasyvector载体上,并对其进行生物... 详细信息

胡萝卜抗冻蛋白AFP基因的克隆与序列分析以胡萝卜幼苗为材料,提取基因组DNA,根据GenBank中的已知序列设计引物,利用聚合酶链式反应技术（PCR）体外扩增获得胡萝卜抗冻蛋白基因（AFP）,将其连接到pGEM-Teasyvector载体上,并对其进行生物学信息分析。结果表明：克隆的AFP基因片段全长1…206…bp,…其中编码区长1026…bp,共编码341个氨基酸,蛋白质分子量为38.048…ku,等电点为5.43,该蛋白为亲水性分泌型蛋白,有信号肽存在;其蛋白质二级结构以α-螺旋、β-折叠和无规卷曲为主。与GenBank中（A91926.1）

关键词：抗冻蛋白基因蛋白质二级结构科技文摘蛋白质分子量编码区野牡丹 β-折叠信号肽 α-螺旋基因差异

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混血儿“混”的是血吗?

科学大众（小诺贝尔） 2015年第10期 1-6页

作者：殷向荣

在电视综艺节目《爸爸去哪儿3》中,我们认识了两位惹人喜爱的欧亚混血儿,虽然他们一位长得更像欧洲人,一位长得更像亚洲人,但都十分漂亮。他们为什么被称为"混血儿"呢?混血儿"混"的是血吗?为什么有人说,混血儿都是既聪明又漂亮,这是真的... 详细信息

在电视综艺节目《爸爸去哪儿3》中,我们认识了两位惹人喜爱的欧亚混血儿,虽然他们一位长得更像欧洲人,一位长得更像亚洲人,但都十分漂亮。他们为什么被称为"混血儿"呢?混血儿"混"的是血吗?为什么有人说,混血儿都是既聪明又漂亮,这是真的吗?同样是欧亚混血儿,为什么有人长得更像欧洲人,有人长得更像亚洲人呢?这些问题,我们都能在"基因"中找到答案。

关键词：电视综艺节目亚洲人去哪儿欧罗巴人蒙古利亚基因差异翻译表达夏天长尼安德特人人基因组

呼和浩特等地区嗜尸性苍蝇mtDNA中COⅠ基因序列检测及法医学应用

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法医学杂志 2005年第2期21卷 100-103,106页

作者：蔡继峰董建国刘敏应斌武陶涛潘洪富张林闫红涛张嘉陵廖志钢四川大学华西基础与法医学院四川成都610041 上海第二医科大学基础医学院病理学教研室上海200025 成都市人民检察院四川成都610000

目的通过对嗜尸性苍蝇线粒体DNA(mtDNA)上细胞色素氧化酶辅酶Ⅰ(COⅠ)中278bp基因序列的分析,对其成虫及其幼虫、蛹、卵的种属进行鉴定,解决依据形态学方法难以鉴定的难题。方法随机分别采集呼和浩特和甘肃敦煌地区兔和猪尸体上的嗜尸... 详细信息

目的通过对嗜尸性苍蝇线粒体DNA(mtDNA)上细胞色素氧化酶辅酶Ⅰ(COⅠ)中278bp基因序列的分析,对其成虫及其幼虫、蛹、卵的种属进行鉴定,解决依据形态学方法难以鉴定的难题。方法随机分别采集呼和浩特和甘肃敦煌地区兔和猪尸体上的嗜尸性苍蝇、幼虫、蛹及其腹中的卵,提取其mtDNA,经PCR扩增、产物检测与纯化、测序等,进行序列分析和构建系统发育树。结果双翅目嗜尸性苍蝇的种内基因差异均数小于1%,种间差异均数大于3%,成虫与幼虫、蛹、卵之间无显著性差异。结论mtDNA上COⅠ序列分析均可以有效地对嗜尸性苍蝇及其幼虫、蛹、卵进行种属鉴定,方法快速、简便和精确,可作为法医学嗜尸性苍蝇种属鉴别的可靠方法。

关键词： mtDNA 呼和浩特基因序列法医学应用苍蝇 CO 细胞色素氧化酶序列分析形态学方法 PCR扩增显著性差异敦煌地区产物检测系统发育基因差异种间差异幼虫线粒体鉴定种属双翅目成虫均数

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浩瀚的基因之海

新知客 2008年第2期 96-101页

作者：侯迎

我们现在所认识的生物只占地球上所有生物的1%。剩下的那99%大多数是微生物,它们是存在于海洋和地下深处的宝藏。而人类对它们的探索才刚刚开始……

关键词：基因差异细菌人工染色体基因组测序文特鸟枪法人类基因组计划克隆法参考基因荧光标记遗传