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云斑白条天牛COI基因碱基序列长度与基因差异相关性比较

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现代农业科技 2022年第2期 108-110,117页

作者：常志恒梅增霞李建庆张颖滨州学院生物与环境工程学院山东滨州256603

本文以2014年和2019年为害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌、雄成虫的COI基因为研究对象,拼接获取8个样品COI基因的初始序列和剪切序列,利用初始序列和剪切序列分别分析比较为害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌、雄成虫COI基因在2019年和2014年... 详细信息

本文以2014年和2019年为害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌、雄成虫的COI基因为研究对象,拼接获取8个样品COI基因的初始序列和剪切序列,利用初始序列和剪切序列分别分析比较为害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌、雄成虫COI基因在2019年和2014年之间的差异,以此验证序列长度与基因差异的相关性。结果表明:2014年和2019年为害白蜡树和杨树云斑白条天牛雌、雄成虫COI基因序列的碱基含量方面,剪切序列和初始序列获得碱基含量不一致,但差异较小;碱基相似度方面,剪切序列分析所得COI基因的碱基相似度较初始序列变大,但不同样品间的相似度差异规律没有变化。综上所述,云斑白条天牛不同样品COI基因的碱基序列剪切成统一长度后,碱基含量及序列相似度都会发生改变,但变化的幅度较小,对定性分析的结果影响不大,是否需要将碱基序列剪切统一,可根据研究需要自行判断。

关键词：云斑白条天牛 COI基因序列长度基因差异

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非物质文化遗产的基因差异及旅游发展转型

地域研究与开发 2015年第1期34卷 76-80页

作者：刘社军吴必虎北京大学城市与环境学院旅游研究与规划中心北京100871

非物质文化遗产作为文化传统和精神信仰的载体,是一个地区、民族乃至国家的无形财产,近年来受到越来越多的关注,其保护和传承也成为专家学者研究的重点。在阅读相关文献基础上,运用类比法和举证法,从生物遗传学视角出发,从历史沉淀和地... 详细信息

非物质文化遗产作为文化传统和精神信仰的载体,是一个地区、民族乃至国家的无形财产,近年来受到越来越多的关注,其保护和传承也成为专家学者研究的重点。在阅读相关文献基础上,运用类比法和举证法,从生物遗传学视角出发,从历史沉淀和地理变迁角度对非物质文化遗产产生的基因差异进行了分析,并从具体的国家级非物质文化遗产案例解读非物质文化遗产的基因及性状表达差异。同时,在分析非物质文化遗产发展困惑的基础上,探讨通过旅游开发将无形遗产有形化、大众化,优化文化基因赖以生存的遗传基质的可行性,从而探讨实现非物质文化遗产保护和传承的双赢策略。

关键词：非物质文化遗产基因差异地域性旅游开发基因表达

120例河南汉族男性Y染色体全测序及其Y-SNP基因差异度研究

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120例河南汉族男性Y染色体全测序及其Y-SNP基因差异度研究

作者：卢颀郑州大学

学位级别：硕士

背景和目的人类基因组由核基因组及线粒体基因组组成。其中核基因组由22对常染色体和一对性染色体（X、Y）组成。Y染色体中大约有95%的区段无法与其他染色体配对或重组,被称为非重组Y染色体部分（Non-recombinant Y chromosome,NRY）。... 详细信息

背景和目的人类基因组由核基因组及线粒体基因组组成。其中核基因组由22对常染色体和一对性染色体（X、Y）组成。Y染色体中大约有95%的区段无法与其他染色体配对或重组,被称为非重组Y染色体部分（Non-recombinant Y chromosome,NRY）。由于Y染色体只能由男性父代传递给子代、遵循严格的父系遗传规律,所以Y染色体在人类进化漫长的时间里,不断地积累着父子间偶然发生的遗传突变而往下传递。诸如这些原因,使得Y染色体成为极有研究价值的遗传标记集合,这些遗传标记包括各种长度的卫星DNA,插入—缺失（InDel）位点,以及单核苷酸多态性（SNP）等。由于SNP位点具有广泛分布、易于分型、不存在回复突变等优点,所以其对于人类起源、迁徙、演化等方面的研究具有极高的价值。根据Y-SNP位点信息绘制的Y-DNA单倍群系统进化树（ISOGG Y-DNA Haplogroup Tree,http://***/tree）,已成为人类学、群体遗传学等领域进行研究的一个重要内容,对于追踪某一生物检材的起源具有重要参考价值。最近十余年来,第二代测序技术（next generation sequencing,NGS）已经得到了极大的发展。它直接将基因组序列信息详细地展现到人们的面前,越来越体现出高通量、低成本、高速度的优势。尤其在近几年,通过NGS技术发现新SNP遗传标记呈现出爆发式增长,为相关的应用及研究提供了更多可能。本实验通过NGS技术首次对120例河南汉族男性进行全Y染色体测序,并基于所获得的测序数据,对Y-SNP位点信息进行群体遗传学分析及法医学应用评价,以期获得具有法医遗传学应用价值的新兴Y-SNP位点;同时对该批样品的Y-DNA单倍群系统进化树进行绘制,以探究河南汉族男性的演化历史、查明河南汉族男性人群结构的特点,从而为相关法医学应用及有关汉族起源的人类学、遗传学研究提供参考。材料依据知情同意原则选取年龄不小于18周岁、祖籍在河南且三代以内均在河南省内居住、互无血缘关系的汉族男性个体120例。每人取前臂外周血2ml,经枸橼酸钠抗凝剂或EDTA抗凝剂处理,于-80℃冰箱内冷冻保存待用。方法1.使用上海莱枫公司的2ml血液基因组DNA提取试剂盒依次提取该120例河南汉族男性外周血基因组DNA。2.委托郑州大学精准医学中心及上海英莱盾生物技术公司各对60例DNA样本在其二代测序平台上进行Y染色体全序列测序。3.对得到的NGS测序数据,在国家超算郑州中心及郑州大学超级计算平台的Linux集群上按照标准NGS生物信息学分析流程（bwa+samtools）进行质控评估,并按照人参考基因组hg19进行比对。4.提取测序结果中的Y-SNP信息:使用GATK软件参考UCSC的db SNP数据库对120例样本的二代测序结果中所有已知Y-SNP位点进行比对并分型,按照群体遗传学方法对其进行统计分析筛选,并计算其单倍型（haplotype）差异度等指标,评价其法医遗传学应用价值。5.Y-DNA单倍群（haplogroup）分型:使用Y-leaf软件对该120例河南汉族男性样本进行Y-DNA单倍群进化树归类。将比对整理好的bam测序结果文件输入yleaf软件并运行程序,参考Y单倍群进化树得到120例样本的Y-DNA单倍群分析结果,确定每一样本在Y单倍群进化树上的分支归属。并计算各单倍群亚型在河南汉族男性群体中的比例。6.分化时间分析:使用BEAST2软件对120例样本的Y-SNP分型进行分化时间分析,重构Y-SNP在时间标尺上的突变累积过程,尝试分析河南汉族人群的起源与迁徙历史。结果1.60例样本在郑州大学精准医学中心进行二代测序,每一例样品均获得了有效数据:平均深度为15.01×,碱基质量稳定可靠,测序质量较好;60例样本在上海英莱盾生物技术公司进行二代测序,每一例样品均获得了有效数据:平均深度为74.30×,碱基质量稳定可靠,测序质量较好。2.将获得的120例河南汉族男性Y染色体测序数据与db SNP数据库比对共获得71543个已知的Y-SNPs位点,其中二等位SNP位点66290个。3.经过筛选,从120例河南汉族男性Y染色体测序数据中获得分型结果缺失率在5%以下、且野生型基因频率位于0.4-0.6范围之内的二等位SNP位点36个。计算其中35个Y-SNP位点rs374887753、rs79917345、rs76000750、rs13305177、rs76204317、rs935098066、rs113547797、rs12164443、rs370594792、rs1200009271、rs911641840、rs200510226、rs144763445、rs200346965、rs796107181、rs60001530、rs200839143、rs2267801、rs77684578、rs76047574、rs1021199046、rs

关键词：第二代测序 Y-SNP单倍型单倍群时间分化分析基因差异

单增李斯特菌1／2a血清型菌株生物膜形成能力及相关基因差异研究

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中国人兽共患病学报 2013年第4期29卷 354-360页

作者：叶正兴王艳李培京刘凯叶长芸传染病预防控制国家重点实验室中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的检测5株1/2a血清型单增李斯特菌生物膜形成能力并分析其单增李斯特菌生物膜形成相关基因的携带情况,为进一步探究单增李斯特菌生物膜形成影响因素及致病机制提供线索。方法依据96孔微孔板结晶紫染色方法对5株单增李斯特菌进行了生... 详细信息

目的检测5株1/2a血清型单增李斯特菌生物膜形成能力并分析其单增李斯特菌生物膜形成相关基因的携带情况,为进一步探究单增李斯特菌生物膜形成影响因素及致病机制提供线索。方法依据96孔微孔板结晶紫染色方法对5株单增李斯特菌进行了生物膜形成能力检测,并用扫描电镜观察生物膜形成情况。使用聚合酶链反应(PCR)技术对5株菌进行了生物膜形成相关的12对基因(sigB,prfA,yneA,hpt,relA,flaA,recA,agrA,luxS,degU,motB,bapL)全长的扩增及测序分析,通过与GeneBank中已公布的单增标准菌株EGD-e序列比对确定基因变异情况。结果 5株1/2a血清型单增李斯特菌形成生物膜的能力有所不同,结晶紫染色观察结果与扫描电镜观察结果较为一致。11种生物膜相关基因在5株单增李斯特菌中的检测结果全阳性,测序结果发现部分基因出现突变位点(多为同义突变,部分为非同义突变)。bapL基因在生物膜形成能力较低两株菌中为阳性,而在生物膜形成能力较高的两株菌中为阴性。结论不同的1/2a血清型单增李斯特菌间生物膜形成能力有所差异,5株1/2a血清型单增李斯特菌bapL基因携带与其生物膜形成能力并不一致,11株生物膜相关基因中出现多处碱基位点及氨基酸变化等同义突变与非同义突变。

关键词：单增李斯特菌生物膜形成基因差异

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基因差异可影响人类抗流感能力

黑龙江科技信息 2012年第11期 I0008-I0009页

前几年的甲型H1N1流感大流行中，感染者有的病情严重，有的仅出现轻微症状。英国和美国的研究人员25日联合发表研究报告说，人体内一个基因的“版本”不同影响了人们抵抗流感的能力。

关键词：基因差异抗流感能力甲型H1N1流感人类研究人员

lncRNA基因芯片技术筛选膝骨性关节炎差异性基因表达的构建研究

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中文科技期刊数据库（全文版）医药卫生 2023年第6期 0043-0045页

作者：曾文丛赣州市人民医院江西赣州341000

利用基因芯片技术对膝骨性关节炎差异表达的长链非编码RNA(IncRNA)进行初步筛选,同时对其生物学功能和相关代谢通路进行分析,以期为膝骨性关节的治疗提供参考。方法研究对象选择我院2020年12月~2022年12月收治的膝骨性关节炎患者作为... 详细信息

利用基因芯片技术对膝骨性关节炎差异表达的长链非编码RNA(IncRNA)进行初步筛选,同时对其生物学功能和相关代谢通路进行分析,以期为膝骨性关节的治疗提供参考。方法研究对象选择我院2020年12月~2022年12月收治的膝骨性关节炎患者作为观察组,选择同期健康体检者作为对照组,各39例。抽取两组研究对象外周静脉血样本利用IncRNA基因芯片进行检测,对差异基因进行筛选和分析,确定差异基因和差异IncRNA及其相关生物学功能和信号通路。结果两组研究对象中共筛选出1760个具有差异性的mRNA表达基因,其中上调和下调的mRNA 个数分别有360个和1370个;两组研究对象中共筛选出2250个具有差异性的IncRNA表达基因,其中上调和下调的IncRNA 个数分别有620个和1670个;两组差异表达的IncRNAs主要涉及到参与金属离子结合、细胞组分、蛋白结合、病毒转录、rRNA过程等;通过高级分析最终筛选出的具有显著差异的IncRNA有68个,其FC值均>4,其中上调和下调的基因数分别有7个和65个,分别占总数的10.29%和89.71%。与骨性关节分发病相关的IncRNA主要为Inc-HERC-6-3、Inc-FAM3B-8、Inc-SERPINCI 。KEGC分析结果显示,Wnt通路、NF-κB信号通路和细胞黏附分子(CAMs)为主要参与的通路。靶基因结果显示,膝骨性关节炎的发病中参与的主要为IncRNAs MEG3和IncRNAa CIR。结论:通过基因芯片技术筛选出1760个具有差异性的mRNA表达基因和2250个具有差异性的IncRNA表达基因,靶基因结果显示膝骨性关节炎的发病中参与的2条IncRNAs主要为IncRNAs MEG3和IncRNAa CIR,该研究结果为膝骨性关节炎的发病机制的和靶向治疗的研究提供参考。

关键词：膝骨性关节炎基因差异 IncRNA

寡聚核苷酸微阵列技术应用于脉动流剪应力作用下人体动脉平滑肌细胞基因差异表达的研究

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生物医学工程学杂志 2004年第2期21卷 208-211页

作者：田佳樊瑜波陈君楷四川大学生物医学工程实验室

采用本实验室自行设计和研制的 Flow Cham ber血液流动剪切装置 ,从细胞生物力学的角度 ,采用寡聚核苷酸微阵列技术 ,探讨人体脐动脉平滑肌细胞 (VSMC)在脉动流剪应力作用下的基因差异性表达 ,以及相关基因表达的调控 ;比较脉动流和定... 详细信息

采用本实验室自行设计和研制的 Flow Cham ber血液流动剪切装置 ,从细胞生物力学的角度 ,采用寡聚核苷酸微阵列技术 ,探讨人体脐动脉平滑肌细胞 (VSMC)在脉动流剪应力作用下的基因差异性表达 ,以及相关基因表达的调控 ;比较脉动流和定常流两种剪应力作用下 VSMC基因表达的差异。通过提取细胞总 RNA ,逆转录合成单链 c DNA,双链 c DNA,体外转录合成生物素标记的 c DNA与基因进行芯片杂交 ,经抗体的检测标记荧光染料Cy3,用基因芯片扫描仪进行基因芯片的图像扫描。结果发现 ,与对照组比较 ,经脉动流剪应力作用后 ,血管平滑肌细胞有 1330个基因出现差异表达 ;经定常流剪应力作用后 ,与对照组比较 ,有 2 6 76个基因出现差异表达 ;比较定常流和脉动流两组的血管平滑肌细胞基因 ,有 2 2 97个基因存在表达差异。实验表明 ,近生理状态的脉动流与定常流两种剪应力 ,对体外培养的人体血管平滑肌细胞的基因表达 ,在数量、范围和调控水平上有着很大的差异。提示在生理或病理情况下 ,血液流体力学的变化 ,可诱导血管平滑肌细胞基因在 m RNA表达水平出现不同的应力响应。

关键词：寡聚核苷酸微阵列技术人体动脉动脉平滑肌细胞基因差异基因表达脉动流剪应力基因芯片

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脑胶质瘤肿瘤干细胞和肿瘤细胞基因差异分析

脑胶质瘤肿瘤干细胞和肿瘤细胞基因差异分析

作者：张胜平昆明医学院

学位级别：硕士

目的： 1、探讨人脑胶质瘤肿瘤干细胞和肿瘤细胞分离、培养与鉴定的方法。 2、分析脑胶质瘤肿瘤干细胞和肿瘤细胞间SHH、EGFR、BCL2L12、MMP9、MMP2基因表达。方法： 1、采用直接培养法分离培养人脑胶质瘤肿瘤干细胞和肿瘤细胞。参照... 详细信息

目的： 1、探讨人脑胶质瘤肿瘤干细胞和肿瘤细胞分离、培养与鉴定的方法。 2、分析脑胶质瘤肿瘤干细胞和肿瘤细胞间SHH、EGFR、BCL2L12、MMP9、MMP2基因表达。方法： 1、采用直接培养法分离培养人脑胶质瘤肿瘤干细胞和肿瘤细胞。参照神经干细胞培养条件,对肿瘤干细胞进行体外培养,观察其增殖、分化情况,并进行CD133、nestin免疫细胞化学鉴定。 2、采用Trizol法分别提取脑胶质瘤肿瘤干细胞和肿瘤细胞RNA。 3、采用实时荧光定量PCR检测肿瘤干细胞和肿瘤细胞中ABCG2、SHH、EGFR、BCL2L12、MMP9、MMP2基因表达情况,然后分析他们在两种细胞中表达是否有差异。结果： 1、肿瘤干细胞直接培养7d后,可形成大量悬浮生长的神经球,nestin及CD133 免疫反应均成阳性反应。 2、采集各基因的CT值进行转换后进行统计分析,ABCG2、SHH、EGFR、BCL2L12、MMP9、MMP2在肿瘤干细胞中的表达均高于肿瘤细胞中的表达,分别为ABCG2(t=4.87;P<0.001)、SHH(t=7.68;P<0.001)、EGFR(t=20.39;P<0.001)、BCL2L12(t=5.79;P<0.001)、MMP9(t=7.86;P<0.001)、MMP2(t=7.31;P<0.001)。ABCG2、SHH、EGFR、BCL2L12、MMP9、MMP2在肿瘤干细胞间的表达并不一致(F=4.18,F0.***.5.60,=2.37<4.18,P<0.05)。结论： 1、人脑胶质瘤中存在具有神经干细胞特性的肿瘤干细胞,CD133和nestin是脑肿瘤干细胞重要的表面标记,可以用于脑肿瘤干细胞的鉴定。 2、ABCG2、SHH、EGFR、BCL2L12、MMP9、MMP2在肿瘤干细胞中的高表达为针对肿瘤干细胞从根本上治疗脑胶质瘤提供了理论依据。

关键词：脑胶质细胞瘤肿瘤干细胞基因差异

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唐山地区A组轮状病毒VP7基因差异分析

江苏医药 2010年第12期36卷 1418-1419页

作者：吴景华王海欣华北煤炭医学院附属医院检验科唐山063000 唐山市中医医院口腔科

目的调查唐山地区A组轮状病毒感染现况。方法 RT-PCR鉴定唐山地区A组轮状病毒流行株型别,提取病毒总RNA,扩增目的基因片段VP7,分离纯化和回收,连接pMD18-T载体,转化质粒进行抽提与鉴定,同时进行基因测序。结果与标准病毒株进行基因差异... 详细信息

目的调查唐山地区A组轮状病毒感染现况。方法 RT-PCR鉴定唐山地区A组轮状病毒流行株型别,提取病毒总RNA,扩增目的基因片段VP7,分离纯化和回收,连接pMD18-T载体,转化质粒进行抽提与鉴定,同时进行基因测序。结果与标准病毒株进行基因差异分析。结果成功连接VP7基因与pMD18-T载体。基因测序分析结果 :唐山地区A组轮状病毒VP7基因与标准病毒株VP7基因序列符合率(同源性)为98.5%,其关键基因没有发生变异。结论唐山地区A组轮状病毒VP7基因的关键基因没有发生变异。

关键词： A组轮状病毒 VP7基因基因差异