检索结果-南通市图书馆

烟草牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因家族的全基因组鉴定

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

烟草科技 2015年第6期48卷 1-8页

作者：李泽锋魏攀夏玉珍王中武明珠王燃罗朝鹏金立锋杨军林福呈李锋中国烟草总公司郑州烟草研究院红塔烟草(集团)有限责任公司技术中心

为了揭示烟草栊牛儿基[牛 ]牛儿基焦磷酸合成酶（Geranylgeranyl pyrophosphate synthase，GGPPS）基因家族的特征和功能，利用生物信息学方法对烟草GGPPS家族进行了全基因组查找、鉴定及相关分析。在普通烟草中共鉴定出9个成员（大亚基... 详细信息

为了揭示烟草栊牛儿基[牛 ]牛儿基焦磷酸合成酶（Geranylgeranyl pyrophosphate synthase，GGPPS）基因家族的特征和功能，利用生物信息学方法对烟草GGPPS家族进行了全基因组查找、鉴定及相关分析。在普通烟草中共鉴定出9个成员（大亚基7个、小亚基2个），林烟草、绒毛状烟草中分别鉴定出5个成员（大亚基4个、小亚基1个）。GGPP5的开放阅读框长度为999～1119bp，编码332~372个氨基酸，蛋白质分子量为36．2～40．7kD，等电点为5．41～8．32。大亚基和小亚基基因分别含有1个和2个外显子；大亚基与小亚基均具有DD（XX）。D和CXXXC保守性基序，但存在一定的差异。在进化过程中，烟草GGPPS家族可能发生了串联重复复制和片断复制；普通烟草GGPPS家族可能发生了基因丢失，NtabGGPPS1-1和NtabGGPPS1—2较其他成员进化速率快，同时可能受到了净化选择。

关键词：普通烟草林烟草绒毛状烟草牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS) 基因家族全基因组

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

人参bZIP基因家族生物信息学分析

中草药 2022年第9期53卷 2786-2794页

作者：王思嘉孙嘉莹刘美琦任伟超于欣欣刘秀波马伟黑龙江中医药大学药学院黑龙江哈尔滨150040 黑龙江中医药大学佳木斯学院黑龙江佳木斯154007 教育部北药基础与应用研究重点实验室黑龙江哈尔滨150040

目的通过人参bZIP基因家族生物信息学分析,为人参功能基因开发利用提供理论依据。方法运用PlantTFDB数据库预测人参基因组中b ZIP基因;通过ExPASy网站得到人参bZIP基因家族信息和特征;使用MEME网站对PgbZIP基因家族保守基因序列进行分析... 详细信息

目的通过人参bZIP基因家族生物信息学分析,为人参功能基因开发利用提供理论依据。方法运用PlantTFDB数据库预测人参基因组中b ZIP基因;通过ExPASy网站得到人参bZIP基因家族信息和特征;使用MEME网站对PgbZIP基因家族保守基因序列进行分析;运用MEGA软件建立PgbZIP基因家族系统进化关系;利用TBtools软件进行PgbZIP表达分析。结果人参基因组中含有157个bZIP基因家族成员,其中152个定位在细胞核,其余5个分别定位在叶绿体和内质网,相对分子质量在14009.93~83440.38,等电点在4.53~10.05,氨基酸数目在120~760 aa,除PgbZIP157以外,均为亲水蛋白。PgbZIP131在干旱胁迫下的表达量为83.47;PgbZIP99在根和盐胁迫条件下表达量均最高,分别为119.82和117.86;PgbZIP117在叶中表达量为48.54;花中PgbZIP106表达量最高为79.55;成熟果实中表达量最高是PgbZIP118,为119.32;PgbZIP101在未成熟果实中的表达量最高,且为65.32。结论推测PgbZIP99与同源基因AtbZIP11功能相似,可以调控根的分生组织活性;PgbZIP131在干旱胁迫条件下表达量最高,推测PgbZIP131对干旱胁迫有重要调控作用;A亚族成员ABF2/AREB1(AtbZIP36)、ABF3(Atb ZIP37)、ABF4/AREB2(AtbZIP38)参与干旱胁迫和盐胁迫调控,推测与A亚族成员具有同源关系的PgbZIP74、PgbZIP132、PgbZIP122、PgbZIP112在干旱胁迫和盐胁迫条件下具有相似调控作用。

关键词：人参 bZIP 生物信息学基因家族盐胁迫干旱胁迫

麻疯树AP2/ERF基因家族孤儿基因Soloist的克隆与原核表达分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

林业科学 2018年第9期54卷 60-69页

作者：王海波龚明郭俊云辛胡唐利洲刘潮高永代冬琴曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心云南省高校云贵高原动植物遗传多样性及生态适应性进化重点实验室曲靖655011 云南师范大学生命科学学院昆明650500 曲靖师范学院生物资源与食品工程学院曲靖655011 西南林业大学林学院昆明650224

【目的】含有AP2结构域的AP2/ERF蛋白是与植物抗逆性密切相关的转录因子家族,Soloist是AP2/ERF家族中的孤儿基因,大部分植物只有1个。克隆麻疯树该基因编码框的全长c DNA序列,并对其理化性质、基因结构、启动子区域调控元件、表达特性... 详细信息

【目的】含有AP2结构域的AP2/ERF蛋白是与植物抗逆性密切相关的转录因子家族,Soloist是AP2/ERF家族中的孤儿基因,大部分植物只有1个。克隆麻疯树该基因编码框的全长c DNA序列,并对其理化性质、基因结构、启动子区域调控元件、表达特性及蛋白原核表达进行分析,为深入开展麻疯树Soloist基因的功能鉴定及其在麻疯树遗传改良中的应用提供依据。【方法】利用AP2结构域的隐马尔可夫模型结合拟南芥与水稻的Soloist蛋白序列对麻疯树蛋白质数据库进行相似性检索,经过Pfam与CDD在线工具的验证获得麻疯树AP2/ERF基因家族成员。利用不同的工具对Soloist基因进行生物信息学对比分析。通过实时荧光定量PCR检测该基因在麻疯树不同器官及低温处理下的相对表达量。通过双酶切构建该基因的原核表达载体,并转化大肠杆菌BL21(DE3)菌株进行IPTG诱导表达,分别收集不同诱导时间段的菌液,SDS-PAGE检测融合蛋白的表达情况。【结果】共鉴定到119个麻疯树AP2/ERF家族基因,其中包含1个Soloist基因,命名为Jc Soloist。序列分析显示,麻疯树Jc Soloist基因编码框长度为699 bp,编码232个氨基酸,预测分子量为26.3 k Da,理论等电点为9.65,包含6个外显子与5个内含子。在其基因启动子序列中鉴定到TATA框、CAAT框,以及赤霉素、水杨酸及干旱等应答元件。表达分析显示,麻疯树Jc Soloist基因在麻疯树各器官中都有表达,但表达水平具有器官特异性,在根中表达量较高,而在叶片中表达量相对较低,同时,在叶片与根中都属于低温诱导表达基因,分别在低温胁迫3 h与24 h达到最大表达量,较对照提高34.38倍与3.83倍。构建了p ET-32a-Jc Soloist重组载体,且在原核细胞中稳定表达,SDS-PAGE结果显示融合蛋白分子量为46.0 k Da,与预期大小一致。【结论】麻疯树AP2/ERF基因家族鉴定到1个Soloist基因,包含由3条反平行β-折叠与1条α-螺旋组成的AP2结构域,与其他物种的报道一致。基因启动子区域鉴定到赤霉素、水杨酸等顺式作用元件,暗示该基因在麻疯树激素信号转导中发挥重要作用。Jc Soloist基因在麻疯树叶片与根中受低温诱导表达显著,说明该基因参与麻疯树低温响应过程以及低温信号转导途径,也成为麻疯树抗冷新品种选育的候选基因。

关键词：麻疯树基因家族 AP2/ERF Soloist 转录因子原核表达

烟草半胱氨酸蛋白酶抑制剂(CPI)基因家族的克隆及组织表达谱分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国烟草学报 2014年第4期20卷 79-87页

作者：林世锋元野任学良邹颉黎瑞源郭玉双赵杰宏王仁刚贵州省烟草科学研究院烟草行业分子遗传重点实验室贵州贵阳550081 黑龙江省烟草科学研究所牡丹江157011

运用生物信息学方法,结合RT-PCR和SMART RACE技术从烟草(Nicotiana tabacum)中克隆了4个CPI基因的全长cDNA序列,分别命名为NtCPI1、NtCPI2、NtCPI3和NtCPI4,GenBank登陆号分别为KF057988、KF057989、KF057990和KF057991。基因序列分析表明4个基因分别编码98、98、120和123个氨基酸残基的蛋白质,都具有CPI反应位点的保守基序GG、QXVXQ和A/PW,同时具有植物CPI所特有的LARFAV基序,其中NtCPI3和NtCPI4的N端还包含一段27个氨基酸残基组成的信号肽。实时荧光定量PCR试验表明,4个基因的组织表达谱很广,在根、茎、叶和芽组织中都有表达。研究结果为进一步研究半胱氨酸蛋白酶抑制剂在植物中的生理功能奠定了基础。

关键词：烟草半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因家族克隆组织表达谱

甘蓝型油菜BnEXO基因家族功能与表达分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

华北农学报 2024年第5期39卷 24-32页

作者：陈雨蝶张泽荣李恒湘李天乐曾思杰邬贤梦熊兴华肖钢湖南农业大学农学院湖南长沙410128 汝城县农业农村局湖南郴州424100

EXORDIUM(EXO)基因在拟南芥中被确定为油菜素内酯(BR)响应基因,通过介导细胞扩张促进植物生长。为探究EXO基因在甘蓝型油菜中的功能以及在花期不同组织中的表达规律,以甘蓝型油菜中双6号为材料,克隆EXO基因的编码区序列命名为BnEXO,并... 详细信息

EXORDIUM(EXO)基因在拟南芥中被确定为油菜素内酯(BR)响应基因,通过介导细胞扩张促进植物生长。为探究EXO基因在甘蓝型油菜中的功能以及在花期不同组织中的表达规律,以甘蓝型油菜中双6号为材料,克隆EXO基因的编码区序列命名为BnEXO,并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量技术对BnEXO基因在甘蓝型油菜花期根、茎、叶、花瓣、花蕾和角果皮中的相对表达量进行测定。结果表明,BnEXO基因的CDS序列为945 bp,BnEXO为稳定亲水性非跨膜蛋白,属于分泌蛋白,在细胞外表达,蛋白的二级结构以无规则卷曲为主。不同组织中的表达分析结果表明,BnEXO基因在不同组织中的表达量由高到低依次为花瓣、角果皮、花蕾、茎、根、叶,在花瓣中的表达量最高。此外,以拟南芥中8个EXO基因家族成员的蛋白序列为基础,鉴定到20个甘蓝型油菜EXO基因(BnaEXO),11个白菜EXO基因(BraEXO)和11个甘蓝EXO基因(BoEXO)。大多数基因家族成员编码蛋白质为稳定性蛋白,定位在细胞外,长度为271~411个氨基酸,等电点预测为5.76~9.60,分子质量为28.76~46.21 ku。系统发育分析将EXO基因分为EXOA、EXOB、EXOC、EXOD和EXOE共5个亚组,EXOB亚组中成员最少。基因结构分析表明,大多数成员只含有1个外显子,没有内含子,EXO基因家族成员序列具有高度的保守性。甘蓝型油菜中成员的启动子区域顺式元件分析结果表明,BnaEXO基因在植物的生长发育及逆境胁迫中发挥重要作用。

关键词：甘蓝型油菜 EXORDIUM 克隆基因家族油菜素内酯

茶树CsCCD基因家族全基因组鉴定及乌龙茶LED补光晾青下表达分析

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物工程学报 2022年第1期38卷 359-373页

作者：倪子鑫武清扬杨云邓慧莉周子维赖钟雄孙云福建农林大学园艺学院茶学福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学园艺植物生物工程研究所福建福州350002

类胡萝卜素裂解双加氧酶(carotenoid cleavage dioxygenase, CCD)家族成员能催化类胡萝卜素裂解生成挥发性芳香物质并参与植物激素的合成。为探究茶树CsCCD基因家族成员生物学功能及基因表达模式,采用生物信息学手段进行了茶树全基因组C... 详细信息

类胡萝卜素裂解双加氧酶(carotenoid cleavage dioxygenase, CCD)家族成员能催化类胡萝卜素裂解生成挥发性芳香物质并参与植物激素的合成。为探究茶树CsCCD基因家族成员生物学功能及基因表达模式,采用生物信息学手段进行了茶树全基因组CsCCD基因家族成员的鉴定,预测分析了其基因结构、保守基序、染色体定位、蛋白的理化性质、进化特性、互作网络、启动子顺式作用元件,并通过RT-qPCR测定了茶树不同叶位、乌龙茶加工过程中光照处理下CsCCD的相对表达量。共鉴定出11个茶树CsCCD基因家族成员,含有1–11个外显子、0–10个内含子不等;平均氨基酸个数为519 aa,平均分子质量为57 643.35 Da;聚类分析显示,CCD1、CCD4、CCD7、CCD8和NCED5个亚族各自聚成一类。茶树CsCCD基因家族主要含有胁迫响应元件、激素响应元件、光响应元件与多因素响应元件,且以光响应元件最多(142个)。进一步对茶树CsCCD基因在茶树不同叶位及乌龙茶加工过程中LED补光晾青过程的表达模式分析发现,CsCCD1、CsCCD4在成熟叶中表达量高于嫩叶及嫩茎,且随做青次数的增加,表达量呈下降趋势,但LED补光可在做青前期显著促进其基因表达;NCED亚家族成员整体呈现嫩叶表达量高于成熟叶及嫩茎趋势,但在做青过程中表达趋势不一,NCED3的表达水平先升后降,最高可达鲜叶的15倍以上,且在做青后期LED补光可极显著促进其基因表达。茶树CsCCD基因家族成员表达情况受机械力及光照调控,可进一步为优化茶叶加工工艺并提升茶叶品质奠定基础。

关键词：茶树类胡萝卜素裂解双加氧酶基因家族发光二极管晾青

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

水曲柳FmPLT基因家族的鉴定及表达分析

北京林业大学学报 2022年第2期44卷 11-21页

作者：宋婷婷梁楠松吕义品崔靖弘于磊赵福江徐亮詹亚光东北林业大学生命科学学院黑龙江哈尔滨150040 东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室黑龙江哈尔滨150040 吉林省临江林业局吉林临江134600

【目的】PLT转录因子家族能够参与植物的再生过程,并且在植物的生长发育及器官建成中发挥着重要作用,本研究旨在探究PLT转录因子在水曲柳生长发育及非生物胁迫中发挥的作用,以期为林木优良基因选育工作提供更多思路。【方法】通过同源... 详细信息

【目的】PLT转录因子家族能够参与植物的再生过程,并且在植物的生长发育及器官建成中发挥着重要作用,本研究旨在探究PLT转录因子在水曲柳生长发育及非生物胁迫中发挥的作用,以期为林木优良基因选育工作提供更多思路。【方法】通过同源序列比对和基因克隆等方法对FmPLTs家族的成员进行鉴定及分析,之后对FmPLTs成员进行了详细的生物信息学分析,包括理化性质、系统进化关系和基因结构等;并进一步分析了FmPLTs成员在不同组织及种子萌发过程中的基因表达特征,以及其在非生物胁迫(氯化钠、聚乙二醇6000、碳酸氢钠和低温4℃)和植物激素处理脱落酸、赤霉素、生长素、水杨酸和茉莉酸甲酯下的诱导表达情况。【结果】水曲柳基因组中含有9个PLT基因家族成员,分别命名为FmPLT2、FmPLT3、FmPLT4、FmPLT4A、FmPLT5、FmPLT5A、FmPLT7、FmPLT8和FmPLT9。系统进化关系将其分为5组;其在根中表达量最高,在叶中表达量最低;在种子萌发第4天子叶变绿,下胚轴伸长,此时FmPLTs成员的表达量出现峰值;而在不同激素及非生物胁迫条件下,FmPLTs对低温、干旱、盐胁迫以及MeJA的处理响应明显。【结论】FmPLTs参与水曲柳种子萌发及器官发育,并能响应植物激素信号,同时积极参与植物非生物胁迫耐受性的调控,包括低温、高盐和干旱胁迫等;本研究初步揭示了水曲柳FmPLT家族成员响应植物激素和非生物胁迫的表达模式,同时为深入分析FmPLT基因家族基本功能及其调控机制奠定了基础。

关键词：水曲柳 PLT转录因子基因家族表达分析

绞股蓝萜类合成酶(TPS)基因家族鉴定及其在非生物胁迫下的表达分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国中药杂志 2023年第4期48卷 930-938页

作者：零唯覃艳红黄鼎明如宏谭勇广西中医药大学药学院广西南宁530000 广西中医药大学广西壮瑶药重点实验室广西南宁530200

为研究绞股蓝萜类合成酶(TPS)基因家族成员及其在非生物胁迫下的作用,采用生物信息学分析方法,在全基因组水平上对绞股蓝TPS基因家族进行鉴定和分析,并分析了这些家族成员在绞股蓝不同组织以及多种非生物胁迫下的表达模式。结果显示绞... 详细信息

为研究绞股蓝萜类合成酶(TPS)基因家族成员及其在非生物胁迫下的作用,采用生物信息学分析方法,在全基因组水平上对绞股蓝TPS基因家族进行鉴定和分析,并分析了这些家族成员在绞股蓝不同组织以及多种非生物胁迫下的表达模式。结果显示绞股蓝有24个TPS基因家族成员,其蛋白长度294~842 aa,均定位在细胞质或叶绿体中,并且不均匀地分布在绞股蓝11条染色体上。系统发育树结果表明绞股蓝TPS基因家族成员可分为5个亚家族。通过启动子顺式作用元件分析,预测到绞股蓝TPS基因家族成员能响应盐、低温和黑暗等多种非生物胁迫。通过分析绞股蓝不同组织的表达谱数据,发现绞股蓝有9个TPS基因的表达具有组织特异性。荧光定量PCR结果表明,GpTPS16、GpTPS17、GpTPS21能响应多种非生物胁迫。该研究对进一步探索绞股蓝TPS基因在非生物胁迫下的生物学功能具有重要指导意义。

关键词：绞股蓝萜类合成酶基因家族非生物胁迫

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

汉麻聚酮合酶基因家族成员鉴定与表达分析

中草药 2023年第3期54卷 886-897页

作者：朱雪雯米要磊孟祥霄陈伟强王思凡曹雪陈士林徐志超苏畅孙伟万会花中国中医科学院中药研究所中药鉴定与安全性评估重点实验室北京100700 东北林业大学生命科学学院黑龙江哈尔滨150040 深圳市药品检验研究院广东深圳518057

目的在从全基因组层面对汉麻Cannabis sativa聚酮合酶(polyketide synthases,PKSs)基因家族进行鉴定和功能分析,为解析汉麻次生代谢产物的合成与积累奠定理论基础。方法基于已发布的高质量汉麻基因组,利用生物信息学工具对汉麻PKS基因... 详细信息

目的在从全基因组层面对汉麻Cannabis sativa聚酮合酶(polyketide synthases,PKSs)基因家族进行鉴定和功能分析,为解析汉麻次生代谢产物的合成与积累奠定理论基础。方法基于已发布的高质量汉麻基因组,利用生物信息学工具对汉麻PKS基因家族进行鉴定并对其物化性质、基因结构、蛋白构象以及表达模式进行分析,利用Alphafold算法对关键PKS蛋白结构进行预测。结果共鉴定出9个汉麻PKSs(CsPKS1~CsPKS9),分布在5条染色体上。通过对汉麻和其他物种PKS的系统发育分析,CsPKSs主要被分为3组:group1包括Cs PKS2~CsPKS4与花药特异性CHS样酶(anther specific chalcone synthase-like,ASCL)同源;group2含有CsPKS1和CsPKS5~CsPKS8为类CHS超家族(chalcone synthase like,CHSL)与苯戊酮合酶(valerophenone synthase,VPS)和茋类合酶(stilbene synthase,STS)等关系较密切;group 3仅含有CsPKS9,为查耳酮合成酶(chalcone synthase,CHS)参与类黄酮的合成。其中,CsPKS1和CsPKS7串联重复,是汉麻中酚萜类化合物合成通路中的橄榄醇合成酶(olivetolsynthases,OLS)。此外,CsPKS5和CsPKS8可能参与汉麻茋类化合物的生物合成。CsCHS的功能在进化中相对保守,而CHS-like的CsPKS的功能出现了分化。通过对汉麻不同组织部位和不同品种腺毛的RNA-seq数据分析,汉麻PKSs基因的表达存在组织特异性,尤其与酚萜类、类黄酮、茋类次生代谢产物密切相关的基因在雌花和苞片中特异性表达。结论为深入研究汉麻PKS基因家族的功能提供了方向,为进一步阐明汉麻中萜酚类化合物的生物合成机制和CsPKSs在汉麻中的生理功能奠定基础,并对开发新聚酮化合物药用资源提供理论基础。

关键词：汉麻基因家族聚酮合酶生信分析基因表达次生代谢产物