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利用微卫星标记分析四川8个地方鸡品种遗传多样性

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遗传 2005年第5期27卷 724-728页

作者：屠云洁陈宽维沈见成汤青萍章双杰中国农业科学院家禽研究所扬州225003 扬州大学畜牧兽医学院扬州225009

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了四川省8个地方鸡品种:峨嵋黑鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡、米易鸡、石棉草科鸡、凉山崖鹰鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡的遗传多样性.利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量... 详细信息

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了四川省8个地方鸡品种:峨嵋黑鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡、米易鸡、石棉草科鸡、凉山崖鹰鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡的遗传多样性.利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离.结果表明:30个微卫星位点中有24个微卫星位点在8个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析.各鸡种的杂合度都较高,平均杂合度范围是0.629～0.681,最高的是泸宁鸡(0.681),最低的是旧院黑鸡(0.629).据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性.对DA遗传距离的计算表明:用UPGMA法进行聚类分析,结果8个鸡品种被聚为3类.Ⅰ类:峨嵋黑鸡、米易鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡聚为一类.米易鸡、泸宁鸡先聚在一起,然后又与峨嵋黑鸡在较近的距离聚在一起,然后再与旧院黑鸡聚在一起;Ⅱ类:石棉草科鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡聚为一类.兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡在较近的距离聚在一起,然后又与石棉草科鸡在较近的距离聚在一起;Ⅲ类:凉山崖鹰鸡独自聚为一类.这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的.

关键词：微卫星地方鸡遗传多样性

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基于近红外高光谱成像技术的地方鸡品种鉴别

现代食品科技 2024年第5期40卷 247-254页

作者：金航峰于昌昊范锴萍吴健清颜菲菲汪涵浙江农林大学动物科技学院、动物医学院浙江杭州311300 浙江省畜禽绿色生态健康养殖应用技术研究重点实验室浙江杭州311300

我国拥有丰富的地方鸡遗传资源,不同品种的地方鸡在营养、口感和风味上表现出显著区别。该研究利用近红外高光谱成像技术研究地方鸡品种的鉴别方法。以龙游麻鸡、江山乌骨鸡和丝羽乌骨鸡为研究对象,采集3个品种鸡肉在900~1700 nm波段的... 详细信息

我国拥有丰富的地方鸡遗传资源,不同品种的地方鸡在营养、口感和风味上表现出显著区别。该研究利用近红外高光谱成像技术研究地方鸡品种的鉴别方法。以龙游麻鸡、江山乌骨鸡和丝羽乌骨鸡为研究对象,采集3个品种鸡肉在900~1700 nm波段的高光谱图像并提取光谱数据。对光谱数据进行预处理后选取特征波长,建立PLS和SVM鉴别模型。结果显示,Detrending-SNV为最优预处理方法,ACCc、ACCp和ACCt分别为94.17%、95%和94.59%。基于MCUVE-SPA算法选取的16个特征波长建立的PLS鉴别模型为最优模型,ACCc、ACCp和ACCt分别为95.83%、100%和97.92%,与全光谱模型相比分别提高了1.76%、5.26%和3.52%。研究结果表明,利用近红外高光谱成像技术鉴别地方鸡品种具有一定的可行性。

关键词：地方鸡近红外高光谱去趋势标准正态变量变换连续投影算法支持向量机

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山东五大地方鸡禽白血病病毒主要流行亚型鉴定及其分离株gp85基因的分子特征分析

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畜牧兽医学报 2014年第3期45卷 451-457页

作者：陈静王波王海明程合刚武星辰孙淑红山东农业大学动物医学院泰安271018 江苏省动物预防医学重点实验室扬州225009

通过对山东五大地方鸡(寿光鸡、芦花鸡、百日鸡、琅琊鸡、鲁西斗鸡)不同亚型禽白血病病毒(ALV)分离株鉴定及gp85基因序列分析,探究山东五大地方鸡ALV的主要流行亚型及gp85基因分子特征。分别将寿光鸡、百日鸡、芦花鸡的无菌抗凝血和琅... 详细信息

通过对山东五大地方鸡(寿光鸡、芦花鸡、百日鸡、琅琊鸡、鲁西斗鸡)不同亚型禽白血病病毒(ALV)分离株鉴定及gp85基因序列分析,探究山东五大地方鸡ALV的主要流行亚型及gp85基因分子特征。分别将寿光鸡、百日鸡、芦花鸡的无菌抗凝血和琅琊鸡、鲁西斗鸡的卵白接种CEF培养9~10d,常规方法提取感染细胞的cDNA,用针对J亚型ALV(ALV-J)gp85基因(924bp)的引物和A^J(含囊膜蛋白env基因,2 400bp)的群引物进行PCR扩增、克隆、测序并分析其特点。本研究发现,2009—2011年间,山东五大地方鸡均存在ALV-J感染,5个ALV-J分离株gp85基因之间的相似性为98.4%~99.9%,与原型毒株HPRS-103相似性为97.8%~98.3%;均扩出内源性ALV(ALV-E)片段,与不能产生传染性病毒粒子的ev-1、ev-3、ev-6毒株相似性最高,推测为鸡基因组所携带;同时还发现,琅琊鸡、芦花鸡存在A亚型ALV(ALV-A)的感染。研究结果表明,2009—2011年间的山东五大地方鸡已经普遍存在ALV-J,两大品系中存在ALV-A和ALV-J共感染,同时ALV-E的片段广泛存在,这一结论揭示出山东地方鸡的禽白血病净化工作更加具有挑战性。

关键词：地方鸡禽白血病病毒(ALV) gp85基因分子特征

基于全基因组SNP分析8个地方鸡品种的遗传多样性

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畜牧兽医学报 2022年第2期53卷 646-653页

作者：武艳平魏岳康昭风谢明贵谢金防江西省农业科学院畜牧兽医研究所南昌330200

为揭示江西及周边地区地方鸡的遗传多样性信息,本研究采集了江西省5个地方鸡品种,广东省、浙江省以及江苏省各1个地方鸡品种共125个血样,利用全基因组SNP芯片分析地方鸡品种的群体结构、网络关系及系统进化情况。结果表明,8个地方鸡品种... 详细信息

为揭示江西及周边地区地方鸡的遗传多样性信息,本研究采集了江西省5个地方鸡品种,广东省、浙江省以及江苏省各1个地方鸡品种共125个血样,利用全基因组SNP芯片分析地方鸡品种的群体结构、网络关系及系统进化情况。结果表明,8个地方鸡品种45647个位点的多态信息含量大多为0.25地方鸡品种有较丰富的遗传多样性;聚类分析表明,8个地方鸡品种有较弱的地理关系;品种间的遗传距离在0.2549~0.3609,修水黄羽乌鸡和泰和乌鸡的遗传距离为0.2549,东乡绿壳蛋鸡和崇仁麻鸡的遗传距离为0.3069。安义瓦灰鸡与其它品种的遗传距离在0.2747和0.3408之间,其中安义瓦灰鸡和修水黄羽乌鸡遗传距离最近,和崇仁麻鸡遗传距离最远。结果表明,8个地方鸡品种有较丰富的遗传多样性,为以后品种开发利用提供遗传素材;不同地区的地方鸡没有明显的地域差异,品种间没有显著的遗传分化,两个乌鸡品种(泰和乌鸡和修水黄羽乌鸡)和安义瓦灰鸡品种有相对较近的遗传关系。

关键词：地方鸡全基因组SNP 遗传多样性遗传距离群体遗传结构

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地方鸡生态养殖特点与发展趋势

湖北农业科学 2013年第24期52卷 6103-6105页

作者：申杰潘爱銮蒲跃进吴艳孙静陈志华陈桂珍湖北省农业科学院畜牧兽医研究所/动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室武汉430064

介绍了地方鸡生态养殖的特点,对生态养鸡的发展趋势进行了探讨,旨在促进环境友好与资源节约型地方鸡生态养殖产业发展。

关键词：地方鸡生态养殖发展趋势

探究MC1R基因在江西地方鸡中的变异、单倍型及其对羽色的影响

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江西农业大学学报 2021年第2期43卷 378-388页

作者：席苏望周明芳成笛陈开丰万磊熊婷刘秋红陈彪刘三凤毛辉荣江西农业大学动物科学技术学院江西南昌330045 江西省赣州市畜牧研究所江西赣州360702 江西省崇义县农业农村局江西崇义341300

【目的】羽色不仅是家鸡的重要外观特征,因其影响优质活禽上市时消费者的选择,进而还具有重要的经济意义。本研究旨在探究黑素皮质激素受体1(MC1R)基因在江西地方鸡种中的变异及其对羽色的影响。【方法】采用PCR产物直接测序法,对MC1R... 详细信息

【目的】羽色不仅是家鸡的重要外观特征,因其影响优质活禽上市时消费者的选择,进而还具有重要的经济意义。本研究旨在探究黑素皮质激素受体1(MC1R)基因在江西地方鸡种中的变异及其对羽色的影响。【方法】采用PCR产物直接测序法,对MC1R基因在333个源自东乡绿壳蛋鸡、余干乌骨鸡、南城黑鸡、安义瓦灰鸡、白耳黄鸡、宁都黄鸡、康乐黄鸡、丝羽乌骨鸡、崇仁麻鸡和修水黄羽乌鸡的个体的变异位点进行鉴别,随后利用PHASE软件构建上述变异位点在各鸡群体中的单倍型并分析其与羽色的关系。【结果】共检测到MC1R基因变异位点15个,包括10个错义突变位点、4个同义突变位点和1个缺失突变位点,其中c.366C>G(p.122Ile>Met)和c.547_549delAAC(p.183delAsn)为新发现的变异位点;共检测到31种单倍型(H0-H30),其中6种为新单倍型(H11、H14、H15、H16、H17和H27)并只出现于黄羽和白羽个体中。黑羽个体(东乡绿壳蛋鸡、余干乌骨鸡和南城黑鸡)均含有单倍型H4或H2,二者共同含有c.212T>C(p.71Met>Thr)和c.274G>A(p.92Glu>Lys)位点,其中东乡绿壳蛋鸡仅具有H4一种单倍型。灰羽个体(安义瓦灰鸡)均携带H4或H5单倍型且H5比前者多含有c.636G>A和c.637T>C(p.213Cys>Arg)2个变异位点。此外,单倍型H7比H4多含有c.644A>C(p.215His>Pro)位点,其中黑羽个体中未发现有CC突变型。黄羽群体(白耳黄鸡、宁都黄鸡、康乐黄鸡和修水黄羽乌鸡)的优势单倍型主要为H24和H25。白羽群体(丝羽乌骨鸡)的优势单倍型为H7和H15。【结论】MC1R基因在江西地方鸡种中变异丰富,c.212T>C(p.71Met>Thr)、c.274G>A(p.92Glu>Lys)和c.644A>C(p.215His>Pro)位点与江西地方鸡黑羽形成相关,可将其作为中国地方鸡黑羽性状选育的特异性分子标记;H5单倍型的c.637T>C(p.213Cys>Arg)位点可能与安义瓦灰鸡“灰羽”的形成有关。

关键词：地方鸡 MC1R基因羽色黑羽江西

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江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析

中国兽医学报 2005年第6期25卷 664-667页

作者：李慧芳陈宽维汤青萍沈见成屠云洁章双杰中国农业科学院家禽研究所江苏扬州225003 扬州大学畜牧兽医学院江苏扬州225009

选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了丝毛乌骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(P IC)、... 详细信息

选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了丝毛乌骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(P IC)、群体间的N e i氏标准遗传距离(DS)和DA遗传距离。结果表明,30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析;在7个品种中,杂合度最低的是余干乌骨鸡,为0.615 5,杂合度最高的是崇仁麻鸡,为0.652 5,各地方鸡品种的杂合度都偏高,反映了群体的遗传多样性非常丰富;7个鸡品种间的DA、DS遗传距离远近关系一致,但DA距离均比DS距离大;用U PGM A法对DA和DS的聚类结果相同,7个鸡品种被聚为3类,余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类,崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类,丝毛乌骨鸡独自为一类。

关键词：微卫星地方鸡遗传多样性

基于线粒体DNA的浙江省地方鸡遗传多样性研究

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中国畜牧杂志 2024年第12期60卷 127-132页

作者：张嘉文谭晓冬董捷黄敏婕周珍珍赵阿勇王德前浙江农林大学动物科技学院·动物医学院浙江省农业科学院畜牧兽医研究所

浙江省拥有丰富的地方鸡种质资源，但地方鸡遗传背景研究较少，资源深度利用、开发不足。为深入了解地方鸡遗传多样性，促进地方鸡遗传资源开发，本研究采集了浙江省6种地方鸡（江山乌骨鸡、龙游麻鸡、温岭草鸡、仙居鸡、萧山鸡、雁荡... 详细信息

浙江省拥有丰富的地方鸡种质资源，但地方鸡遗传背景研究较少，资源深度利用、开发不足。为深入了解地方鸡遗传多样性，促进地方鸡遗传资源开发，本研究采集了浙江省6种地方鸡（江山乌骨鸡、龙游麻鸡、温岭草鸡、仙居鸡、萧山鸡、雁荡麻鸡）血样，基于线粒体DNA变异分析其遗传多样性。单倍型分析结果显示共得到50个单倍型，单倍型多样性为0.974，核苷酸多样性为0.128。单倍型网络结果表明H9、H26为优势单倍型，H18～H28、H40～H47单倍型主要分布于温岭草鸡和萧山鸡群体。系统发育树结果表明，江山乌骨鸡和龙游麻鸡、温岭草鸡和萧山鸡遗传距离较近，雁荡麻鸡具有单独的支系。群体中性检验Tajima's D（0.300,P>0.05）和Fu's Fs（3.786,P>0.05）结果不显著，且错配分布图呈现多峰分布。基因流Nm和遗传分化指数FST分析发现品种间存在不同程度的基因交流与遗传分化，其中江山乌骨鸡和龙游麻鸡之间基因流较为活跃（Nm=22.062），遗传分化程度弱(FST=0.022)。本研究基于线粒体DNA遗传多样性分析，初步探究了地方鸡不同遗传背景，为深入研究地方鸡遗传多样性提供了不同思路，对地方鸡遗传资源保护和利用具有重要意义。

关键词：地方鸡线粒体DNA 遗传多样性遗传分化

中国地方鸡品种生态系统多样性及其对生产性能的影响

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家畜生态学报 2014年第3期35卷 67-73页

作者：冯文华李祥龙周荣艳李兰会河北农业大学动物科技学院河北保定071000 河北科技师范学院动物科技学院河北秦皇岛066004

为研究中国地方鸡品种生态系统多样性及其对生产性能的影响,采集了110个中国地方鸡的品种所在地的生态类型(包括寒温带、中温带、暖温带、高原气候区、亚热带、热带)、生态因素(平均海拔、年均气温、年均降水量、年均日照时数、无霜期)... 详细信息

为研究中国地方鸡品种生态系统多样性及其对生产性能的影响,采集了110个中国地方鸡的品种所在地的生态类型(包括寒温带、中温带、暖温带、高原气候区、亚热带、热带)、生态因素(平均海拔、年均气温、年均降水量、年均日照时数、无霜期)以及这些品种鸡的各种生产繁殖性能相关数据进行统计分析。结果表明:暖温带的成年鸡体重极显著高于亚热带(P鸡屠宰率显著低于寒温带、暖温带(P鸡体重体尺、屠宰率以及繁殖性能大体趋势均与平均海拔、年均日照时数、无霜期呈极显著相关。

关键词：地方鸡生态系统生产性能多样性