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啮齿动物温州病毒的基因组分析及荧光定量PCR检测方法建立

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啮齿动物温州病毒的基因组分析及荧光定量PCR检测方法建立

作者：杨利超佛山科学技术学院

学位级别：硕士

啮齿动物作为种类众多、分布最广的哺乳动物,可携带多种人畜共患病病原,其中温州病毒（Wenzhou virus,WENV）就是一种在啮齿动物中新发现的沙粒病毒科、哺乳动物沙粒病毒属病毒。已有报道表明,温州病毒与人类的发烧和呼吸道症状有关。... 详细信息

啮齿动物作为种类众多、分布最广的哺乳动物,可携带多种人畜共患病病原,其中温州病毒（Wenzhou virus,WENV）就是一种在啮齿动物中新发现的沙粒病毒科、哺乳动物沙粒病毒属病毒。已有报道表明,温州病毒与人类的发烧和呼吸道症状有关。广州市地处亚热带沿海地区、温热多雨、适宜病毒繁殖,且啮齿动物种类繁多与人类接触密切,因此有必要在广州市开展啮齿动物携带温州病毒筛查研究,以期为温州病毒的监测与防控提供基础数据和指导。随着高通量测序技术的开发和应用,可以直接从临床样品中获取病毒宏基因组信息,为病毒基因组的大规模测序提供一种快速工具。本论文应用高通量测序技术筛查出温州病毒的基础上,扩增温州病毒全基因组序列并建立分子检测方法,对广州市的啮齿动物携带温州病毒做初步筛查。本研究2018年-2019年在广州市花都区、海珠区和从化区采用笼捕法采集褐家鼠（Rattus norvegicus）170只、臭鼩鼱（Suncus murinus）22只、板齿鼠（Bandicota indica）4只、黄胸鼠（Rattus flavipectus）3只、黄毛鼠（Rattus losea）1只共200只啮齿动物。对2018年采集的100只啮齿动物进行样品前处理后,使用高通量技术进行测序,病毒宏基因组分析显示,12个（0.44%）Contigs注释到温州病毒序列,经PCR方法筛查,在两只褐家鼠检测到阳性。基于发现的温州病毒部分序列和GenBank上参考序列（登录号MF414208和MF414207）,设计全基因扩增引物,采取反转录-聚合酶链技术（RT-PCR）和克隆成功在两只褐家鼠中获得该病毒的全基因组序列,命名为RnGZ37-2018和RnGZ40-2018。NCBI ORF finder分析病毒基因组,发现RnGZ37-2018和RnGZ40-2018具有哺乳动物沙粒病毒属的典型结构特征。Meg Align分析病毒株之间的同源性,发现RnGZ37-2018和RnGZ40-2018与9-24病毒株的关系最为密切,具有90.9%-93.9%的核苷酸同源性和93.3%-98.0%的氨基酸同源性。Mega X软件构建进化树,系统进化分析发现RnGZ37-2018和RnGZ40-2018聚集在一起并在进化树内形成一个独立的进化分枝。为了初步筛查广州市的啮齿动物携带温州病毒情况,根据本研究获得的温州病毒序列和GenBank的参考序列,在编码NP蛋白的核苷酸序列中找到保守区域设计qPCR引物,建立基于NP基因的TB Green Ⅱ染料qPCR检测方法。结果显示,建立的qPCR检测方法的R值为0.997,扩增效率为102.5%,敏感性为10～1拷贝/μL,重复性评估显示组内和组间变异系数均小于1%。特异性评估显示在淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒、星状病毒、汉坦病毒和温州病毒阳性样品中,只有温州病毒阳性样品产生扩增曲线,表明特异性良好。RT-qPCR方法初步筛查发现,2018年-2019年在广州市花都区、海珠区和从化区采集的啮齿动物样本中温州病毒的阳性率为4.5%（7/200）。综上所述,本论文基于病毒宏基因组测序结果,利用RT-PCR技术扩增出两株温州病毒,补充和完善了温州病毒的基因组数据信息。同时,应用建立RT-qPCR检测方法,初步筛查了广州市啮齿动物携带温州病毒的情况与地理分布范围,可为温州病毒的监测、预防与控制提供参考和指导。

关键词：啮齿动物温州病毒全基因组序列检测方法

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啮齿动物模型在牙龈卟啉单胞菌研究中的应用

牙体牙髓牙周病学杂志 2010年第10期20卷 600-603页

作者：李云鹏刘大力束蓉上海交通大学医学院附属第九人民医院牙周病科上海市口腔医学重点实验室上海200011

牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,Pg)是目前公认的牙周致病菌,直接接种于啮齿动物(rodents)会诱发动物感染。应用不同的啮齿动物模型,可模拟Pg所致牙周炎的各个病程阶段,如细菌的定植和增殖;细菌入侵;宿主免疫和炎症反应;以及... 详细信息

牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,Pg)是目前公认的牙周致病菌,直接接种于啮齿动物(rodents)会诱发动物感染。应用不同的啮齿动物模型,可模拟Pg所致牙周炎的各个病程阶段,如细菌的定植和增殖;细菌入侵;宿主免疫和炎症反应;以及牙周支持组织的破坏及修复等过程,因而啮齿动物模型被广泛地应用于验证病因假设以及鉴定Pg毒力特性和宿主的反应等研究。这方面的研究始于20世纪60年代,经过半个世纪的发展,啮齿动物模型在Pg病原特性的研究中的应用日趋多样化。该文就啮齿动物模型在Pg研究中的应用现状作一综述。

关键词：牙龈卟啉单胞菌动物模型啮齿动物牙周炎

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啮齿动物卵泡颗粒细胞凋亡的研究进展

中国畜牧杂志 2021年第10期57卷 14-18页

作者：方振宇任娟全炳荣金花子延边大学农学院

细胞凋亡一直是生物学研究的热门课题。卵泡颗粒细胞凋亡引起的卵泡闭锁是卵巢衰退的原因之一,揭示卵泡颗粒细胞凋亡的分子机制有助于降低细胞的凋亡率,延长卵巢寿命。本文对细胞凋亡的过程与调控机制以及影响啮齿类动物卵泡颗粒细胞凋... 详细信息

细胞凋亡一直是生物学研究的热门课题。卵泡颗粒细胞凋亡引起的卵泡闭锁是卵巢衰退的原因之一,揭示卵泡颗粒细胞凋亡的分子机制有助于降低细胞的凋亡率,延长卵巢寿命。本文对细胞凋亡的过程与调控机制以及影响啮齿类动物卵泡颗粒细胞凋亡的因素进行阐述,为进一步研究细胞凋亡调控机制奠定理论基础。

关键词：啮齿动物细胞凋亡卵泡闭锁颗粒细胞

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啮齿动物帮助行为动机研究

啮齿动物帮助行为动机研究

作者：陈亚勤福建师范大学

学位级别：硕士

帮助行为作为一种亲社会行为,历年来备受关注。近年来,国内外的学者利用啮齿动物模型探究帮助行为动机成为新趋势。共情、减少个人痛苦和社会接触欲望被认为是啮齿动物做出帮助行为的动机。本研究改进Carvalheiro等(2019)的两腔室帮助... 详细信息

帮助行为作为一种亲社会行为,历年来备受关注。近年来,国内外的学者利用啮齿动物模型探究帮助行为动机成为新趋势。共情、减少个人痛苦和社会接触欲望被认为是啮齿动物做出帮助行为的动机。本研究改进Carvalheiro等(2019)的两腔室帮助行为实验装置,在此基础上增加了一个腔室,以操纵自由鼠实施帮助行为后与受助鼠社会接触的可能和自由鼠在帮助决策的过程中通过逃离情境来减少个人痛苦的可能,进而探究帮助行为的动机。在研究一,我们重复了前人的实验,采用2(实验处理:社会接触,无社会接触)×4(限制器被困物条件:空笼,熟悉鼠,陌生鼠,玩具鼠)×3(测试时期:前期,中期,晚期)的三因素混合实验设计,考察在不可逃脱帮助的情境下,社会接触是否为帮助行为发生的重要因素,如若不然帮助行为便应是由于共情和减少个人痛苦驱动。结果表明:(1)在能够进行社会接触的情境下,随着实验测试的增加,自由鼠保持着较短的开门延时,会更快的发生帮助行为。在不能进行社会接触的情境下,随着实验测试的增加,自由鼠的开门延时变长,直至自由鼠不再做出帮助行为;(2)帮助行为的发生不因是否熟悉被困鼠而改变;(3)大鼠偏好与同类(熟悉鼠或陌生鼠)互动而不是物品(玩具鼠)。研究二在研究一的基础之上,给大鼠提供了暗室以使大鼠可以逃离帮助的情境,缓解由他人引起的个人痛苦,以进一步探究大鼠的帮助行为是否出于共情还是减轻个人痛苦;研究采用了2(实验处理:社会接触,无社会接触)×4(限制器被困物条件:空笼,熟悉鼠,陌生鼠,玩具鼠)×3(测试时期:前期,中期,晚期)的三因素混合实验设计。在支持了研究一结果的基础上还发现:(1)暗室的存在有助于无社会接触组的连续开门,但延缓了社会接触组的开门延时,即减少个人痛苦有助于帮助行为的出现,但是帮助行为的产生最终取决于能否进行社会接触。(2)社会接触组与无社会接触组在暗室时长占比并不存在显著差异。在研究三,我们重点关注在暗室被提供的情境下,之前的经历和社会接触对大鼠帮助行为的影响。我们将研究一与研究二的自由鼠和被困鼠进行角色反转,以探究相同的被困经历是否促进大鼠的帮助行为;此外我们还考察了社会接触经历对大鼠帮助行为的影响。研究采用了2(实验处理:社会接触,无社会接触)×2(社会接触经历:有社会接触经历,无社会接触经历)×4(限制器被困物条件:空笼,熟悉鼠,陌生鼠,玩具鼠)×3(测试时期:前期,中期,晚期)的多因素混合实验设计。在支持前两个研究的结果之上,我们发现之前被困经历未对帮助行为产生影响;之前的社会接触经历在一定程度上有助于无社会接触组的保持连续开门行为。在前人研究的基础上,并根据本研究得出的结论,我们提出了帮助行为的动机圈层模型,其核心是由不同的简单机制构成,外部则需要更高级的认知心理成分。在该模型中,较高层次的帮助动机建立在内核的基础上。内核的共情、减少个人痛苦和社会接触欲望动机并不是解释外层的遵守社会规则或者自我实现的存在,而是支持这些需要的更高级的认知心理成分,并有利于激发帮助行为的发生。综上,本研究得出了以下结论:(1)不论逃离帮助情境的场所(暗室)是否存在,社会接触欲望和追求有趣环境是帮助行为的重要动机。(2)共情具有情境性,共情并不一定会能促进帮助行为。(3)减少个人痛苦是帮助行为的动机,但是帮助行为的产生最终取决于能否进行社会接触。(4)之前的社会接触经历而不是被困经历有助于帮助行为的发生。(5)帮助行为的发生不因对被困鼠的熟悉性而改变。(6)大鼠偏好与同类(熟悉鼠、陌生鼠)进行社会接触,而不是物品(玩具鼠)。

关键词：啮齿动物帮助行为动机共情减少个人痛苦社会接触欲望

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啮齿动物的母体效应

生物学通报 2003年第11期38卷 1-3页

作者：梁虹张知彬中国科学院动物研究所农业虫鼠害综合治理国家重点实验室北京100080

母体可通过基因遗传之外的其他方式影响后代的表型 ,包括激素分泌、胎盘渗透性、母乳成分和母体抚育行为等。这种对后代形态和行为的影响很大且持续终生。母体效应是子代对环境异质性的一种表型反应 ,在进化生态学研究中是一个非常重要... 详细信息

母体可通过基因遗传之外的其他方式影响后代的表型 ,包括激素分泌、胎盘渗透性、母乳成分和母体抚育行为等。这种对后代形态和行为的影响很大且持续终生。母体效应是子代对环境异质性的一种表型反应 ,在进化生态学研究中是一个非常重要的变异来源 ,对种群生态学而言 ,也可能是种群调节机制的一个重要的因子。着重介绍了母体状况对啮齿动物后代生长发育、性比、性特征和对性选择的影响。

关键词：啮齿动物母体效应性比性选择基因遗传

典型草原区鹰隼类密度对啮齿动物密度的数值响应

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动物学杂志 2016年第4期51卷 529-535页

作者：宋文韬王也赛那孙长乐任娅茹林荣凤陈卫张子慧首都师范大学生命科学学院北京100048 内蒙古锡林郭勒盟自然保护区锡林浩特026000 内蒙古锡林郭勒盟阿巴嘎旗疾病预防控制中心阿巴嘎旗011400

捕食者与猎物的关系是动物生态学研究的热点之一,捕食者应对猎物密度的变化往往呈现出特定的数值响应特征。为研究典型草原区鹰隼类对其猎物——啮齿动物密度变化的数值响应关系,于2005年7月在内蒙古自治区锡林郭勒盟阿巴嘎旗白音图嘎... 详细信息

捕食者与猎物的关系是动物生态学研究的热点之一,捕食者应对猎物密度的变化往往呈现出特定的数值响应特征。为研究典型草原区鹰隼类对其猎物——啮齿动物密度变化的数值响应关系,于2005年7月在内蒙古自治区锡林郭勒盟阿巴嘎旗白音图嘎苏木选取15个实验样地,采用标准夹线法调查了啮齿类密度,同时采用目视方法调查了鹰隼类密度。本次实验共捕获鼠类2 675只,主要为布氏田鼠(Lasiopodomys brandtii),观察到鹰隼类活动450只次。回归分析结果表明,鼠类密度和鹰隼类密度的数值反应关系符合S型曲线,可用Gompertz方程W=22.765 e-3.735 e-0.078 t来拟合,拟合优度R2达0.984,表明鼠类密度对鹰隼类密度有显著影响,验证了Holling所提出的脊椎动物捕食者和猎物数量关系属于S型反应曲线的观点。从本文的结果看,鹰隼类数量对鼠类数量的反应可分为三个阶段:(1)平缓期,随着鼠类密度的逐渐增加,鹰隼类活动频次增长非常缓慢;(2)快速反应期,当鼠类密度达到5只/hm2时,鹰隼类活动频次随鼠类密度的增加迅速增长,期间出现一个增长拐点值;(3)稳定平台期,当鼠类的密度达到40只/hm2左右时,鼠类密度虽然继续增加,但鹰隼类活动频次保持稳定,不再增加。本研究可为草原鼠害的天敌控制方法提供参考。

关键词：鹰隼类啮齿动物数值反应捕食 Gompertz方程

啮齿动物螺杆菌多重PCR检测方法的建立及流行病学调查

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啮齿动物螺杆菌多重PCR检测方法的建立及流行病学调查

作者：李瑞娇东华大学

学位级别：硕士

啮齿动物螺杆菌是指寄居于啮齿动物消化道的一群螺杆菌属细菌,主要定植部位为盲肠、结肠及肝胆管系统。目前从大鼠、小鼠、沙鼠等啮齿类实验动物中已陆续分离到至少13种啮齿动物螺杆菌,其中***、***、***为较为重要的感染啮齿动物的螺... 详细信息

啮齿动物螺杆菌是指寄居于啮齿动物消化道的一群螺杆菌属细菌,主要定植部位为盲肠、结肠及肝胆管系统。目前从大鼠、小鼠、沙鼠等啮齿类实验动物中已陆续分离到至少13种啮齿动物螺杆菌,其中***、***、***为较为重要的感染啮齿动物的螺杆菌。啮齿动物普遍存在螺杆菌自然感染并主要以隐性感染形式存在。因此,若使用隐性携带螺杆菌的动物进行致病机理、药物筛选以及药效学等研究时,必然会干扰实验结果。啮齿动物螺杆菌的感染调查已有一些报道,目前的检测方法主要包括分离培养、免疫学检测、PCR等多种方法。本实验通过建立一种敏感、可靠的多重PCR方法对上海及周边地区的实验用兔、大鼠、小鼠、豚鼠、金黄地鼠等螺杆菌携带情况进行检测,以深入了解螺杆菌在啮齿动物上的分布情况。 1. ***、***、***多重PCR检测方法的建立：为了更灵敏、特异、快速、高效的检测实验动物中3种螺杆菌的感染情况,本实验根据已公布的H. hepaticus、.H. bills、H. rodentium16S rRNA基因序列设计3对特异性引物,从而建立一种可同时检测***、***、***的多重PCR方法。优化后的多重PCR体系表明：3对引物能分别扩增出特异性的417bp、364bp、324bp目的条带。最佳退火温度为52℃,镁离子浓度为2.0mM, dNTP浓度为200μM,引物浓度为0.625μM。在此条件下多重PCR同时检测的H. hepaticus、H. bilis、 ***敏感度均为10fg。由此可得,本实验建立的多重PCR是一种敏感、特异、高效的方法,为同时检测啮齿动物中***、***、***奠定了良好的基础。 2.上海及周边地区啮齿动物螺杆菌流行病学调查：采用单重PCR、多重PCR对上海及周边地区的啮齿动物螺杆菌感染情况进行调查。调查结果表明,上海及周边地区啮齿动物均存在不同程度的螺杆菌感染,普通级和清洁级的实验用兔螺杆菌感染率均较低,且实验用兔、豚鼠不同饲养环境,螺杆菌感染率也有明显区别。金黄地鼠、大鼠、小鼠普遍感染螺杆菌。多重PCR检测结果显示,在豚鼠和大鼠中,H. rodentium带菌率明显高于其他两种。小鼠中***和***百分率略高于***,混合感染数量也较多。金黄地鼠样品数量较少,可作为参考。此外,在对大、小鼠分型统计汇总中发现,转基因小鼠螺杆菌感染率极高,接近100%,可能是因为正常基因序列被破坏而易感。

关键词：啮齿动物 H.hepaticus H.bilis H.rodenium 多重PCR

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啮齿动物和体外寄生物的L型鼠疫菌

地方病译丛 1989年第4期10卷 8-10页

作者：王献德

在1979～1980年鼠疫大流行时,我们在南巴尔喀什湖畔从大沙土鼠第一次分离出,并详细地研究了19株不稳定的 L 型和发育失衡型鼠疫菌。1981～1985年,在鼠疫流行过后就再没有分离出 L 型鼠疫菌。可见这些培养物在鼠疫流行过程中的作用是很... 详细信息

在1979～1980年鼠疫大流行时,我们在南巴尔喀什湖畔从大沙土鼠第一次分离出,并详细地研究了19株不稳定的 L 型和发育失衡型鼠疫菌。1981～1985年,在鼠疫流行过后就再没有分离出 L 型鼠疫菌。可见这些培养物在鼠疫流行过程中的作用是很明显的。分离出不稳定的 L 型鼠疫病原体的事实得到了进一步的证实。例如。

关键词：鼠疫菌 L型鼠疫菌啮齿动物

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啮齿动物体外寄生蚤及革螨的调查

中国媒介生物学及控制杂志 1990年第6期1卷 344-346页

作者：李优良谢忠蒋明洲王光地四川省涪陵地区卫生防疫站涪陵市648000

本文对1132只啮齿动物体外寄生蚤和革螨的调查结果,证实体外寄生蚤属5科8属15种,蚤指数为0.37;体外寄生革螨属5科9属17种,寄生指数为1.39。本文检出的蚤和革螨,多数是我国的重要种类,具有重要的流行病学意义。

关键词：啮齿动物蚤革螨