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微生物学通报 2020年第9期47卷 2913-2922页

作者：蒋刘一琦包黎明钱巧霞金力王久存复旦大学生命科学学院上海200438 复旦大学泰州健康科学研究院江苏泰州225300

【背景】吸烟是重要的公共健康问题,可能通过改变唾液微生物组影响口腔健康甚至全身健康。【目的】探究吸烟对中国健康人群唾液微生物组的影响,为研究吸烟在疾病发展中的作用提供线索。【方法】收集167位健康个体的唾液样本,利用HiSeq... 详细信息

【背景】吸烟是重要的公共健康问题,可能通过改变唾液微生物组影响口腔健康甚至全身健康。【目的】探究吸烟对中国健康人群唾液微生物组的影响,为研究吸烟在疾病发展中的作用提供线索。【方法】收集167位健康个体的唾液样本,利用HiSeq高通量测序技术对样品中16S rRNA基因V3-V4区进行测序,分析比较吸烟者和非吸烟者的唾液微生物组的多样性、群落结构和物种丰度,并预测功能组成,探究吸烟对唾液微生物组的影响。【结果】吸烟对唾液微生物组的α多样性影响较小,但是在微生物组组成上,吸烟组中奈瑟菌属、艾肯菌属、二氧化碳嗜纤维属等细菌明显减少,而普雷沃氏菌属、韦荣氏球菌属、放线菌属、奇异菌属和巨球型菌属等细菌明显增加。在功能上,PICRUSt的预测结果显示吸烟组富集不依赖氧气的代谢功能,非吸烟组富集需要氧气参与的代谢功能。【结论】吸烟可能会通过改变唾液微生物组,造成微生物组功能途径的变化,进而引发与吸烟相关的疾病。

关键词：吸烟唾液微生物组高通量测序功能预测

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肥胖人群及正常体重人群唾液微生物组比较研究

肥胖人群及正常体重人群唾液微生物组比较研究

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第十次全国老年口腔医学学术年会

作者：迟晓培吴宇佳陈峰邓旭亮北京大学口腔医院

目的:探索唾液微生物组与肥胖的关系。方法:收集38例肥胖者(BMI≥30kg/m)及正常体重者(18≤BMI<24 kg/m)非刺激性唾液,提取唾液微生物DNA,进行16srRNA检测。结果:16srRNA测序总共获得6,604,823条reads数据,平均每个唾液样本DNA的测序re... 详细信息

目的:探索唾液微生物组与肥胖的关系。方法:收集38例肥胖者(BMI≥30kg/m)及正常体重者(18≤BMI唾液,提取唾液微生物DNA,进行16srRNA检测。结果:16srRNA测序总共获得6,604,823条reads数据,平均每个唾液样本DNA的测序reads数为97,129条。α多样性指数(包括Shannon index,observed OTUs、Phylogenetic diversity等)在正常体重组显著高于肥胖组(P组间也具有显著性差异(P组中丰度显著升高。对OTUs进行物种注释,结果显示肥胖者唾液中Prevotella、Peptostreptococcus、Solobacterium及Anaeroglobus等4个菌属丰度较正常体重组升高。结论:唾液微生物组在肥胖者及正常体重者存在差异,唾液中Prevotella丰度可能可以作为肥胖状态的生物标记物之一。

关键词：唾液微生物组肥胖 16sRNA

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肺结节患者唾液微生物菌群特征分析:一项前瞻性、非随机、同期对照试验

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四川大学学报（医学版） 2023年第6期54卷 1208-1218页

作者：任益锋马琼李芳曾潇谭施言付西郑川由凤鸣李雪珂成都中医药大学附属医院代谢性疾病中医药调控四川省重点实验室成都610075 成都中医药大学肿瘤研究所成都610075

目的发现并鉴定肺结节患者与健康人群唾液微生物菌群特征差异及其潜在作用,以期为肺结节早期预警提供新的候选生物标志物。方法对肺结节(pulmonary nodule, PN)组(n=173)和健康对照(healthy control, HC)组(n=40)的唾液样本进行16S r... 详细信息

目的发现并鉴定肺结节患者与健康人群唾液微生物菌群特征差异及其潜在作用,以期为肺结节早期预警提供新的候选生物标志物。方法对肺结节(pulmonary nodule, PN)组(n=173)和健康对照(healthy control, HC)组(n=40)的唾液样本进行16S rRNA测序,比较两组人群唾液微生物群的多样性、组成和差异物种等特征,及其功能改变情况。使用随机森林算法识别唾液微生物标志物,并用曲线下面积(area under the curve, AUC)评估其对PN的预测效能。最后,基于PICRUSt2菌群功能预测分析,对唾液样本中差异基因的生物学功能及潜在作用机制进行初步探索。结果与HC相比,PN组唾液样本的微生物α、β多样性较高(P组唾液微生物的群落组成和丰度与HC组相比差异有统计学意义(P微生物种进行筛选,Porphyromonas、Haemophilus和Fusobacterium构成了最优标志物集(AUC=0.79,95%置信区间:0.71~0.86),可有效区分PN。差异菌群的生物信息学功能显示,PN患者唾液微生物在免疫缺陷和氧化还原稳态相关的蛋白/分子功能表现出显著富集。群的生物信息学功能显示,PN患者唾液微生物在免疫缺陷和氧化还原稳态相关的蛋白/分子功能表现出显著富集。结论唾液微生物群的变化与PN密切相关,其可能驱动了肺结节或肺“结癌转化”的发生,提示唾液微生物具有作为PN早期诊断新型无创体液标志物的潜力。

关键词：唾液微生物组肺结节液体活检生物标志物前瞻性试验

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孤独症谱系障碍儿童的唾液微生物群落研究

孤独症谱系障碍儿童的唾液微生物群落研究

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作者：魏灿灿青岛大学

学位级别：硕士

目的:本研究旨在通过宏基因组学结合第三代测序技术探究孤独症谱系障碍(Autism Spectrum Disorder,ASD)儿童中口腔无龋患者和重度低龄儿童龋患者唾液微生物的物种多样性、菌群结构、组成、功能及其差异,初步鉴定潜在的与ASD儿童不同龋... 详细信息

目的:本研究旨在通过宏基因组学结合第三代测序技术探究孤独症谱系障碍(Autism Spectrum Disorder,ASD)儿童中口腔无龋患者和重度低龄儿童龋患者唾液微生物的物种多样性、菌群结构、组成、功能及其差异,初步鉴定潜在的与ASD儿童不同龋病状态下的相关的微生物标志物;基于唾液菌群信息建立具有高准确率的ASD儿童的口腔龋病诊断模型,为ASD特殊人群龋病的预防和诊断提供新策略。方法:本研究共收集青岛市以琳学校42名3-6岁ASD儿童唾液样本。根据ASD儿童口腔内龋失补牙数(dmft)可将其分为两组,包括(1)20例患重度低龄儿童龋的ASD儿童为高龋组(Caries-high group,CH组;dmfs≥8且龋坏牙数≥6);(2)22例无龋的ASD儿童为无龋组(Caries-free group,CF组;dmft=0)。本研究对42份唾液样本提取宏基因组DNA,对16S rRNA全长区域进行聚合酶链式反应扩增,利用Pacbio SMRT三代测序技术对16Sr RNA全长进行测序。本实验用t检验和Wilcoxon rank-sum检验用于评估α多样性分析。根据Unweighted Unifrac和Binary Jaccard非加权距离进行置换多元方差分析和相似性分析来评价两组之间的β多样性。生成不同分类水平的柱形图,以描述微生物的整体组成和丰度。使用p值的Wilcoxon rank-sum检验将ASD儿童两组唾液微生物特点进行比较。p微生物标志物和模型建立。通过受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC曲线)分析评估获得的龋病模型性能。所有分析均在R语言的“p ROC”软件包进行。结果:(1)通过对比分析唾液微生物的物种多样性发现:CH组的唾液微生物物种多样性(Chao1指数、ACE指数、Shannon指数和Simpson指数)高于CF组,但无统计学差异(p>0.05)。(2)通过对比分析唾液微生物群落结构发现:两组间唾液菌群结构差异有统计学意义(p组群落结构相对变异性较复杂(p组的唾液微生物群落结构则相对较为保守。(3)通过对比分析唾液微生物的物种组成发现:CF组和CH组从门到种水平各组唾液微生物组成较为相似,各个水平均未发现龋病特异性微生物(即只存在于龋病儿童,而在无龋儿童中不存在者)。但是,本研究发现两组间在种水平上存在相对丰度具有显著差异的细菌,可鉴别出在CH组显著高表达的中四个龋病相关微生物(p组显著高表达的三个健康相关微生物(p微生物组信息建立的ASD儿童龋病诊断模型发现:ROC曲线模型显示在种水平上物种的预测价值更高。(5)通过对比分析预测的唾液微生物功能基因发现:与CF组相比,CH组中的脂类代谢通路等表达相对较低(p唾液微生物群落发生了整体菌群结构、物种组成和功能的改变。(2)基于口腔唾液菌群在种水平上建立的龋病预测模型性能最优,提示可利用唾液细菌种水平实现对ASD儿童中的龋齿患者的准确诊断。(3)甄选出7个重要细菌种可作为预测龋病的标志物,将可为ASD特殊人群的龋齿预防和诊断提供新思路。

关键词：孤独症谱系障碍龋齿唾液微生物组宏基因组学 PacBio SMRT测序技术

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孤独症谱系障碍儿童的唾液微生物群落研究

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口腔生物医学 2022年第2期13卷 86-91页

作者：魏灿灿李然江瑾张进滕娜娜辛秉昌孙德刚青岛大学口腔医学院山东青岛266003 青岛市口腔医院牙体牙髓病科山东青岛266000 青岛市中心医院口腔科山东青岛266042

目的:通过宏基因组学方法结合Pacbio SMRT高通量测序技术探究孤独症谱系障碍(ASD)儿童中口腔健康和罹患龋齿者的唾液微生物菌群的组成及其差异。方法:收集42名ASD儿童唾液样本,其中无龋组22名,高龋组20名,提取DNA进行聚合酶链式反应扩增... 详细信息

目的:通过宏基因组学方法结合Pacbio SMRT高通量测序技术探究孤独症谱系障碍(ASD)儿童中口腔健康和罹患龋齿者的唾液微生物菌群的组成及其差异。方法:收集42名ASD儿童唾液样本,其中无龋组22名,高龋组20名,提取DNA进行聚合酶链式反应扩增,利用PacBio SMRT高通量测序技术对16S rRNA全长进行测序,进行口腔菌群结构和组成的分析比较。结果:两组间唾液菌群结构差异有统计学意义(P组的菌落结构更为相似和保守(P组高表达有伯杰氏杆菌、南锡普氏菌、金黄色葡萄球菌三个健康相关微生物(P组高表达有变形链球菌、口普氏菌、浑浊戴阿利斯特杆菌、具核梭杆菌四个龋病相关微生物(P唾液菌群有整体菌群结构和特定物种组成的改变,为ASD儿童的龋齿预防和诊断提供新策略。

关键词：孤独症谱系障碍龋齿唾液微生物组宏基因组学 PacBio SMRT高通量测序技术

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唾液微生物组对低龄儿童龋复发的预测潜能

唾液微生物组对低龄儿童龋复发的预测潜能

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2019年中华口腔医学会口腔预防医学专业委员会第十九次...

作者：孙翔宇祝策袁超施相如陈锋郑树国北京大学口腔医学院·口腔医院

目的调查与低龄儿童龋复发相关的唾液微生物变化,并探索潜在的微生物标记物。方法在基线时纳入无龋的学龄前儿童,在1年随访期内每6个月进行口腔检查并采集唾液样本,如发现新发龋则进行及时治疗。随访结束后,对完成随访的28名儿童三个时... 详细信息

目的调查与低龄儿童龋复发相关的唾液微生物变化,并探索潜在的微生物标记物。方法在基线时纳入无龋的学龄前儿童,在1年随访期内每6个月进行口腔检查并采集唾液样本,如发现新发龋则进行及时治疗。随访结束后,对完成随访的28名儿童三个时间点的84份唾液样本进行分析。其中7人治疗后出现了龋病复发,6人未复发,其余15人则始终无龋而作为对照组。对唾液中细菌16S rDNA的V3-V4高可变区进行扩增和测序。结果主坐标分析和热图均显示,唾液微生物的群落结构变化可能具有早期预测低龄儿童龋复发的潜能。在复发组和未复发组之间进行比较可见,梭菌属、普氏菌属、纤毛菌属和嗜二氧化碳噬细胞菌属的相对丰度在基线时存在显著差异,其用于复发预测的曲线下面积值分别为0.857,0.833,0.786和0.833,而四者组合后对应值则为0.952,表明在预测低龄儿童龋复发方面具有较好的准确度。结论唾液微生物组对低龄儿童龋复发具有一定的预测潜能,对其预防和控制策略的改进也必将具有积极的作用。

关键词：低龄儿童龋复发唾液微生物组测序分析预测潜能

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健康人和食管癌患者口腔微生物菌群差异

健康人和食管癌患者口腔微生物菌群差异

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作者：李何子重庆医科大学

学位级别：硕士

背景我国是食管癌高发国家,而重庆属于高发地区之一。近几年来,消化道肿瘤相关的微生物菌群研究日益增多。食管属于上消化道系统,但目前食管癌患者的早期诊断在临床上并没有较有效的诊断生物学标志物,同时,新辅助治疗的食管癌患者临床... 详细信息

背景我国是食管癌高发国家,而重庆属于高发地区之一。近几年来,消化道肿瘤相关的微生物菌群研究日益增多。食管属于上消化道系统,但目前食管癌患者的早期诊断在临床上并没有较有效的诊断生物学标志物,同时,新辅助治疗的食管癌患者临床上也缺少治疗后的评估标准。基于此,本文通过收集食管癌患者与健康人群口腔唾液进行口腔微生物菌群分析,找出两组存在的差异微生物菌群,并通过数据库对差异菌群进行代谢预测,找出生物学标志物,以期指导临床实践。目的初步研究食管癌患者和健康人群口腔微生物菌群的差异。方法收集2019年7月-2020年9月期间,在重庆医科大学附属第三医院胸外科确诊为食管癌的病例组唾液样本,所有病例组患者均经内镜活检确诊为食管癌。同时,收集无消化道肿瘤疾病及免疫性相关性疾病,且具有本年健康体检报告的健康对照组的唾液样本。健康患者组收集前1个月内均未服用PPI、抗生素、益生菌等药物且无食管癌家族病史、无糖尿病、高血压、冠心病等病史。33例病例组和35例对照组,两组的年龄、性别、种族上无统计学差异,记录下每位受试者的基本信息。本课题已通过重庆医科大学第三附属医院的伦理委员会审查,所有受试者均签署知情同意书。收集每位受试者唾液样本量均在4 ml以上,15 min内完成,存放于-80℃冰箱保存。然后,使用q PCR技术,扩增并构建样本DNA文库。所有样本通过质控后,用IIIumina Mi Seq PE300测序仪对68例受试者的唾液样本做微生物测序。引物为338F和806R,对每例样本V3-V4区扩增的产物做高通量测序。设置样本OTU运算单元,随后做微生物多样性分析,包括α和β多样性。最后,分析两组样本间的差异,使用非参数因子克鲁卡尔-沃利斯秩和检验（KW sum-rank test）,筛选出具有显著丰度差异特征的口腔微生物菌群。通过线性判别分析（LEf Se）来预测每个样本的差异物种丰度的生物学效应。进一步找出两组间菌群丰度有显著性差异的属。结果本研究纳入的食管癌患者有食管鳞状细胞癌33例,对照组有35例。食管鳞状细胞癌平均年龄为61岁,对照组平均年龄为66岁,两组间,在年龄、性别、种族方面无统计学差异（P＞0.05）。α多样性分析,其Shannon和Simpson指数P值分别为0.61、0.62,两组组内没有统计学差异。β多样性的组间比较,使用加权组平均法,计算得到两组口腔微生物具有统计学差异。在门水平上,两组口腔微生物中,一共检测出20个门存在,其中最多的3种菌群,分别为厚壁菌Firmicutes（34.0%）、拟杆菌Bacteroidetes（25.3%）,这两种菌群在食管癌组中丰度增高,而变形杆菌Proteobacteria（17.0%）在食管癌组中丰度降低。在属水平上,一共检测出275个属存在,其中最多的3种菌群,分别为链球菌Streptococcus（17.3%）在食管癌组中丰度增高,而淋球菌Neisseria（8.1%）和普雷沃氏菌Prevotella＿7（8.6%）在食管癌组中丰度降低。通过LEf Se得到两组口腔菌群丰度差异结果为:健康组中存在10种口腔微生物菌群,食管癌组中存在10种口腔微生物菌群。结论健康人与食管癌患者口腔微生物菌群在α多样性上没有统计学差异。而在β多样性上,两组口腔微生物菌群丰度上存在统计学差异。健康人与食管癌患者口腔微生物菌群,在门水平上,有2种菌群存在差异,在属水平上食管鳞状细胞癌和健康组各自有10种菌群存在丰度的差异。

关键词：食管癌食管鳞状细胞癌唾液微生物组 16S rDNA测序生物标志物

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