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玉米开花促进基因ZmGI及其同源蛋白结构特征分析和功能预测

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分子植物育种 2024年第5期22卷 1410-1420页

作者：陆雪峰高媛奉杰涂亮刘鹏飞郭向阳王安贵祝云芳吴迅陈泽辉贵州省农业科学院旱粮研究所贵阳550006 贵州大学农学院贵阳550025

光周期是调控植物开花的重要因子之一,对植物的生长发育具有重要影响。为更好地揭示开花促进基因Zm GI在玉米中的功能,本研究以12个GI蛋白作为靶标,利用生物信息学分析方法,对GI各编码蛋白的理化性质、保守基序、蛋白质二级结构、基因... 详细信息

光周期是调控植物开花的重要因子之一,对植物的生长发育具有重要影响。为更好地揭示开花促进基因Zm GI在玉米中的功能,本研究以12个GI蛋白作为靶标,利用生物信息学分析方法,对GI各编码蛋白的理化性质、保守基序、蛋白质二级结构、基因结构、上游启动子顺式调控元件等信息进行分析,旨在揭示Zm GI的表达模式。结果表明,同一亚群的基因结构相似度更高。12个同源蛋白表现出:(1)具有10个不同的保守模体;(2)不具有跨膜结构域的特征。亚细胞定位结果预测表明,GI蛋白可能定位于细胞核和叶绿体中。互作蛋白分析表明,具有CCT结构域的基因可能与Zm GI共表达于细胞中。组织表达模式分析发现,Zm GI在成熟叶片中显著表达。启动子分析结果显示,GI上游启动子中存在大量的逆境响应元件和光响应元件。这些结果将为深度解析Zm GI基因的功能提供更丰富的理论支撑。

关键词：玉米 ZmGI基因同源蛋白基因功能

中间锦鸡儿WRKY蛋白与豆科等植物同源蛋白的比较分析

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分子植物育种 2019年第20期17卷 6639-6650页

作者：万永青万东莉柳金华王瑞刚李国婧内蒙古农业大学生命科学学院内蒙古自治区植物逆境生理与分子生物学重点实验室呼和浩特010018 中国农业科学院草原研究所农业部草地生态与修复治理重点实验室呼和浩特010010

WRKY转录因子是植物最大的转录调节子家族之一,是信号网络不可缺少的部分。本研究基于前期从中间锦鸡儿筛选鉴定的53条含有完整WRKY结构域的CiWRKYs基因序列,利用生物信息分析手段对其中28个具有完整开放阅读框CiWRKYs的理化性质进行研... 详细信息

WRKY转录因子是植物最大的转录调节子家族之一,是信号网络不可缺少的部分。本研究基于前期从中间锦鸡儿筛选鉴定的53条含有完整WRKY结构域的CiWRKYs基因序列,利用生物信息分析手段对其中28个具有完整开放阅读框CiWRKYs的理化性质进行研究,并与豆科植物和拟南芥的WRKYs转录因子的同源性和进化特征进行比较分析,同时对干旱和盐胁迫条件下蒺藜苜蓿和中间锦鸡儿中同源WRKYs的表达模式进行了比较分析。理化性质分析结果显示28个CiWRKYs的各个氨基酸的组成在各类Group和亚族之间没有明显的规律,脂肪系数范围为37.61~74.76,平均亲水系数均小于0,在-1.269至-0.545之间,表明都属于亲水性蛋白。相似性比对结果表明28个CiWRKYs蛋白序列与拟南芥WRKYs的相似性较低,与豆科植物WRKYs相似性相对较高,GroupⅢ类的3个成员CiWRKY30、CiWRKY70-1和CiWRKY75-1均与拟南芥中同源的WRKYs的相似性较低。系统发育树结果显示中间锦鸡儿与蒺藜苜蓿在进化进程中的距离可能较近。表达模式分析比较显示,蒺藜苜蓿中对干旱响应显著的6个WRKYs与中间锦鸡儿的同源WRKYs基因有类似的表达趋势;而在盐胁迫条件下,蒺藜苜蓿根部受盐胁迫上调的8个WRKYs中有7个同源基因在中间锦鸡儿的地上组织中对盐胁迫有不同的响应。通过本研究分析挖掘的中间锦鸡儿潜在、特有的WRKYs,可以优先选择开展进一步的功能研究。

关键词：中间锦鸡儿(Caragana intermedia) WRKY 豆科植物同源蛋白生物信息学

Pirin同源蛋白催化黄酮醇氧化代谢的酶活分析

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Pirin同源蛋白催化黄酮醇氧化代谢的酶活分析

作者：黄兴蓉湖南师范大学

学位级别：硕士

Pirin是一种非血红素金属蛋白,广泛存在于人体组织,结构高度保守。Pirin作为核蛋白通常起转录调节作用,也有报道表明其同源蛋白YhhW和hPirin具有催化降解槲皮素(槲皮素酶)的活性。然而,关于核转录因子Pirin及其同源蛋白的酶催化特性知... 详细信息

Pirin是一种非血红素金属蛋白,广泛存在于人体组织,结构高度保守。Pirin作为核蛋白通常起转录调节作用,也有报道表明其同源蛋白YhhW和hPirin具有催化降解槲皮素(槲皮素酶)的活性。然而,关于核转录因子Pirin及其同源蛋白的酶催化特性知之甚少。因此,研究Pirin的催化性能,比较其同源蛋白间的结构-功能关系,对进一步了解Pirin的催化机理及探索其确切功能具有重要意义。本文考察了Pirin同工酶的底物特异性,鉴定了底物黄酮醇的特征代谢产物,建立了表征酶催化的新分析方法并测定了酶动力学参数。主要内容如下:(1)Pirin同源蛋白的活性测试和比较:表达纯化了Pirin的同源蛋白,并对Pirin的同源蛋白的活性进行了测试和比较。结果表明,黄酮醇类天然产物可作为Pirin的特异性底物,拓展了底物范围。同时,基于Pirin同源蛋白(hPirin和Yhh W)在空间结构特别是金属结合位点上的不同变化,解释了其催化活性的显著差异。(2)hPirin催化氧化黄酮醇类底物的产物表征:基于hPirin催化黄酮醇氧化的特征产物,建立了hPirin催化黄酮醇氧化代谢的液相色谱分析方法。选取槲皮素、杨梅素、非瑟酮、山奈酚、桑色素为研究底物,采用体外药物代谢反应体系,结合质谱的多检测模式,对黄酮醇氧化代谢物进行了系统比较和鉴定,并同时推导了黄酮醇代谢物的质谱裂解规律。(3)hPirin催化黄酮醇类底物的动力学分析:运用新建立的hPirin催化黄酮醇氧化代谢物的液相色谱分析技术,对终止反应的试剂和初速度条件进行了优化,测定了槲皮素、山奈酚、非瑟酮的酶动力学参数。测得的三种底物的米氏常数K分别为10.86±0.47μM、9.36±0.61μM和12.52±0.58μM,结合该值比较了不同结构底物的相对活性。

关键词： Pirin 同源蛋白黄酮醇代谢产物动力学参数

ZNF638/NP220同源蛋白及其生物学作用的研究进展

同方学位论文库评论

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生理科学进展 2023年第3期54卷 214-221页

作者：孟思帆程杉首都医科大学基础医学院医学遗传学与发育生物学学系北京100069

一些具有锌指结构域的蛋白质可以识别特定的靶RNA分子并与之结合,在细胞中参与或介导重要的生物学作用,这一发现拓展了人们对锌指蛋白专职转录调控并且高度依赖于特异结合靶DNA序列的认知。ZNF638/NP220及其同源蛋白Matrin3和RBM20是一... 详细信息

一些具有锌指结构域的蛋白质可以识别特定的靶RNA分子并与之结合,在细胞中参与或介导重要的生物学作用,这一发现拓展了人们对锌指蛋白专职转录调控并且高度依赖于特异结合靶DNA序列的认知。ZNF638/NP220及其同源蛋白Matrin3和RBM20是一类在生物进化中相当保守的特殊锌指蛋白,定位于细胞核基质的核斑中,含有特殊的蛋白结构域,可以特定靶向RNA分子,在细胞的转录调控和RNA加工的不同阶段发挥作用,特别是RNA转录和剪接事件的偶联以及改变RNA分子的成熟和稳定性等方面。本文将对近年来有关ZNF638同源蛋白成员的发现、结构、分子机制及其在细胞分化、胚胎发育、病毒的感染等生命过程中调控作用的研究进展进行总结讨论。

关键词：锌指蛋白 ZNF638 同源蛋白 RNA结合结构域 Matrin3 RBM20

香蕉条斑病毒ORF Ⅰ基因克隆及编码蛋白和同源物的生物信息学分析

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果树学报 2019年第5期36卷 557-566页

作者：黎维丽余乃通李俊成王健华李宾宾刘志昕海南大学热带农林学院海口570228 中国热带农业科学院热带生物技术研究所.海南省微生物学重点实验室.农业农村部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室海口571101 广东省农业科学院果树研究所.广东省热带亚热带果树研究重点实验室广州510640

【目的】探明杆状DNA病毒属病毒的ORFⅠ基因功能。【方法】本研究从香蕉条斑病毒云南分离株(BSV-YN)中克隆了BSV ORFⅠ基因,通过核苷酸和氨基酸序列分析和同源关系分析,确定了BSV-YN的分类地位;对其编码蛋白及同源物的理化性质、氨基酸... 详细信息

【目的】探明杆状DNA病毒属病毒的ORFⅠ基因功能。【方法】本研究从香蕉条斑病毒云南分离株(BSV-YN)中克隆了BSV ORFⅠ基因,通过核苷酸和氨基酸序列分析和同源关系分析,确定了BSV-YN的分类地位;对其编码蛋白及同源物的理化性质、氨基酸序列组成、亲疏水性、跨膜区域、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点、同源结构域、蛋白二级和三级结构等进行预测和分析。【结果】BSV ORFⅠ基因片段大小为528 bp,编码175个氨基酸,通过核苷酸和氨基酸序列分析和同源关系分析,确定了BSV-YN属于BSGFV种。生物信息学分析表明,BSV-YN ORFⅠ及同源蛋白都是不稳定的、亲水性蛋白,以丝氨酸和苏氨酸磷酸化为主。这些蛋白二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,无信号肽或跨膜区域。亚细胞定位预测表明,BSV-YN ORFⅠ及同源蛋白主要在细胞核分布,推测它们在病毒感染的宿主细胞核中发挥重要作用。【结论】推测BSV-YN ORFⅠ在病毒感染的宿主细胞核中参与病毒复制、转录等相关过程。本研究为进一步开展该蛋白的功能研究提供科学线索。

关键词：香蕉条斑病毒 ORFⅠ 同源蛋白生物信息学分析

选择性剪接多聚嘧啶结合蛋白及其同源蛋白与恶性肿瘤相关性的研究进展

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右江医学 2019年第10期47卷 725-728页

作者：王娟龙喜带右江民族医学院附属医院病理科广西百色533000 上海交通大学医学院附属仁济医院肝脏外科上海200127

选择性剪接(alternative splicing)是指一个前体mRNA通过选择不同的剪接位点产生多个可编码功能相似或相反的mRNA剪接异构体的过程。多聚嘧啶结合蛋白(polypyrimidine tract-binding protein,PTB)是一种剪接调控因子,通过结合新生mRNA... 详细信息

选择性剪接(alternative splicing)是指一个前体mRNA通过选择不同的剪接位点产生多个可编码功能相似或相反的mRNA剪接异构体的过程。多聚嘧啶结合蛋白(polypyrimidine tract-binding protein,PTB)是一种剪接调控因子,通过结合新生mRNA而抑制剪接发生。有关研究提示PTB及其同源蛋白剪接调控功能出现异常时可以导致肿瘤的发生。综述PTB及其同源蛋白与恶性肿瘤相关性的研究进展,有可能为肿瘤治疗提供新的选择,为未来靶点治疗提供新的思路。

关键词：多聚嘧啶结合蛋白同源蛋白选择性剪接恶性肿瘤

朊蛋白同源蛋白Doppel的分子生物学研究进展

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中国人兽共患病学报 2010年第5期26卷 481-483,486页

作者：徐琨董小平楚雍烈西安交通大学医学院免疫与病原生物学系/分子病毒研究所西安710061 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/传染病预防控制国家重点实验室北京100052

朊病毒病又称可传播性海绵状脑病( Transmis- sion spongiform encephalopathy, TSE),是一组累及人类及多种动物中枢神经系统的退行性疾病,致死率可达100%,如人类的克雅氏病(CJD),动物的疯牛病(BSE)等。此类疾病具有明显的传染性,其感... 详细信息

朊病毒病又称可传播性海绵状脑病( Transmis- sion spongiform encephalopathy, TSE),是一组累及人类及多种动物中枢神经系统的退行性疾病,致死率可达100%,如人类的克雅氏病(CJD),动物的疯牛病(BSE)等。此类疾病具有明显的传染性,其感染因子“PrPsc”,被认为仅由蛋白质组成,它是由细胞内生的正常朊蛋白PrPsc空间构象发生变化,[第一段]

关键词：朊蛋白分子生物学同源蛋白可传播性海绵状脑病退行性疾病 PrPsc 中枢神经系统蛋白质组成

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小鼠醛糖还原酶相似基因同源蛋白表达研究

中华肝脏病杂志 2004年第8期12卷 463-466页

作者：金俊飞易力刘琍袁榴娣施燕峰谢维东南大学医学院遗传学研究中心江苏省基因诊断与治疗医学重点实验室南京210009 东南大学医学院遗传学研究中心江苏省基因诊断与治疗医学重点实验室南京210009

目的检测小鼠ARL-1同源蛋白的表达情况,分析人醛糖还原酶相似基因(ARL-1)与小鼠ARL-1同源蛋白的同源性和遗传距离,从进化的角度讨论小鼠ARL-1同源蛋白与人ARL-1的亲缘关系。方法利用OenBank和Swiss-Prot数据库,采用Clustal X 1.8软件... 详细信息

目的检测小鼠ARL-1同源蛋白的表达情况,分析人醛糖还原酶相似基因(ARL-1)与小鼠ARL-1同源蛋白的同源性和遗传距离,从进化的角度讨论小鼠ARL-1同源蛋白与人ARL-1的亲缘关系。方法利用OenBank和Swiss-Prot数据库,采用Clustal X 1.8软件分析人ARL-1与小鼠ARL-1同源蛋白的同源性,利用Mega 2.0软件分析人ARL-1与小鼠ARL-1同源蛋白的遗传距离,推测其进化关系;采用westernblot方法,运用抗ARL-1多克隆抗体分析小鼠多种组织ARL-1同源蛋白的表达情况。结果人ARL-1分别与小鼠中国仓鼠卵巢还原酶(CHO-Red)、成纤维细胞生长因子调节蛋白(FR-1)、鼠醛糖还原酶相似蛋白(rARLP)、小鼠输精管蛋白(MVDP)、鼠晶状体醛糖还原酶(LeAR)、δ4-3-5β酮甾类还原酶(5β-Red)、鼠醛酮还原酶蛋白C(RaK-c)、3α-18-羟甾类脱氢酶(3α-HSD)有83％、82％、81％、79％70％、51％、50％、45％的同源性。人ARL-1与小鼠CHO-Red的遗传距离最短(18.0％,P=0.023),其次是FR-1(19.1％,P=0.023)和rARLP(19.9％,P=0.025)。从进化树来看,人ARL-1与小鼠FR-1、rARLP、CHO-Red亲缘关系较近,其次是MVDP与LeAR。采用western blot在小鼠输精管,睾丸、膀胱、子宫检测到ARL-1同源蛋白。结论人ARL-1与小鼠CHO-Red、FR-1、rARLP、MVDP有较高的同源性、较?

关键词：小鼠醛糖还原酶相似基因同源蛋白基因表达检测

胶质瘤相关癌基因同源蛋白2在膀胱癌组织的表达及其机制

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中华实验外科杂志 2018年第4期35卷 769-769页

作者：徐升官丰菊李斌董大海骆磊张桂铭青岛大学附属医院泌尿外科 266003 青岛市妇女儿童医院小儿外科 266011

胶质瘤相关癌基因同源蛋白2（GLI2）是Hedgehog（Hh）信号通路中最重要的转录因子。本研究旨在观察GLI2在膀胱癌组织中的表达，探讨其作用机制。

关键词：膀胱癌组织相关癌基因胶质瘤蛋白2 转录因子信号通路同源蛋白

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