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人白介素6受体胞外区三维结构的同源模拟

生物化学与生物物理进展 1997年第5期24卷 446-450页

作者：孙涛任蕴芳鲁中正李松焦克芳沈倍奋军事医学科学院基础医学研究所北京100850 军事医学科学院毒物药物研究所北京100850

IL 6受体是造血因子超家族成员 ,其胞外区细胞因子结合结构域 (CBD)是受体结合配基和偶联gp1 30转导IL 6信号的功能域 .据预测 ,IL 6R功能域的β片层折叠模式和人生长激素受体 ( hGH R)及CD4 的晶体结构十分相似 .应用计算机同源模拟技... 详细信息

IL 6受体是造血因子超家族成员 ,其胞外区细胞因子结合结构域 (CBD)是受体结合配基和偶联gp1 30转导IL 6信号的功能域 .据预测 ,IL 6R功能域的β片层折叠模式和人生长激素受体 ( hGH R)及CD4 的晶体结构十分相似 .应用计算机同源模拟技术 ,以hGH R和CD4 的三维结构为模板 ,模建了hIL 6R功能域 ( 1 0 6～ 32 2位 )的三维结构 ,初步描述了其结构保守区的构象特征 .文章研究模建的hIL 6R三维结构模式为探讨可溶性IL 6R点突变的结果 ,以及进行三维定量分析IL 6R胞外区功能域的构效关系提供了空间结构基础 .

关键词：白细胞介素6 受体三维结构同源模拟

αⅡbβ3同源模拟和环形RGD药物小分子设计

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生物工程学报 2008年第2期24卷 297-301页

作者：罗明艳陈梅宗李任植南开大学物理科学学院

血小板表面的整合蛋白α_(Ⅱb)β_3对血栓的形成具有很重要的调控作用,α_(Ⅱb)β_3与纤维蛋白原上的RGD特征序列结合,促进血小板凝集进而形成血栓。这样可以在理论上设计一个环形RGD小分子(RGD-c)与α_(Ⅱb)β_3蛋白结合,阻断其与纤维... 详细信息

血小板表面的整合蛋白α_(Ⅱb)β_3对血栓的形成具有很重要的调控作用,α_(Ⅱb)β_3与纤维蛋白原上的RGD特征序列结合,促进血小板凝集进而形成血栓。这样可以在理论上设计一个环形RGD小分子(RGD-c)与α_(Ⅱb)β_3蛋白结合,阻断其与纤维蛋白原的结合位点,进而阻断血栓形成。以糖蛋白α_vβ_3(pdb代码1jv2)作为模板,利用modeller8v2软件进行同源模拟得到α_(Ⅱb)β_3三维模型。而小分子则以RGD序列为主,两边各加一个氨基酸X、Y,X和Y之间用一个二硫键相连,通过改变X和Y,重复优化过程则可得到不同的小分子模型,将其与α_(Ⅱb)β_3进行分子对接,可以找出比较理想的XY组合。

关键词： αⅡbβ3 同源模拟对接 RGD-C MM

淡色库蚊乙酰胆碱酯酶全基因的克隆鉴定及蛋白同源模拟

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寄生虫与医学昆虫学报 2004年第3期11卷 161-165页

作者：李春晓赵彤言董言德军事医学科学院院微生物流行病研究所北京100071

根据已知的尖音库蚊乙酰胆碱酯酶 (AChE1 )的全基因序列在非编码区设计一对特异性引物 ,对淡色库蚊的cDNA进行扩增。PCR产物经T A克隆 ,PCR鉴定和DNA测序 ,利用DNAStar软件与部分已知物种的AChE1氨基酸序列进行同源性分析并构建系统进... 详细信息

根据已知的尖音库蚊乙酰胆碱酯酶 (AChE1 )的全基因序列在非编码区设计一对特异性引物 ,对淡色库蚊的cDNA进行扩增。PCR产物经T A克隆 ,PCR鉴定和DNA测序 ,利用DNAStar软件与部分已知物种的AChE1氨基酸序列进行同源性分析并构建系统进化树。淡色库蚊Ace1基因的ORF序列为 2 1 0 3bp ,翻译成蛋白序列为 70 0个氨基酸。蛋白序列与尖音库蚊的AChE1相比只有 1 2个氨基酸的差异 ,缺失了一段 8个残基的序列。同源性分析表明 ,除尖音库蚊外 ,其与冈比亚按蚊的同源性最高 (79 5 % ) ,与黑腹果蝇AChE2相比则比较低 (31 1 % )。应用SWISS

关键词：淡色库蚊乙酰胆碱酯酶基因克隆蛋白同源模拟

α2bβ3蛋白同源模拟及抗血栓RGD-c小分子设计

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生物医学工程与临床 2006年第S1期10卷 57-页

作者：陈梅宗李任植南开大学泰达应用物理学院221 天津300457

目的血小板上的α2bβ3蛋白是干扰素家族的重要一员,由2个亚基组成,在血小板凝集过程中,可以与纤维蛋白原上的RGD特征序列结合,使血小板凝集。这样可以在理论上设想一个环形RGD小分子(RGD-c),与α2bβ3蛋白结合,阻断其与纤维蛋白原的结... 详细信息

目的血小板上的α2bβ3蛋白是干扰素家族的重要一员,由2个亚基组成,在血小板凝集过程中,可以与纤维蛋白原上的RGD特征序列结合,使血小板凝集。这样可以在理论上设想一个环形RGD小分子(RGD-c),与α2bβ3蛋白结合,阻断其与纤维蛋白原的结合位点,有效阻止血栓形成。实验目的在于建立α2bβ3三维模型,设计RGD-c,了解该蛋白与RGD-c的结合位点和方式。分析不同侧链:RGD-c的结合效果,选出最合适的RGD-c作为实验室药物配制的理论依据。

关键词： RGD-c 小分子同源模拟分子设计材料设计蛋白

来源于瘤胃菌Ruminococcus sp.的D-阿洛酮糖3-差向异构酶的底物结合位点分析

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微生物学通报 2014年第5期41卷 811-817页

作者：张黎丽朱玥明门燕康振奎孙媛霞中国科学院天津工业生物技术研究所工业酶国家工程实验室天津300308 山西天骄生物集团有限公司山西太原030006

【目的】研究来源于瘤胃菌Ruminococcus sp.的D-阿洛酮糖3-差向异构酶的底物结合机制。【方法】通过同源模拟和同源序列比对,筛选与其底物结合相关的关键位点,进而通过定点突变构建突变体并对其动力学性质进行研究。【结果】筛选得到关... 详细信息

【目的】研究来源于瘤胃菌Ruminococcus sp.的D-阿洛酮糖3-差向异构酶的底物结合机制。【方法】通过同源模拟和同源序列比对,筛选与其底物结合相关的关键位点,进而通过定点突变构建突变体并对其动力学性质进行研究。【结果】筛选得到关键位点Y6和A109,构建了突变体Y6F、Y6I、A109P及A109L。【结论】Y6既与底物结合又与催化能力相关,其-OH只与底物结合相关,芳香环则与催化能力和结合能力均相关;而A109则只是底物结合的位点。该研究结果为D-阿洛酮糖3-差向异构酶的催化机理研究及分子改造提供了借鉴。

关键词： D-阿洛酮糖3-差向异构酶同源模拟序列比对定点突变

耐热碱性磷酸酶(FD-TAP)的结构模型研究

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中国生物化学与分子生物学报 2001年第3期17卷 365-371页

作者：戴林森季朝能王健高大操盛小禹毛裕民复旦大学分析测试中心复旦大学生命科学学院遗传研究所

以大肠杆菌碱性磷酸酶 (BAP)为主要结构模板 ,用计算机同源结构模拟方法构建了耐热碱性磷酸酶 (FD TAP)的三维结构 ,对它们的结构特征进行了分析比较 ,并用Profile 3D和Ramachand ran图等方法分析了结构的合理性 .在此基础上 ,又构建了F... 详细信息

以大肠杆菌碱性磷酸酶 (BAP)为主要结构模板 ,用计算机同源结构模拟方法构建了耐热碱性磷酸酶 (FD TAP)的三维结构 ,对它们的结构特征进行了分析比较 ,并用Profile 3D和Ramachand ran图等方法分析了结构的合理性 .在此基础上 ,又构建了FD TAP 3个突变体的结构 ,用CHARMM能量计算法研究了FD TAP及其 3个突变体的能量与酶蛋白热稳定性之间的关系 ,得到了与实验完全一致的结果 .结果说明 ,如果氨基酸残基置换使蛋白质分子的总能量降低 ,疏水性增高和柔韧性减小。

关键词：耐热碱性磷酸酶同源模拟热稳定性结构模型

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H5N1血凝素蛋白切割位点的序列研究

科学通报 2007年第16期52卷 1908-1912页

作者：郭晓莉朱贻盛李亦学石萍周豪魁姚劲松黄振德魏冬青上海交通大学生命科学技术学院上海200240

血凝素(hemagglutinin,HA)能否被切割成HA1和HA2是决定禽流感病毒高致病性的重要因素.分析切割位点的序列,研究其进化规律可以让我们更深入地了解H5N1的高致病性.本研究先通过元胞自动机的方法将HA的基因序列转化为图形,并在图上找到了... 详细信息

血凝素(hemagglutinin,HA)能否被切割成HA1和HA2是决定禽流感病毒高致病性的重要因素.分析切割位点的序列,研究其进化规律可以让我们更深入地了解H5N1的高致病性.本研究先通过元胞自动机的方法将HA的基因序列转化为图形,并在图上找到了一段H5N1亚型仅有的特征基因片段.这个特征基因片段包含30个碱基,主要由A和G组成,其对应的氨基酸主要是带正电荷的碱性氨基酸.这个特征氨基酸片段正好处于HA的酶切位点上.通过3D结构的同源模拟,发现H5N1 HA蛋白的切割位点较为暴露,非常有利于各种酶对其进行剪切.本研究还构建了切割位点的分子表面,以进一步分析可能的氨基酸突变将如何影响表面的电荷分布.结果表明,某些突变较大地改变了电荷的表面分布,可能使病毒失去高致病性.H5N1特征氨基酸片段突变情况的统计表明,在时间上,2005年突变案例的比例比前几年上升了许多;而在地域上,中国大陆的突变病毒案例占了绝大比例.这些结果都有助于我们研究病毒高致病力的进化情况.

关键词： H5N1血凝素切割位点元胞自动机特征氨基酸片段同源模拟

克雷伯氏肺炎杆菌内抗亚碲酸盐蛋白质TerZ延伸环降低对钙离子亲合性（英文）

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波谱学杂志 2015年第2期32卷 308-317页

作者：魏淑怡潘韻如曾天生陈金榜 "中央研究院"生物医学科学研究所台北11529

亚碲酸盐是碲的一含氧阴离子,其对微生物具高度毒性.在许多的致病菌内已经鉴定出数个抗亚碲酸盐基因(terZABCDEF).之前,作者解出抗亚碲酸盐蛋白质TerD液体核磁共振结构并指出在细菌内TerD可能是一钙离子传感器.TerZ与TerD在序列上有40%... 详细信息

亚碲酸盐是碲的一含氧阴离子,其对微生物具高度毒性.在许多的致病菌内已经鉴定出数个抗亚碲酸盐基因(terZABCDEF).之前,作者解出抗亚碲酸盐蛋白质TerD液体核磁共振结构并指出在细菌内TerD可能是一钙离子传感器.TerZ与TerD在序列上有40%相同性,其包括了一额外的9氨基酸片段L36-N44,并且显示出非常弱的钙离子亲合性.有趣的是,少了额外片段的TerZdel拥有与TerD可比较的钙离子亲合性.根据化学位移指数及同源模拟结果,此额外片段为一无二级结构且延伸的loop,可能扰乱钙离子结合位置的构形,同时也阻碍了钙离子接近其结合位置,因此大大降低钙离子亲合性.

关键词：钙离子结合蛋白质抗亚碲酸盐钙离子传感器化学位移指数同源模拟

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诺如病毒GⅡ.13P蛋白的糖结合特征

中国生物制品学杂志 2019年第3期32卷 261-264页

作者：丛鑫李涵博王鹏飞靳淼李丹地段招军中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 甘肃中医药大学公共卫生学院甘肃兰州730000 广西科技大学鹿山学院食品与化学工程系广西柳州545000

目的分析诺如病毒(norovirus,NoV)GⅡ.13毒株09N3145与组织血型抗原(histo-blood groups antigens,HBGAs)的结合特性。方法表达并纯化GⅡ.13 09N3145的P区蛋白,通过唾液及寡糖结合试验确定其与多种不同寡糖的结合特征,并以GⅡ.13/2010 ... 详细信息

目的分析诺如病毒(norovirus,NoV)GⅡ.13毒株09N3145与组织血型抗原(histo-blood groups antigens,HBGAs)的结合特性。方法表达并纯化GⅡ.13 09N3145的P区蛋白,通过唾液及寡糖结合试验确定其与多种不同寡糖的结合特征,并以GⅡ.13/2010 P区蛋白与Lea寡糖复合物结构为模板,对GⅡ.13 09N3145 P蛋白进行同源模拟。结果 GⅡ.13 09N3145的P区蛋白可以与A、B、O+和非分泌型O-发生结合;可以与Lec双糖抗原和乳糖发生结合,而与A、B、H、Lewis型等寡糖无明显结合。分子模拟显示P蛋白使用一个可能的结合位点与半乳糖环结合。结论确定了GⅡ.13 09N3145 P蛋白与HBGAs的结合特征,为NoV宿主相互作用、人诺如病毒(human norovirus,huNoV)进化、流行以及天然抗病毒策略的提出奠定基础。

关键词：诺如病毒受体结合 GⅡ.13P蛋白同源模拟