检索结果-南通市图书馆

G蛋白偶联受体81同源建模及其与二羟基苯甲酸对接研究

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化学研究与应用 2017年第6期29卷 841-846页

作者：吴玲何佩勋孙磊吴晚杰刘京曹洪玉大连大学生命科学与技术学院辽宁大连116622

G蛋白偶联受体81(GPR81)激动剂不仅可以发挥出GPR109A激动剂治疗血脂障碍的功效,还可降低副作用,但GPR81属于膜蛋白且三维结构未知,其与药物作用情况仍难以解析。本文基于已知的GPR81一级序列,采用同源模建的方法构建GPR81蛋白三维结构... 详细信息

G蛋白偶联受体81(GPR81)激动剂不仅可以发挥出GPR109A激动剂治疗血脂障碍的功效,还可降低副作用,但GPR81属于膜蛋白且三维结构未知,其与药物作用情况仍难以解析。本文基于已知的GPR81一级序列,采用同源模建的方法构建GPR81蛋白三维结构,运用拉氏图和Profile-3D对模型进行评估,通过分子动力学,加膜,loop环区等方法对模型进行优化,得到蛋白最优模型,模型Verify Score为130.27(预期Verify Score值区间为60.8112~135.136),并计算分析得到8个可能的活性位点。构建GPR81的苯甲酸类激动剂药物小分子,通过最陡下降法和共轭梯度法获得药物分子最低能量构象。用Libdock方法将激动剂对接至蛋白各活性位点,获得二者作用模型。我们分析各活性位点氨基酸分布情况,并以3-羟基-苯甲酸类药物作为参考分子探讨药物与各蛋白活性位点相互作用情况。本实验对设计GPR81苯甲酸类激动剂有理论指导意义。

关键词： G偶联蛋白受体81 同源建模活性位点分子对接分子动力学

Mtb_G5K同源建模及其与[3,2-c]喹啉对接研究

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化学研究与应用 2020年第7期32卷 1200-1206页

作者：刘鸿仪杨敏陈依帆贺子豪张松杰徐永涛新乡医学院生物医学工程学院河南新乡453000 新乡市生物医学信息研究重点实验室河南新乡453000 临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室河南新乡453000

结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb... 详细信息

结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb_G5K)的一级序列,采用同源模建的方法构建Mtb_G5K蛋白三维结构并对其优化,运用三种方法分别对模型的各个方面进行评估,从而得到合理的蛋白质三维模型;构建小分子并将其能量最小化获得药物分子的最低能量构象,用Autodock将小分子对接到Mtb_G5K的活性位点;分析探讨[3,2-c]喹啉类小分子结合模式,观察蛋白与小分子之间的相互作用并预测具有稳定结合的高活性药物,从而推断出喹啉环的取代基采用相对分子质量较大的官能团能够增强药物小分子的酶催化活性。本研究结果对将来抗结核小分子的研发设计提供了新的思路。

关键词：结核分枝杆菌谷氨酸激酶活化剂同源建模分子对接

大肠杆菌P4 FliC蛋白结构分析及同源建模

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生物技术通报 2010年第10期26卷 143-148页

作者：李任峰田香勤何启盖胡建和赵坤李学斌王三虎河南科技学院动物科学学院新乡453003 新乡医学院医学研究中心新乡453003 华中农业大学动物医学院农业微生物学国家重点实验室动物病原分室武汉430070

为了进一步认识大肠杆菌鞭毛蛋白(Escherichia coliFliC)的结构及功能,深入研究细菌鞭毛的生物学特性,采用生物信息学方法,对组成Escherichia coliP4 FliC蛋白质的理化性质、二级结构及三级结构等进行生物信息学分析,并在三级结构的基... 详细信息

为了进一步认识大肠杆菌鞭毛蛋白(Escherichia coliFliC)的结构及功能,深入研究细菌鞭毛的生物学特性,采用生物信息学方法,对组成Escherichia coliP4 FliC蛋白质的理化性质、二级结构及三级结构等进行生物信息学分析,并在三级结构的基础上进行同源建模。理化性质分析结果表明,***4 FliC蛋白为酸性结构蛋白,与沙门氏菌鞭毛蛋白性质较为接近,二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主要构件,其空间结构与Salmonella typhimurium的3a5xA蛋白相似性较高,以此为模板成功构建了可靠的三维结构分子模型。FliC蛋白为多种细菌的鞭毛蛋白,与细菌的运动功能关系密切,本研究为深入研究细菌的运动机制及致病机理奠定基础。

关键词：大肠杆菌鞭毛蛋白同源建模

Bacillus fordii MH602海因酶序列及同源建模分析

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计算机与应用化学 2008年第12期25卷 1521-1525页

作者：季青春梅艳珍何冰芳南京工业大学制药与生命科学学院江苏南京210009

海因酶是5-取代海因生物转化制备手性氨基酸的关键酶。通过同源建模法建立MH602海因酶的三维结构,经分析,91.3%的氨基酸残基在可信区间,无氨基酸残基在不可信区间,而且能量处于较低水平,此模型可进一步研究。将MH602海因酶序列和PDB数... 详细信息

海因酶是5-取代海因生物转化制备手性氨基酸的关键酶。通过同源建模法建立MH602海因酶的三维结构,经分析,91.3%的氨基酸残基在可信区间,无氨基酸残基在不可信区间,而且能量处于较低水平,此模型可进一步研究。将MH602海因酶序列和PDB数据库中现有的6个海因酶序列比较(PDB编号为:1K1D,1YNY,1NFG,1GKP,1GKQ,1GKR),结果显示了保守的活性位点残基(4个HIS,1个ASP),3个立体化学环(SGLs)和底物环外侧链结合的残基(MET63,PHE65,LEU94,PHE152,TYR155,VAL158,LEU159)。通过比较发现MH602海因酶在159位是LEU,比其他海因酶的PHE159提供更大的底物结合空间,可能降低了对映体选择性但增加了对羟基苯海因的活力。为利用定点突变改造酶分子,提高MH602菌株生产L氨基酸的能力提供理论指导。

关键词：海因酶同源建模序列活性位点

紫花苜蓿β-1,2-木糖转移酶同源建模及分子动力学分析

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安徽农业科学 2011年第15期39卷 8861-8863页

作者：王海波曲靖师范学院生物资源与环境科学学院云南曲靖655011

[目的]研究紫花苜蓿β-1,2-木糖转移酶同源建模及分子动力学。[方法]通过NCBI数据库得到了紫花苜蓿β-1,2-木糖转移酶的mRNA及氨基酸序列,应用Swiss-mode在线预测了该蛋白质的三维结构。[结果]Ramachandram结构检测表明,建立的三维模型... 详细信息

[目的]研究紫花苜蓿β-1,2-木糖转移酶同源建模及分子动力学。[方法]通过NCBI数据库得到了紫花苜蓿β-1,2-木糖转移酶的mRNA及氨基酸序列,应用Swiss-mode在线预测了该蛋白质的三维结构。[结果]Ramachandram结构检测表明,建立的三维模型其蛋白质残基的二面角有95%以上位于黄色能量稳定区域,符合立体化学能量规则。NAMD软件分子动力学分析得到该蛋白质的能量图谱与计算红外光谱,表明其催化反应在热力学稳定范围内。[结论]为深入研究β-1,2-木糖转移酶的结构提供了理论依据。

关键词：紫花苜蓿 β-1,2-木糖转移酶同源建模分子动力学

拟青霉β-1,3(4)-葡聚糖酶同源建模及共价固定化

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食品科学 2013年第1期34卷 252-256页

作者：华承伟于江傲谢凤珍陈晓静河南科技学院生命科技学院河南新乡453003 河南科技学院新科学院河南新乡453003

采用同源建模的方法构建拟青霉β-1,3(4)-葡聚糖酶的三维结构。通过对其活性位点及表面氨基酸残基侧链的分析,利用氨基载体Sepabeads EC-HA共价固定化葡聚糖酶,优化固定化条件,比较固定化酶与游离酶的酶学参数。结果表明:m(酶粉):m(载体... 详细信息

采用同源建模的方法构建拟青霉β-1,3(4)-葡聚糖酶的三维结构。通过对其活性位点及表面氨基酸残基侧链的分析,利用氨基载体Sepabeads EC-HA共价固定化葡聚糖酶,优化固定化条件,比较固定化酶与游离酶的酶学参数。结果表明:m(酶粉):m(载体)=1.2:1、温度40～45℃、固定化时间8h,固定化效果最好。蛋白结合率可达91.7%,酶活回收率达87.6%,固定化酶最适温度、热稳定性、pH值稳定性和批次使用稳定性均得到明显提高。

关键词： β-1,3(4)-葡聚糖酶同源建模共价固定化

甘薯膜结合态多酚氧化酶同源建模及分子对接分析

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西南大学学报（自然科学版） 2021年第6期43卷 60-66页

作者：李丰茂杨浩傅玉凡陈晓玲唐云明西南大学生命科学学院/重庆市甘薯工程研究中心重庆400715 重庆市潼南中学校重庆潼南402660 中国农业科学院作物科学研究所北京100081

通过生物信息学和同源建模分析发现甘薯mPPO含有588个氨基酸残基(aa),其N-端包含两段跨膜信号序列.二级结构预测结果显示,mPPO含有18个α-螺旋、9个β-转角、18个无规则卷曲,同时二硫键稳定着酶分子结构,活性中心被6个组氨酸包围.分子... 详细信息

通过生物信息学和同源建模分析发现甘薯mPPO含有588个氨基酸残基(aa),其N-端包含两段跨膜信号序列.二级结构预测结果显示,mPPO含有18个α-螺旋、9个β-转角、18个无规则卷曲,同时二硫键稳定着酶分子结构,活性中心被6个组氨酸包围.分子对接结果揭示了mPPO与底物的结合位点以及相互作用方式.

关键词：甘薯膜结合态多酚氧化酶褐变同源建模分子对接

短小芽孢杆菌木聚糖酶的同源建模及分子动力学模拟

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华侨大学学报（自然科学版） 2011年第3期32卷 296-299页

作者：葛慧华李红春张光亚华侨大学化工学院福建泉州362021

克隆并测序来源于短小芽孢杆菌的木聚糖酶基因,测定其编码产物的理化性质并鉴定其表达产物为常温酶蛋白.利用同源建模构建出具有较高精度的三级结构模型,并进行优化和评估.利用分子动力学模拟木聚糖酶基因对热不稳定的分子机制,了解影... 详细信息

克隆并测序来源于短小芽孢杆菌的木聚糖酶基因,测定其编码产物的理化性质并鉴定其表达产物为常温酶蛋白.利用同源建模构建出具有较高精度的三级结构模型,并进行优化和评估.利用分子动力学模拟木聚糖酶基因对热不稳定的分子机制,了解影响该酶热稳定性的因素,寻找对热不稳定性的区域.通过与嗜热木聚糖酶比较发现,两者在3个区域的分子动力学行为存在较明显的差异.

关键词：木聚糖酶短小芽孢杆菌同源建模热稳定性分子动力学模拟

白念珠菌几丁质合成酶三维结构的同源建模及其与FR-900403的分子对接研究

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中国真菌学杂志 2017年第4期12卷 193-197,215页

作者：孙彬刘敏赵世振王世本黄宏丽聊城大学生物制药研究院聊城252000 沈阳药科大学制药工程学院沈阳110016

目的探究白念珠菌几丁质合成酶活性位点的结构特征。方法通过采用同源建模的方法首次构建白念珠菌几丁质合成酶的三维结构模型,模型的可靠性经Ramachandran和Profile-3D图进行验证。采用InsightⅡ-Binding site方法准确定位几丁质合成... 详细信息

目的探究白念珠菌几丁质合成酶活性位点的结构特征。方法通过采用同源建模的方法首次构建白念珠菌几丁质合成酶的三维结构模型,模型的可靠性经Ramachandran和Profile-3D图进行验证。采用InsightⅡ-Binding site方法准确定位几丁质合成酶的活性位点,并研究了几丁质合成酶的重要功能残基在活性位点的立体分布。结果通过柔性分子对接方法首次阐明几丁质合成酶抑制剂FR-900403与靶酶活性位点的相互作用模式,明确几丁质合成酶与该类抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基。结论本研究为基于几丁质合成酶三维结构的药物靶点设计提供重要的参考信息,同时也为抗真菌药的发展奠定坚实的理论基础。

关键词：真菌感染几丁质合成酶同源建模分子对接