检索结果-南通市图书馆

GPR35受体同源建模及其与嗜氮酮类化合物的分子对接

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

天津师范大学学报(自然科学版) 2023年

作者：任聪温泽宇宋昱于大永曹洪玉史丽颖大连大学生命健康学院

为了筛选出最具潜力的GPR35受体激动剂，基于已知的GPR35受体一级序列，采用同源建模的方法构建GPR35受体晶体结构模型，通过Loop环区、分子动力学和加膜等操作对构建的模型进行优化，进一步利用Schrodinger Suite 2017软件对所构建的GP... 详细信息

为了筛选出最具潜力的GPR35受体激动剂，基于已知的GPR35受体一级序列，采用同源建模的方法构建GPR35受体晶体结构模型，通过Loop环区、分子动力学和加膜等操作对构建的模型进行优化，进一步利用Schrodinger Suite 2017软件对所构建的GPR35受体晶体结构模型与52个嗜氮酮类化合物进行分子对接研究，并阐明了文献报道药物与受体蛋白的作用方式，最终得到可用于分子对接的最优模型，模型的合理性及可靠性运用拉氏图和Profile-3D方法进行评估。评估结果显示，最优模型的拉式图合格，Verify Score为107.84。以药物与受体蛋白对接分数的平均值为阈值，结合对接分数和作用方式，最终筛选得到10个最具潜力的GPR35受体激动剂。

关键词： GPR35受体激动剂同源建模嗜氮酮类化合物分子对接

脱氮硫杆菌硫化合物载体SoxYZ蛋白的同源建模和结构分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国生物工程杂志 2015年第7期35卷 68-75页

作者：张晨晨孟志忠陆远芳陈新李杉华南理工大学生物科学与工程学院广州510006

脱氮硫杆菌(Thiobacillus denitrificans)中的Sox蛋白在硫代谢过程中起着至关重要的作用,硫化合物需先与硫氧化基因族(sox)编码的蛋白质Sox YZ二聚体共价连接后才能与其他酶发生相互作用。利用同源建模法构建硫化合物载体Sox YZ蛋白的... 详细信息

脱氮硫杆菌(Thiobacillus denitrificans)中的Sox蛋白在硫代谢过程中起着至关重要的作用,硫化合物需先与硫氧化基因族(sox)编码的蛋白质Sox YZ二聚体共价连接后才能与其他酶发生相互作用。利用同源建模法构建硫化合物载体Sox YZ蛋白的二聚体结构并验证了其合理性。二聚体相互作用分析发现Sox YZ蛋白的溶剂可及表面积(solvent accessible surface,SAS)为10 922.92,疏水率为50.85%;亚基Sox Y和Sox Z界面处共含有12个氢键和1个Π键来维持其三维结构的稳定性;二聚体表面呈现明显的正负电势互补,两亚基界面处氨基酸残基的VDW作用能和静电作用能分别为-80.925 13kcal/mol和-323.856 57kcal/mol,这说明静电作用是二聚体形成的主要驱动力;Sox Z亚基的残基Thr28、Arg31、Lys32、Ser64、Gly65、Val66、Ser67对Sox Y亚基活性位点构象的稳定有重要作用。

关键词：脱氮硫杆菌二聚体同源建模蛋白质相互作用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

用同源建模法探索提高脂肪酶的耐热性

计算机与应用化学 2007年第11期24卷 1535-1538页

作者：丁彦蕊蔡宇杰须文波江南大学信息工程学院江苏无锡214122 江南大学工业生物技术教育部重点实验室

分析常温脂肪酶和耐热蛋白质结构的差异,确定影响脂肪酶耐热性的关键氨基酸为Glu,Lys,Ala,Asp,Thr和Gln;继而重构常温脂肪酶的分子,并利用支持向量机分类器预测其耐热性;再用同源建模法模型化。比较重构前后的分子发现:它们的二级结构... 详细信息

分析常温脂肪酶和耐热蛋白质结构的差异,确定影响脂肪酶耐热性的关键氨基酸为Glu,Lys,Ala,Asp,Thr和Gln;继而重构常温脂肪酶的分子,并利用支持向量机分类器预测其耐热性;再用同源建模法模型化。比较重构前后的分子发现:它们的二级结构和三维结构十分相似,但重构后分子中的盐桥和盐桥网络数却明显增加。

关键词：脂肪酶耐热性同源建模盐桥

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

猪囊尾蚴dUTPase的同源建模及分析

中国兽医科学 2007年第9期37卷 742-745页

作者：刘振勇才学鹏中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室甘肃省动物寄生虫病重点实验室甘肃兰州730046

通过SWISS-MODEL服务器对猪囊尾蚴dUTPase(Cysticercus cellulosae dUTPase,CY dUT-Pase)进行同源建模,用SPDBV和DSViewer对模型进行修饰,模型经WHATIF服务器进行质量评估。对已知dUTPase的晶体结构分析后,推测CY dUTPase属于同源三聚体,通过SymmDock服务器进行CYdUTPase三聚物的分子对接,并与人dUTPase 3D结构叠合。结果表明,建立的CYdUTPase 3D模型是成功的,具有良好的真实性,CYdUTPase三级结构的预测为此酶的结构功能研究和新型抗囊虫药物的开发奠定了基础。

关键词： dUTPase 同源建模模型分析

拟青霉β-1,3(4)-葡聚糖酶同源建模及共价固定化

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

食品科学 2013年第1期34卷 252-256页

作者：华承伟于江傲谢凤珍陈晓静河南科技学院生命科技学院河南新乡453003 河南科技学院新科学院河南新乡453003

采用同源建模的方法构建拟青霉β-1,3(4)-葡聚糖酶的三维结构。通过对其活性位点及表面氨基酸残基侧链的分析,利用氨基载体Sepabeads EC-HA共价固定化葡聚糖酶,优化固定化条件,比较固定化酶与游离酶的酶学参数。结果表明:m(酶粉):m(载体... 详细信息

采用同源建模的方法构建拟青霉β-1,3(4)-葡聚糖酶的三维结构。通过对其活性位点及表面氨基酸残基侧链的分析,利用氨基载体Sepabeads EC-HA共价固定化葡聚糖酶,优化固定化条件,比较固定化酶与游离酶的酶学参数。结果表明:m(酶粉):m(载体)=1.2:1、温度40～45℃、固定化时间8h,固定化效果最好。蛋白结合率可达91.7%,酶活回收率达87.6%,固定化酶最适温度、热稳定性、pH值稳定性和批次使用稳定性均得到明显提高。

关键词： β-1,3(4)-葡聚糖酶同源建模共价固定化

超抗原SED空间结构的同源建模及其免疫识别位点的预测

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

第三军医大学学报 2003年第24期25卷 2196-2198页

作者：李亚斐朱锡华黄云辉杨劲第三军医大学军事预防医学院流行病学教研室重庆400038 第三军医大学基础医学部全军免疫学研究所重庆400038

目的　对金黄色葡萄球菌肠毒素口 (SED)的空间结构和免疫识别位点进行预测。方法　运用同源建模的方法构建了SED的三维空间结构模型 ,比较SED与其它金黄色葡萄球菌肠毒素超抗原的氨基酸序列、二级结构和空间结构的差异 ,对可能的活性位... 详细信息

目的　对金黄色葡萄球菌肠毒素口 (SED)的空间结构和免疫识别位点进行预测。方法　运用同源建模的方法构建了SED的三维空间结构模型 ,比较SED与其它金黄色葡萄球菌肠毒素超抗原的氨基酸序列、二级结构和空间结构的差异 ,对可能的活性位点进行预测。结果　SED的空间结构与其它肠毒素超抗原相似 ,具有两个结构域 :氨基末端结构域和羧基末端结构域。α 螺旋和 β 折叠可能与维持SED超抗原的空间结构以及与MHC的结合有关 ,而环状区域更多的参与SED与TCR的相互作用。结论　结合已有的研究结果 ,最终确定SED的N2 3、F45、L5 9、N61、I92和F2 0

关键词：超抗原金黄色葡萄球菌肠毒素D 同源建模免疫识别

伏马菌素B_1特异单链抗体的同源建模及分子对接模拟研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

免疫学杂志 2015年第7期31卷 618-622页

作者：胡祖权李和平张静柏刘锦龙廖玉才贵州医科大学生物与工程学院贵阳550004 华中农业大学麦类作物分子生物技术实验室武汉430070 植物科学技术学院生命科学技术学院

目的分析伏马菌素B1(Fumonisin B1,FB1)与其特异单链抗体的分子互作模式。方法通过同源建模构建和优化抗FB1单链抗体的三维结构,结合Procheck和Verify 3D等方法评价得到稳定的抗体模型,利用分子对接研究单链抗体与其抗原FB1的结合特性... 详细信息

目的分析伏马菌素B1(Fumonisin B1,FB1)与其特异单链抗体的分子互作模式。方法通过同源建模构建和优化抗FB1单链抗体的三维结构,结合Procheck和Verify 3D等方法评价得到稳定的抗体模型,利用分子对接研究单链抗体与其抗原FB1的结合特性、疏水性和表面静电力作用。结果单链抗体的互补决定区参与同其抗原FB1的结合,抗体与抗原之间不仅形成稳定的氢键,疏水性和静电力的匹配也很好。结论氢键结合力、分子间疏水相互作用和静电力的共同作用,使得单链抗体形成一个能够与FB1高度互补的相互作用区域,并在抗体与抗原的特异性识别及结合稳定性等方面起着关键作用。

关键词：伏马菌素B1 单链抗体同源建模分子对接

羊口疮病毒单抗可变区氨基酸序列及同源建模分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国兽医学报 2018年第5期38卷 863-870页

作者：张雪谭强赵文博段旭阳冯振月马金柱崔玉东于永忠黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院

为了解羊口疮病毒（Orf virus，ORFV）单克隆抗体2E4的抗体可变区的分子特征，选择其轻链和重链可变区基因分别进行体外扩增和测序，并通过IgBLAST程序分析（http：／／***／igblast／），确定了2E4抗体可变区的互补决定区（complementa... 详细信息

为了解羊口疮病毒（Orf virus，ORFV）单克隆抗体2E4的抗体可变区的分子特征，选择其轻链和重链可变区基因分别进行体外扩增和测序，并通过IgBLAST程序分析（http：／／***／igblast／），确定了2E4抗体可变区的互补决定区（complementarity determining regions，CDRs）和骨架区（framework regions，FRs）氨基酸结构。继而，采用SWISS-MODEL同源建模方法，展示抗体分子轻、重链可变区的三维空间构型，并推测出可能的OR—FVB细胞抗原表位多肽结合部位（pocket）。目的基因测序结果显示：2E4轻链可变区（V L）基因扩增全长为324bp，编码108个氨基酸；2E4重链可变区（VH）基因扩增全长为345bp，编码115个氨基酸。IgBLAST结果显示：轻链与GenBank公布的GHP53（GI：197494）单抗轻链可变区序列基因序列一致性达到97．6％；重链与vHsAF34（GI：215263227）单抗重链可变区基因序列一致性达到98．6％。并且，2E4轻链CDRs（CDR1-CDR3）分别位于25～348a、52～54aa和91～98aa的序列位置；重链CDRs（CDR1-CDR3）分别位于25～32a8、50～57aa和96～104aa的序列位置。同源建模分析结果显示：这些CDRs区域共同形成的“pocket”极可能作为抗原表位多肽结合的位点。最终成功克隆2E4单抗可变区基因，分析了抗体轻、重链可变区CDRs构成形式，模拟了其空间构型，为进一步了解和验证“CDRs-表位”特异性结合的分子机制，并在Orf免疫保护中加以应用提供了可能。

关键词：羊口疮病毒单克隆抗体可变区基因克隆序列分析同源建模

Mtb_G5K同源建模及其与[3,2-c]喹啉对接研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

化学研究与应用 2020年第7期32卷 1200-1206页

作者：刘鸿仪杨敏陈依帆贺子豪张松杰徐永涛新乡医学院生物医学工程学院河南新乡453000 新乡市生物医学信息研究重点实验室河南新乡453000 临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室河南新乡453000

结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb... 详细信息

结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb_G5K)的一级序列,采用同源模建的方法构建Mtb_G5K蛋白三维结构并对其优化,运用三种方法分别对模型的各个方面进行评估,从而得到合理的蛋白质三维模型;构建小分子并将其能量最小化获得药物分子的最低能量构象,用Autodock将小分子对接到Mtb_G5K的活性位点;分析探讨[3,2-c]喹啉类小分子结合模式,观察蛋白与小分子之间的相互作用并预测具有稳定结合的高活性药物,从而推断出喹啉环的取代基采用相对分子质量较大的官能团能够增强药物小分子的酶催化活性。本研究结果对将来抗结核小分子的研发设计提供了新的思路。

关键词：结核分枝杆菌谷氨酸激酶活化剂同源建模分子对接