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自闭症基因表达谱数据meta分析的可视化数据库建立及其候选基因初步验证

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自闭症基因表达谱数据meta分析的可视化数据库建立及其候选基因初...

作者：张淑云南昌大学

学位级别：硕士

研究目的:自闭症(autism spectrum disorders,ASD)是一种具有高遗传性、临床异质性和生物复杂性的神经行为障碍类疾病。目前各独立研究之间缺乏一个明确的共识。为此,我们进行了不同来源的脑组织基因表达谱的meta分析,并建立了可视化数... 详细信息

研究目的:自闭症(autism spectrum disorders,ASD)是一种具有高遗传性、临床异质性和生物复杂性的神经行为障碍类疾病。目前各独立研究之间缺乏一个明确的共识。为此,我们进行了不同来源的脑组织基因表达谱的meta分析,并建立了可视化数据库来共享分析结果。此外,从建立的可视化数据库中对所挑选的感兴趣候选基因进行实验验证。为进一步探索自闭症可能的有关发病机制及其防治提供新思路。研究方法:(1)可视化数据库建立:本研究对目前所报道人源性ASD研究中的脑组织基因表达谱(84个男性大脑皮层尸体解剖样本:病例35个,对照49个;18个女性大脑皮层尸体解剖样本:病例12个,对照6个;32个小脑尸体解剖样本:病例13个,对照19个;4个福尔马林固定样本:病例1个,对照3个)和鼠源性ASD模型的脑基因表达谱(80个样本:ASD模型54个,对照26个)进行meta分析。随后采用R软件编程,建立交互共享的ASD脑组织基因差异表达meta分析的可视化数据库(database with meta-analysis of differentially expressed genes in Autism Spectrum Disorder,db MDEGA)。(2)候选基因实验验证:首先从meta分析的可视化数据库中选择P≤10-5,然后通过文献再筛选可能与神经系统功能相关的基因为感兴趣的候选基因,进行实验验证。本研究利用神经生长因子(nerve growth factor,NGF)诱导PC12神经细胞突起过生长作为ASD模型,并在此细胞模型上进行候选基因验证。PC12细胞置于5%CO2、37℃的培养箱中培养,经过50 ng/ml NGF处理,0 ng/ml NGF作为对照,分别在24h、48h、72h、96h和118h时间点,使用鬼比环肽染料进行细胞骨架F-actin染色,荧光显微镜观察细胞突起形态变化,使用逆转录聚合酶链式反应(reverse transcription-PCR,RT-PCR)检测候选基因表达水平。研究结果:(1)ASD基因表达谱数据meta分析的可视化数据库建立:在目前已报道的自闭症脑组织基因芯片数据库基础上,通过R语言软件编程,进行meta分析后,进一步成功建立了备有注释的自闭症脑组织差异表达基因meta分析结果的数据库db MDEGA,该数据库具有公开门户网站(https://***/db MDEGA/),可被研究者网络可视化使用。在本研究建立的数据库db MDEGA所呈现用户界面中,显示了不同性别、脑组织状态以及脑组织区域的差异表达基因的meta分析统计值以及森林图和豆形图。该数据库db MDEGA能够提供可查询的基于已报道过,并可以更新的自闭症脑组织基因表达谱得到的meta分析结果,有助于发现自闭症潜在的候选基因(本研究结果已投稿under review)。(2)突起过生长的ASD细胞模型建立:利用不同时间和浓度的NGF诱导PC12细胞突起过生长。F-actin染色结果发现,与对照组相比,50 ng/ml NGF处理可以引起PC12细胞平均突起数目和突起长度增加,且差异有统计学意义(P可视化数据库中筛选出可能与神经系统功能相关的候选基因包括regulator of G-protein signaling 2(RGS2)、transmembrane protein 132A(TMEM132A)、THO complex 5(THOC5)及Dna J heat shock protein family(Hsp40)member B1(DNAJB1)基因。RT-PCR检测结果发现,与对照组相比,RGS2基因在50 ng/ml NGF处理96h和118h后表达水平上调(P0.05)。而DNAJB1和THOC5基因在不同处理组之间未发现表达水平差异(P>0.05)。研究结论:(1)首次成功建立了一个可供研究者查询的meta分析结果可视化数据库db MDEGA,为ASD病因的探索和机制的研究提供有价值的帮助。同时,为其他疾病建立meta分析结果可视化数据库提供了方法参见。(2)成功建立了突起过生长的ASD细胞模型。(3)对通过可视化数据库db MDEGA,挑选的RGS2、TMEM13

关键词：基因表达芯片技术可视化数据库 NGF PC12细胞

基于GIS技术的中国海域油气资源可视化数据库的设计与实现——以黄海盆地油气勘查可视化数据库为例

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海洋地质动态 2002年第11期18卷 39-42页

作者：肖国林青岛海洋地质研究所青岛266071

油气资源是在漫长的地质历史时期由沉积物中的有机质转化而来的。油气生成之后 ,经运移、聚集而成藏 ,油气资源在地下的分布具明显的地理特征。在地理学基础上发展起来的地理信息系统 ( GIS)是一切与地理特征相关的数据信息的良好载体 ... 详细信息

油气资源是在漫长的地质历史时期由沉积物中的有机质转化而来的。油气生成之后 ,经运移、聚集而成藏 ,油气资源在地下的分布具明显的地理特征。在地理学基础上发展起来的地理信息系统 ( GIS)是一切与地理特征相关的数据信息的良好载体 ,是用来定量地采集、管理、分析具空间地理特性的油气资源区域分布的最好工具。黄海盆地油气资源勘查可视化数据库是中国海域油气资源可视化数据库的一个组成部分。以黄海盆地油气勘查可视化数据库为例 ,论述用 GIS技术建立中国海域油气资源可视化数据库设计与实现的方法 ,将枯燥的数据信息转化为可视化的结论 ,为油气资源勘探部署。

关键词：黄海盆地油气勘查海洋油气资源可视化数据库数据模型标准化 GIS 地理信息系统

中国人头面部组织厚度数据库研究与可视化设计

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中国人头面部组织厚度数据库研究与可视化设计

作者：周保岐湖南大学

学位级别：硕士

头戴式产品的佩戴舒适性与头部组织的生物力学特性有密切的关联,有限元实验是一种基于生物力学特性的虚拟仿真实验,可用于确定产品与人体间接触应力和变形的分布情况,为人机工程学产品设计提供支持。建立精确的有限元模型依赖于基于颅... 详细信息

头戴式产品的佩戴舒适性与头部组织的生物力学特性有密切的关联,有限元实验是一种基于生物力学特性的虚拟仿真实验,可用于确定产品与人体间接触应力和变形的分布情况,为人机工程学产品设计提供支持。建立精确的有限元模型依赖于基于颅面部分区的面部分层组织厚度,并且和种族、年龄、性别息息相关。此前一些学者已经对中国人的组织厚度数据进行了测量和统计分析,但这些数据大多没有结合头面部复杂曲面和结构的分区分层,仅对单层组织进行了小样本的测量统计,并且最终的呈现形式均为传统数据表格或研究报告,可读性和易用性较差,研究结果对于设计的指导意义十分有限。因此,本研究旨在获取大样本的头面部组织厚度数据,挖掘中国人头部组织厚度信息的差异规律,并建立可视化厚度数据检索系统,完成从研究到应用的闭环路径,用数据驱动头戴式产品舒适度设计的发展。本研究使用华中地区1174个CT图像样本进行组织厚度测量,将头面部划分为17个解剖学区域,根据区域选取了33个特征点,分别测量了每个特征点的软组织总厚度,皮肤组织、脂肪组织、肌肉组织分层厚度,及骨骼硬组织厚度,并统计出了各区域的平均多层组织厚度,获得分层分区域的中国人头面部多层组织厚度数据库,并比较性别、年龄对FSTT的影响和双侧的对称性。由于头面部组织厚度数据库往往以文献或数据文档的形式存在,检索使用过程繁琐且效率低,因此本研究使用测量所得数据创建了一个可视化的头面部组织厚度数据库在线检索平台,通过竞品分析和用户研究,分析用户需求,设计了包含特征检索、数据检索和模型定制的在线数据产品,可满足产品设计师、虚拟仿真工程师和相关领域研究人员对数据库的检索及使用需求,使数据库可得到更加广泛的使用。本研究对于头面部的分层分区是组织厚度测量的重要创新,基于CT图像的大样本数据库建立,有效推动了中国人组织厚度测量研究进程。组织厚度数据库在开展产品与人体间相互作用的虚拟仿真实验,完成产品的尺寸设计具有重要的参考意义。本研究构建的可视化组织厚度数据库检索系统,提升了数据库的检索及使用体验,是数据价值的扩展。

关键词：组织厚度可视化数据库可穿戴式产品有限元人机工程学设计

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复杂地质条件下隧道信息化施工综合技术研究

岩石力学与工程学报 2002年第B6期21卷 1972-1977页

作者：朱合华崔茂玉等同济大学地下建筑与工程系，上海200092 中铁十四局海外部，济南250014

任胡岭隧道地质条件相当复杂，给工程施工带来一定困难。为确保工程安全、顺利进行，综合运用了多种信息化技术，如何视化数据库的设计与运用、动态施工增量反演与预报、有限元二维和三维分析、探地雷达及数据分析、挖孔桩帷幕施工技术... 详细信息

任胡岭隧道地质条件相当复杂，给工程施工带来一定困难。为确保工程安全、顺利进行，综合运用了多种信息化技术，如何视化数据库的设计与运用、动态施工增量反演与预报、有限元二维和三维分析、探地雷达及数据分析、挖孔桩帷幕施工技术等，取得了良好的工程和社会效果，对以后的信息化施工有一定的指导意义。

关键词：可视化数据库动态施工反演与预报三维有限元探地雷达

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复杂地质条件下隧道信息化施工综合技术研究

岩石力学与工程学报 2002年第A2期21卷 2548-2553页

作者：朱合华姜勇夏才初杨林德崔茂玉同济大学地下建筑与工程系上海200092 铁道部第十四集团公司济南250014

以复杂地质条件下高速公路隧道工程为背景,提出了一整套大断面公路隧道施工信息化方法,主要内容有:(1)基于GIS的思想开发出具有监测数据输入和输出的可视化监控系统;(2)结合隧道施工过程的模拟,提出了增量量测信息的位移反馈分析方法;(3... 详细信息

以复杂地质条件下高速公路隧道工程为背景,提出了一整套大断面公路隧道施工信息化方法,主要内容有:(1)基于GIS的思想开发出具有监测数据输入和输出的可视化监控系统;(2)结合隧道施工过程的模拟,提出了增量量测信息的位移反馈分析方法;(3)采用三维有限元法模拟了隧道施工的全过程;(4)采用探地雷达对隧道掘进面前方地层的变化进行了探测;(5)提出了超浅埋挖孔桩帷幕暗挖隧道施工的合理化方法,并进行了技术与经济论证。在基于GIS思想的可视化数据库的设计与运用、动态施工增量位移反演与预报、挖孔桩帷幕暗挖隧道施工技术等方面具有新意,在具体的隧道工程施工中得到了成功的应用,进一步丰富了中国隧道信息化施工的方法。

关键词：隧道工程可视化数据库动态施工反演与预报三维有限元法探地雷达

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Access 97数据库查询技术及其应用

微电脑世界 1999年第5期 79-81,83页

作者：覃贤勇成都432信箱14分箱 610041

Access97是Microsoft Office 97中的数据库系统,这是一个很好的可视化数据库编程系统,也是目前功能较为完善的桌面关系数据库系统,它的主要特点是新增了大量用于使用Internet浏览信息和开发WWW应用程序的功能,可以直接把数据库系统发布... 详细信息

Access97是Microsoft Office 97中的数据库系统,这是一个很好的可视化数据库编程系统,也是目前功能较为完善的桌面关系数据库系统,它的主要特点是新增了大量用于使用Internet浏览信息和开发WWW应用程序的功能,可以直接把数据库系统发布到网络上;此外它使用AccessBasic做数据操纵语言,Access Basic是Visual Basic的一个子集,它的程序设计概念和Visual Basic是完全相同的,功能非常强大。

关键词：数据库系统 Access 可视化数据库数据操纵语言数据库查询设计概念主要特点 AccessBasic 关系数据库系统网络

文物建筑保护中虚拟现实技术的应用研究——以西大街耶稣圣心堂为例

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华中建筑 2022年第4期40卷 33-38页

作者：祝笋袁赵蔓武汉理工大学土木工程与建筑学院

随着国家对文物建筑的日益重视,文物保护建筑的保护问题愈发明显,各方原因已对部分建筑造成了不可逆转的损坏。但伴随数字化技术的革新,文物建筑的保护也步入信息化时代。该文以西大街耶稣圣心堂为研究对象,通过虚拟现实技术在移动端设... 详细信息

随着国家对文物建筑的日益重视,文物保护建筑的保护问题愈发明显,各方原因已对部分建筑造成了不可逆转的损坏。但伴随数字化技术的革新,文物建筑的保护也步入信息化时代。该文以西大街耶稣圣心堂为研究对象,通过虚拟现实技术在移动端设备中集中展示其维修保护方案设计,形成可视化数据库,展示修复效果的同时利用虚拟现实技术方便建筑的后期利用与管理,借此探寻该技术在文物建筑保护中的优势,为中国文物建筑保护方法提供有益的思考。

关键词：虚拟现实文物建筑保护可视化数据库圣心堂

维普期刊数据库博看期刊

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广播与电视

电子科技文摘 2000年第2期 77-78页

1410 声象理论与技术N99-06281 2002609电子情报通信学会技术研究报告:电子显示 EID98-164～178(信学技报,Vol.98,No.574)[汇,日]/日本电子情报通信学会.—1999.02.—92P.(L)本文集为三维图象显示技术与应用专辑,收录的19篇论文主要涉及... 详细信息

1410 声象理论与技术N99-06281 2002609电子情报通信学会技术研究报告:电子显示 EID98-164～178(信学技报,Vol.98,No.574)[汇,日]/日本电子情报通信学会.—1999.02.—92P.(L)本文集为三维图象显示技术与应用专辑,收录的19篇论文主要涉及:数字视频技术与多媒体数据库的结构,任意视点图象的生成,三维信息的抽取与汽车车载用前方识别摄象机,人造现实感与注目物体的跟踪,模式识别与面部特征的抽取,卫星数字广播的多路控制,基于色信息的类似图象的检索与图象数据库和可视化数据库,高清晰度图象与立体显示,数字技术与人机接口,分级图象编码与遗传算法,图象中特征点的抽取技术与隐性曲线的抽取等。

关键词：情报通信理论与技术多媒体数据库技术与应用遗传算法模式识别数字视频技术研究报告可视化数据库图象数据库

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新品橱窗

信息方略 1998年第4期 70-71页

Web上的多媒体工具软件包Macromedia Flash 利用Macromedia公司开发的软件包Flash可以方便地在Web页面中加入图象、动画以及交互界面,能够在HTML文件中创建从整个控制板界面到分布动画的各种图象。小巧的Shockwave Flash播放器可以在We... 详细信息

Web上的多媒体工具软件包Macromedia Flash 利用Macromedia公司开发的软件包Flash可以方便地在Web页面中加入图象、动画以及交互界面,能够在HTML文件中创建从整个控制板界面到分布动画的各种图象。小巧的Shockwave Flash播放器可以在Web上轻松观看个人作品。软件包以Win95/NT,Power Macintosh及Macintosh为平台,Shockwave Flash播放器作为Netscape Navigator的插件,支持Win3.x/95/NT与Macintosh,同时提供MS IE ActiveX的控件。

关键词：可视化数据库 Flash 图象 Mac 软件包文件软件工程图像浏览器 Java 橱窗