检索结果-南通市图书馆

生菜Ls PHYB可变剪接体的克隆与高温诱导表达模式

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国农业科学 2022年第9期55卷 1822-1830页

作者：隋心意赵小刚陈鹏宇李亚灵温祥珍山西农业大学园艺学院

【目的】光敏色素B(phytochrome,PHYB)是光和温度的受体。通过克隆光敏色素B基因（PHYB）可变剪接体并分析其在高温诱导下的表达模式，探究LsPHYB可变剪接体在生菜响应环境高温中的生物学功能，为培育耐热性生菜提供理论依据。【方法】... 详细信息

【目的】光敏色素B(phytochrome,PHYB)是光和温度的受体。通过克隆光敏色素B基因（PHYB）可变剪接体并分析其在高温诱导下的表达模式，探究LsPHYB可变剪接体在生菜响应环境高温中的生物学功能，为培育耐热性生菜提供理论依据。【方法】采用生物信息学方法在生菜的基因组数据库搜索获得LsPHYB的cDNA序列的相关信息；对克隆得到的3个可变剪接体LsPHYB1、LsPHYB2和LsPHYB3进行多序列比对、可变剪接方式分析及系统进化树分析；通过在线软件预测PHYB1、PHYB2和PHYB3蛋白分子量、等电点和亲水性、疏水性等蛋白质理化性质，并通过生物信息学软件预测三者的二级结构、三级结构和保守结构域；采用荧光定量PCR(qRT-PCR)检测PHYB1、PHYB2和PHYB3在高温处理后的表达特征。【结果】克隆获得的生菜LsPHYB的3个可变剪接体LsPHYB1、LsPHYB2和LsPHYB3的CDS长度分别为3 509、3 877和2 690 bp，编码氨基酸长度分别为1 094、960和853 aa。其中LsPHYB1发生可变3′端位点和外显子跳跃类型可变剪接，LsPHYB2发生选择性保留polyA尾和内含子保留型可变剪接，LsPHYB3发生外显子跳跃类型可变剪接。保守结构域分析表明PHYB2的N端缺少PAS和PHY功能域；PHYB3的N端缺少PAS和PHY功能域，C端缺少HisKA功能域；系统进化树分析表明，3个可变剪接体聚为一支。qRT-PCR分析表明在高温处理第1天，LsPHYB3的表达量最高；在高温处理第5—9天，LsPHYB2的表达量高于LsPHYB1和LsPHYB3；在高温处理第11天，LsPHYB1的表达量高于LsPHYB2和LsPHYB3，处理11 d内三者表达量达到峰值的时间不同。【结论】高温下生菜LsPHYB的转录本存在3个可变剪接体LsPHYB1、LsPHYB2和LsPHYB3。LsPHYB3在高温处理前期高表达，LsPHYB2、LsPHYB1分别在高温处理中期、后期高表达，推测生菜3个LsPHYB可变剪接体在抗高温胁迫中发挥不同的作用。

关键词：生菜 LsPHYB 可变剪接体高温胁迫响应

水稻多胚候选基因OsPE可变剪接体鉴定与分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

华北农学报 2023年第3期38卷 55-60页

作者：熊翔何勇刘焕焕刘之恩田志宏长江大学生命科学学院湿地生态与农业利用教育部工程研究中心涝渍灾害与湿地农业湖北省重点实验室湖北荆州434025

为进一步探究水稻多胚候选基因OsPE的生物学功能,以粳稻品种日本晴和籼稻品种巴斯马蒂370为研究材料,选取正常生长条件下供试材料的成熟叶片,综合运用生物信息学、RT-PCR、TA克隆、半定量及qPCR等技术鉴定并分析水稻多胚候选基因OsPE的... 详细信息

为进一步探究水稻多胚候选基因OsPE的生物学功能,以粳稻品种日本晴和籼稻品种巴斯马蒂370为研究材料,选取正常生长条件下供试材料的成熟叶片,综合运用生物信息学、RT-PCR、TA克隆、半定量及qPCR等技术鉴定并分析水稻多胚候选基因OsPE的可变剪接体。结果表明,虽然生物信息学分析显示OsPE基因在粳稻中存在3种可变剪接体,在籼稻中无可变剪接体,但通过特异引物进行RT-PCR扩增,结合TA克隆及测序验证,在粳稻品种日本晴中鉴定到了OsPE基因3种可变剪接体的真实存在;在籼稻品种巴斯马蒂370中鉴定到2种新的可变剪接体。同时,半定量及qPCR结果显示:正常生长条件下,供试材料成熟叶片中OsPE基因可变剪接体存在表达差异,依次为OsPEc>OsPEa>OsPEb,且该基因在不同水稻品种中存在相同的表达趋势。最后,水稻OsPE基因编码蛋白进化分析及功能预测分析结果显示:OsPE蛋白在禾本科,尤其是稻属中高度保守(蛋白序列一致性普遍高于99%),有待于进一步研究该基因是否参与调控水稻抗逆响应、细胞分裂及细胞凋亡等生物学功能,而不是调控水稻多胚产生。综上所述,OsPE基因在禾本科,尤其是稻属中高度保守,该基因在粳稻和籼稻中可能有着相同的剪接模式,其可变剪接体在正常生长条件下存在表达差异,但表达趋势相同,OsPEc剪接体在OsPE基因功能发挥中占主导,有待于进一步研究该基因是否参与调控水稻抗逆响应、细胞分裂及细胞凋亡等生物学功能,而不是调控水稻多胚产生。

关键词：水稻多胚候选基因 OsPE 可变剪接体

绵羊FSHR基因可变剪接体的克隆、鉴定及表达分析

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

江苏农业学报 2017年第3期33卷 630-637页

作者：吴阳升林嘉鹏蒋香菊汪立芹韩冰黄俊成新疆畜牧科学院生物技术研究所新疆乌鲁木齐830000

根据Gen Bank中绵羊促卵泡激素受体基因(FSHR)的mRNA序列(登录号:NM_001009289.1)设计引物,反转录PCR(RT-PCR)扩增蛋白编码区(CDs)区,以获取绵羊FSHR基因可变剪接体,并通过Western blot验证其在组织中的表达,通过免疫组织化学方法检测... 详细信息

根据Gen Bank中绵羊促卵泡激素受体基因(FSHR)的mRNA序列(登录号:NM_001009289.1)设计引物,反转录PCR(RT-PCR)扩增蛋白编码区(CDs)区,以获取绵羊FSHR基因可变剪接体,并通过Western blot验证其在组织中的表达,通过免疫组织化学方法检测其在卵泡中的表达位置。结果表明,在绵羊卵巢中除了全长的、编码695个氨基酸的FSHR表达产物外,还鉴定到分别编码694个、633个、595个、582个和533个氨基酸的FSHR可变剪接形式的转录产物。在卵泡中主要以695(694)、633和595 3种转录本形式存在。但在颗粒细胞中绵羊促卵泡激素受体主要以经典分子即695个氨基酸的形式存在。在卵泡发育过程中,FSHR蛋白质含量发生变化:在初级卵泡中,FSHR主要在卵母细胞中表达,而不是在单层的颗粒细胞中表达,在次级卵泡中,FSHR在颗粒细胞和卵母细胞中均不表达,到三级卵泡(有腔卵泡)时,FSHR蛋白质在颗粒细胞中表达丰富。可见,绵羊FSHR基因虽然存在可变剪接体的结构,但其功能主要取决于经典型的695个氨基酸蛋白质分子,并且对初级卵泡的发育具有一定的作用。

关键词：绵羊 FSHR基因可变剪接体卵泡

山羊INSR基因可变剪接体在背最长肌中的表达模式

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

畜牧兽医学报 2020年第8期51卷 1823-1832页

作者：张潇李利张红平四川农业大学动物科技学院成都611130

旨在对山羊胰岛素受体(insulin receptor,INSR)基因进行可变剪接分析,研究其在背最长肌中的表达模式。本试验以简州大耳羊妊娠期胎儿(妊娠期第45、60和105天)及出生后第3天羔羊背最长肌为试验材料,基于转录组测序数据(accession number:... 详细信息

旨在对山羊胰岛素受体(insulin receptor,INSR)基因进行可变剪接分析,研究其在背最长肌中的表达模式。本试验以简州大耳羊妊娠期胎儿(妊娠期第45、60和105天)及出生后第3天羔羊背最长肌为试验材料,基于转录组测序数据(accession number:SRR3567144)并利用Sanger测序验证,分析INSR基因的可变剪接体类型及其在背最长肌中的表达差异,同时利用在线软件对不同可变剪接体进行生物信息学分析。结果显示,在山羊背最长肌中INSR基因CDS区存在4种不同的可变剪接形式(INSR1、INSR2、INSR3和INSR4),其CDS长分别为4110、4146、4113和4149 bp,对应的氨基酸残基数分别为1369、1381、1370和1382个。山羊INSR 4个可变剪接体之间的主要区别在于Exon 11(36 bp)跳跃和Exon 15部分(3 bp)缺失,这两种可变剪接模式在牛、猪、山羊、人、绵羊和小鼠间完全一致。这些可变剪接改变了山羊INSR的Ser磷酸化位点和第二个FN3功能域,使所编码蛋白3D结构在两个区域发生明显改变。同时,各可变剪接体表达量在背最长肌发育的4个时期均无显著性差异(P>0.05),同一时期各可变剪接体表达量之间也无显著性差异(P>0.05)。INSR基因序列和剪接模式在哺乳动物中高度保守,该研究结果将为深入揭示INSR基因对动物肌肉发育的调控机制提供理论参考。

关键词：山羊 INSR 可变剪接体表达模式

鸭TLR4基因可变剪接体的克隆、鉴定及组织表达分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

畜牧兽医学报 2013年第5期44卷 697-702页

作者：黄正洋陈阳李欣钰甄霆张扬徐琪段修军赵文明陈国宏江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 江西农业大学动物科学技术学院南昌330045 国家水禽种质资源基因库泰州225300

本研究旨在克隆、鉴定鸭TLR4基因的可变剪接体,并对TLR4基因的可变剪接体表达规律进行分析。根据GenBank中鸭TLR4基因的mRNA序列(登录号:JN048668)设计引物,利用RT-PCR扩增鸭CDS区,以获取TLR4可变剪接体;并通过构建雏鸭PolyI:C感染模型... 详细信息

本研究旨在克隆、鉴定鸭TLR4基因的可变剪接体,并对TLR4基因的可变剪接体表达规律进行分析。根据GenBank中鸭TLR4基因的mRNA序列(登录号:JN048668)设计引物,利用RT-PCR扩增鸭CDS区,以获取TLR4可变剪接体;并通过构建雏鸭PolyI:C感染模型,利用qRT-PCR检测TLR4可变剪接体的时空表达变化。结果,获得一种鸭TLR4基因新的可变剪接体(TLR4-b),并鉴定其剪接形式为跨内含子剪接。组织表达分析表明,TLR4基因的表达主要以野生型(TLR4-a)为主,且在PolyI:C等抗原刺激后,肺、脾脏等组织中TLR4-a mRNA表达量总体表现为先上升,后下降,而TLR4-b表达变化不大。本研究成功克隆并鉴定了鸭TLR4基因新的可变剪接体,在正常情况下TLR4-a表达量显著高于TLR4-b,在PolyI:C感染下,TLR4-a表现为先上升,后下降。研究结果初步揭示了鸭TLR4基因可变剪接体的结构,且其功能主要取决于TLR4-a。

关键词：鸭 TLR4 可变剪接体表达分析

奶牛乳腺CSN1S1基因线状与环状可变剪接体鉴定分析及功能探讨

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基因组学与应用生物学 2019年第4期38卷 1545-1551页

作者：陆文苑王彦环刘昀李瑾婷施晓宇汪丽琴张春雷江苏师范大学生命科学学院徐州221000

CSN1S1基因是调控奶牛乳汁中酪蛋白合成的一个重要基因。为鉴定分析奶牛CSN1S1基因可变剪接体种类及分布,验证其环状结构及表达能力,本研究根据牛CSN1S1基因m RNA序列(NM_181029.2)和不同外显子序列分别设计线状及环状引物,用PCR和RT-PC... 详细信息

CSN1S1基因是调控奶牛乳汁中酪蛋白合成的一个重要基因。为鉴定分析奶牛CSN1S1基因可变剪接体种类及分布,验证其环状结构及表达能力,本研究根据牛CSN1S1基因m RNA序列(NM_181029.2)和不同外显子序列分别设计线状及环状引物,用PCR和RT-PCR技术克隆CSN1S1基因可变剪接体,筛选分析不同线状和环状可变剪接体及特征。结果发现:40个阳性克隆中,除全长CSN1S1 mRNA外,共获得12种CSN1S1线状可变剪接体,通过NCBI数据库比对分析确定了其序列组成及所占比重;检测到3种具有完整反向拼接的序列,同时发现多种滚环式结构,进一步确认环形RNA的存在;为验证环状可变剪接体能否表达,实验构建一种过表达载体pEGFP-CSN1S1-12～16 (包含CSN1S1基因12～16号外显子序列),转染293T细胞,48 h后在荧光显微镜下发现有绿色荧光效应,证明其具有翻译潜能。本研究成功筛选出不同线状与环状可变剪接体,并对其表达能力进行验证,为探讨如何提高牛奶酪蛋白合成提供新的依据。

关键词： CSN1S1基因可变剪接体环状RNA

一个新的Ⅰ型咪唑啉受体可变剪接体的克隆、鉴定及亚细胞分布

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

军事医学科学院院刊 2010年第4期34卷 301-305页

作者：赵太云王勃苏瑞斌吴宁从玉文李锦军事医学科学院毒物药物研究所北京100850 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京100850

目的克隆Ⅰ型咪唑啉受体(I1R,Nischarin)新的可变剪接体,并对其进行表达特征和亚细胞定位研究,探索其表达与I1R的差异,从而为解释I1R药理学作用多样性奠定基础。方法在本课题组前期研究基础上设计引物,通过RT-PCR从大鼠肝组织中克隆新... 详细信息

目的克隆Ⅰ型咪唑啉受体(I1R,Nischarin)新的可变剪接体,并对其进行表达特征和亚细胞定位研究,探索其表达与I1R的差异,从而为解释I1R药理学作用多样性奠定基础。方法在本课题组前期研究基础上设计引物,通过RT-PCR从大鼠肝组织中克隆新的可变剪接体,将其克隆到pcDNA3.1、pEGFP-N1和PCMV-myc3个真核表达载体中,并通过细胞转染探索其在293T细胞中的分布,应用Western印迹测定其在真核细胞中表达蛋白的相对分子质量特征。结果成功克隆获得一个新的I1R可变剪接体(命名为I1R-ISO-472),编码472个氨基酸,与GenBank中序列号AK036043.1的新基因的序列完全一致。生物信息学分析表明,该基因染色体定位于14号染色体14B,含有磷酯酰肌醇结合位点(PX_domainsuperfamily)与亮氨酸富集重复(LRR-RIsuperfamily)两个重要的功能结构域。I1R-ISO-472在293T细胞中表达的蛋白相对分子质量约为52×103,与预测基本一致。细胞免疫荧光结果表明,其在293T细胞内呈均匀弥散分布。结论成功克隆一个新的I1R可变剪接体,其表达特征及亚细胞分布提示其药理学作用可能与已知的I1R不同。

关键词： Ⅰ型咪唑啉受体可变剪接体克隆细胞定位

干扰素调节因子3及其可变剪接体在膀胱癌组织中的表达及意义

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华泌尿外科杂志 2014年第2期35卷 139-142页

作者：李森喻希葛鹏林健北京大学第一医院泌尿外科北京大学泌尿外科研究所 100034

目的探讨干扰素调节因子3（IRF-3）及其4种可变剪接体在膀胱癌发生发展中的作用.方法采用Trizol法提取正常尿路上皮原代细胞、769-P人肾透明细胞癌细胞株、EJ膀胱癌细胞株3种细胞及北京大学第一医院2012年9月至2013年1月诊治的24例膀... 详细信息

目的探讨干扰素调节因子3（IRF-3）及其4种可变剪接体在膀胱癌发生发展中的作用.方法采用Trizol法提取正常尿路上皮原代细胞、769-P人肾透明细胞癌细胞株、EJ膀胱癌细胞株3种细胞及北京大学第一医院2012年9月至2013年1月诊治的24例膀胱癌患者的膀胱癌和癌旁正常组织总RNA,采用RT-PCR技术对IRF-3及其4种可变剪接体（IRF-3a、-3c、-3d、-3e）表达情况进行检测,并对组织IRF-3 cDNA开放阅读框架进行测序,检测突变点,分析实验数据.结果正常尿路上皮中IRF-3d未见表达,IRF-3e的表达较769-P、EJ细胞株的表达弱.48例病理标本中,IRF-3、-3a广泛表达,-3a的表达水平与膀胱肿瘤的分期相关（P=0.01）;-3d、-3e呈现出肿瘤特异性表达趋势（P＜0.05）;-3c在膀胱肿瘤中表达也较正常组织广泛,但表达水平与正常组比较差异无统计学意义（P＞0.05）.对IRF-3突变点检测发现有2种氨基酸的变异引起该分子蛋白二级结构发生变化.结论 IRF-3在正常及肿瘤组织中普遍存在表达,但其可变剪接体尤其是IRF-3d、-3e与膀胱肿瘤的发生相关,-3a的表达水平还与膀胱肿瘤的分期相关.

关键词：干扰素调节因子3 可变剪接体点突变膀胱癌

乙酰肝素酶可变剪接体Splice 5在CHO细胞中的稳定转染及其亚细胞定位研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

军事医学 2013年第7期37卷 514-516页

作者：顾懿高红伟李素波金泗虎鲍国强檀英霞王颖丽季守平裴雪涛宫锋广西医科大学南宁530021 军事医学科学院野战输血研究所北京100850

目的建立乙酰肝素酶可变剪接体Splice 5稳定转染中国仓鼠卵巢(CHO)细胞株,并进行亚细胞定位分析。方法将表达乙酰肝素酶全长的质粒和乙酰肝素酶可变剪接体Splice 5质粒转染入CHO细胞,经G418进行筛选后,挑取单克隆进行培养,RT-PCR检测筛... 详细信息

目的建立乙酰肝素酶可变剪接体Splice 5稳定转染中国仓鼠卵巢(CHO)细胞株,并进行亚细胞定位分析。方法将表达乙酰肝素酶全长的质粒和乙酰肝素酶可变剪接体Splice 5质粒转染入CHO细胞,经G418进行筛选后,挑取单克隆进行培养,RT-PCR检测筛选克隆。用激光共聚焦显微镜测定其亚细胞定位。结果成功获得乙酰肝素酶可变剪接体Splice 5稳定转染株,并研究了其亚细胞定位情况。野生型乙酰肝素酶以颗粒状分布于细胞质中,Splice 5以弥散状分布于细胞质中,且在内质网、高尔基体、溶酶体、细胞膜均有分布。结论 Splice 5和野生型乙酰肝素酶在CHO细胞中分布形式和定位的不同,提示Splice 5可能具有其他的生物学功能。

关键词：乙酰肝素酶可变剪接体转染亚细胞定位