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发根农杆菌在植物细胞壁上受体位点的研究

华东师范大学学报（自然科学版） 1996年第1期 95-100页

作者：黄祥辉陈思学颜季琼华东师范大学生物学系

刚分离的烟草（Ｎｉｃｏｔｉａｎａｔａｂａｃｕｍ）和元麦（ＨＯｒｄｅｕｍｄｉｓｔｉｃｈｏｎ）叶肉原生质体及用植物细胞壁再生抑制剂处理的上述原生质体分别与发根农杆菌（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｈｉｚｏｇｅｎｅｓ）共培养... 详细信息

刚分离的烟草（Ｎｉｃｏｔｉａｎａｔａｂａｃｕｍ）和元麦（ＨＯｒｄｅｕｍｄｉｓｔｉｃｈｏｎ）叶肉原生质体及用植物细胞壁再生抑制剂处理的上述原生质体分别与发根农杆菌（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｒｈｉｚｏｇｅｎｅｓ）共培养，未发现农杆菌的附着；随着原生质体壁再生时间的延长，农杆菌的附看率逐渐增加；用植物细胞壁各主要组分的水解酶和ＴｒｉｔｏｎＸ—１００分别处理３日龄烟草叶内原生质体后，进行附着菌数的放射性分析。结果表明，细菌对经过胰蛋白酶和ＴｒｉｔｏｎＸ—１００处理的细胞的附着率显著下降，ＴｒｉｔｏｎＸ—１００提取液中含有糖蛋白。初步认为发根农杆菌在植物细胞壁上的受体位点为糖蛋白。

关键词：受体位点发根农杆菌原生质体植物细胞细胞壁

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关于真核基因受体位点识别问题的研究

关于真核基因受体位点识别问题的研究

作者：张勇北京工业大学

学位级别：硕士

摘要真核基因受体位点识别问题是生物信息学中的重要问题之一。本文基于智能信息处理技术对受体位点识别问题进行了尝试性的研究，取得的主要研究成果如下：（1）本文建立了真核基因受体位点数据库，对真假受体位点数据各坐标位置的... 详细信息

摘要真核基因受体位点识别问题是生物信息学中的重要问题之一。本文基于智能信息处理技术对受体位点识别问题进行了尝试性的研究，取得的主要研究成果如下：（1）本文建立了真核基因受体位点数据库，对真假受体位点数据各坐标位置的碱基含量进行了统计，计算了各坐标位置与数据真实结果的相关系数。论文对统计结果进行了分析，结果表明在 AG 碱基上游存在着一段对受体位点识别有重要作用的保守序列，可以帮助识别受体位点。（2）本文提出了基于 LVQ 网络的受体位点识别模型，该模型的输入是基于 4 维编码方式的受体位点序列，序列长度为 50 碱基，每位碱基由 4 个神经元编码，因此模型的输入层为 200 个神经元，竞争层神经元取 25 个，输出层神经元设计为 2 个，分别对应真实和虚假受体位点。实验研究显示，此模型对测试集中正负样本的识别率分别达到 70%和 85%以上。作为一种方法，LVQ模型对真核基因受体位点识别具有参考价值。（3）真核基因受体位点识别作为基因识别中的重要环节，一直受到研究人员的关注，研究结果显示受体位点的识别与分支位点有关，然而目前无人将其作为专门的问题予以深入研究。本文从受体位点识别出发，选取了不同的受体位点序列长度，以 BP 网络为识别工具，对分支位点在受体位点识别中的作用做了深入研究和分析，实验结果表明，受体位点序列的特征信息集中在分支位点一侧，因此分支位点在受体位点识别中具有重要作用。最后，本文在相同情况下对 BP 网络和 LVQ 网络的识别性能做了比较，实验表明在受体位点识别问题上，BP 网络的识别效果优于 LVQ 网络。（4）本文提出了一种基于受体位点 Motif 序列的受体位点算法，首先提取学习组数据 Motif 序列组成受体位点 Motif 数据库，然后提取训练组数据Motif 序列与 Motif 数据库数据进行匹配，得到相应的分值，分别取训练组中正样本的最小分值和负样本最大分值作为判别依据。实验研究结果表明，此方法对测试组中的正样本识别率达到 85%以上，负样本的识别率达到 90%以上。本文部分研究成果发表于《生物物理学报》、《Proceedings of 2004 WorldCongress on Intelligent Control and Automation》和《第 22 届中国控制会议论文集》。

关键词：受体位点分支位点人工神经网络 Motif 模型识别

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分支位点对真核基因受体位点识别的影响

分支位点对真核基因受体位点识别的影响

第二十二届中国控制会议

作者：张勇阮晓钢北京工业大学电子信息与控制工程学院北京工业大学电子信息与控制工程学院

真核基因受体位点识别是剪接位点识别的一部分,也是基因识别中的一个重要环节,考虑到受体位点上游存在着保守的分支位点序列。本文选取了不同的受体位点序列长度,利用神经网络进行识别,通过比较识别结果,分析分支位点对受体位点识别的影... 详细信息

真核基因受体位点识别是剪接位点识别的一部分,也是基因识别中的一个重要环节,考虑到受体位点上游存在着保守的分支位点序列。本文选取了不同的受体位点序列长度,利用神经网络进行识别,通过比较识别结果,分析分支位点对受体位点识别的影响,并为受体位点识别中的序列长度选取提供一定的依据。

关键词：受体位点分支位点神经网络识别

来源： cnki会议评论

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人胎盘中的功能性鸦片受体位点

国外医学.妇产科学分册 1989年第1期 56-56页

作者：樊庆华

已证实人胎盘存在鸦片肽,但几乎没有资料论证其存在的生物学意义.胎盘中主要的鸦片类似物质强啡肽和β-内啡肽对垂体催乳素(PRL)的分泌有重要调节作用。人胎盘催乳素(hPL)与垂体PRL 的化学结构相似。那么,强啡肽和β-内啡肽对垂体 PRL ... 详细信息

已证实人胎盘存在鸦片肽,但几乎没有资料论证其存在的生物学意义.胎盘中主要的鸦片类似物质强啡肽和β-内啡肽对垂体催乳素(PRL)的分泌有重要调节作用。人胎盘催乳素(hPL)与垂体PRL 的化学结构相似。那么,强啡肽和β-内啡肽对垂体 PRL 分泌与胎盘 hPL 分泌的调控是否也相似呢?为此,本工作观察了妊娠中期或足月胎盘细胞膜的鸦片受体位点。

关键词：细胞受体位点胎盘组织人胎盘

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基于贝叶斯网络的DNA序列剪接位点预测

生物物理学报 2003年第4期19卷 431-436页

作者：李骜王涛冯焕清王明会中国科学技术大学生物医学工程研究所合肥230026

采用基于贝叶斯网络的建模方法,预测真核生物DNA序列中的剪接位点。分别建立了供体住点和受体位点模型,并根据两种位点的生物学特性,对模型的拓扑结构和上下游节点的选择进行了优化。通过贝叶斯网络的最大似然学习算法求出模型参数后,利... 详细信息

采用基于贝叶斯网络的建模方法,预测真核生物DNA序列中的剪接位点。分别建立了供体住点和受体位点模型,并根据两种位点的生物学特性,对模型的拓扑结构和上下游节点的选择进行了优化。通过贝叶斯网络的最大似然学习算法求出模型参数后,利用10分组交互验证方法对测试数据进行剪接位点预测。结果显示,受体位点的平均预测准确率为92.5％,伪受体位点的平均预测准确率为94.0％,供体位点的平均预测准确率为92.3％,伪供体位点的平均预测准确率为93.5％,整体效果要好于基于使用独立和条件概率矩阵、以及隐Markov模型的预测方法。表明利用贝叶斯网络对剪接位点建模是预测剪接位点的一种有效手段。

关键词：贝叶斯网络 DNA序列剪接位点供体位点受体位点遗传信息

基于序列信息理论预测线虫基因选择性剪切位点

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内蒙古大学学报（自然科学版） 2008年第1期39卷 45-49页

作者：杨乌日吐李前忠杨科利林昊内蒙古大学理工学院物理系呼和浩特010021

基因的选择性剪切使得在DNA上一段相同的序列翻译成多个不同的蛋白质序列.选择性剪切的出现把剪切位点分为选择性供体位点、组成性供体位点、选择性受体位点和组成性受体位点.基于EBI中的线虫基因选择性剪切位点数据库,选取不同位点的... 详细信息

基因的选择性剪切使得在DNA上一段相同的序列翻译成多个不同的蛋白质序列.选择性剪切的出现把剪切位点分为选择性供体位点、组成性供体位点、选择性受体位点和组成性受体位点.基于EBI中的线虫基因选择性剪切位点数据库,选取不同位点的单碱基频率和序列片段的三联体频数作为参数,利用位置权重矩阵和离散增量结合支持向量机,对选择性剪切位点进行了理论预测.对选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为63.78%和72.63%,特异性分别为68.02%和83.96%.

关键词：选择性剪切供体位点受体位点支持向量机

亚洲玉米螟中肠Bt毒素结合位点及V-ATPase A亚基基因与抗性的关系研究

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亚洲玉米螟中肠Bt毒素结合位点及V-ATPase A亚基基因与抗性的关系...

作者：李宁中国农业科学院

学位级别：硕士

亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis （Guenée）是为害我国玉米的主要害虫之一，田间试验证明转Bt基因玉米可以在全生育期有效地控制亚洲玉米螟。靶标害虫抗性种群的出现直接威胁着转Bt玉米的成功应用，“高剂量加庇护所”以及“多基因”... 详细信息

亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis （Guenée）是为害我国玉米的主要害虫之一，田间试验证明转Bt基因玉米可以在全生育期有效地控制亚洲玉米螟。靶标害虫抗性种群的出现直接威胁着转Bt玉米的成功应用，“高剂量加庇护所”以及“多基因”等策略在害虫抗性治理方面有着重要作用，应用多基因策略必须明确不同Bt毒素对靶标害虫的作用机理，目前认为，昆虫中肠存在的不同类型Bt毒素结合蛋白是决定其对靶标害虫特异性的关键因素。本研究利用免疫共沉淀技术对亚洲玉米螟敏感品系（ACB-BtS）5龄幼虫中肠Cry1类毒素受体蛋白进行了鉴定，结果表明：在亚洲玉米螟BBMV上几种Bt毒素的结合位点均有异同，结合位点数量为9到17个。Cry1Ab在亚洲玉米螟中肠的受体位点图谱与Cry1Ac最为相似且与Cry1Ah、Cry1Ie、Cry1F差异均较大。5种Bt毒素在50-75kDa处均有结合条带，和已鉴定的亚洲玉米螟两个Cry1类受体蛋白V-ATPase A亚基及Heat shock70kDa protein分子量较为接近。Cry1Ab、Cry1Ac及Cry1Ie在100kDa左右的条带大小也和克隆得到的亚洲玉米螟APN分子量较为相符，而Cry1Ie在200kDa左右的条带也和亚洲玉米螟钙粘蛋白分子量相符。利用RT-PCR、RACE等技术，克隆得到亚洲玉米螟敏感品系V-ATPaseA亚基基因全长序列，核苷酸序列全长2535bp，包含一个1854bp的开放阅读框，翻译得到617个氨基酸序列。预测蛋白分子量68.07kDa，预测蛋白等电点pI=4.90。以ACB-BtS、ACB-AbR和ACB-AcR三个品系为研究对象，比对三个品系VAA基因的翻译区序列，结果发现，VAA基因在ACB-AbR品系中发生了29个核苷酸突变，在ACB-AcR品系中发生了42个核苷酸突变，翻译得到的三个品系的V-ATPase A亚基氨基酸序列完全一致，说明了V-ATPase A亚基基因突变不是导致亚洲玉米螟对Bt毒素产生抗性的直接原因。以ACB-BtS为对照、β-actin为内参基因，利用qPCR技术对三个品系不同日龄（1、4、7、10、13）幼虫中肠VAA基因进行了相对表达量测定，结果发现，较其它几个日龄，两个Bt抗性品系与敏感品系的表达量比值在第1日龄中最大。除第7日龄以外，两个抗性品系在其余四个日龄的定量结果均高于敏感品系，说明VAA基因表达量的升高与亚洲玉米螟对Cry1Ab毒素及Cry1Ac毒素有关。

关键词：亚洲玉米螟 Bt 抗性受体位点 V-ATPaseA 克隆表达量

用支持向量机预测人类基因5′/3′选择性剪切位点

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现代生物医学进展 2007年第5期7卷 790-792,794页

作者：杨乌日吐李前忠刘利樊国梁内蒙古大学理工学院物理系呼和浩特010021

选择性剪切是调解基因表达的重要机制。识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作。本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5′/3′选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性... 详细信息

选择性剪切是调解基因表达的重要机制。识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作。本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5′/3′选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集。本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法。此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测。对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88．74%和90．86%,特异性分别为85．62%和81．19%。本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力。

关键词：选择性剪切供体位点受体位点支持向量机

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猪流感病毒分离株的特性及致病性

中国兽医学报 2013年第2期33卷 217-221页

作者：哈卓张鹏超李倩师小潇饶柏忠刘永杰刘惠莉上海市农业科学院畜牧兽医研究所上海201106 上海市农业遗传育种重点实验室上海201106 南京农业大学动物医学院

为了解猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)分离株A/Sw/SH/1/2007(H1N2)的特性,对毒株的抗原位点、受体位点、潜在糖基化位点进行比较分析,并进行雏鸡、小鼠致病性试验。结果表明,A/Sw/SH/1/2007与北美经典株A/Sw/Tennes/1455/1977(H1N1)HA抗原位点最接近,HA1蛋白4个抗原位点中只有Ca位点有2个氨基酸改变,发生抗原变异,Sa、Cb抗原位点均只有1个氨基酸发生改变,不影响其抗原性;受体位点高度保守,只有183位发生改变;A/Sw/SH/1/2007有6个潜在的糖基化位点,在276位丢失了1个潜在的糖基化位点,但同时在274位出现了1个新的糖基化位点。NA蛋白抗原位点序列与广西分离株A/Sw/Guangxi/13/2006(H1N2)同源性最高,除401位氨基酸发生G→R改变外,其余抗原位点均保守。耐药性分析显示,该病毒对金刚烷胺、扎那米韦药物均敏感。致病性试验结果表明,A/Sw/SH/1/2007对雏鸡无致病性,ICPI为0;肌注小鼠2周内死亡100%,滴鼻小鼠死亡80%,存活小鼠血凝效价为27,而与经典H1N1亚型SIV毒株只有较低的交叉凝集,HI为23.4～3.6。

关键词：猪流感病毒抗原位点受体位点糖基化位点致病性