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蓝狐α-卫星dna的克隆及序列分析

遗传 2007年第12期29卷 1504-1508页

作者：闫守庆祝万菊张雪梅李冰孙金海吉林大学畜牧兽医学院长春130062

利用限制性内切酶酶切蓝狐基因组,经琼脂糖凝胶电泳,对特异性亮带进行克隆、测序及序列分析。结果获得42个卫星dna序列,该卫星dna单体大小为737 bp,G+C含量为51.9%,单体之间同源性为91%～97%;每个单体由3个约245 bp的亚重复串联构成,亚... 详细信息

利用限制性内切酶酶切蓝狐基因组,经琼脂糖凝胶电泳,对特异性亮带进行克隆、测序及序列分析。结果获得42个卫星dna序列,该卫星dna单体大小为737 bp,G+C含量为51.9%,单体之间同源性为91%～97%;每个单体由3个约245 bp的亚重复串联构成,亚重复之间的同源性为49%～55%;在物种进化过程中,该卫星dna有G+C含量逐渐降低而A+T含量逐渐上升的趋势;该卫星dna为犬科动物种属所特有,与犬着丝粒相关卫星dna为同类卫星dna,同源性为74%,命名为α-卫星dna。

关键词：犬科动物蓝狐卫星dna

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2种单组份双生病毒与异源卫星dna的互作

植物病理学报 2010年第2期40卷 159-164页

作者：青玲牛颜冰西南大学植物保护学院植物病害生物学重庆市高校级重点实验室重庆400716 山西农业大学太谷030801

烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus,TbCSV)Y35分离物(Y35)和中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus,TYLCCNV)Y10分离物(Y10)是从云南烟草上分离的2种单组份双生病毒,分别伴随卫星dnaβ(Y35β及Y10β)分子。将Y35和Y10分别伴随其同源或异源卫星(Y35β或Y10β)接种本氏烟和心叶烟,症状观察表明,无论Y10还是Y35伴随异源卫星dnaβ时引起的症状均与其伴随同源dnaβ引起的症状明显不同,且Y10β伴随Y35致病性最强。Southern印迹结果表明,Y10β及Y35β均可被异源辅助病毒稳定复制,但其复制水平明显低于伴随同源病毒时的水平,且植株中病毒和卫星的积累量并不完全与症状严重程度直接相关。

关键词：烟草曲茎病毒中国番茄黄化曲叶病毒卫星dna 症状复制

黑麂和费氏麂四种卫星dna的克隆特征和染色体定位(英文)

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动物学研究（英文） 2008年第3期29卷 225-235页

作者：刘妍佴文惠黄玲王金焕苏伟婷 LIN Chyi Chyang 杨凤堂中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化重点实验室 Department of Medical Research China Medical University Hospital

近年来,分子细胞遗传学研究已基本证实了染色体的串联融合(端粒-着丝粒融合)是麂属动物核型演化的主要重排方式。尽管染色体串联融合的分子机制还不清楚,但通过染色体的非同源重组,着丝粒区域的卫星dna被认为可能介导了染色体的融合。... 详细信息

近年来,分子细胞遗传学研究已基本证实了染色体的串联融合(端粒-着丝粒融合)是麂属动物核型演化的主要重排方式。尽管染色体串联融合的分子机制还不清楚,但通过染色体的非同源重组,着丝粒区域的卫星dna被认为可能介导了染色体的融合。以前的研究发现在赤麂和小麂染色体的大部分假定的串联融合位点处存在着非随机分布的卫星dna。然而在麂属的其他物种中,这些卫星dna的组成以及在基因组中的分布情况尚未被研究。本研究从黑麂和费氏麂基因组中成功地克隆了4种卫星dna(BMC5、BM700、BM1.1k和FM700),并分析了这些卫星克隆的特征以及在小麂、黑麂、贡山麂和费氏麂染色体上的定位情况。结果表明,卫星I和IIdna(BMC5,BM700和FM700)的信号除了分布在这些麂属动物染色体的着丝粒区域外,也间隔地分布在这些物种的染色体臂上。其研究结果为黑麂、费氏麂和贡山麂的染色体核型也是从一个2n=70的共同祖先核型通过一系列的串联融合进化而来的假说提供了直接的证据。

关键词：荧光原位杂交定位卫星dna 麂属染色体串联融合

刺茄中分离的中国番茄黄化曲叶病毒及伴随的卫星dna分子的全基因组结构

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植物病理学报 2007年第2期37卷 138-143页

作者：廖白璐刘勇谢艳周雪平浙江大学生物技术研究所杭州310029

从云南砚山刺茄(Solanum aculeatissimum)上分离到病毒分离物Y322,全序列测定表明,Y322dna-A全长2730个核苷酸,共编码6个ORF。基因组比较发现,Y322dna-A与中国番茄黄化曲叶病毒(TYLCCNV)各分离物的同源性最高(88.3%～99.2%),而与其它双... 详细信息

从云南砚山刺茄(Solanum aculeatissimum)上分离到病毒分离物Y322,全序列测定表明,Y322dna-A全长2730个核苷酸,共编码6个ORF。基因组比较发现,Y322dna-A与中国番茄黄化曲叶病毒(TYLCCNV)各分离物的同源性最高(88.3%～99.2%),而与其它双生病毒的同源性均在79.6%以下,表明Y322是TYLCCNV的一个分离物。利用dnaβ的特异性引物在Y322中扩增到dnaβ分子(Y322β),序列分析表明,其全长1331个核苷酸,与TYLCCNV伴随的dnaβ的同源性最高,达75.1%～93.1%,而与已报道的其它种类的dnaβ的同源性均低于55.4%。这是首次在刺茄中检测到中国番茄黄化曲叶病毒。

关键词：刺茄中国番茄黄化曲叶病毒菜豆金色花叶病毒属卫星dna dnaβ

牛亚科物种TRs分布特点及着丝粒区卫星dna进化研究

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畜牧兽医学报 2021年第10期52卷 2792-2802页

作者：张瑞马钧陈燕张天留范婷婷朱波张路培徐凌洋高会江李俊雅高雪中国农业科学院北京畜牧兽医研究所牛遗传育种创新团队北京100193

旨在研究牛亚科物种间串联重复序列(tandem repeats sequence,TRs)的分布特点及着丝粒区卫星dna的进化关系。本研究基于普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛、独龙牛6个牛亚科物种的基因组序列,研究了不同物种间TRs的组成、分布及结构特点,... 详细信息

旨在研究牛亚科物种间串联重复序列(tandem repeats sequence,TRs)的分布特点及着丝粒区卫星dna的进化关系。本研究基于普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛、独龙牛6个牛亚科物种的基因组序列,研究了不同物种间TRs的组成、分布及结构特点,并分析了6个牛亚科物种染色体着丝粒区卫星dna的进化关系。结果表明:1)TRs在牛亚科物种中平均占比为2.03%,平均长度54.93 Mb,其中普通牛的占比最高3.42%(93.00 Mb),瘤牛最低1.42%(37.88 Mb)。2)微卫星dna在3类TRs中位点数最多,为483405,占TRs总位点数85.64%,高于小卫星dna(43026,7.62%)和卫星dna(38180,6.75%)。3)通过对微卫星dna丰度和平均长度分析发现,二碱基微卫星dna在牛亚科物种中丰度最高,为70.93 loci/Mb,且以AC拷贝类别为主。4)通过构建着丝粒区1.715和1.723卫星dna的系统发育树发现,1.715卫星dna普遍存在于牛亚科物种的基因组中,而1.723卫星dna在牦牛中不存在,两类卫星dna在不同物种间或不同染色体上存在不同程度分化,具有较明显的种间特异性。TRs在牛亚科6个物种中平均占比为2.03%,微卫星dna为TRs主要序列,且二碱基微卫星丰度最高,并以AC拷贝类别为主;1.715卫星dna普遍存在于6个牛亚科物种的基因组中,但在物种间或染色体间存在不同程度分化。本研究结果为牛亚科物种间TRs分布特征及进化关系研究提供了重要理论依据。

关键词：牛亚科串联重复序列卫星dna 进化

侵染广东黄秋葵的木尔坦棉花曲叶病毒及伴随卫星dna的分子特征

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华南农业大学学报 2012年第1期33卷 33-39页

作者：董迪朱艳华何自福柴兆祥佘小漫罗方芳广东省农业科学院植物保护研究所广东广州510640 甘肃农业大学草业学院甘肃兰州730070

从广东省表现黄脉曲叶的黄秋葵病株上分离到病毒分离物Okra06,PCR检测结果显示,该病毒属双生病毒科Geminiviridae菜豆金色花叶病毒属Begomovirus.基因克隆及序列分析结果表明,其基因组仅含A组分(dna-A),全长为2 737 nt,推导编码6个开放... 详细信息

从广东省表现黄脉曲叶的黄秋葵病株上分离到病毒分离物Okra06,PCR检测结果显示,该病毒属双生病毒科Geminiviridae菜豆金色花叶病毒属Begomovirus.基因克隆及序列分析结果表明,其基因组仅含A组分(dna-A),全长为2 737 nt,推导编码6个开放阅读框(Open reading frame,ORF).该组分与木尔坦棉花曲叶病毒(Cotton leafcurl Multan virus,CLCuMV)分离物G6的核苷酸序列相似性最高,为99.7%;二者编码的6个ORF相似性分别为100%、100%、99.6%、99.8%、100%和99.7%.该病毒还伴随有卫星分子β(dnaβ),全长为1 346 nt,推导其互补链上编码1个ORF(C1).该分子与伴随CLCuMV分离物G6 dnaβ的核苷酸序列相似性也最高(99.5%).dnaβ系统进化分析显示,Okra06 dnaβ与CLCuMV-[G6]dnaβ、CLCuMV-[Gx08]dnaβ亲缘关系最近,三者形成一个独立分支;进一步与其他CLCuMV dnaβ和CLCuV dnaβ聚类在一起.这些结果证明,侵染广东黄秋葵的病毒分离物Okra06属于CLCuMV,且该分离物与引起广东朱槿曲叶病的CLCuMV-G6应同属木尔坦棉花曲叶病毒朱槿株系.

关键词：黄秋葵黄脉曲叶病木尔坦棉花曲叶病毒 dna—A 卫星dna β

五个微卫星dna在儿童失神癫痫关联研究中的应用

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中华医学杂志 2002年第15期82卷 1029-1032页

作者：吕建军陈育才潘虹张月华姜玉武杜玮南沈岩许克铭吴沪生吴希如北京大学第一医院儿科中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所首都儿科研究所附属医院北京儿童医院

目的　研究γ 氨基丁酸 (GABA)A型受体亚单位基因GABRA5以及GABRB3是否与儿童失神癫痫 (CAE)相关联。方法　以染色体 15q11 15q13附近 5个微卫星dna 6 9CA、85CA、15 5CA1、15 5CA2和A5 5CA1作为遗传标记 ,对 90个CAE患儿和 10 0名正常... 详细信息

目的　研究γ 氨基丁酸 (GABA)A型受体亚单位基因GABRA5以及GABRB3是否与儿童失神癫痫 (CAE)相关联。方法　以染色体 15q11 15q13附近 5个微卫星dna 6 9CA、85CA、15 5CA1、15 5CA2和A5 5CA1作为遗传标记 ,对 90个CAE患儿和 10 0名正常对照采用微卫星荧光标记半自动基因分型技术进行基因分型 ,应用病例对照研究进行关联分析。结果　 5个微卫星dna在中国正常人群等位基因分布均符合Hardy Weinberg平衡 ,多态信息含量分别为 :0 47、0 82、0 6 6、0 86和 0 86。5个微卫星dna的某些等位基因频率在病例组中显著高于正常对照组。结论　除 6 9CA以外 ,其他 4个微卫星dna均是多态性较好的遗传标记 ,γ

关键词：失神型癫痫儿童卫星dna

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银狐α-卫星dna的克隆及序列分析

东北林业大学学报 2009年第1期37卷 81-82,88页

作者：闫守庆范宗兴刘洋邢沈阳赵志辉孙金海吉林大学长春130062

利用限制性内切酶Sac I酶切银狐基因组，经琼脂糖凝胶电泳，对特异性亮带进行克隆、测序及序列分析。结果获得9个银狐α-卫星dna序列，该卫星dna单体大小为737bp，G＋C平均为52.7％，单体之间同源性为90％-97％，每个单体由3个约245bp... 详细信息

利用限制性内切酶Sac I酶切银狐基因组，经琼脂糖凝胶电泳，对特异性亮带进行克隆、测序及序列分析。结果获得9个银狐α-卫星dna序列，该卫星dna单体大小为737bp，G＋C平均为52.7％，单体之间同源性为90％-97％，每个单体由3个约245bp的亚重复串联构成，亚重复之间的同源性为51％-57％。银狐与犬α-卫星dna的同源性约为77％，而与蓝狐α-卫星dna的同源性大于90％。α-卫星dna在蓝狐基因组内的含量显著高于银狐。由于银狐（2n=34＋Bs）与蓝狐（2n=50）染色体数目存在较大差异，因此推测α-卫星dna可能参与了染色体易位，是染色体断裂与融合的靶序列。

关键词：银狐蓝狐卫星dna

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貉α-卫星dna的克隆及序列分析

中国兽医学报 2008年第9期28卷 1105-1108页

作者：闫守庆范宗兴祝万菊邢沈阳赵志辉孙金海吉林大学畜牧兽医学院吉林长春130062

根据蓝狐、银狐及犬α-卫星dna序列设计引物RSP1和RSP2,在貉基因组中经PCR扩增获得5条分子质量大小不同的dna片段,分别命名为RSP1~RSP5,经克隆及测序获得14个RSP序列;序列分析表明,除RSP4外,同类RSP片段的不同序列的长度差异很小且同源... 详细信息

根据蓝狐、银狐及犬α-卫星dna序列设计引物RSP1和RSP2,在貉基因组中经PCR扩增获得5条分子质量大小不同的dna片段,分别命名为RSP1~RSP5,经克隆及测序获得14个RSP序列;序列分析表明,除RSP4外,同类RSP片段的不同序列的长度差异很小且同源性大于90%,不同种类的RSP片段的长度差异很大,最大为1 815 bp,最小为495 bp,但所有序列的3′端约500 bp序列都具有高度的同源性,大于90%;经Blast检索,所克隆的RSP序列的部分区域与蓝狐、银狐及犬α-卫星dna序列具有约75%的同源性,证明所克隆的RSP序列为貉α-卫星dna序列,但其单体大小及亚重复的组成还需进一步研究。

关键词：犬科动物貉卫星dna