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健康个体-结直肠息肉-结直肠癌中血清circRNA的表达模式

健康个体-结直肠息肉-结直肠癌中血清circRNA的表达模式

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作者：李金莹暨南大学

学位级别：硕士

目的:利用circ RNA芯片观察结直肠息肉-结直肠癌患者血清环状RNA表达谱变化,初步预测结直肠息肉恶性转化过程中血清circ RNA的动态表达模式,进一步筛选潜在候选基因,为探讨结直肠息肉-癌症发生发展机制提供证据。方法:1、收集了健康个... 详细信息

目的:利用circ RNA芯片观察结直肠息肉-结直肠癌患者血清环状RNA表达谱变化,初步预测结直肠息肉恶性转化过程中血清circ RNA的动态表达模式,进一步筛选潜在候选基因,为探讨结直肠息肉-癌症发生发展机制提供证据。方法:1、收集了健康个体、结直肠息肉及结直肠癌患者血清样本各10例,其中三组各5例进行circ RNA芯片分析,另5例进行q RT-PCR验证;2、circ RNA表达谱芯片技术分析15例血清标本中circ RNA差异表达谱,进一步分析健康对照组-结直肠息肉组-结直肠癌组中差异表达的circ RNA;3、应用q RT-PCR验证筛选出的10个表达显著差异circ RNA在另外的健康个体、结直肠息肉及结直肠癌血清中的表达情况,验证芯片结果的可靠性;4、结合Target Scan和mi Randa数据库,对候选的10个circ RNA预测其可能结合的mi RNA。结果:1、通过circ RNA芯片技术,获得了健康个体、结直肠息肉、结直肠癌患者血清中差异性表达的circ RNA共2162个,其中,与健康个体相比,结直肠息肉组有52个circ RNAs上调,38个下调,结直肠癌组有64个circ RNAs上调,72个下调;与结直肠息肉组相比,结直肠癌组中有38个circ RNAs上调;2、从健康个体到结直肠息肉表达下降、结直肠息肉到结直肠癌表达上升趋势有circ RNAs 5个以及健康个体到息肉表达上升、息肉到癌表达下降的circ RNAs共33个;3、挑选出circ001013,hsairc001907,hsairc005758,hsairc029431,hsasairc000669,hsairc046188,hsairc053063,hsairc007422,hsairc003915,hsairc00788310个潜在候选circ RNAs,进一步筛选验证了候选hsairc001013、hsairc005758及hsairc007422这3个circ RNA在健康对照组、结直肠息肉组及结直肠癌组的m RNA表达水平呈现升高、降低的趋势,与芯片结果一致;而hsairc053063则在结直肠息肉组及结直肠癌组的m RNA表达水平间有显著差异。4、预测差异表达的候选hsairc001013、hsairc005758、hsairc007422、hsairc053063和micro RNA之间的存在相互作用。结论:健康个体、结直肠息肉、结直肠癌患者血清circ RNA表达谱存在差异,hsairc001013、hsairc005758、hsairc007422、hsairc053063为circ RNA结直肠息肉、结直肠癌发生发展潜在候选基因。

关键词： circRNA 结直肠息肉结直肠癌 miRNA 动态表达模式

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仿刺参“化皮”过程的动态表达谱分析

仿刺参“化皮”过程的动态表达谱分析

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“全球变化下的海洋与湖沼生态安全”学术交流会

作者：杨爱馥周遵春董颖孙红娟关晓燕蒋经纬王摆辽宁省海洋水产科学研究院

"化皮病"是仿刺参（Apostichopus japonicus）在室内及池塘养殖期间的主要流行病。查找"化皮病"关键调控基因和分析这些基因所影响的信号通路以及表达调控网络,对深入了解仿刺参"化皮"过程的分子调控机制具有重要的科学意义。本研究通... 详细信息

"化皮病"是仿刺参（Apostichopus japonicus）在室内及池塘养殖期间的主要流行病。查找"化皮病"关键调控基因和分析这些基因所影响的信号通路以及表达调控网络,对深入了解仿刺参"化皮"过程的分子调控机制具有重要的科学意义。本研究通过灿烂弧菌（Vibrio splendidus）感染获得仿刺参"化皮"实验群体,以健康、Ⅰ期、Ⅱ期和Ⅲ期代表"化皮"演进的4个时间点,采用高通量测序技术构建仿刺参"化皮"过程基因表达谱,根据RPKM值计算基因表达量,以差异倍数≥2,FDR＜0.001为条件筛选差异基因,分析与"化皮"阶段相关的动态表达模式,对参与到最具代表性表达模式的差异基因进行GO及KEGG富集分析。Illumina HiSeqTM 2000测序共得到49,835,587条raw reads,质控后获得98%的高质量序列。利用NCBI上提供的EST、454及Illumina序列进行拼接,得到93,163 unigenes,平均长度1052 bp,N50为1575bp,其中33,860 unigenes获得注释。以此为参考,筛选得到与仿刺参"化皮"过程相关的差异基因23708个（↑17702个/↓6006个）,对差异基因进行表达模式归类,筛选出6个具有代表性的表达模式。其中,在从健康到"化皮"转变的阶段,基因表达显著上调和下调,并在"化皮"过程中表达水平保持稳定的两种模式代表了可以区分"化皮"与健康的两类差异基因,参与的基因数量最多,是"化皮"过程的两种主要表达模式。GO富集分析显示这两种表达模式中的差异基因参与了多种生物学过程。KEGG富集分析表明差异基因涉及的显著性Pathway与人类疾病、信号转导、免疫、细胞过程、新陈代谢和发育相关。值得注意的是"Complement and coagulation cascades"、"Toll-like receptor signaling pathway"和"Apoptosis"等信号通路在"化皮"过程中改变显著,既有上调基因又有下调基因。多个重要的信号通路分子如补体C3、Bf、IRAK4、TOLLIP、NF-κB、Bax、IAP等上调表达,FADD、TRAF6、Cyt C等下调表达。仿刺参"化皮"是一个多基因调控、多因素参与、动态的复杂过程。"化皮"过程关键调控基因的筛选将为抗逆品种选育以及"化皮病"的防控提供科学依据。

关键词：仿刺参化皮动态表达模式信号通路

来源： cnki会议评论

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