检索结果-南通市图书馆

多西环素对黄牛肠道微生物菌群多样性和功能预测的分析研究

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

黑龙江畜牧兽医 2022年第1期 112-116,121,138,139页

作者：柳美玲陈凤梅郭建强王爱华胡士林单虎山东畜牧兽医职业学院潍坊市反刍动物疾病防控工程中心山东潍坊261061 山东邦基科技股份有限公司山东青岛266100 青岛农业大学动物医学院山东青岛266109

为了研究多西环素对黄牛肠道微生物菌群结构和多样性的影响,试验随机选取3头健康黄牛,每天清晨饲喂后1小时,按体重灌服多西环素15 mg/kg,连续7 d,分别在灌药当天及灌药结束后的第2天清晨空腹采集直肠粪样。采用自身对照法,利用16S RNA... 详细信息

为了研究多西环素对黄牛肠道微生物菌群结构和多样性的影响,试验随机选取3头健康黄牛,每天清晨饲喂后1小时,按体重灌服多西环素15 mg/kg,连续7 d,分别在灌药当天及灌药结束后的第2天清晨空腹采集直肠粪样。采用自身对照法,利用16S RNA测序技术提取样品中基因组DNA,分别对两次采集的粪便构建测序文库并进行Illumina MiSeq测序,进行生物信息学分析、样本复杂度分析和多样本比较分析,利用Tax4Fun程序进行功能注释和预测。结果表明:多西环素可降低黄牛肠道菌群的丰度和多样性,厚壁菌门相对丰度比灌服多西环素前有所增加,拟杆菌门相对丰度比灌服多西环素前有所减少。在门水平上,浮霉菌门和柔壁菌门丰度显著或极显著降低(P功能基因代谢通路丰度上升。说明多西环素可以降低肠道微生物的相对丰度和多样性,改变代谢通路二级功能层的相对丰度。

关键词：多西环素黄牛肠道微生物多样性功能预测

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

梨园土壤真菌群落垂直分布及功能预测分析

山东农业科学 2023年第3期55卷 83-94页

作者：冀明辉高丽娟李龙飞徐金涛郝宝锋河北省农林科学院昌黎果树研究所河北昌黎066600

为明确梨园土壤真菌群落垂直分布差异、阐明真菌与土壤关系,为改善土壤真菌群落结构、提高土壤质量提供依据,本试验以12年梨园土壤为研究对象,对5~15、15~25、25~35 cm土层进行土壤理化性质测定及高通量测序,解析土壤营养变化趋势、真... 详细信息

为明确梨园土壤真菌群落垂直分布差异、阐明真菌与土壤关系,为改善土壤真菌群落结构、提高土壤质量提供依据,本试验以12年梨园土壤为研究对象,对5~15、15~25、25~35 cm土层进行土壤理化性质测定及高通量测序,解析土壤营养变化趋势、真菌垂直分布情况及功能预测分析。结果表明,随土壤深度增加,有机质、碱解氮、速效磷、速效钾含量逐渐降低且变化速率逐渐减缓;OTUs逐渐减少,香农指数、辛普森指数、Chao 1指数、ACE指数逐渐降低。由PCoA分析及Tukey检验可知:随着土壤深度增加,物种差异逐渐加大,5~15 cm与25~35 cm土层间群落多样性差异显著。土壤真菌门类以子囊菌门(Ascomycota)、被孢霉门(Mortierellomycota)、担子菌门(Basidiomycota)为主,属类以镰刀菌属(Fusarium)、被孢菌属(Mortierella)、产油菌属(Solicoccozyma)为主,子囊菌门、镰刀菌属在25~35 cm相对丰度最大,被孢霉门、担子菌门、被孢菌属在15~25 cm相对丰度最大,产油菌属在5~15 cm相对丰度最大。通过t-test分析可知:5~15 cm与15~25 cm差异物种以罗兹菌门(Rozellomycota)、产油菌属为主,5~15 cm与25~35 cm差异物种以子囊菌门、镰刀菌属为主,15~25 cm与25~35 cm差异物种以瓶毛菌属(Lophotrichus)为主。土壤真菌功能以腐生、病原-腐生营养类型为主,15~25 cm相对丰度最大。相关性分析中:罗兹菌门与土壤理化性质呈显著正相关;腐生营养型与真菌门类相关性较强。综上,土壤深度与土壤理化性质、真菌群落多样性关系密切;土层越深,真菌多样性、稳定性、均一性降低,差异增加。

关键词：梨园真菌土壤垂直分布差异物种功能预测

浙江地区中温大曲贮存过程细菌群落多样性及功能预测分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国酿造 2023年第1期42卷 109-114页

作者：陈乐乐王乙伊汪怡宁虞敏宁波职业技术学院化学工程学院浙江宁波315800 宁波大学食品与药学学院浙江宁波315800

利用16S rRNA高通量测序和理化分析技术分别解析浙江地区中温大曲贮存过程中细菌群落多样性和理化特征演替,并结合生物信息学方法预测菌群功能。结果表明,大曲贮存90 d后,pH和含水量显著降低(P<0.05),酸度显著升高(P<0.05),且贮存前后... 详细信息

利用16S rRNA高通量测序和理化分析技术分别解析浙江地区中温大曲贮存过程中细菌群落多样性和理化特征演替,并结合生物信息学方法预测菌群功能。结果表明,大曲贮存90 d后,pH和含水量显著降低(P功能预测结果表明中温大曲贮存期间的基因功能主要与代谢、遗传信息处理和环境信息处理等功能相关。

关键词：浙江地区中温大曲 16S rRNA高通量测序细菌群落多样性理化指标功能预测

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

废弃矿井环境中微生物多样性与代谢功能预测

微生物学杂志 2023年

作者：杨启林杨爱江李彦澄张玉多廖珣贵州喀斯特环境生态系统教育部野外科学观测研究站贵州大学资源与环境工程学院喀斯特地质资源与环境教育部重点实验室

矿山废水已成为主要的环境污染问题之一,为探究废弃矿井排水生态环境中的微生物群落多样性和功能,选取贵州省遵义市某废弃煤矿,采用16S rRNA基因高通量测序技术研究矿井巷道表层沉积物的细菌和古菌群落组成。结果表明,所有样品中细菌多... 详细信息

矿山废水已成为主要的环境污染问题之一,为探究废弃矿井排水生态环境中的微生物群落多样性和功能,选取贵州省遵义市某废弃煤矿,采用16S rRNA基因高通量测序技术研究矿井巷道表层沉积物的细菌和古菌群落组成。结果表明,所有样品中细菌多样性和丰度均高于古菌,细菌群落由52个门820个属组成,其优势菌属主要为A4b科中属水平的未定细菌、SBR1031目中属水平的未定细菌和KD4-96纲中属水平的未定细菌;古菌群落由12个门58个属组成,优势菌门为泉古菌门(Crenarchaeota),优势菌属主要为暂定属CandidatusNitrocosmicus和暂定属CandidatusNitrsosphaera。PICRUSt2功能预测表明,细菌中包含3条硫代谢循环途径,分别为同化硫酸盐还原、异化硫酸盐氧化/还原和SOX络合物氧化硫代硫酸盐,古菌中包含2条硫代谢循环途径,分别为同化硫酸盐还原和SOX络合物氧化硫代硫酸盐,共检测到18个细菌硫代谢基因和13个古菌硫代谢基因。关于废弃矿井环境中的微生物及其代谢功能分析,能进一步拓展对矿山环境微生物系统的认识。

关键词：矿山环境细菌与古菌群落多样性功能预测硫代谢循环

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

深度学习在蛋白质功能预测中的应用

合成生物学 2023年第3期4卷 488-506页

作者：宋益东袁乾沐杨跃东中山大学计算机学院广东广州510000

蛋白质功能预测是生物信息学中的一项重要任务,在疾病机制的阐明和药物靶点发现等领域有着重要作用。因为传统的测定蛋白质功能的生化实验通常成本高、耗时长、通量低,所以开发出高效且准确的蛋白质功能预测计算方法十分重要。蛋白质功... 详细信息

蛋白质功能预测是生物信息学中的一项重要任务,在疾病机制的阐明和药物靶点发现等领域有着重要作用。因为传统的测定蛋白质功能的生化实验通常成本高、耗时长、通量低,所以开发出高效且准确的蛋白质功能预测计算方法十分重要。蛋白质功能预测可以分为残基水平的结合位点预测和蛋白水平的基因本体论(gene ontology,GO)预测。本文首先介绍该领域常用的数据库及蛋白质特征信息,接着对当下最新的蛋白质功能预测方法进行总结。在结合位点预测方面,根据配体类型分别介绍了最新的蛋白质-蛋白质、蛋白质-多肽、蛋白质-核酸和蛋白质-小分子或离子配体的结合位点预测方法;在GO预测方面,按照预测方法的类别分别介绍了最近的基于序列、基于结构和基于蛋白相互作用网络的方法。最后,对目前的蛋白质功能预测方法进行总结、分析优劣,并展望该领域未来的发展方向。

关键词：深度学习蛋白质功能预测结合位点基因本体论

汉中地区浆水发酵过程中微生物群落演替及其功能预测

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国酿造 2023年第10期42卷 142-149页

作者：刘阳王珊珊高琪甄子辰王令路宏朝张涛陕西理工大学生物科学与工程学院陕西汉中723001 陕西省资源生物重点实验室陕西汉中723001 陕南秦巴山区生物资源综合开发协同创新中心陕西汉中723001 陕西理工大学秦巴生物资源与生态环境省部共建国家重点实验室(培育) 陕西汉中723001 秦巴特色肉制品质量提升与安全控制陕西省高校工程研究中心陕西汉中723001

该研究利用Illumina MiSeq测序技术,对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明,随着发酵的进行,细菌群落的丰度和多样性较为稳定,真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门... 详细信息

该研究利用Illumina MiSeq测序技术,对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明,随着发酵的进行,细菌群落的丰度和多样性较为稳定,真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门(Firmicutes),优势细菌属为乳植杆菌属(Lactiplantibacillus)、腐败乳杆菌属(Loigolactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、寡碳乳杆菌属(Paucilactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)等;优势真菌门为担子菌门(Basidiomycota)和子囊菌门(Ascomycota),优势真菌属主要有双胞菌属(Cystofilobasidium)、白冬孢酵母属(Leucosporidium)、镰刀菌属(Fusarium)、德巴利酵母属(Debaryomyces)、Holtermanniella等。整个发酵过程中优势菌属相对含量有明显波动,参与发酵的真菌种类多于细菌。微生物功能预测结果显示,细菌中涉及代谢、遗传信息处理和环境信息处理的通路比例分别为(74.11±0.11)%、(12.07±0.19)%、(3.71±0.10)%,代谢功能主要分布在碳水化合物、氨基酸、核苷酸、辅因子和维生素的代谢等。该研究揭示了汉中地区浆水发酵过程中的微生物群落结构变化,为浆水的食品安全评价提供理论基础。

关键词：汉中浆水微生物群落演替高通量测序功能预测

Graves眼病患者肠道菌群变化与功能预测研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Graves眼病患者肠道菌群变化与功能预测研究

作者：陈耀楠河南大学

学位级别：硕士

背景:Graves眼病(Graves’orbitopathy,GO)又称甲状腺相关眼病(Thyroid associated ophthalmopathy,TAO),是一种罕见且复杂的自身免疫性疾病,发病率为女性16/10000,男性3/10000,超过90%的Graves眼病由Graves病(Graves’diseas,GD)引起,约15%的GD患者会在3-6个月内发展出GO,其中约2%的GO患者将发展为中度至重度疾病并威胁视力,可导致眼眶畸形、复视甚至视力丧失,对患者的生活质量、心理健康都有严重的负面影响。Graves眼病的发病机制尚不清楚,其特征是淋巴细胞,特别是T细胞广泛浸润球后组织,导致眼眶周围强烈的炎症反应,表现为球后组织的异常增生,包括成纤维细胞增殖、脂肪生成增加以及细胞外基质如透明质酸的积累,导致眼眶内容物的扩张和重塑,引起患者的眼球突出、眼睑水肿等症状。人体的微生物群由栖息在身体不同区域的10种以上的微生物组成,其中胃肠道中的肠道菌群生活在暴露在外部环境的最大宿主界面,约占人类微生物共生群落的三分之二。近十年来高通量深度测序技术的快速发展助力肠道菌群的研究,逐渐揭示肠道菌群编码了330万个基因,是人类基因数量的100倍,在维持宿主代谢、免疫功能方面具有重要作用,因此肠道菌群也被称为“人类第二基因组”。肠道菌群与人体代谢性疾病、自身免疫性疾病的发生发展有密切关联,以往的研究已证实肠道菌群的结构改变及其功能紊乱与1型糖尿病、系统性红斑狼疮、多发性硬化症、自身免疫性干眼症等在内的多种自身免疫病有关,且近期研究证实肠道菌群的改变与甲状腺相关疾病也有显著相关性,Graves眼病患者肠道菌群的变化有待进一步研究,有望为Graves眼病的发病机制与诊疗拓宽新视角。目的:GO是一种自身免疫病,多项研究证实了自身免疫性疾病与肠道菌群变化之间的联系,鲜有研究关注GO患者的肠道菌群,我们设计了此项研究,目的包括:(1)检测GO患者肠道菌群的变化,(2)找出GO患者组肠道中特异菌属,(3)分析部分菌属与甲状腺功能及甲状腺自身抗体之间的相关性,(4)依据KEGG数据库对GO患者肠道菌群富集的代谢途径做出预测。方法:1、研究对象招募本研究纳入了于2022年3月至2023年3月于河南省人们医院内分泌科及河南省人民医院眼眶病中心就诊的中重度活动期Graves眼病患者42人,同期性别和年龄匹配的Graves病患者40人,健康体检者36人。2、临床资料收集患者入院后采集基本信息、临床数据及实验所需标本。基本信息包括患者的姓名、年龄、性别、居住地、体重、身高、身体质量指数(Body Mass Index,BMI)、临床活动性评分(Clinical activity score,CAS)等。临床数据包括游离三碘甲腺原氨酸(free triiodothyronine,FT3)、游离甲状腺素(free tetraiodothyronine,FT4)、促甲状腺激素(thyroid stimulating hormone,TSH)、甲状腺球蛋白抗体(thyroglobulin antibody,Tg Ab)、甲状腺过氧化物酶抗体(thyroid peroxidase antibody,TPOAb)、促甲状腺激素受体抗体(Thyrotropin Receptor Antibodies,TRAb)等。3、肠道菌群检测及分析患者入院后于接受治疗前收集新鲜粪便标本,用于16S r RNA基因测序,鉴定扩增子序列变体(amplicon sequence variants,ASV),后续评估肠道菌群alpha多样性指标及beta多样性指标,分析检测具有差异丰度的群落,通过KEGG数据库对组间的差异菌群的功能进行预测分析。4、统计学分析所有数据应用SPSS 25.0统计学软件进行数据分析处理,对于正态分布的定量数据,采用均数进行统计描述,采用t检验进行组间比较;非正态分布的数据用四分位数间距进行统计描述,采用Mann-Whitney U检验进行组间比较。使用卡方检验比较分类变量。分别使用单因素方差分析和Kruskal-Wallis检验来评估正态连续变量和非正态连续变量三组之间的差异。Spearman秩相关检验分析相关性。以P<0.05为差异有统计学意义。结果:一、临床资料比较三组受试者在年龄、性别和BMI方面无显著差异,与GD组和健康对照组相比,GO组具有更高水平的TRAb。二、肠道菌群特征1、三组间的alpha多样性无统计学差异,但beta多样性存在显著差异。2、GO患者的肠道菌群组成在门水平上,GO患者肠道菌群中Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteriota比例下降,Bacteroidota比例升高。在属水平上,GO患者Bacteroides、Prevotella菌属的丰度显著升高,而Escherichia-Shigell

关键词： Graves眼病肠道菌群 16S rRNA测序功能预测

宫颈细胞异常妇女阴道菌群与HPV16整合的关系及菌群功能预测

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

宫颈细胞异常妇女阴道菌群与HPV16整合的关系及菌群功能预测

作者：王嘉浩山西医科大学

学位级别：硕士

目的:宫颈癌是危害妇女健康的恶性肿瘤之一。HPV16作为HPV最主要的致癌型别,病毒DNA整合到宿主基因组是致癌的关键环节,但是影响HPV16整合的因素目前尚不清楚。随着高通量测序技术的发展,人类对于微生物的认知水平得到深入,阴道菌群与HP... 详细信息

目的:宫颈癌是危害妇女健康的恶性肿瘤之一。HPV16作为HPV最主要的致癌型别,病毒DNA整合到宿主基因组是致癌的关键环节,但是影响HPV16整合的因素目前尚不清楚。随着高通量测序技术的发展,人类对于微生物的认知水平得到深入,阴道菌群与HPV16整合状态的关系成为研究热点,但是不同HPV16整合状态下阴道菌群的特征及功能目前尚不清楚。本研究选择宫颈细胞学异常妇女这一宫颈癌高危人群,利用宏基因组测序技术,充分揭示HPV16整合状态下阴道菌群的特征及功能,通过随机森林算法构建阴道菌群预测HPV16感染和整合状态模型,评估并筛选潜在的生物标志物,综合利用生物信息学和机器学习方法,旨在从更深层次揭示HPV16整合状态与阴道菌群的关系,以期从阴道微生物角度为预防和控制HPV16感染以及由其导致的宫颈病变提供新的理论依据。方法:从2021年1月至6月在山西医科大学第二医院妇科门诊就诊的妇女中,按照纳入排除标准,选择经液基薄层细胞学检查(TCT)为宫颈细胞学异常的510名妇女作为研究对象。使用结构式问卷收集一般人口学特征。采集研究对象的宫颈脱落细胞、宫颈组织以及阴道分泌物。利用导流杂交技术进行HPV分型检测,采用RT-PCR法分别检测HPV16 E2、E6 DNA载量以及HPV16 E2、E6和E7m RNA的表达水平。采用Western-blot法检测HPV16 E2、E6和E7蛋白表达量。进一步排除2周内使用抗生素、3天内有性生活、48小时内有阴道冲洗者,最终选择HPV16阳性妇女59例,HPV16阴性妇女73例进行阴道菌群宏基因组测序。采用R Vegan软件包分析阴道菌群多样性,应用LEf Se软件分析特征菌,利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库分析阴道菌群功能。应用R Random Forest软件包构建阴道菌群对HPV16感染和整合状态预测模型,使用受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)对模型进行评价。采用SPSS 26.0和R4.1.0软件对资料进行t检验、Mann-Whitney U检验,检验水准α=0.05。采用R4.1.0和Graph Pad 9.0软件绘制统计图。结果:1.宫颈细胞学异常妇女阴道菌群特征:宫颈细胞学异常妇女阴道菌群中占比最高的前五位是阴道加德纳菌(Gardnerella＿vaginalis,40.91%)、卷曲乳酸杆菌(Lactobacillus＿crispatus,23.59%)、惰性乳酸杆菌(Lactobacillus＿iners,15.11%)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus＿aureus,3.52%)和链霉菌(Streptomyces＿sp.＿ICC4,1.50%)。阴道菌群的功能以蛋白质家族:遗传信息处理(Protein families:genetic information processing)、碳水化合物代谢(Carbohydrate metabolism)、翻译(Translation)、核苷酸代谢(Nucleotide metabolism)为主。2.HPV16感染状态下阴道菌群特征及功能:HPV16感染状态下阴道菌群多样性升高(P功能为主。在L3水平,HPV16感染状态下以伴侣和折叠催化剂(Chaperones and folding catalysts)、转运RNA合成(Transfer RNA biogenesis)、硫胺素代谢(Thiamine metabolism)、蛋白激酶(Protein kinases)和胺酰t RNA生物合成(Aminoacyl-t RNA biosynthesis)功能为主。3.HPV16 E2、E6和E7 mRNA及蛋白表达与阴道菌群的关系:E2低表达、E6和E7基因高表达组阴道菌群多样性升高。惰性乳酸杆菌(Lactobacillus＿iners)、卷曲乳酸杆菌(Lactob

关键词：阴道菌群 HPV16感染病毒整合功能预测宏基因组测序

一月龄吮乳羔羊肠道菌群组成及其预测物质代谢功能的动态变化研究

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

畜牧兽医学报 2023年第3期54卷 1095-1108页

作者：叶倩文陈卓李鑫孙亚伟金肖叶李紫仟吾买尔江·牙合甫钟旗马雪连姚刚新疆农业大学动物医学学院乌鲁木齐830052 新疆阿勒泰地区动物疾控中心阿勒泰836500 新疆畜牧科学院畜牧研究所乌鲁木齐830011

羔羊出生至断奶时期消化系统形态结构和功能变化剧烈,但其肠道菌群组成的发育规律尚不清晰。本试验旨在研究一月龄湖羊羔羊肠道菌群的组成变化规律。随机选择出生后新生期(3日龄,d03)、哺乳期(10日龄,d10)、补饲期(15日龄,d15)和断奶前... 详细信息

羔羊出生至断奶时期消化系统形态结构和功能变化剧烈,但其肠道菌群组成的发育规律尚不清晰。本试验旨在研究一月龄湖羊羔羊肠道菌群的组成变化规律。随机选择出生后新生期(3日龄,d03)、哺乳期(10日龄,d10)、补饲期(15日龄,d15)和断奶前期(30日龄,d30)的无抗生素用药史的健康吮乳羔羊各10只,另选择在第43~45日龄之间一次性断奶的断奶后期(60日龄,d60)健康羔羊10只作为对照,采集直肠粪便样品进行16S rRNA扩增子测序,对一月龄肠道菌群组成结构与潜在功能的变化特点进行研究。结果发现,羔羊肠道菌群各分类水平OTU数量在一月龄内呈上升趋势,但极显著低于断奶后(P功能呈显著动态变化,断奶后羔羊肠道菌群丰富度和多样性显著升高。15~30日龄左右羔羊肠道菌群组成结构及其预测的功能呈现“分水岭”样变化,该变化与引入补饲固体饲料的关系值得进一步研究。

关键词：湖羊一月龄吮乳羔羊肠道菌群组成结构功能预测