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稻螺共作中国圆田螺肠道和底泥微生物群的比较研究

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淡水渔业 2024年第4期 15-24页

作者：潘贤辉覃俊奇庞海峰梁正林勇李文红黄姻陈忠杜雪松周康奇广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室广西大学

为构建稻螺生态综合种养模式，本研究分析同一生境下不同发育阶段中国圆田螺（Cipangopaludina chinensis）肠道微生物差异，并将其与底泥微生物进行比较研究。实验利用Ion S5TMXL平台对16S rRNA扩增子进行测序，比较研究成年和幼年螺... 详细信息

为构建稻螺生态综合种养模式，本研究分析同一生境下不同发育阶段中国圆田螺（Cipangopaludina chinensis）肠道微生物差异，并将其与底泥微生物进行比较研究。实验利用Ion S5TMXL平台对16S rRNA扩增子进行测序，比较研究成年和幼年螺肠道菌群及其功能。结果显示：底泥中微生物多样性显著高于螺肠道菌群，同时幼螺肠道菌群多样性也显著高于成螺。在所有样品中共鉴定出51门243属，其中拟杆菌门（Bacteroidetes, 48.95%）、变形杆菌门（Proteobacteria, 20.37%）和厚壁菌门（Firmicutes, 7.94%）占据主导地位。指示物种分析发现幼螺肠道中苔藓杆菌属（Bryobacter）、互养菌属（Syntrophus）、酸杆菌属（Acidibacter）、硝化螺旋菌属（Nitrospira）、玫瑰单胞菌属（Roseomonas） 5种菌群丰度显著高于成螺，而这些菌群均与蛋白质、氨基酸等能源物质代谢相关，暗示着幼螺时期所需的能源物质更多，消化代谢能力更强。功能预测结果显示螺肠道中的糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢、辅助因子和维生素代谢等功能菌群丰度极显著高于底泥，但是成年和幼年中国圆田螺肠道菌群功能未出现差异，表明在肠道与底泥不同生境下菌群所发挥功能具有一定的偏好性，而同一环境中田螺肠道菌群功能较为一致。综上，螺肠道和底泥的微生物丰度不同，但二者微生物群落组成相似，说明田螺肠道微生物组成的变化与同一生态系统中的底泥密切相关；同时田螺在生长发育过程中肠道菌群组成及其功能较为一致，但处于生长快速阶段的幼螺对能源物质的代谢能力强，为此在养殖过程中应给予幼螺充足营养，适当提高饲料中脂肪、蛋白等能源物质的比例，满足田螺快速生长的能量需求。

关键词：中国圆田螺(Cipangopaludina chinensis) 肠道菌群功能预测稻螺共生 16S rRNA

鸭circ＿MBNL1在脂肪细胞分化过程中的功能预测

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农业生物技术学报 2023年第10期31卷 2140-2149页

作者：张傲王来娣杨婷江勇王志秀陈国宏白皓常国斌江苏省动物遗传育种与分子设计重点实验室/扬州大学动物科学与技术学院教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室/扬州大学农业科技发展研究院

环状RNA (circular RNAs, circRNAs)是一种新型内源性非编码RNA，在各种组织中均有表达。本研究以樱桃谷鸭(Anas platyrhynchos domesticus)胚原代细胞分化过程中circRNA测序结果为基础，针对由肌肉盲样剪接调节因子1 (musblind-like 1,... 详细信息

环状RNA (circular RNAs, circRNAs)是一种新型内源性非编码RNA，在各种组织中均有表达。本研究以樱桃谷鸭(Anas platyrhynchos domesticus)胚原代细胞分化过程中circRNA测序结果为基础，针对由肌肉盲样剪接调节因子1 (musblind-like 1, MBNL1)基因编码的circ＿MBNL1进行鉴定与功能分析。通过PCR扩增和焦磷酸测序技术获得接合序列，采用核质分离消化实验验证了鸭circ＿MBNL1主要定位在细胞核中。组织表达谱结果提示，circ＿MBNL1主要在鸭脾脏、脂肪和肺组织中表达。生物信息学分析结果表明，circ＿MBNL1与预测的靶基因主要富集在脂肪细胞因子信号通路、FoxO信号等通路，推测circ＿MBNL1可能参与调控鸭脂肪细胞的分化过程。本研究为深入探究circ＿MBNL1在鸭脂肪细胞分化过程中的调控作用提供了理论基础。

关键词：鸭肌肉盲样剪接调节因子1 (MBNL1) 脂肪细胞功能预测

环青海湖地区多年生栽培草地土壤真菌群落结构特征

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草地学报 2024年

作者：张小芳张春平董全民霍丽安童永尚张雪杨增增俞旸曹铨青海大学畜牧兽医科学院/青海省畜牧兽医科学院青海省高寒草地适应性管理重点实验室青海大学三江源区高寒草地生态教育部重点实验室

为探究环青海湖地区多年生栽培草地对土壤真菌群落结构和功能的影响，以多年生单播和混播栽培草地为对象，采用ITS测序方法对土壤真菌群落特征进行了分析，运用FUNGuild进行真菌的功能预测，并结合土壤理化性质进一步揭示土壤真菌群落... 详细信息

为探究环青海湖地区多年生栽培草地对土壤真菌群落结构和功能的影响，以多年生单播和混播栽培草地为对象，采用ITS测序方法对土壤真菌群落特征进行了分析，运用FUNGuild进行真菌的功能预测，并结合土壤理化性质进一步揭示土壤真菌群落的驱动因素。研究结果显示：子囊菌门（Ascomycota）是多年生栽培草地的真菌优势菌门。与单播草地相比，混播没有显著改变土壤真菌群落的组成，但显著增加了真菌群落的丰富度和多样性。FUNGuild功能预测结果表明多年生栽培草地土壤真菌的潜在功能和营养方式具有多样性，且混播草地真菌的病理-腐生-共生型的相对丰度显著高于单播草地。影响研究区土壤真菌群落的主要因子包括土壤全磷、有机碳、铵态氮、硝态氮、全碳:全磷。相比于单播，混播有助于增加土壤全氮和全碳含量，促进土壤真菌群落的丰富度和多样性，更有利于维持土壤生态系统的稳定。

关键词：环青海湖地区多年生单播栽培草地多年生混播栽培草地土壤真菌群落结构功能预测

不同基质配比下黄瓜根际细菌群落结构及多样性分析

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热带作物学报 2024年第3期45卷 641-652页

作者：陈宏昊唐小付聂圣贤林佳佳魏西刘婷任昊奎广西大学农学院广西南宁530004

分析菇渣、锯末不同比例配比下黄瓜植株根际细菌群落结构特征发现,菇渣和锯末复配基质可替代常规商品基质泥炭(CK)栽培黄瓜,为新型基质栽培模式的应用提供依据。与CK相比,用菇渣、锯末按照3种不同比例复配组成的基质栽培黄瓜,其产量、... 详细信息

分析菇渣、锯末不同比例配比下黄瓜植株根际细菌群落结构特征发现,菇渣和锯末复配基质可替代常规商品基质泥炭(CK)栽培黄瓜,为新型基质栽培模式的应用提供依据。与CK相比,用菇渣、锯末按照3种不同比例复配组成的基质栽培黄瓜,其产量、根际细菌多样性和丰富度指数间均显著提高,同时还影响根际细菌的代谢功能,其中菇渣与锯末比例为1∶1时(T2)表现最佳。在门分类水平上,菇渣、锯末复配基质栽培条件下黄瓜植株根际中变形菌门(Proteobacteria)细菌丰度占比均低于CK,但拟杆菌门(Bacteroidota)细菌丰度占比均高于CK,且拟杆菌门(Bacteroidota)是菇渣、锯末复配基质栽培共有的优势细菌门类。在属分类水平上,unclassified_c__Gammaproteobacteria、利姆诺杆菌属(Limnobacter)和朱氏杆菌属(Chujaibacter)是CK条件下黄瓜植株根系特有的优势细菌属;慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、Dokdonella属是菇渣与锯末比例为1∶3(T1)处理下特有的优势细菌属;菇渣与锯末比例分别为1∶1(T2)和3∶1(T3)条件下黄瓜植株根际未发现特有的优势细菌属。通过物种Venn分析,在种分类水平上,菇渣与锯末复配比例在1∶3(T1)、1∶1(T2)和3∶1(T3)处理下均增加了黄瓜植株根际细菌种分类水平数量,提升了根际细菌丰富度和多样性。

关键词：黄瓜高通量测序细菌群落结构功能预测

灯盏花NAC转录因子家族的鉴定及生物信息学分析

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分子植物育种 2024年

作者：向春繁高青青袁成晓张笑云梁艳丽赵艳云南农业大学云南省药用植物生物学重点实验室西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心云南农业大学农学与生物技术学院

为研究灯盏花NAC转录因子家族，本研究采用了生物信息学方法对灯盏花NAC转录因子家族成员的理化性质、基因结构和序列等进行分析，系统进化分析预测灯盏花中的 NAC转录因子的功能。从灯盏花的基因组中共鉴定到了98个EbNACs成员，分别位... 详细信息

为研究灯盏花NAC转录因子家族，本研究采用了生物信息学方法对灯盏花NAC转录因子家族成员的理化性质、基因结构和序列等进行分析，系统进化分析预测灯盏花中的 NAC转录因子的功能。从灯盏花的基因组中共鉴定到了98个EbNACs成员，分别位于9条染色体上；理化性质结果显示，蛋白质氨基酸长度71～2 013 aa，分子量为8 258.36～220 718.04 Da，理论等电点为6.82～10.22，EbNACs主要定位于细胞核。大多数EbNACs成员均含有NAC结构域A-E；EbNAC家族成员中鉴定到10个保守基序；基因结构分析发现，灯盏花97个NAC蛋白均具有NAM家族结构域；系统发育树分析显示，将98个NACs分为17个亚族，将灯盏花NAC蛋白序列与已知功能的拟南芥NAC转录因子进行系统进化分析，推测EbNACs与拟南芥的NAC具有相似的功能；启动子作用元件分析表明EbNACs具有光、激素、胁迫及类黄酮合成调控等相关元件；共线性分析表明，灯盏花的NACs与AtNACs家族成员之间存在共线性。研究结果为后续灯盏花NAC转录因子家族的功能研究提供了重要的参考，有助于揭示灯盏花NAC转录因子家族在植物生物学中的重要作用，为未来深入揭示灯盏花NAC转录因子在参与其生长发育与次生代谢的分子调控机制提供理论参考。

关键词：灯盏花 NAC转录因子生物信息学功能预测

鸡circ_PLXNA1鉴定及其在脂肪细胞分化中的功能预测

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东北农业大学学报 2022年第3期53卷 61-69页

作者：杨婷王来娣胡晓丹袁春友白皓王志秀江勇陈国宏常国斌江苏省动物遗传育种与分子设计重点实验室扬州大学动物科学与技术学院江苏扬州225009 教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室扬州大学农业科技发展研究院江苏扬州225009

环状RNA(circ RNA)由于其广泛性、稳定性、保守性等特点具有较高研究价值,已成为生物研究领域热点之一。为研究circ RNA在鸡脂肪细胞分化中作用,选择与前期发现在鸭脂肪细胞分化中具有重要作用的鸭circ_PLXNA1具有高度同源性的鸡circ_PL... 详细信息

环状RNA(circ RNA)由于其广泛性、稳定性、保守性等特点具有较高研究价值,已成为生物研究领域热点之一。为研究circ RNA在鸡脂肪细胞分化中作用,选择与前期发现在鸭脂肪细胞分化中具有重要作用的鸭circ_PLXNA1具有高度同源性的鸡circ_PLXNA1作验证分析。鸡circ_PLXNA1是一个稳定的环状转录本,核质分离试验发现鸡circ_PLXNA1主要定位在细胞质中。此外,circ_PLXNA1主要在鸡心脏和肝脏中表达。生物信息学分析结果表明,鸡circ_PLXNA1和预测的靶基因富集于Erb B、MAPK和Hedgehog等信号通路,表明鸡circ_PLXNA1可能通过调控靶基因间接参与脂肪细胞分化。

关键词：鸡 circ_PLXNA1 脂肪细胞鉴定功能预测

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不同底质条件下苦草根部细菌群落的组装模式

水资源保护 2024年

作者：张文龙王新梓潘沈阳周鹏程李轶浅水湖泊综合治理与资源开发教育部重点实验室河海大学环境学院

底质条件被认为是影响沉水植物根际微生物群落结构的关键因素。本研究通过模拟不同底质类型，研究了苦草根部微生物群落的组装模式和功能变化。结果表明，底质条件的改变对苦草根际细菌群落产生了显著影响(p=0.003)，特别是在添加有机... 详细信息

底质条件被认为是影响沉水植物根际微生物群落结构的关键因素。本研究通过模拟不同底质类型，研究了苦草根部微生物群落的组装模式和功能变化。结果表明，底质条件的改变对苦草根际细菌群落产生了显著影响(p=0.003)，特别是在添加有机质和植物根际促生菌的底质条件下。尽管根际与根内生菌群落存在较强联系(根际与根内生菌群落共有细菌群落在各自群落中的占比均超过了50%)，但根内生菌群组装过程拥有更高的确定性(-1功能预测结果表明，在添加有机质和植物根际促生菌的条件下，苦草根部细菌群落拥有更高的代谢活性，更有利于有益细菌群落在苦草根部的富集。总的来说，该研究揭示了不同底质条件对苦草根部细菌群落结构和功能的影响，为水生态管理提供了理论支撑。

关键词：底质条件苦草细菌群落组装模式功能预测

稻-虾共作模式下水体和土壤细菌群落特征研究

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扬州大学学报（农业与生命科学版） 2024年第2期45卷 29-41页

作者：覃宝利韩光明吴雷明张家宏王守红朱凌宇毕建花寇祥明葛恒来陈选青唐金玉江苏里下河地区农业科学研究所江苏扬州225007 江苏省生态农业工程技术研究中心江苏扬州225008 扬州银谷农业生态发展有限公司江苏扬州225119 浙江省农业科学院水生生物研究所杭州310021

为探究稻-虾共作模式对稻田水体、土壤细菌群落结构和多样性的影响,采用16S rDNA基因高通量测序技术对夏季稻-虾共作和水稻单作模式下稻田水体、土壤细菌群落组成及多样性进行比较。结果表明:与水稻单作相比,稻-虾共作模式水体细菌群落... 详细信息

为探究稻-虾共作模式对稻田水体、土壤细菌群落结构和多样性的影响,采用16S rDNA基因高通量测序技术对夏季稻-虾共作和水稻单作模式下稻田水体、土壤细菌群落组成及多样性进行比较。结果表明:与水稻单作相比,稻-虾共作模式水体细菌群落丰富度和多样性均呈上升趋势,土壤细菌群落丰富度变化不明显,但多样性有所下降,尤其9月显著下降。在细菌群落组成方面,稻-虾共作模式增加水体放线菌门(Actinobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria)相对丰度,降低变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和芽孢杆菌目(Bacillus)相对丰度,增加致病菌不动杆菌属(Acinetobacter)的相对丰度;降低土壤放线菌门(Actinorny cetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和根瘤菌目(Rhizobiales)相对丰度,增加变形菌门、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)和Steroidobacterales目的相对丰度。功能预测分析发现,稻-虾共作模式下细菌碳水化合物代谢通路相对丰度在水体中呈上升趋势,在土壤中呈下降趋势。综上,稻-虾共作模式可改变水体、土壤细菌群落与功能,提高水体细菌群落的丰富度和多样性,降低土壤细菌群落的多样性。

关键词：稻-虾共作细菌群落多样性功能预测

山桐子叶际微生物群落多样性、结构及功能预测分析

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经济林研究 2022年第4期40卷 163-172页

作者：周慧娜张涛徐自恒薛晓焱冯建刘震王艳梅蔡齐飞耿晓东代莉李明婉李志河南农业大学林学院河南郑州450002 河南农业大学中原地区森林资源培育国家林业局重点实验室河南郑州450002 棕榈生态城镇发展股份有限公司河南郑州450000

【目的】山桐子是优良的木本油料树种,叶片是山桐子植株的一个关键器官,分析健康与感病山桐子叶际微生物群落的丰富度、多样性、群落组成以及功能预测,为探明山桐子病害特征及发病机理,科学开展山桐子林地抚育管理提供参考依据。【方法... 详细信息

【目的】山桐子是优良的木本油料树种,叶片是山桐子植株的一个关键器官,分析健康与感病山桐子叶际微生物群落的丰富度、多样性、群落组成以及功能预测,为探明山桐子病害特征及发病机理,科学开展山桐子林地抚育管理提供参考依据。【方法】采用Illumina平台对健康与感病山桐子叶际微生物群落DNA片段进行双端(Paired-end)测序。通过Vsearch软件聚类获取OTUs,根据其在不同样本的分布,评估每个样本的Alpha多样性水平,进一步衡量不同样本间的物种丰度组成差异;根据基因测序结果,预测菌群代谢功能。【结果】1)健康山桐子和感病山桐子的叶际细菌运算分类单位(OTUs)分别为212和198个,叶际真菌OTUs分别为101和79个。针对山桐子叶际微生物的研究表明,健康山桐子叶际细菌及真菌的丰富度和多样性均高于感病叶片。2)山桐子叶际细菌以不动杆菌属Acinetobacter为优势菌属,在健康和感病植株中相对丰度分别为32.67%和24.90%;健康山桐子叶际真菌以链格孢属Alternaria(17.41%)、亚隔孢壳属Didymella(15.44%)为优势菌属,感病山桐子叶际真菌以链格孢属(54.77%)为优势菌属。相比于健康山桐子,感病山桐子叶际真菌中链格孢属相对丰度大幅升高,可能是关键致病菌属。3)PICRUSt2功能预测山桐子叶际细菌群落共得到6个一级功能层、34个二级功能层,在代谢方面功能较为活跃;真菌群落共得到5个一级功能层、29个二级功能层,主要功能类群为生物合成、前体代谢物和能量的产生。【结论】健康山桐子植株叶际细菌及真菌丰富度和多样性均高于感病植株,链格孢属真菌可能是山桐子感病的关键因子;与代谢、生物合成及能量产生有关的微生物群落是活跃度最高的。

关键词：山桐子叶际微生物群落多样性结构分析功能预测