检索结果-南通市图书馆

藏鸡GPX3基因的克隆、组织表达谱研究及功能预测

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物技术通报 2023年第3期39卷 311-320页

作者：陈楚雯李洁赵瑞鹏刘媛吴锦波李志雄西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室成都610041 西南民族大学畜牧兽医学院成都610041 阿坝藏族羌族自治州畜牧科学技术研究所阿坝624402

本研究对藏鸡GPX3基因进行克隆和生物信息学分析,检测其在藏鸡不同组织中的表达量,鉴定GPX3互作蛋白的mRNA表达水平并分析其相关性,为进一步探究GPX3基因对藏鸡免疫功能的影响奠定基础。本试验以70日龄健康藏鸡(公鸡)作为研究对象,利用R... 详细信息

本研究对藏鸡GPX3基因进行克隆和生物信息学分析,检测其在藏鸡不同组织中的表达量,鉴定GPX3互作蛋白的mRNA表达水平并分析其相关性,为进一步探究GPX3基因对藏鸡免疫功能的影响奠定基础。本试验以70日龄健康藏鸡(公鸡)作为研究对象,利用RT-PCR技术获得GPX3基因CDS序列并进行生物信息学分析;利用qPCR技术检测GPX3基因在藏鸡心、肝、脾、肺和肾组织中的表达差异情况以及分析可能与GPX3蛋白存在互作关系的10个相关蛋白在脾中的mRNA表达情况及其相关性。结果显示,成功扩增藏鸡GPX3基因799 bp,包括5’UTR 78 bp,CDS区660 bp,3’UTR 61 bp,可编码219个氨基酸。GPX3mRNA在藏鸡5个组织中均有表达,且在脾中表达量最高,预测GPX3基因在脾中表达量最高这一结果可能与该蛋白的免疫功能有关。GPX3蛋白与预测互作蛋白SOD2呈极显著正相关,推测GPX3在耐药性、生殖调控等方面存在一定的调节作用。本研究成功克隆藏鸡GPX3基因CDS区660 bp,预测其可能与SOD2呈极显著正相关。为进一步了解GPX3基因的抗氧化功能在藏鸡免疫机制中的作用提供理论依据。

关键词：藏鸡 GPX3 克隆组织表达谱功能预测

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

两种盐生植物内生真菌多样性及其功能预测

微生物学通报 2023年第8期50卷 3357-3371页

作者：高磊黄银马金彪蒋宏忱李文均李丽中国科学院新疆生态与地理研究所荒漠与绿洲生态国家重点实验室新疆乌鲁木齐830011 中国科学院大学北京100049 中国地质大学(武汉)生物地质与环境地质国家重点实验室湖北武汉430074 中山大学生命科学学院有害生物控制与资源利用国家重点实验室广东广州510275

【背景】植物内生菌是微生物群落中一类非常重要的组成部分,是重要的微生物资源库,在植物促生、抗逆等多个领域有重要的研究和应用价值。【目的】进一步了解干旱荒漠区盐生植物内生真菌的多样性、群落结构和潜在功能特征。【方法】对生... 详细信息

【背景】植物内生菌是微生物群落中一类非常重要的组成部分,是重要的微生物资源库,在植物促生、抗逆等多个领域有重要的研究和应用价值。【目的】进一步了解干旱荒漠区盐生植物内生真菌的多样性、群落结构和潜在功能特征。【方法】对生长在乌兹别克斯坦西咸海岸边的两种盐生植物毛足假木贼(Anabasis eriopoda abbreviated as AE)和展枝假木贼(A.truncata abbreviated as AT)的内生真菌群落进行扩增子测序分析。【结果】共获得166个amplicon sequencing variants(ASVs),涉及4门49属,其中Neocamarosporium、Botryosphaeria和Alternaria及其所属高级分类单元是优势类群。多样性和群落组成分析显示两种盐生植物的内生真菌存在较为明显的差异,并包含一些潜在的新分类单元。基于PICRUSt2和FUNGuild的功能预测结果表明这两种盐生植物内生真菌的潜在功能和营养方式多样且表现出宿主差异性。【结论】盐生植物内生真菌具有较高的多样性和潜在的资源价值,有待进一步挖掘和研究。

关键词：干旱区盐生植物内生真菌多样性功能预测

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

凡纳滨对虾类胰岛素肽基因的结构及表达分析

渔业科学进展 2024年第1期45卷 105-117页

作者：苏曼文张晓军袁剑波张小溪杨铭李富花中国科学院海洋研究所、中国科学院实验海洋生物学重点实验室山东青岛266071 海洋生物学与生物技术功能实验室山东青岛266237 中国科学院大学北京100049 福州市海洋与渔业技术中心福建福州350005

类胰岛素肽(ILP)是胰岛素超家族的成员,具有进化保守性,是影响动物生命活动的重要因子之一。本研究克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)ILP1(Lv ILP1)全长基因,m RNA长度为812 bp,其中开放阅读框长543 bp,编码180个氨基酸。序列分... 详细信息

类胰岛素肽(ILP)是胰岛素超家族的成员,具有进化保守性,是影响动物生命活动的重要因子之一。本研究克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)ILP1(Lv ILP1)全长基因,m RNA长度为812 bp,其中开放阅读框长543 bp,编码180个氨基酸。序列分析显示,Lv ILP1蛋白预计分子量为20.81 kDa,理论等电点为9.45,不稳定系数为96.20,具有一个信号肽,没有跨膜结构,推导其为碱性、不稳定的分泌蛋白。结构预测显示,该蛋白具有胰岛素超家族保守的Il GF结构域,由N端信号肽、B链、C肽和A链组成,同时具有6个保守的半胱氨酸位点和2个断裂位点。系统进化分析显示,Lv ILP1与斑节对虾(Penaeus monodon)ILP7亲缘关系最近,与甲壳动物ILP1聚为一支,然后分别与无脊椎动物ILP7、脊椎动物松弛素(Relaxin)、胰岛素(Insulin)、胰岛素样生长因子(IGF)聚在一起。无脊椎动物ILP7类与外群海葵(Actinia tenebrosa)ILP的进化关系最近,表明这类ILP可能与胰岛素超家族的祖先较为相似。转录因子预测显示,Lv ILP1可能的转录因子为叉头框蛋白O3(FoxO3)、糖皮质激素受体(GR)、CAAT区/增强子结合蛋白(C/EBP)、信号传导及转录激活蛋白(STAT)等;蛋白互作分析显示,Lv ILP1与细胞膜上的胰岛素受体(IR)、神经信号分子(VGLUT1、SYT 1_3)、糖蛋白激素(GPHB5)、鞣化激素(Bursicon)等相互作用;对这些转录因子和互作蛋白的生物功能进行分析,进而推测Lv ILP1可能具有调节生长发育、激素刺激反应、神经系统稳态、碳水化合物稳态、蜕皮后组织重建以及生殖发育等作用。分析发现,Lv ILP1在凡纳滨对虾早期发育阶段有较高表达,在成体各个组织中均有表达,但在眼柄中表达量最高。本研究结果为深入了解凡纳滨对虾ILP的基因结构、进化、功能及表达提供了重要信息,同时为凡纳滨对虾的分子育种和健康养殖提供线索。

关键词：凡纳滨对虾类胰岛素肽基因结构功能预测表达分析

菜子湖线有机磷酸酯污染及其与微生物群落特征相关性的初步分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生态毒理学报 2024年

作者：黄风云马昆谷鹏飞王李耘谈凯宋婧赵凯安庆师范大学生命科学学院安徽省流域生物多样性保护与利用“一带一路”示范型国际科技合作基地

有机磷酸酯(organophosphate esters， OPEs)的广泛应用导致其在环境累积并凸显其日益严峻的生态毒性问题。研究有机磷酸酯对引江济淮工程菜子湖流域沉积物微生物群落及其功能基因的影响，有助于我们认识这类新型污染物的生态风险并制... 详细信息

有机磷酸酯(organophosphate esters， OPEs)的广泛应用导致其在环境累积并凸显其日益严峻的生态毒性问题。研究有机磷酸酯对引江济淮工程菜子湖流域沉积物微生物群落及其功能基因的影响，有助于我们认识这类新型污染物的生态风险并制定有效防控措施。本研究通过实地采样分析了2021年11月至2022年11月间菜子湖线流域水体中OPEs的时空分布特征，并运用16S rRNA基因高通量测序技术对沉积物微生物进行分析，结合主坐标分析(PCoA)和冗余分析(RDA)，探究了OPEs浓度变化与微生物群落结构的关系，同时借助PICRUSt预测了微生物功能基因。研究表明，菜子湖线水域ΣOPEs浓度均值从2021年11月的167.55 ng·L-1上升至2022年11月的177.48 ng·L-1。氯代类OPEs如磷酸三氯乙酯(TCEP)和磷酸三氯丙酯(TCPP)为主要污染成分，浓度分别达到数百ng·L-1级别。在微生物群落方面，变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门在较高OPEs浓度下相对丰度显著增加，其中相对应的菌属与OPEs含量呈正相关。通过FAPROTAX预测功能分析，结果显示微生物群落具有化学异养、需氧化学异养、芳香化合物降解及硫化合物暗氧化等功能活性，暗示了该水域微生物可能具备对OPEs及其他有机污染物的降解能力。同时，结合PICRUSt预测数据，微生物组功能主要涉及氨基酸代谢、碳水化合物代谢等关键通路，进一步表明微生物可能通过这些途径参与OPEs的生物转化过程。本研究表明，菜子湖线水域沉积物微生物群落结构受到OPEs污染影响，特定菌门的丰度变化可能反映出其对OPEs的潜在降解能力，为进一步探讨OPEs的环境行为及微生物修复机制提供了科学依据。

关键词： OPEs 微生物群落引江济淮 16S rRNA高通量测序功能预测

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

海黍子不同生长部位附生菌群结构比较

山东大学学报(理学版) 2024年

作者：郭战胜常丽荣陈雯静侯旭光施坤涛威海长青海洋科技股份有限公司威海市环翠区海洋发展研究中心山东大学海洋学院

海黍子(Sargassum muticum)是我国黄渤海沿岸海藻床构建的重要支撑物种,有较高的生态和经济价值,目前关于海黍子的基础生态研究主要从宏观层面入手,鲜有涉及微生态层面。本研究以靖子湾潮间带生长的海黍子为研究对象,自然海水为对照,采... 详细信息

海黍子(Sargassum muticum)是我国黄渤海沿岸海藻床构建的重要支撑物种,有较高的生态和经济价值,目前关于海黍子的基础生态研究主要从宏观层面入手,鲜有涉及微生态层面。本研究以靖子湾潮间带生长的海黍子为研究对象,自然海水为对照,采用16S rRNA基因高通量测序技术比较海黍子不同生长部位(气囊、叶、主枝、固着器)附生菌群结构。研究结果表明,海黍子不同生长部位样本中,固着器样本附着菌群的多样性和物种丰富度最高,叶样本物种丰富度最低,气囊样本的附生菌群多样性均小于其他生长部位。PCoA和Anosim分析表明海黍子不同生长部位附生菌群结构与海水中游离的微生物群落结构差异显著(P功能预测表明海黍子不同生长部位附生菌群的生态功能组成相似,最主要的功能是新陈代谢(metabolism,46.16%～48.35%),其次是遗传信息处理(genetic information processing,21.18%～22.88%)和环境信息处理(environmental information processing,12.03%～13.96%)。本研究通过比较海黍子不同生长部位附生菌群结构,为进一步深入了解海黍子生态作用提供理论依据。

关键词：海黍子附生菌群高通量测序群落结构功能预测

纽荷尔脐橙叶片和幼果内生细菌群落多样性及其功能预测

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

江西农业大学学报 2023年第4期45卷 884-893页

作者：游婧刘冰熊桂红蒋军喜宋珏萍雷若琦朱珍谢忠建江西农业大学农学院江西南昌330045

【目的】柑橘溃疡病是脐橙上的一种重要病害,影响其发生的因素较多。通过了解纽荷尔脐橙内生细菌群落组成和其潜在的生物学功能,探索内生细菌在脐橙感染溃疡病中的作用。【方法】从纽荷尔脐橙树上随机采集未表现任何病害症状的幼果和嫩... 详细信息

【目的】柑橘溃疡病是脐橙上的一种重要病害,影响其发生的因素较多。通过了解纽荷尔脐橙内生细菌群落组成和其潜在的生物学功能,探索内生细菌在脐橙感染溃疡病中的作用。【方法】从纽荷尔脐橙树上随机采集未表现任何病害症状的幼果和嫩叶,嫩叶分别在春、夏、秋3个季节进行采样,每个样品设3个重复。对4个样品进行表面消毒后从中提取DNA,PCR在25μL反应体系中进行,扩增产物经20 g/L琼脂糖凝胶电泳检查,选取主条带清晰的400~500 bp片段进行测序。采用基于16S rRNA基因V3-V4可变区的高通量测序技术及Tax4Fun功能预测对纽荷尔脐橙内生细菌菌群及其功能进行了测定和分析。各样本数据在FLASH V1.2.7上进行拼接,利用QIIMEV1.7.0对产生的原始数据进行质控,用Uparse V7.0.10012对有效数据进行聚类,在97%的相似度水平上生成OTU。为每个OTU挑选一个代表序列,并使用SSUrRNA数据库进行物种注释分析使用,获得分类学信息并分别在各个分类水平统计各样本的群落组成,并用MUSCLE(V3.8.31)进行α多样性(样本内)和β多样性(样本间)分析。通过UProC和PAUDA 2种方法将功能信息对应到SILVA数据库中,实现功能注释。【结果】季节和采摘部位对脐橙内生细菌群落组成的多样性和物种丰富度存在一定的差异,脐橙幼果中的内生细菌数量多于叶片,夏季相较于其他季节内生细菌群落丰富度更高;脐橙内生细菌群体在门水平上的组成相似,但丰度占比不同,且厚壁菌门、变形菌门和蓝菌门为主要优势门,各优势细菌纲数目、组成及其丰度随不同脐橙样本而异,芽孢杆菌属为主要优势属;Tax4Fun功能预测显示纽荷尔脐橙内生细菌包含大量关于膜运输、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、翻译、复制和修复、能量代谢、辅因子和维生素的代谢等基因信息,其中功能基因丰度较大的为碳水化合物代谢和氨基酸代谢,且脐橙夏天叶片的细胞过程和环境信息处理功能信息高于其他3种样品,幼果的遗传信息处理、新陈代谢、有机系统和人类疾病功能信息高于其他3种样品。【结论】纽荷尔脐橙内生细菌群落多样性丰富,具有大量代谢相关的有益菌,研究结果可为今后探索纽荷尔脐橙内生细菌菌群的利用和柑橘溃疡病的生物防治提供思路。

关键词：纽荷尔脐橙内生细菌多样性功能预测高通量测序群落结构 Tax4Fun功能预测

玉米与花生间作下根际细菌群落结构与PICRUSt功能预测分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生态学报 2023年

作者：吴林坤李奇松李倩方媛蔡思思林文雄福建省农业生态过程与安全监控重点实验室福建农林大学生命科学学院武夷学院茶与食品学院

禾本科/豆科作物间作能够促进作物生长与产量形成,而根际微生物组被认为与间作产量优势形成关系密切。故本研究将玉米与花生进行盆栽间作并设置以下三种根系分隔方式:塑料膜分隔(即全隔玉米与全隔花生)、尼龙网分隔(即网隔玉米与网隔花... 详细信息

禾本科/豆科作物间作能够促进作物生长与产量形成,而根际微生物组被认为与间作产量优势形成关系密切。故本研究将玉米与花生进行盆栽间作并设置以下三种根系分隔方式:塑料膜分隔(即全隔玉米与全隔花生)、尼龙网分隔(即网隔玉米与网隔花生)、无分隔处理(即无隔玉米与无隔花生),采用基于16S rRNA基因的高通量测序技术及PICRUSt功能预测分析不同模式下二者根际细菌群落结构与功能类群的变化,以期从土壤微生物组角度阐明玉米/花生间作产量优势形成的内在机制。结果显示:玉米/花生间作明显改变了二者根际细菌群落结构,无隔、网隔玉米的根际细菌群落结构更为相似并区别于全隔玉米,而网隔花生根际细菌群落结构明显区别于无隔、全隔花生。而且,无隔、网隔玉米根际放线菌门的相对丰度显著高于全隔玉米,网隔花生根际放线菌门、厚壁菌门的相对丰度显著高于全隔、无隔花生,而芽单胞菌门呈现相反的变化趋势。在玉米和花生根际,无隔、网隔处理高于全隔处理的OTU也均主要注释为放线菌门。共存网络分析发现,作为玉米根际细菌网络重要节点的Streptomyces、Actinomadura、Arthrobacter、Bacillus等菌属其丰度变化表现为无隔、网隔处理高于全隔处理;类似地,花生根际Streptomyces、Acctinomadura、Arthrobacter等重要节点也呈现网隔处理高于无隔、全隔处理的变化趋势。最后,PICRUSt功能预测分析发现,玉米/花生间作显著提高了膜转运、碳水化合物代谢等功能类的相对丰度而降低了复制与修复等功能类的相对丰度。综上可见,玉米/花生间作选择塑造了二者的根际细菌群落结构,增加了特定潜在有益菌群的丰度,改善了根际微生态环境与功能,进而促进间作下产量优势的形成。

关键词：玉米/花生间作高通量测序根际细菌群落共存网络功能预测

猪钙蛋白酶抑制蛋白基因中非同义突变功能预测分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国畜牧杂志 2023年第10期59卷 195-201,206页

作者：郑怡雯李云娜李雪王志鹏闫晓红东北农业大学动物科学技术学院黑龙江哈尔滨150000 东北农业大学生物信息中心黑龙江哈尔滨150000 大北农食品集团育种中心黑龙江哈尔滨150000

本文旨在采用生物信息学方法筛选猪钙蛋白酶抑制蛋白基因(CAST)中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性(Non-Synonymous Single Nucleotide Polymorphisms,nsSNPs)位点,为后续开展标记辅助选择改良猪的重要经济性状提供理论参考。... 详细信息

本文旨在采用生物信息学方法筛选猪钙蛋白酶抑制蛋白基因(CAST)中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性(Non-Synonymous Single Nucleotide Polymorphisms,nsSNPs)位点,为后续开展标记辅助选择改良猪的重要经济性状提供理论参考。本研究从Ensembl数据库中检索出猪CAST基因的31个nsSNPs位点,使用ConSurf、SNAP、SIFT、Polyphen-2、Mupro分析软件从序列保守性、功能性预测以及稳定性方面进行预测分析;对具有潜在功能的nsSNPs位点进行蛋白质二级结构预测,结果表明,rs319338780和rs790645252这2个位点的突变都造成了CAST蛋白质二级结构的改变。使用I-TASSE、TM-Align、PredyFlexy等软件分析这2个突变位点对蛋白质三级结构稳定性和柔性的影响,结果显示,rs790645252位点的突变使得氨基酸链738位置上的脯氨酸突变为组氨酸,并对CAST蛋白的三级结构影响较大,可能是影响猪肉质性状重要的潜在功能性位点。

关键词：猪 CAST基因 nsSNPs 功能预测

天山北部不同生境苜蓿根际土壤真菌分布特征及驱动因子

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

干旱区地理 2024年

作者：李嫚邓錡璋景玉婷伍勇张城铭夏珊翟亚萍杨盼刘红玲庄丽石河子大学生命科学学院成都师范学院化学与生命科学学院特色园艺生物资源开发与利用四川省高校重点实验室

在农业生态系统中，根际微生物群落是土壤中养分和有机物质成功循环和转化的动力，对作物的生长、健康和营养状况起着重要的影响作用。为了探究天山北部不同生境苜蓿根际土壤真菌多样性以及形成差异的驱动因子。利用高通量测序技术对天... 详细信息

在农业生态系统中，根际微生物群落是土壤中养分和有机物质成功循环和转化的动力，对作物的生长、健康和营养状况起着重要的影响作用。为了探究天山北部不同生境苜蓿根际土壤真菌多样性以及形成差异的驱动因子。利用高通量测序技术对天山北部山地和平原2个生境的苜蓿根际土壤与非根际土壤中真菌多样性、结构、功能以及驱动因子进行分析。结果表明：（1）山地苜蓿根际土中土壤氮、钾、有机质和酶活性均显著大于平原苜蓿根际土，而电导率和pH显著小于平原苜蓿根际土。（2）山地和平原的真菌群落存在显著差异，平原苜蓿根际土壤的可操作分类单元（OTUs）、Chao1和ACE指数均显著大于山地苜蓿根际土壤，并且OTUs、Chao1、ACE和香农指数（Shannon指数）均表现为根际土壤显著大于非根际土壤。（3）该区域的优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、被孢霉菌门（Mortierellomycota）、担子菌门（Basidiomycota）和芽枝菌门（Blastocladiomycota），并且在不同生境存在显著差异。（4）基于FUNGuild真菌功能预测，山地中植物的致病真菌显著高于平原而外生菌根显著低于平原地区。（5）通过冗余分析（RDA）和Mantel检验发现土壤pH、全氮、全钾和速效钾是真菌群落结构差异分布的主要驱动因子。

关键词：根际微生态功能预测高通量测序新疆天山真菌多样性