检索结果-南通市图书馆

自然发酵酸面团发酵过程中微生物菌群多样性分析及细菌功能预测

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国酿造 2024年第2期43卷 43-47页

作者：杨文馨安飞宇曹恺欣乌日娜沈阳农业大学食品学院辽宁沈阳110866 辽宁省食品发酵技术工程研究中心辽宁沈阳110866 沈阳市微生物发酵技术创新重点实验室辽宁沈阳110866

该研究通过高通量测序技术研究不同发酵时期自然发酵酸面团的微生物菌群多样性,并利用PICRUSt对细菌群落进行基因功能预测分析。结果表明,对于细菌,共检测到5个细菌门,不同发酵时期绝对优势菌门不同,发酵前期(D1)为蓝藻细菌门(Cyanobact... 详细信息

该研究通过高通量测序技术研究不同发酵时期自然发酵酸面团的微生物菌群多样性,并利用PICRUSt对细菌群落进行基因功能预测分析。结果表明,对于细菌,共检测到5个细菌门,不同发酵时期绝对优势菌门不同,发酵前期(D1)为蓝藻细菌门(Cyanobacteria),中期(D2~D3)为厚壁菌门(Firmicutes),后期(D4)为变形菌门(Proteobacteria);共检测到34个细菌属,发酵前期绝对优势菌属为未分类的蓝藻门(norank_c__Cyanobacteria),中期为乳球菌属(Lactococcus),后期为未分类的γ-变形菌纲(unclassified_c_Gammaproteobacteria)。对于真菌,共检测到13个真菌门,发酵过程中子囊菌门(Ascomycota)为绝对优势菌门;共检测到12个真菌属,未分类的酵母目(Saccharomycetales_unclassified)为绝对优势菌属,后期汉逊酵母属(Hanseniaspora)也被大量检出。通过PICRUSt进行分析预测,细菌群落在整个发酵过程中的基因功能主要有能量产生和转化、转录、无机离子转运和代谢等,该研究结果可为筛选酸面团内优良发酵功能菌种提供数据参考。

关键词：自然发酵酸面团微生物菌群多样性高通量测序功能预测

保安湖超微型浮游细菌的群落组成及其功能预测研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

保安湖超微型浮游细菌的群落组成及其功能预测研究

作者：兰聪湖北师范大学

学位级别：硕士

淡水湖泊是地表水的重要载体,储存了可供人类使用的有限淡水资源,富营养化会严重损害湖泊水生态环境健康。超微型浮游细菌在水体中既是生产者又是分解者,能有效推动湖泊生物地球化学循环,其群落结构变化及生态功能特征对湖泊生态系统的... 详细信息

淡水湖泊是地表水的重要载体,储存了可供人类使用的有限淡水资源,富营养化会严重损害湖泊水生态环境健康。超微型浮游细菌在水体中既是生产者又是分解者,能有效推动湖泊生物地球化学循环,其群落结构变化及生态功能特征对湖泊生态系统的多样性及稳定性维持至关重要。单分子实时测序为超微型浮游细菌多样性研究提供了技术支持,功能预测也为浮游细菌群落生态功能探索提供了方法手段。保安湖是典型浅水湖泊,也是国家湿地公园,受经济社会发展影响,保安湖正经历快速富营养化过程。本研究以长江中游浅水湖泊保安湖为特定研究水域,以超微型浮游细菌为目标对象,在两周年的时间尺度内,通过湖泊现场生态调查与单分子实时测序技术,对保安湖水体理化指标以及超微型浮游细菌群落的多样性、网络共生模式、环境影响因子、生态功能特征等进行多维分析,以期获得保安湖超微型浮游细菌的群落结构组成、功能特征及其联合作用机制。结果如下:(1)保安湖水体理化指标存在明显季节性变化。在2021年度湖泊表现为氮限制;2022年度春、秋、冬季为氮磷共限制,夏季受磷限制。湖泊营养状态维持在中营养至中度富营养状态间波动,总氮、总磷、透明度和叶绿素a显著影响着保安湖的富营养化水平。(2)超微型浮游细菌群落的优势菌门为变形菌门(28.97%)、拟杆菌门(17.24%)、蓝细菌门(16.97%)、放线菌门(12.40%)和疣微菌门(8.12%)。Cyanobium＿PCC＿6307(20.82%)、CL500＿29＿marine＿group(10.99%)、Candidatus＿Fonsibacter＿ubiquis(10.79%)和hgc I＿clade(8.94%)为优势菌属。不同季节和年度,保安湖的超微型浮游细菌群落组成呈现出一定的演替规律。(3)超微型浮游细菌群落的α多样性指数表现出明显的时空变化特征。2022年度春季的群落丰富度最高,2021年度秋季的群落多样性最高。群落丰富度与总氮、磷酸盐呈显著正相关,群落多样性与叶绿素a和TLI指数显著正相关。超微型浮游细菌的群落结构主要受季节变化影响,种间相互作用尤以共生关系为主。(4)水温、透明度、溶解氧和综合营养状态指数是保安湖超微型浮游细菌群落在门水平的主要影响因子,水温、透明度、高锰酸盐指数和电导率是可操作分类单元组成的最强相关因子。(5)保安湖超微型浮游细菌群落的KEGG功能以代谢途径、次生代谢产物生物合成、抗生素生物合成以及不同环境中的微生物代谢等新陈代谢通路为主,FAPROTAX功能以光合营养、光能自养、蓝藻相关功能以及有氧光能自养等自养功能为主。超微型浮游细菌群落的功能丰度均会随着季节和年度更替而发生显著性改变,且与不同门水平组成和环境因子变化存在着相关性联系。本研究系统地探索了保安湖的湖泊营养状态、超微型浮游细菌群落结构特征、与环境因子的相互关系以及群落功能组成,研究结果可为保安湖水生态环境保护、治理以及超微型浮游细菌多样性及其生态功能研究提供科学依据和数据参考。

关键词：保安湖超微型浮游细菌单分子实时测序群落组成功能预测

甜菜镉胁迫应答基因ZAT10的克隆与功能预测

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国糖料 2024年第3期46卷 1-9页

作者：姚琦石俊婷鲁振强刘大丽黑龙江大学生命科学学院/农业微生物技术教育部工程研究中心/黑龙江省寒区植物基因与生物发酵重点实验室/黑龙江省普通高校分子生物学重点实验室哈尔滨150080 国家甜菜种质中期库/黑龙江大学哈尔滨150080 黑龙江省普通高等学校甜菜遗传育种重点实验室/黑龙江大学现代农业与生态环境学院哈尔滨150080

【目的】为了预测甜菜锌指蛋白BvZAT10(LOC 104901462)的结构特点和功能。【方法】以甜菜‘780016B/12优’为试验材料,对BvZAT10基因进行了克隆及生物信息学分析,并利用甜菜响应镉胁迫的转录表达谱数据探究了该基因在镉胁迫下的应答特... 详细信息

【目的】为了预测甜菜锌指蛋白BvZAT10(LOC 104901462)的结构特点和功能。【方法】以甜菜‘780016B/12优’为试验材料,对BvZAT10基因进行了克隆及生物信息学分析,并利用甜菜响应镉胁迫的转录表达谱数据探究了该基因在镉胁迫下的应答特性。【结果】BvZAT10编码区全长729 bp,编码242个氨基酸,是一种碱性不稳定亲水性蛋白,具有2个C2H2型锌指结构域。该基因编码蛋白共有36处磷酸化修饰位点,蛋白结构以无规则卷曲为主,系统发育分析发现BvZAT10与菠菜和藜麦的ZAT10亲缘关系最近。BvZAT10启动子序列包含植物激素响应、光响应及抗逆相关的多种作用元件。在1、3、5 mmol/L CdCl_(2)处理下,BvZAT10及其预测调控的大部分靶基因,如金属耐受蛋白11(BVRB_2g037080)和ABCG家族成员22(BVRB_5g109050)等,均受到了镉胁迫的正向调控。【结论】推测BvZAT10可能直接或间接地在甜菜应答镉胁迫中发挥重要作用,可将其作为潜在优势抗逆基因深入开展后续研究。

关键词：甜菜镉胁迫 ZAT10 基因克隆功能预测

酿酒酵母对浓香型白酒酒醅微生物群落结构及功能的影响

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国食品学报 2024年第2期24卷 71-82页

作者：马世源李子健罗惠波孙跃鹏李津黄丹四川轻化工大学生物工程学院四川自贡643000 酿酒生物技术及应用四川省重点实验室四川自贡643000 宜宾今良造制酒有限公司四川宜宾644000

通过分析酿酒酵母对浓香型白酒酒醅微生物组成及挥发性代谢物的影响,探究其对酒醅微生物生态网络、挥发性代谢物以及微生物群落代谢功能的作用。将1株分离自浓香型白酒酒醅的酿酒酵母(Y1)扰动酒醅固态发酵过程,采用高通量测序技术和顶... 详细信息

通过分析酿酒酵母对浓香型白酒酒醅微生物组成及挥发性代谢物的影响,探究其对酒醅微生物生态网络、挥发性代谢物以及微生物群落代谢功能的作用。将1株分离自浓香型白酒酒醅的酿酒酵母(Y1)扰动酒醅固态发酵过程,采用高通量测序技术和顶空固相微萃取质谱联用技术分析微生物群落构成和挥发性代谢物组成,利用随机森林学习算法计算能够表征试验组与空白组间差异的生物标志物,基于共现性网络模型分析试验组与空白组的微生物生态网络差异,采用PLS-DA和斯皮尔曼相关性分别分析其挥发性风味物质差异、差异代谢物与生物标志物的相关性,最后通过PICRUST2功能预测以及通路富集分析微生物群落潜在功能的改变。结果表明,5种细菌和15种真菌可以作为表征酿酒酵母扰动酒醅中微生物组成的生物标志物,并且提高了微生物生态网络的复杂性;挥发性代谢物的组成发生了改变,共有18种差异代谢物,部分挥发性代谢物的含量得到提高,绝大多数生物标志物与差异代谢呈显著相关。此外,酿酒酵母的扰动效应导致微生物群落出现180个上调基因,46个下调基因,这些基因大多数与物质的代谢有关。这些结果为酿酒酵母在白酒发酵中的应用及优化酒醅发酵过程提供了试验依据。

关键词：酒醅酿酒酵母共现性网络生物扰动挥发性代谢物功能预测

园林废弃物覆盖组分及厚度对土壤细菌群落结构及功能的影响

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

环境科学学报 2024年第2期44卷 386-395页

作者：潘松史正军毛晓宁董志强袁峰均罗越深圳市中国科学院仙湖植物园深圳市南亚热带植物多样性重点实验室深圳518004 广东深圳城市森林生态系统国家定位观测研究站深圳518004 青海师范大学生命科学学院西宁810008

为探明经简易加工后的园林废弃物用于地表覆盖对土壤细菌群落结构及功能特征的影响.本研究将园林废弃物系统分为4种组分材料(草屑、树叶、枝叶、树枝)进行试验,设置3个覆盖厚度(3 cm、6 cm、9 cm),并以无覆盖的裸土为对照.利用16S rDNA... 详细信息

为探明经简易加工后的园林废弃物用于地表覆盖对土壤细菌群落结构及功能特征的影响.本研究将园林废弃物系统分为4种组分材料(草屑、树叶、枝叶、树枝)进行试验,设置3个覆盖厚度(3 cm、6 cm、9 cm),并以无覆盖的裸土为对照.利用16S rDNA高通量测序技术,分析经过21个月覆盖的土壤细菌群落结构及功能差异.研究结果显示,覆盖处理显著影响土壤细菌群落结构,但对细菌多样性无显著影响.土壤细菌优势门为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)和放线菌门(Actinobacteria).土壤细菌优势属受覆盖的影响表现不一,树枝和3 cm厚度草屑处理的优势细菌是伯克霍尔德菌属(Burkholderia),6 cm厚度草屑处理的优势细菌是Candidaius_Koribacter,对照及其余处理的优势细菌是Kaistobacter,它们均属于土壤有益细菌.冗余分析表明,土壤有机质、全氮、碱解氮、全磷、有效磷、全钾是细菌群落结构的关键影响因子.功能预测结果显示,草屑、3 cm和6 cm厚度树叶、9 cm厚度枝叶处理的二级功能层结构较对照相对稳定;树枝、9 cm厚度树叶、3 cm和6cm厚度枝叶处理提高了膜运输、辅助因子和维生素的代谢、萜类和聚酮化合物的代谢等功能基因丰度.总体而言,园林废弃物地表覆盖通过改变土壤细菌群落结构,进而调控细菌群落代谢等功能基因的表达;从生态效益出发,树枝、9 cm厚度树叶、3 cm和6 cm厚度枝叶覆盖具有提升土壤物质循环与转化能力的潜力,是园林废弃物地表覆盖应用的优势处理.

关键词：园林废弃物覆盖细菌群落高通量测序功能预测

不同颜色酱香型大曲微生物群落结构及功能比较

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

食品与发酵工业 2024年第4期50卷 260-266页

作者：黄娜张明李子健饶家权邹永芳黄丹罗惠波四川轻化工大学生物工程学院四川宜宾644000 舍得酒业股份有限公司四川射洪629000

由于固态发酵的异质性,导致酱香型大曲常常出现黑色、褐色及黄色3种不同类型大曲,为了解其质量差异,对不同颜色大曲的微生物群落结构、酶活力和挥发性风味物质进行分析,并对其进行基因功能预测。基于微生物多样性组成,利用线性判别分析... 详细信息

由于固态发酵的异质性,导致酱香型大曲常常出现黑色、褐色及黄色3种不同类型大曲,为了解其质量差异,对不同颜色大曲的微生物群落结构、酶活力和挥发性风味物质进行分析,并对其进行基因功能预测。基于微生物多样性组成,利用线性判别分析研究了3种颜色大曲微生物差异,通过PICRUSt2对其功能差异进行了预测,并基于相关性分析研究了微生物与酶活力和风味之间的关系,同时,比较了理化指标差异。结果表明,黄曲的特征微生物为嗜糖假单胞菌属(Pelomonas)、副球菌属(Paracoccus)、螯台球菌属(Chelatococcus)、嗜热真菌属(Thermomyces)和unclassified_Nectriaceae,褐曲的特征微生物为被孢霉属(Mortierella),黑曲的特征微生物为嗜热子囊菌属(Thermoascus)和镰刀菌属(Fusarium);3种颜色的大曲微生物的功能差异主要体现在碳水化合物代谢和氨基酸代谢;糖假单胞菌属、副球菌属和螯台球菌属主要影响苯甲醇、苯乙醇、苯酚和邻苯二甲醚的合成;被孢霉属与十六酸乙酯和酯化力呈正相关;嗜热子囊菌属和镰刀菌属是引起大曲高酯化力的关键微生物,黑曲的淀粉含量显著低于黄曲和褐曲,而水分、总酸和还原糖含量均高于黄曲和褐曲。该研究阐明了3种颜色大曲质量差异,其结果可为评价酱香型大曲质量提供参考。

关键词：不同颜色大曲微生物群落结构挥发性风味物质功能预测相关性分析

塔什库尔干地区传统手工乳制品中乳酸菌多样性及其功能分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

微生物学通报 2024年第3期51卷 950-969页

作者：麦日艳古·亚生李明源王继莲刘润忠努尔古丽·热合曼喀什大学生命与地理科学学院新疆帕米尔高原生物资源与生态重点实验室新疆喀什844006 新疆师范大学生命科学学院新疆特殊环境物种保护与调控生物学实验室新疆乌鲁木齐830054

【背景】传统手工制作乳制品是塔吉克族农牧地区人们最喜爱的食品,蕴含着十分丰富的乳酸菌资源,亟待开发利用。【目的】通过解析塔吉克族农牧地区传统自制乳制品中乳酸菌的多样性和功能特性,为挖掘和保护其中的微生物资源提供保障,同时... 详细信息

【背景】传统手工制作乳制品是塔吉克族农牧地区人们最喜爱的食品,蕴含着十分丰富的乳酸菌资源,亟待开发利用。【目的】通过解析塔吉克族农牧地区传统自制乳制品中乳酸菌的多样性和功能特性,为挖掘和保护其中的微生物资源提供保障,同时为评估传统奶酪的安全性提供理论基础。【方法】采用高通量测序技术对自制乳制品中细菌16S rRNA基因的V3-V4可变区进行测序分析,利用传统培养法从MRS、Lee氏和M17培养基中筛选出可培养疑似乳酸菌,经生理生化试验及16S rRNA基因序列同源性分析技术对其进行属种鉴定,解析塔县地区传统乳制品中微生物的种类及其基因功能信息。【结果】四份乳制品中共鉴定出37个细菌属65个细菌种,其中奶酪和酸奶中的优势细菌属为Lactobacillus和Streptococcus,优势乳酸菌种为瑞士乳杆菌,并且奶酪中含少许致病菌。在此基础上,利用传统培养法从MRS、M17和Lee氏培养基筛选出38株可培养疑似乳酸菌,经生理生化试验及16S rRNA基因序列同源性分析技术对其进行属种鉴定。38株疑似乳酸菌分别为3株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、1株芽孢杆菌(Bacillus luti)、1株副炭疽杆菌(Bacillus paranthracis)、9株副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)、3株霍氏肠球菌(Enterococcus hormeachei)、1株溶血性葡萄球菌(Staphylococcus heamolyticus)、1株肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)、10株假肠膜明串珠菌(Leuconostoc pseudomesenteroides)、2株肠系膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides),4株植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、1株塞内加尔醋杆菌(Acetobacter senegalensis)、1株乳肠球菌(Enterococcus durans)和1株粪肠杆菌(Enterobacter faecalis)。其中明串珠菌属(Leuconostoc)为优势菌属,其次为乳杆菌属(Lactobacillus),归类为7个属13个种。在乳酸菌的属种鉴定上,传统培养法能够更准确地将乳酸菌鉴定到种水平。从38株乳酸菌中选取代表性的11株菌进行抑菌特性试验,11株菌对大肠杆菌(Escherichia coli)和枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)均有抑制作用。奶酪微生物基因(clusters of orthologous groups of proteins COG)功能预测结果显示,奶酪中的微生物富含与氨基酸转运和代谢有关的基因。将各个样品的微生物群落组成与功能组成进行比较,发现各个样品的细菌群落组成虽存在明显差异,但其功能组成却具有高度相似性。【结论】以新疆塔县4个传统手工乳品为研究对象,采用现代分子生物学技术和常规培养技术对4种传统手工乳品进行菌种鉴定,发现其菌种组成、多样性均不高,并且有部分致病菌。这2种方法相结合能够更全面地了解奶酪中的微生物菌群结构,为实现乳品的工业生产奠定理论基础,并保护了塔吉克牧民地区微生物中丰富的资源。同时为评估乳酸菌安全性提供了理论基础。

关键词：奶酪微生物群落传统培养丰富度功能预测

挺水植物菖蒲根区沉积物细菌群落结构和功能特征分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

环境化学 2024年

作者：陶苗苗李亚楠宋海涯李维斌周晓红许小红江苏大学环境与安全工程学院江苏大学应急管理学院

挺水植物根区是湖泊等淡水生态系统物质循环最为活跃的微生态区域之一.为了进一步明确挺水植物在不同生长阶段对根区沉积物微生物的影响，本论文以挺水植物菖蒲（Acorus calamus）为研究对象，构建室外盆栽实验系统，采集实验第35、105... 详细信息

挺水植物根区是湖泊等淡水生态系统物质循环最为活跃的微生态区域之一.为了进一步明确挺水植物在不同生长阶段对根区沉积物微生物的影响，本论文以挺水植物菖蒲（Acorus calamus）为研究对象，构建室外盆栽实验系统，采集实验第35、105和175天时菖蒲根区及无植物对照系统沉积物样品，研究菖蒲生长发育对根区沉积物细菌群落及功能的影响.结果表明，菖蒲根区沉积物共检测OTUs数量11659个，无植物的沉积物样品获得OTUs数量为10337个.基于OTUs结果的分析发现，菖蒲根区沉积物Shannon、Sobs、ACE和Chao指数平均值表现为CA>CK；相比于对照组而言，菖蒲根区独有的OTUs数量略高，意味着菖蒲生长可能会丰富根区沉积物细菌的物种组成，尤其是对于细菌群落中相对丰度占比较小的物种产生显著影响；通过FAPROTAX对菖蒲根区及对照系统沉积物细菌代谢及生态功能进行注释，共得到67种细菌群落功能类型，以化能异养、需氧化能异养、发酵、固氮作用、光合自养、亚硝酸盐还原功能等类群为主，菖蒲的生长将提高氮循环功能类群的相对丰度从而对沉积物氮循环过程产生一定的影响，且这种影响将随菖蒲的不同生长阶段而有所变化.沉积物理化参数是驱动菖蒲根区细菌群落的关键因子.

关键词：菖蒲根区沉积物细菌群落功能预测

5种石灰岩特有植物根际土壤细菌群落特征与功能研究

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

热带亚热带植物学报 2024年

作者：张铭梁键明蒋庆莲姜垒吴玉芬邵彦清邵玲唐光大华南农业大学林学与风景园林学院肇庆学院生命科学学院

为了解不同石灰岩特有植物根际土壤细菌群落的共性和差异，通过16S rDNA高通量测序和生物信息学方法，以分析5种广东石灰岩特有植物大桥虎耳草(Saxifraga daqiaoensis)、癞叶秋海棠(Begonia leprosa)、淡黄报春苣苔(Primulina alutacea... 详细信息

为了解不同石灰岩特有植物根际土壤细菌群落的共性和差异，通过16S rDNA高通量测序和生物信息学方法，以分析5种广东石灰岩特有植物大桥虎耳草(Saxifraga daqiaoensis)、癞叶秋海棠(Begonia leprosa)、淡黄报春苣苔(Primulina alutacea)、多莛报春苣苔(P. polycephala)和阳山报春苣苔(P. yangshanensis)根际土细菌群落特征和功能。结果表明，5种植物根际土中共检测到细菌42门113纲250目315科498属，其中绿弯菌门(Chloroflexi)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、变形菌门(Proteobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)在5种植物根际土细菌群落中占绝对优势。速效磷、交换性钙、碱解氮、有机质、pH和全氮是影响细菌群落组成的主要因子。不同植物富集了不同的细菌类群，癞叶秋海棠的根际细菌群落结构组成与其他4种植物存在明显差异，根际细菌功能也存在差异。PICRUSt2功能预测表明5种植物根际细菌群落在新陈代谢功能方面最活跃，FAPROTAX功能预测表明化能异养型、好氧化能异养型、硝化作用型和好氧氨氧化型细菌是5种植物根际中共同的优势功能类群，对植物生长具有重要作用。这可为石灰岩特有植物引种驯化提供土壤微环境数据。

关键词：石灰岩特有植物根际细菌群落结构功能预测