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脱氧核糖核酸柔性的分子动力学模拟:Amber bsc1和bsc0力场的对比研究

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物理学报 2018年第10期67卷 226-234页

作者：熊开欣席昆鲍磊张忠良谭志杰武汉大学物理科学与技术学院武汉430072

脱氧核糖核酸(DNA)的结构柔性对DNA生物功能的实现具有重要作用,全原子分子动力学模拟是一种研究DNA结构柔性的重要方法.DNA的分子动力学力场在Amber bsc0基础上有了进一步的发展,即Amber bsc1.本文采用基于最新bsc1力场和先前bsc0力场... 详细信息

脱氧核糖核酸(DNA)的结构柔性对DNA生物功能的实现具有重要作用,全原子分子动力学模拟是一种研究DNA结构柔性的重要方法.DNA的分子动力学力场在Amber bsc0基础上有了进一步的发展,即Amber bsc1.本文采用基于最新bsc1力场和先前bsc0力场的分子动力学模拟对DNA的宏观柔性和微观柔性进行对比研究,发现力场的改进对DNA宏观柔性参量的预测有一定改善,即所预测的拉伸模量和扭转-伸缩耦合比与实验值更为接近,而弯曲持久长度和扭转持久长度两种力场结果皆与实验值一致.微观分析发现,除了滑移量稍变大,bsc1力场得到的微观结构参量如扭转角和倾斜角与实验值更为接近,且新力场下DNA宏观柔性的改善与DNA的微观结构参量及其涨落紧密相关.

关键词：脱氧核糖核酸柔性分子动力学模拟力场

适用于TATB,RDX,HMX含能材料的全原子力场的建立与验证

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物理化学学报 2014年第4期30卷 654-661页

作者：金钊刘建王丽莉曹风雷孙淮上海交通大学化学化工学院上海200240 中国工程物理研究院计算机应用研究所四川绵阳621900

报道一个适用于三种常见的含能材料分子三硝基三氨基苯(TATB),环三亚甲基三硝胺(RDX),环四亚甲基四硝胺(HMX)的全原子力场.力场采用广泛使用的力场函数形式,其中键参数通过拟合量子化学密度泛函计算的数据获得,电荷参数和范德华参数通... 详细信息

报道一个适用于三种常见的含能材料分子三硝基三氨基苯(TATB),环三亚甲基三硝胺(RDX),环四亚甲基四硝胺(HMX)的全原子力场.力场采用广泛使用的力场函数形式,其中键参数通过拟合量子化学密度泛函计算的数据获得,电荷参数和范德华参数通过拟合相应的分子晶体的物理性质(密度和升华焓)优化得到.通过计算分子和分子晶体的性质显示该力场可以用来准确地预测分子结构、分子振动频率和分子晶体的晶胞参数、密度和升华焓.进一步的验证显示该力场可用来较为准确地预测分子晶体的状态方程和机械模量.

关键词：含能材料力场分子动力学三硝基三氨基苯环三亚甲基三硝胺环四亚甲基四硝胺

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基于第一原理力场预测热力学参数的探讨

化工学报 2006年第5期57卷 1055-1063页

作者：孙淮武传杰李晓锋戴建兴上海交通大学化学化工学院上海200240

讨论用第一原理全原子力场计算热力学参数的可行性.新开发的TEAM力场,在用气、液相基本性质验证后,不加任何参数调整,直接用于计算具有代表性的几个分子液体在不同热力学状态下的密度、蒸发焓、混合焓、亨利常数、饱和蒸气压等热力学参... 详细信息

讨论用第一原理全原子力场计算热力学参数的可行性.新开发的TEAM力场,在用气、液相基本性质验证后,不加任何参数调整,直接用于计算具有代表性的几个分子液体在不同热力学状态下的密度、蒸发焓、混合焓、亨利常数、饱和蒸气压等热力学参数.初步结果表明:液体密度和蒸发焓的预测结果良好,在较大范围内可获得与实验数据相吻合的结果;而混合焓的准确预测需要纯液体内聚能的高精度模拟数据;亨利常数的计算对液体的密度极为敏感.后两种性质的计算均可用全原子力场但需要高质量的力场参数.为了采用全原子力场计算气液相平衡数据,提出了一种半经验的、基于积分Clausius Clapeyron方程的循环自洽方法计算液体的饱和蒸气压.

关键词：力场分子模拟热力学参数

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基于图像力场转换的耳廓图像识别

自动化学报 2006年第4期32卷 512-518页

作者：朱海华李雅娟宋志坚复旦大学数字医学研究中心上海200032

首先讨论了耳廓识别技术的可行性、可靠性及其特点,针对耳廓识别特点提出一种基于图像力场转换的耳廓识别方法(Force-field fisher classifier)．该方法通过力场图像转换提取耳廓图像特征后,采用Fisher线性判别分类识别,减小了光照变化... 详细信息

首先讨论了耳廓识别技术的可行性、可靠性及其特点,针对耳廓识别特点提出一种基于图像力场转换的耳廓识别方法(Force-field fisher classifier)．该方法通过力场图像转换提取耳廓图像特征后,采用Fisher线性判别分类识别,减小了光照变化对耳廓识别的影响．在我们选取的耳廓图像库上识别率达到了98.5%．

关键词：耳廓识别力场力场转换 Fisher线性判别

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高分子材料模拟中的分子力学法和力场

高分子材料科学与工程 2003年第1期19卷 10-14页

作者：王艺峰程时远王世敏陈艳军湖北大学化学与材料科学学院湖北武汉430062

比较了分子模拟中两种基本方法 :量子力学法和分子力学法。详细介绍了在高分子模拟中应用较多的分子力学法和力场。

关键词：高分子材料分子力学法力场分子模拟

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箔带轧机辊缝中力场分布规律的研究

湘潭矿业学院学报 1998年第1期13卷 48-51页

作者：王文明陈安华王红军湘潭矿业学院机械工程系

首次将箔带轧机辊系结构视为三维多体接触问题进行研究，并对轧件的塑性行为予以理想化，运用有限元法成功地求得了辊缝中力场的分布规律，计算结果与实测结果相吻合．这为箔带轧机设计、轧制工艺优化和板形控制等提供了一个高精度的分... 详细信息

首次将箔带轧机辊系结构视为三维多体接触问题进行研究，并对轧件的塑性行为予以理想化，运用有限元法成功地求得了辊缝中力场的分布规律，计算结果与实测结果相吻合．这为箔带轧机设计、轧制工艺优化和板形控制等提供了一个高精度的分析方法．图４，参５．

关键词：箔带轧机轧制力有限元力场分布规律辊缝

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分子力场发展的新趋势

化学通报 2005年第2期68卷 111-116页

作者：吉青杨小震中国科学院化学研究所高分子物理与化学国家重点实验室北京100080

分子模拟中的力场方法是用来精确计算分子结构和能量的计算方法 ,它通过原子核的位置来计算体系能量。最初的分子力场都是针对某一特定体系的 ,它们的许多参数要由观测数据拟合得到。当时要建立新的分子力场是十分困难的 ,因为实验归属... 详细信息

分子模拟中的力场方法是用来精确计算分子结构和能量的计算方法 ,它通过原子核的位置来计算体系能量。最初的分子力场都是针对某一特定体系的 ,它们的许多参数要由观测数据拟合得到。当时要建立新的分子力场是十分困难的 ,因为实验归属振动谱带需要花费大量的时间。所以此后大多数工作者都致力于发展涵盖尽可能多体系的“求全”型分子力场 ,这种趋势一直延续至今。但是随着各个学科研究的不断深入 ,所需要研究的体系越来越复杂 ,要求的精度也越来越高。在保证相当精度的条件下 ,“求全”型的分子力场要想涵盖所有需要研究的体系常常是十分困难的事情。 2 0 0 3年问世的DirectForceField软件包能够便捷的建立针对某一特定分子体系 ,并且有相当精度的分子力场。它的出现为分子力场从“求全”转为向“求精”发展提供了可能。

关键词：力场分子力分子体系振动谱原子核能量分子模拟学科研究困难特定

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力场博弈下中国政府信息公开的障碍与出路

求实 2011年第4期 64-67页

作者：蒋明敏南京信息工程大学公共管理学院江苏南京210044

政府信息公开作为现代民主制度的重要组成部分,是市场经济、政治文明和公民文化发展的内在要求。政府信息公开的实质是促使公共信息资源使用权向社会回归。在这个过程中,公开信息的动力和阻力并存,共同作用于政府,构成了一个以政府为受... 详细信息

政府信息公开作为现代民主制度的重要组成部分,是市场经济、政治文明和公民文化发展的内在要求。政府信息公开的实质是促使公共信息资源使用权向社会回归。在这个过程中,公开信息的动力和阻力并存,共同作用于政府,构成了一个以政府为受力点,动力和阻力相互博弈的力场。促进政府信息公开力场转换,必须深化体制改革,推进机制创新,强化社会监督,抑制政府的自利倾向,实现行政权力与公民权利的均衡博弈。

关键词：力场博弈政府信息公开转换

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基于结构柔韧性的MOFs材料分子模拟力场研究

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膜科学与技术 2022年第1期42卷 98-103页

作者：徐春华王秀民中国石油大学(华东)机电工程学院青岛266580 中国石油大学(华东)材料科学与工程学院青岛266580

金属-有机框架材料(Metal-Organic Frameworks,MOFs)结构柔韧性的分子模拟研究对于准确预测实验结果具有重要的指导意义.因此采用分子动力学模拟的方法研究了3种不同力场(Dreiding、UFF和UFF4MOF力场)下的不同电荷状态(无电荷、Qeq电荷... 详细信息

金属-有机框架材料(Metal-Organic Frameworks,MOFs)结构柔韧性的分子模拟研究对于准确预测实验结果具有重要的指导意义.因此采用分子动力学模拟的方法研究了3种不同力场(Dreiding、UFF和UFF4MOF力场)下的不同电荷状态(无电荷、Qeq电荷和DDEC电荷)对沸石咪唑酯骨架结构材料(Zeolitic Imidazolate Frameworks,ZIFs)柔韧性的影响,通过筛选精确的柔性力场,探究了力场对金属-有机框架材料孔径分布的影响.结果表明,在考虑ZIF-8最大自由球直径d_(f)的情况下,UFF力场下DDEC电荷分布模型精确度最高;在考虑ZIF-8最大包容球直径d_(if)的情况下,UFF力场的无电荷分布模型精确度最高.该结果为进一步研究ZIF-8的膜分离性能提供了更准确的力场,用于预测材料性能.关于两者的精确程度差异和对Zn周围的键长和键角施加限制对不同力场模型的影响规律将在后续研究中进行探讨.

关键词：金属-有机框架材料柔韧性动力学模拟力场孔径