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新型冠状病毒刺突蛋白基因型分型与抗原性聚类的关系分析

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国际生物制品学杂志 2023年第5期46卷 241-246页

作者：田欣心张璐汪萱怡裘天颐邱景璇上海理工大学健康科学与工程学院上海200093 同济大学生命科学与技术学院上海200092 复旦大学生物医学研究院上海200032 复旦大学附属中山医院实验研究中心上海200032

目的对新型冠状病毒刺突蛋白(spike,S)进行抗原性聚类与基因型聚簇的关联分析,为疫苗设计的方向提供参考。方法基于476条新型冠状病毒基因,分析S序列的氨基酸进化情况并构建系统发育树。在抗原抗体结合界面提取抗原表位并对序列进行三... 详细信息

目的对新型冠状病毒刺突蛋白(spike,S)进行抗原性聚类与基因型聚簇的关联分析,为疫苗设计的方向提供参考。方法基于476条新型冠状病毒基因,分析S序列的氨基酸进化情况并构建系统发育树。在抗原抗体结合界面提取抗原表位并对序列进行三维空间结构模拟,将提取表位与模拟结构两两配对计算抗原性距离,构建抗原相似性聚类树。通过比较毒株对应的序列系统发育树和抗原相似性聚类树,评估新型冠状病毒进化与抗原性的关系。结果新型冠状病毒的系统发育树上不同谱系的毒株分别聚在相应的分支上,其中Alpha分支与Gamma分支相距最远,序列相似度最低;同时Omicron株的BA.1到BA.5分支聚在一起,呈现出高度的序列相似性,且与野生型毒株的距离较远。抗原性的聚类表明,Omicron株的5个谱系的抗原性聚集情况与序列聚类情况不一致,并未呈现出较为明显的抗原性聚类。结论新型冠状病毒S的抗原性聚类与序列聚类情况可能并不一致,而是更倾向于抗原表位的差异。疫苗设计中,考虑抗原性位点差异特征的设计思路将会比基于家族谱系的设计思路更为有效。

关键词：新型冠状病毒刺突蛋白抗原表位抗原性位点系统发育树

表面增强拉曼光谱技术检测新型冠状病毒刺突蛋白

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强激光与粒子束 2020年第6期32卷 137-138页

作者：黄景林周民杰乐玮陈果倪爽牛高李赜宇赵宗清何智兵李波赵松楠张保汉杜凯中国工程物理研究院激光聚变研究中心四川绵阳621900

开发具有高灵敏度、高准确性的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)快速检测技术对疫情防控具有重要作用。本文利用表面增强拉曼光谱(SERS)技术对人体唾液中的痕量SARS-CoV-2病毒刺突蛋白(S蛋白)进行了检测。结果表明,含S蛋白的唾液样本与原始唾... 详细信息

开发具有高灵敏度、高准确性的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)快速检测技术对疫情防控具有重要作用。本文利用表面增强拉曼光谱(SERS)技术对人体唾液中的痕量SARS-CoV-2病毒刺突蛋白(S蛋白)进行了检测。结果表明,含S蛋白的唾液样本与原始唾液样本的拉曼光谱具有显著区别,含S蛋白的唾液样本谱图中可清晰观察到属于S蛋白的拉曼谱线。该结果为后续SERS技术在SARS-CoV-2病毒快速检测方面的应用奠定了坚实基础。

关键词：表面增强拉曼光谱新型冠状病毒刺突蛋白快速检测

SARS冠状病毒刺突蛋白在裂殖酵母中的表达

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生物工程学报 2005年第4期21卷 638-641页

作者：吴朝霞郑文岭张宝师永霞马文丽华南理工大学生物科学与工程学院华南基因组研究中心广州510860

根据SARS冠状病毒S蛋白主要抗原表位的分析,将S蛋白基因扩增成大小为800bp^1000bp的5个片段,分别与裂殖酵母载体pNMT1连接,经电穿孔转化TCP1菌株,得到诱导表达5个片段的裂殖酵母菌株。对诱导表达产物进行SDS-PAGE和Westernblot分析表明,... 详细信息

根据SARS冠状病毒S蛋白主要抗原表位的分析,将S蛋白基因扩增成大小为800bp^1000bp的5个片段,分别与裂殖酵母载体pNMT1连接,经电穿孔转化TCP1菌株,得到诱导表达5个片段的裂殖酵母菌株。对诱导表达产物进行SDS-PAGE和Westernblot分析表明,S基因5个片段在裂殖酵母中分别得到不同程度的表达,为进一步研究新一代SARS疫苗提供了材料。

关键词： SARS 刺突蛋白裂殖酵母表达

新型冠状病毒刺突蛋白对单核巨噬细胞分泌炎症因子的影响

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新发传染病电子杂志 2023年第3期8卷 34-38页

作者：丁芳江平李力张鑫戴二黑闫会敏石家庄市第五医院临床医学研究所河北石家庄050021

目的探讨SARS-CoV-2对单核巨噬细胞分泌炎症因子的作用及机制。方法纳入石家庄市第五医院2020年1月21日至2月10日以及2021年1月3日至1月7日住院的COVID-19确诊患者(病例组)与健康对照者(对照组)各53例,收集病例资料与血常规检测结果... 详细信息

目的探讨SARS-CoV-2对单核巨噬细胞分泌炎症因子的作用及机制。方法纳入石家庄市第五医院2020年1月21日至2月10日以及2021年1月3日至1月7日住院的COVID-19确诊患者(病例组)与健康对照者(对照组)各53例,收集病例资料与血常规检测结果。采用SARS-CoV-2刺突蛋白刺激单核巨噬细胞,细胞增殖-毒性检测细胞活力,荧光定量PCR法检测炎症因子IL-6、IL-1β和CCL2与信号通路分子JAK1、STAT1和NF-κB的表达。结果 COVID-19患者的单核细胞比值与中性粒细胞比值高于对照组,而淋巴细胞比值、淋巴细胞计数、嗜酸性粒细胞比值、嗜酸性粒细胞计数与红细胞压积低于对照组。SARS-CoV-2刺突蛋白刺激单核巨噬细胞后,在100ng/ml与300ng/ml的浓度下细胞活力高于对照组(P=0.046),在浓度为500ng/ml时IL-6、IL-1β与CCL2的mRNA表达含量最高(P刺激下,NF-κB表达增高(P刺突蛋白可能通过JAK1/STAT1信号通路促进单核巨噬细胞分泌炎症因子,在细胞因子风暴中发挥作用。

关键词：新型冠状病毒刺突蛋白单核巨噬细胞炎症因子细胞因子风暴信号通路

严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒刺突蛋白基因片段的表达及其初步应用

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病毒学报 2003年第3期19卷 267-268页

作者：伊瑶段淑敏张明程周永东高阳杨焕明董小平毕胜利中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京100052 广州市疾病预防控制中心广州510080 中国科学院华大基因研究中心北京100101

SARS virus spike gene fra gment was expressed by Ecoli expr ession systemThe fragment enclose s major neutralization epitope of the virusThe expressed protein wa s purified and an ELISA method was set upBy using the recombinant,tw elve patients’ sera were detected The recombinant SARS coronavirus s pike protein offers an efficient wa y for serological diagnosis and is useful for epidemiological survey and vaccin e

关键词：严重急性呼吸综合征 SARS 冠状病毒刺突蛋白基因片段表达

两种表达系统来源新冠病毒RBD蛋白免疫小鼠后的IgG抗体水平对比研究

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中国生物化学与分子生物学报 2022年第8期38卷 1053-1061页

作者：胡立强苏涛张勇杨浩陶怡然陶泽四川大学华西医院卫健委移植工程与移植免疫重点实验室成都610041 四川大学华西医院华西-加州预测干预医学研究中心成都610041

当前新冠肺炎疫情仍在全球蔓延,给中国及世界的公共卫生安全和经济发展带来了严峻挑战。SARS-CoV-2病毒入侵机体的关键过程是刺突蛋白受体结合域RBD通过结合宿主细胞ACE2受体实现感染,而此过程与病原快速检测、疫苗以及药物干预等主要... 详细信息

当前新冠肺炎疫情仍在全球蔓延,给中国及世界的公共卫生安全和经济发展带来了严峻挑战。SARS-CoV-2病毒入侵机体的关键过程是刺突蛋白受体结合域RBD通过结合宿主细胞ACE2受体实现感染,而此过程与病原快速检测、疫苗以及药物干预等主要抗病毒策略的研究与开发密切相关。因此,本研究旨在比较哺乳细胞和昆虫细胞重组表达来源的新冠病毒刺突蛋白受体结合结构域RBD免疫小鼠后产生IgG抗体水平的变化,评估不同来源和不同剂量抗原的抗体滴度水平和持续时间,希望将有助于疫苗、药物以及病原检测等相关研究。通过SDS-PAGE和质谱技术鉴定出昆虫和哺乳动物细胞表达系统制备的bRBD和hRBD蛋白质的分子量略有差异,主要为糖基化修饰不同所致;流式细胞术检测发现,bRBD和hRBD与ACE2受体过表达细胞结合率分别为88.5%和92.7%,表明二者均具有较好的活性;利用Quick Antibody免疫佐剂通过肌肉注射对Balb/c小鼠进行免疫接种,设置10μg、20μg 2个免疫抗原的剂量,共接种2次,并在初次免疫后第2、4、6、8、12、24周从尾部取血,分离获得血清;酶联免疫吸附结果显示,10μg和20μg的bRBD和hRBD蛋白质免疫均能够快速引起小鼠的免疫反应产生IgG抗体,4~6周抗体滴度达到峰值;2种抗原均具有良好的免疫持久性。2种抗原及2个免疫剂量诱导小鼠产生的抗体滴度无明显差异;血清抗体中和试验发现,bRBD和hRBD蛋白质免疫小鼠后产生的特异性抗体,均能够抑制SARS-COV-2 Spike假病毒对ACE2阳性细胞的感染。这些结果表明,昆虫细胞和哺乳动物细胞表达系统生产的RBD蛋白,通过良好的佐剂接种均能快速引起机体有效的体液免疫应答,产生特异性中和抗体,有望用于各种RBD突变体抗体的制备。

关键词：新型冠状病毒刺突蛋白受体结合区蛋白抗体疫苗

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中东呼吸综合征冠状病毒刺突蛋白特征分析

中国病原生物学杂志 2016年第2期11卷 116-121页

作者：王国戗王小方汪磊潘亚晶张磊仲华张华丽范艳茹武艳伟林志强新乡医学院第一附属医院检验科河南新乡453100

目的研究中东呼吸综合症病毒刺突蛋白的流行特点。方法从美国生物信息中心（NCBI）下载2012年以来流行的中东呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序列,通过生物信息学手段（多序列比对和蛋白进化树）分析中东呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序... 详细信息

目的研究中东呼吸综合症病毒刺突蛋白的流行特点。方法从美国生物信息中心（NCBI）下载2012年以来流行的中东呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序列,通过生物信息学手段（多序列比对和蛋白进化树）分析中东呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序列的流行特征。结果 1）2012年以来中东呼吸综合症病毒流行以来刺突蛋白氨基酸序列呈现出一定的地域性特点,其中来自法国的人源刺突蛋白序列之间的同源性为99.70%~100%,来自阿拉伯联合酋长国的刺突蛋白序列之间的同源性为99.63%~100%,来自2014年阿拉伯联合酋长国的刺突蛋白序列在同一进化树分枝上。2）来自沙特阿拉伯的人源刺突蛋白序列未表现出时间上的差异,2013、2014和2015年分离株刺突蛋白的同源性为99.63%~100%,但是来自沙特阿拉伯的刺突蛋白与来自法国和阿拉伯联合酋长国的刺突蛋白区别明显;在进化树上,来自沙特阿拉伯的呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序列并没有完全聚在相同的进化分枝上,而是分散在相对集中的不同分枝上。3）2014年3、5、6月来自美国的3条刺突蛋白序列之间的同源性为99.70%~99.85%低于和来自沙特阿拉伯的人源刺突蛋白之间的同源性（99.70%~100%）。4）不同宿主间来源株的刺突蛋白序列之间无明显区别,其中单峰驼来源的刺突蛋白序列间的同源性为98.15%~100%,其与人源刺突蛋白序列之间的同源性为99.56%~100%,单峰驼源的刺突蛋白序列在进化树上分散在沙特阿拉伯人源刺突蛋白分枝上。5）英格兰分离株刺突蛋白之间的同源性为99.70%~99.93%,低于和分离较晚的几条源于沙特阿拉伯的人源刺突蛋白之间的同源性（100%）,而与分离较早的来自沙特阿拉伯的刺突蛋白氨基酸序列（Seq36,Seq51）的同源性较低（99.78%~99.93%）,且分散在不同的分枝上。6）来源于韩国分离株的一刺突蛋白与其他刺突蛋白之间的同源性最高为99.78%,处于单独分支上。7）来自中国分离株的刺突蛋白序列与来自英格兰以及沙特阿拉伯部分人源刺突蛋白序列同源性为100%。结论地区间中东呼吸综合症病毒刺突蛋白的同源性很高,达98.15%~100%,说明刺突蛋白氨基酸序列非常保守。本次流行的中东呼吸综合症冠状病毒在同一地域内有多种不同的病毒株流行,多地可能同时存在中东呼吸综合症流行,也同时存在地区间输入性快速传播;同一地区不同年份病毒的刺突蛋白变异不明显,不同宿主间的病毒刺突蛋白序列无显著差别。

关键词：中东呼吸综合征冠状病毒刺突蛋白氨基酸序列进化树

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新冠病毒刺突蛋白B细胞线性表位发掘

重庆理工大学学报（自然科学） 2021年第1期35卷 230-235页

作者：简春利汪佳琪张露瑶余瑛廖飞重庆理工大学药学与生物工程学院重庆400054

目的:发掘2019新冠病毒刺突蛋白中适合抗体识别的B细胞线性表位。方法:据GenBank记录的新冠病毒刺突蛋白S区氨基酸序列,在线工具预测候选线性表位,用SwissModel同源建模定性筛选位于表面的候选线性表位,再用Emini、Karplus-Schulz法定... 详细信息

目的:发掘2019新冠病毒刺突蛋白中适合抗体识别的B细胞线性表位。方法:据GenBank记录的新冠病毒刺突蛋白S区氨基酸序列,在线工具预测候选线性表位,用SwissModel同源建模定性筛选位于表面的候选线性表位,再用Emini、Karplus-Schulz法定量比较候选线性表位空间可及性以及柔韧性,用BLASTp搜索NCBI数据库判断候选线性表位特异性,最后再据在线预测和文献报道糖基化位点排除有较大空间位阻的位点。结果:发现以QLPP和RARS为代表适合抗体识别的线性表位。结论:对新发突发病毒传染病,发掘病毒关键蛋白抗原表面适合抗体识别的线性表位,为应急研发抗体阻断病毒感染及免疫检测病毒特异抗原提供参考。

关键词： 2019新冠病毒刺突蛋白同源建模线性表位糖基化位点

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SARS冠状病毒刺突蛋白的研究进展

免疫学杂志 2005年第B6期21卷 74-76,81页

作者：梅亚波车小燕第一军医大学珠江医院中心实验室广州510282

SARS冠状病毒S蛋白是病毒颗粒最大的结构蛋白和最重要的表面抗原。该蛋白在介导病毒颗粒与宿主细胞受体结合、融合的过程中起着关键作用。它是病毒中和性抗体的靶点,在疫苗研究和抗病毒治疗研究中均占有重要地位。本文就SARS流行以来有... 详细信息

SARS冠状病毒S蛋白是病毒颗粒最大的结构蛋白和最重要的表面抗原。该蛋白在介导病毒颗粒与宿主细胞受体结合、融合的过程中起着关键作用。它是病毒中和性抗体的靶点,在疫苗研究和抗病毒治疗研究中均占有重要地位。本文就SARS流行以来有关S蛋白的研究作一综述。

关键词： SARS冠状病毒刺突蛋白受体结合表位治疗