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山姜属物种的ITS序列分析和分子鉴别

时珍国医国药 2017年第6期28卷 1367-1369页

作者：黄琼林马新业詹若挺陈蔚文广东医科大学广东湛江524023 广州中医药大学中药资源科学与工程研究中心岭南中药资源教育部重点实验室国家中成药工程技术研究中心南药研发实验室广东广州510006

目的采用ITS序列对山姜属物种进行分子鉴别。方法通过PCR扩增测序或Genbank下载获取山姜属物种的ITS序列,采用DNAMAN软件对所有序列进行序列校正,使用Clustal X软件进行序列多重比对,运用MEGA 4.0软件计算遗传距离和构建系统发育树。结... 详细信息

目的采用ITS序列对山姜属物种进行分子鉴别。方法通过PCR扩增测序或Genbank下载获取山姜属物种的ITS序列,采用DNAMAN软件对所有序列进行序列校正,使用Clustal X软件进行序列多重比对,运用MEGA 4.0软件计算遗传距离和构建系统发育树。结果山姜属24个物种43条序列比对后序列为509 bp,变异位点共122个。高良姜等19个物种的种间遗传距离大于其种内遗传距离,具有明显的条形码间距,可与其他物种区别;疏花山姜等5个物种种间遗传距离小于或等于种内距离,不能完全被鉴别开来。系统聚类树显示,大多数山姜属物种各自聚成一分支,单系性较好。结论 ITS序列对24个山姜属物种具有良好的鉴别能力,为该属物种鉴定研究提供了分子依据。

关键词：山姜属 ITS 序列分析分子鉴别

保健食品铁皮石斛及其混淆品的分子鉴别及亲缘关系分析

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食品科学 2011年第2期32卷 141-145页

作者：丁鸽张代臻张伟超丁小余盐城工学院化学与生物工程学院江苏盐城224003 南京师范大学生命科学学院江苏南京210046 江苏省滩涂生物资源与环境保护重点建设实验室江苏盐城224002 环境保护部南京环境科学研究所江苏南京210042

目的:寻找简易且重复性高的分子标记方法对保健食品铁皮石斛及其混淆品进行分子鉴别并对其亲缘关系进行分析。方法:对铁皮石斛及其混淆品的matK基因进行扩增、测序并进行序列分析,寻找其中存在的单核苷酸多态性(SNP)位点并根据SNP位点... 详细信息

目的:寻找简易且重复性高的分子标记方法对保健食品铁皮石斛及其混淆品进行分子鉴别并对其亲缘关系进行分析。方法:对铁皮石斛及其混淆品的matK基因进行扩增、测序并进行序列分析,寻找其中存在的单核苷酸多态性(SNP)位点并根据SNP位点设计特异性鉴别引物;运用Mega3.0等软件进行遗传关系分析。结果:根据matK基因序列中存在的SNP位点及特异性鉴别引物,可将铁皮石斛与其混淆品成功分开;各样品之间存在较大的遗传差异。结论:SNP位点及特异性鉴别引物可对保健食品铁皮石斛及其混淆品进行快速、简便的鉴别,通过matK基因可以分析正品与混淆品之间的亲缘关系。

关键词：铁皮石斛 matK基因单核苷酸多态性位点特异性聚合酶链式反应(PCR) 分子鉴别

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10个加工番茄品种的分子鉴别

西北农业学报 2005年第1期14卷 17-22页

作者：于拴仓柴敏姜立纲国家蔬菜系统工程技术研究中心北京100089

采用 RAPD、RGA和 SRAP分子标记技术对 1 0个加工番茄品种进行了分子鉴别的研究。 1 2个RAPD随机引物扩增后共产生了 2 3个多态性位点 ;2对 RGA引物产生了 1 1个多态性位点 ;1对 SRAP引物产生了 7个多态性位点。分析单引物的品种鉴别能... 详细信息

采用 RAPD、RGA和 SRAP分子标记技术对 1 0个加工番茄品种进行了分子鉴别的研究。 1 2个RAPD随机引物扩增后共产生了 2 3个多态性位点 ;2对 RGA引物产生了 1 1个多态性位点 ;1对 SRAP引物产生了 7个多态性位点。分析单引物的品种鉴别能力发现 ,RGA和 SRAP标记具有较高的鉴别效率。通过双引物组合分析发现 ,双引物组合 S391和 em1 + me1或 PK1 + PK2和 em1 + me1可用于 1 0个加工番茄品种的分子鉴别。

关键词：加工番茄品种鉴别引物分子鉴别 RAPD 多态性位点分子标记技术扩增发现 PK

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主要樱桃番茄品种的分子鉴别

华北农学报 2005年第5期20卷 42-46页

作者：于拴仓柴敏姜立纲国家蔬菜工程技术研究中心北京100089

采用RAPD、RGA和SRAP分子标记技术对10个主要樱桃番茄品种进行了分子鉴别的研究。14个RAPD随机引物扩增后共产生了29个多态性位点;1对RGA引物产生了10个多态性位点;1对SRAP引物产生了5个多态性位点。分析单引物的品种鉴别能力发现,RGA和... 详细信息

采用RAPD、RGA和SRAP分子标记技术对10个主要樱桃番茄品种进行了分子鉴别的研究。14个RAPD随机引物扩增后共产生了29个多态性位点;1对RGA引物产生了10个多态性位点;1对SRAP引物产生了5个多态性位点。分析单引物的品种鉴别能力发现,RGA和SRAP标记具有较高的鉴别效率。通过双引物组合分析发现,利用RAPD引物S311和RGA引物组PK1+PK2可以将10个樱桃番茄品种区分开来,获得了各品种独特的核酸指纹。另外,在标记位点较多的情况下聚类结果基本上可以反映各品种之间生物学性状的相似性及亲缘关系的远近,但当标记位点数过少情况下,在一定程度上将使聚类结果失去本意。

关键词：樱桃番茄分子鉴别 RAPD RGA SRAP

保健食品建泽泻及其混淆品的PCR-RFLP分子鉴别

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食品科学 2007年第2期28卷 177-181页

作者：褚必海丁小余李雪霞贺佳丁鸽刘冬扬南京师范大学生命科学学院江苏南京210097

目的:寻找简易可重复的分子标记方法对保健食品建泽泻及其混淆品进行鉴定。方法:对建泽泻及其混淆品的rDNA ITS区进行PCR扩增、测序,运用ClustalX、Mega3.0、DNAMAN 4.0等软件对ITS区进行序列分析和PCR限制性酶切图谱分析(PCR-RFLP)。结... 详细信息

目的:寻找简易可重复的分子标记方法对保健食品建泽泻及其混淆品进行鉴定。方法:对建泽泻及其混淆品的rDNA ITS区进行PCR扩增、测序,运用ClustalX、Mega3.0、DNAMAN 4.0等软件对ITS区进行序列分析和PCR限制性酶切图谱分析(PCR-RFLP)。结果:依据建泽泻及其混品完整的rDNA ITS区片段长度,将慈菇和甘薯两种混淆品首先区分开;再通过PCR-RFLP分析,可将建泽泻从川泽泻、窄叶泽泻、小泽泻和芋等混淆品中成功鉴别出来。结论:rDNA ITS片段长度不足以用于鉴别保健食品建泽泻原料的真伪;PCR-RFLP可对保健食品建泽泻及其混淆品进行简便而快捷的分子鉴别。

关键词：建泽泻保健食品混淆品 PCR-RFLP 分子鉴别

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基于SRAP的赣南油茶良种分子鉴别研究

中南林业科技大学学报 2012年第3期32卷 147-151页

作者：韩欣张党权王志平宋志丹谷振军王金路邝先松田晔林中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林业生物技术湖南省重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学长沙市经济林工程技术研究中心湖南长沙410004 抚州市林业科学研究所江西抚州344000 赣州市林业科学研究所江西赣州341000 北京农学院园林学院北京102206

油茶是我国南方的主要木本食用油料树种,赣南油茶良种是我国重要的油茶资源组成部分。利用SRAP(序列相关扩增多态性)标记技术,对我国油茶良种分子鉴别进行探索性研究。以14个赣南油茶良种为对象,提取叶片基因组DNA作为模板,筛选出稳定... 详细信息

油茶是我国南方的主要木本食用油料树种,赣南油茶良种是我国重要的油茶资源组成部分。利用SRAP(序列相关扩增多态性)标记技术,对我国油茶良种分子鉴别进行探索性研究。以14个赣南油茶良种为对象,提取叶片基因组DNA作为模板,筛选出稳定性高的引物组合;采用SRAP-PCR的优化反应体系,对获得的清晰可重复的条带进行{0,1}数据转换,并根据SRAP的谱带特征建立了赣南油茶良种的分子鉴别体系,为油茶良种的分子鉴定提供了理论依据和技术基础。

关键词：赣南油茶分子鉴别 SRAP 良种

山药原植物薯蓣及其近缘种的分子鉴别和亲缘关系研究

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南京农业大学学报 2007年第2期30卷 55-59页

作者：郑玉红夏冰杭悦宇王筱璐周义峰吴宝成南京农业大学生命科学学院江苏南京210095 江苏省中国科学院植物研究所/南京中山植物园江苏南京210014

采用CTAB法提取总DNA,应用PCR产物直接测序法,测定了山药原植物薯蓣及其近缘种共10个种和1个变种的trnL-F和rbcL序列。序列分析结果表明:薯蓣及其近缘种trnL-F序列长689-834 bp,当空位始终作缺失处理时,有变异位点67个,其中信息位点11个... 详细信息

采用CTAB法提取总DNA,应用PCR产物直接测序法,测定了山药原植物薯蓣及其近缘种共10个种和1个变种的trnL-F和rbcL序列。序列分析结果表明:薯蓣及其近缘种trnL-F序列长689-834 bp,当空位始终作缺失处理时,有变异位点67个,其中信息位点11个,占序列总长度的1.43%;种间碱基差异百分率为1.6%,其中转换率为0.6%,颠换率为1.0%;序列的G+C含量为32.5%。薯蓣及其近缘种rbcL序列长1 096-1 160 bp,存在变异位点42个,其中信息位点10个,占序列总长度的0.93%;种间碱基差异百分率为0.6%,其中转换率为0.3%,颠换率为0.3%;序列G+C含量为44.1%。基于2个序列分别重建了薯蓣及其近缘种的系统发育树。结果表明2个系统树的结构基本一致,均支持经典分类方法对薯蓣及其近缘种的亲缘关系的划分。同时,本研究也证实叶绿体基因组序列测定是鉴定山药原植物薯蓣及其近缘种的快速、可靠、有效的方法。

关键词：薯蓣 trnL-F rbcL 分子鉴别亲缘关系近缘种山药原植物

ISSR在茶树品种分子鉴别和亲缘关系研究中的适用性分析

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茶叶科学 2005年第2期25卷 153-157页

作者：姚明哲黄海涛余继忠陈亮中国农业科学院茶叶研究所浙江杭州310008 杭州市农业科学院茶叶研究所浙江杭州310024

ISSR是最近发展的一种基于PCR技术的分子标记,已在植物种质鉴别和遗传多样性分析等方面得到广泛应用。本文对其在茶树品种分子鉴别和亲缘关系的适用性进行分析,利用筛选出的8个ISSR引物对六个茶树品种的基因组DNA进行扩增,共扩增出99条... 详细信息

ISSR是最近发展的一种基于PCR技术的分子标记,已在植物种质鉴别和遗传多样性分析等方面得到广泛应用。本文对其在茶树品种分子鉴别和亲缘关系的适用性进行分析,利用筛选出的8个ISSR引物对六个茶树品种的基因组DNA进行扩增,共扩增出99条带,多态性平均为79.6%。由两个ISSR引物TRI22和TRI30扩增的指纹图谱可清楚区分六个不同品种,利用特殊ISSR标记的存在或缺失以及不同标记组合也可以鉴别不同品种。根据Nei-Li系数将六个品种聚为两类,茂绿、翠峰、青峰、迎霜和劲峰五个品种聚为一类,龙井43单独聚成一类,聚类分析证实了它们的亲缘关系。结果显示,ISSR作为一种信息量高、重演性好的分子标记,应用于茶树品种鉴别和亲缘关系分析是非常有效的。

关键词：茶树品种 ISSR 分子鉴别亲缘关系

鸡白痢和鸡伤寒沙门氏菌的PCR-RFLP分子鉴别

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扬州大学学报（农业与生命科学版） 2005年第1期26卷 1-4,29页

作者：徐耀辉焦新安胡青海焦凤超曾显营潘志明黄金林扬州大学生物科学与技术学院江苏扬州225009

根据鸡白痢沙门氏菌和鸡伤寒沙门氏菌fliC基因可变区两端的保守序列设计1对引物,PCR扩增出约600bp的产物,用Hin6I对PCR产物进行酶切,经RFLP分析区分鸡白痢沙门氏菌、鸡伤寒沙门氏菌的生物型。利用该技术对6株鸡白痢沙门氏菌标准株及2株... 详细信息

根据鸡白痢沙门氏菌和鸡伤寒沙门氏菌fliC基因可变区两端的保守序列设计1对引物,PCR扩增出约600bp的产物,用Hin6I对PCR产物进行酶切,经RFLP分析区分鸡白痢沙门氏菌、鸡伤寒沙门氏菌的生物型。利用该技术对6株鸡白痢沙门氏菌标准株及2株鸡伤寒沙门氏菌标准株进行分子鉴别,得到的结果与预计的RFLP模式相符,证明该方法可行。在此基础上对我国不同地区、不同年代的191株鸡沙门氏菌进行分子鉴别,191株中有185株分离株符合鸡白痢沙门氏菌的RFLP模式,6株分离株符合鸡伤寒沙门氏菌的RFLP模式,其中有176株PCR-RFLP鉴定结果与生化特性符合率达100%,另有15株根据生化特性不能鉴别。

关键词：鸡白痢沙门氏菌鸡伤寒沙门氏菌 PCR—RFLP flic基因分子鉴别