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利用SSR荧光标记构建山楂种质分子身份证

园艺学报 2024年第6期51卷 1227-1240页

作者：秦宇郭荣琨农惠兰王燕崔凯董宁光中国林业科学研究院高原林业研究所昆明650223 南京林业大学林学院南京210037 北京市农林科学院林业果树研究所北京市落叶果树工程技术研究中心农业农村部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室北京100093

以91份山楂种质资源为材料,使用SSR标记对其进行分子身份证构建,并进行遗传多样性分析。从山楂基因组数据库中开发并设计了96对引物,筛选出了12对多态性好的引物,利用SSR荧光标记毛细管电泳技术检测扩增条带的分子量,并分析参试样品的... 详细信息

以91份山楂种质资源为材料,使用SSR标记对其进行分子身份证构建,并进行遗传多样性分析。从山楂基因组数据库中开发并设计了96对引物,筛选出了12对多态性好的引物,利用SSR荧光标记毛细管电泳技术检测扩增条带的分子量,并分析参试样品的扩增带型。采用数字与字母组合的方式,依据12对引物的多态性信息含量由高到低排列引物扩增结果,生成各材料的指纹编码。基于非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)对91份山楂资源进行聚类分析。结果表明,12对SSR引物从91个山楂种质资源样品中共扩增到67个等位基因,其平均等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度分别为5.583、2.730、0.490、0.593,Shannon’s信息指数平均值为1.195,多态性信息含量介于0.300~0.715之间,平均为0.551。91份山楂资源的遗传相似系数范围为0.25~0.98,平均值为0.529,在遗传相似系数0.46处时可分为5大类群。根据引物的多态性信息含量高低选择引物组合,构建了山楂种质区分需要的最少引物组合。

关键词：山楂种质资源 SSR荧光标记分子身份证

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基于表型性状和SSR标记的半夏遗传多样性分析及分子身份证构建

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中国实验方剂学杂志 2024年第5期30卷 134-142页

作者：许祎珂李爽寇佩雯刘长乐孙晓春黄文静陕西中医药大学陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心秦药特色资源研究开发国家重点实验室(培育)陕西咸阳712083

目的:研究半夏种质间遗传多样性,解析种质间的亲缘关系,为半夏种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。方法:该研究以27份半夏作为实验材料,测定其株高、叶长、叶宽等7个表型性状,并基于半夏转录组数据开发设计简单重复序列(SSR)引物,... 详细信息

目的:研究半夏种质间遗传多样性,解析种质间的亲缘关系,为半夏种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。方法:该研究以27份半夏作为实验材料,测定其株高、叶长、叶宽等7个表型性状,并基于半夏转录组数据开发设计简单重复序列(SSR)引物,对27份半夏进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,利用POPGENE32、PowerMarker V3.25和NTSYS-PC 2.10e软件对半夏种质进行遗传多样性分析。结果:共筛选出10对具有高度多态性的引物(PIC>0.5),4对中度多态性的引物(0.25分子身份证,实现了对每个地区半夏的快速鉴别。结论:研究结果可为后续半夏的遗传多样性和居群结构研究奠定基础,并为半夏种质资源的鉴定、图谱构建和分子辅助育种提供科学依据。

关键词：半夏简单重复序列(SSR)分子标记遗传多样性分子身份证

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新疆石榴表型性状分析及分子身份证构建

江苏农业学报 2024年第6期40卷 1098-1110页

作者：盛秀丽周茜马刘峰方志刚陈芸喀什大学生命与地理科学学院/新疆帕米尔高原生物资源与生态重点实验室

为快速鉴别石榴种质资源，解决石榴“同名异物”、“同物异名”现象，促进新疆石榴产业的发展，本研究在采集新疆石榴主产区24份种质的基础上，分析新疆石榴种质叶片及果实表型性状的变异特征，选择多态性较好的18条引物对石榴种质进行... 详细信息

为快速鉴别石榴种质资源，解决石榴“同名异物”、“同物异名”现象，促进新疆石榴产业的发展，本研究在采集新疆石榴主产区24份种质的基础上，分析新疆石榴种质叶片及果实表型性状的变异特征，选择多态性较好的18条引物对石榴种质进行遗传多样性分析及亲缘关系鉴定，并从中选出可将24份石榴种质鉴别出来的核心引物构建新疆石榴的分子身份证。结果表明：新疆石榴的果实、叶片形状变异较大，遗传多样性较为丰富，但仅从表型性状很难将石榴种质进行精准鉴别。18条引物共扩增出240条条带，其中多态性条带199条，占比为82.92%。24份种质的平均等位基因数为1.812 5,有效等位基因数为1.287 0,Nei’s基因多样性指数为0.177 0,Shannon’s多样性指数为0.282 0;和田地区石榴种质的Nei’s基因多样性指数及Shannon’s多样性指数高于喀什地区石榴种质。在遗传相似系数为0.85时，24份石榴种质被分为6大类群，且石榴的分类结果与果实风味和地理位置的关联性不大。5条核心引物UBC73、UBC880、UBC810、UBC841、UBC35可实现24份石榴种质的鉴别，以其扩增的电泳图谱所构建的新疆石榴的分子身份证也互不相同，表明24份种质不存在“同名异物”、“同物异名”现象。本研究结果为石榴种质鉴定提供了一种新方法。

关键词：石榴遗传多样性表型性状分子身份证

基于表型性状和SNP标记构建桂花主要品种资源的分子身份证

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南京林业大学学报（自然科学版） 2024年第4期48卷 12-24页

作者：王一涵刘姣姣金沛权李书情魏建芬郭朋尚富德河南农业大学生命科学学院河南省桂花种质创新与资源利用工程研究中心河南郑州450046 杭州桂花国家种质资源库浙江杭州310020

【目的】筛选核心单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,建立基于KASP平台的桂花(Osmanthus fragrans)品种基因型快速检测方法,构建品种特异性分子身份证,为桂花品种鉴定、溯源、知识产权保护等提供理论基础。【方... 详细信息

【目的】筛选核心单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,建立基于KASP平台的桂花(Osmanthus fragrans)品种基因型快速检测方法,构建品种特异性分子身份证,为桂花品种鉴定、溯源、知识产权保护等提供理论基础。【方法】实地调查主流桂花栽培品种的重要表型特征。通过两轮严格筛选,从基因组SNP中保留一组能够完全鉴别测序品种的最优SNP标记,计算SNP位点的多态信息含量(PIC)、期望杂合度(He)等信息。以‘日香桂’(‘Rixianggui’)基因组为参考,设计桂花特异性KASP引物并进行批量扩增,根据基因分型结果建立品种指纹图谱,评估核心SNP标记的品种鉴别力。结合品种表型信息码和品种分子指纹码构建桂花品种资源的分子身份证。【结果】筛选出14个能够完全鉴别测序品种的核心SNP位点。各位点PIC值的变化范围为0.246~0.375,平均值为0.335;He的变化范围为0.288~0.500,平均值为0.431。针对核心位点设计的KASP引物基因分型准确。根据扩增结果构建DNA指纹图谱,可区分全部包括未测序品种在内的90个参试品种。对品种表型特征赋值,结合指纹码构建由34位数字组成的桂花品种资源分子身份证。【结论】确定了SNP1—SNP14共14个核心SNP位点,能够实现至少90个桂花品种的有效鉴别。结合品种群类型、表型特征和分子指纹码构建了90个桂花品种的唯一分子身份证,并生成对应的条形码和二维码。

关键词：桂花品种鉴别单核苷酸多态性表型性状分子身份证

菜豆EST-SSR分子标记开发及部分种质分子身份证构建

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西南大学学报（自然科学版） 2024年第6期46卷 63-73页

作者：付阳云文晓鹏贵州大学农业生物工程研究院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵阳550025

为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通... 详细信息

为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通过MISA软件,在菜豆转录组数据85276条非冗余序列中,共挖掘出11649个EST-SSR位点.菜豆转录组SSR标记主要重复单元为1~3个碱基,其中单碱基为主要类型,占总量的56.7%;其次是三碱基重复,占总量的21.1%.从128对EST-SSR引物中筛选出18对多态性高、重复性好的引物进行PCR扩增.供试种质的多态性信息量(PIC)为0.50~0.95,平均为0.88;遗传相似性系数为0.15~0.65,以0.35为阈值可将81份种质分为3大类,其中贵州种质主要分布于第Ⅰ,Ⅲ类,而省外品种仅分布在第Ⅱ类.利用核心引物TDc9和TDc66可以有效区分81份菜豆种质,并构建其分子身份证.研究开发的EST-SSR标记系统,可用于菜豆种质的鉴定及亲缘关系分析.

关键词：菜豆转录组分子标记开发 EST-SSR标记分子身份证

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钻喙兰属种质资源鉴评与分子身份证构建

热带作物学报 2024年第7期45卷 1359-1366页

作者：肖文芳李佐陈和明吕复兵广东省农业科学院环境园艺研究所/广东省园林花卉种质创新综合利用重点实验室广东广州510640

钻喙兰属为兰科的一类附生型兰花,具有较高的观赏价值和经济价值。本研究基于前期收集的钻喙兰属3个常见种的10份不同种质资源,采用荧光标记毛细管电泳进行等位变异检测,筛选出21对SSR多态性引物,其中13对引物位点呈高多态性,共扩增出4... 详细信息

钻喙兰属为兰科的一类附生型兰花,具有较高的观赏价值和经济价值。本研究基于前期收集的钻喙兰属3个常见种的10份不同种质资源,采用荧光标记毛细管电泳进行等位变异检测,筛选出21对SSR多态性引物,其中13对引物位点呈高多态性,共扩增出47个等位基因,平均观测等位基因数(N_(a))为2.238,平均有效等位基因数(N_(e))为1.860。21个位点的观测杂合度(H_(o))为0~0.778,均值为0.421,期望杂合度(H_(e))为0.148~0.574,均值仅0.340,Shannon指数(I)为0.096~0.987,均值为0.567。10份种质的聚类结果和PCoA分析与传统植物学分类一致,可将10份种质按种划分成3个类群。在此基础上筛选出4对核心引物构建每份种质的分子身份证。本研究为后续钻喙兰属种质资源的收集保存、鉴评和开发利用奠定基础。

关键词：钻喙兰属 SSR 分子身份证

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给种子办“分子身份证”

给种子办“分子身份证”

人民日报

作者：常钦

核心阅读《中国生物多样性保护战略与行动计划（2023—2030年）》提出，构建种质资源DNA分子指纹图谱库、特征库和数据库。目前，我国农作物种质资源长期库保存能力达到150万份，上线农作物品种DNA指纹库公共平台，推动农作物品种“分... 详细信息

核心阅读《中国生物多样性保护战略与行动计划（2023—2030年）》提出，构建种质资源DNA分子指纹图谱库、特征库和数据库。目前，我国农作物种质资源长期库保存能力达到150万份，上线农作物品种DNA指纹库公共平台，推动农作物品种“分子身份证”信息共用共享，为种业管理提供......

关键词：分子身份证农作物种质资源指纹技术种业管理农作物品种 DNA 公共平台

来源： cnki报纸评论

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给种子办“分子身份证”

农民文摘 2024年第8期 46-46页

作者：常钦不详

《中国生物多样性保护战略与行动计划(2023-2030年)》提出,构建种质资源DNA分子指纹图谱库、特征库和数据库。立足国家库(圃)保存的资源,开展库(圃)资源的基因型鉴定,探明遗传背景和构成,构建“分子身份证”;在基因型鉴定基础上,开展核... 详细信息

《中国生物多样性保护战略与行动计划(2023-2030年)》提出,构建种质资源DNA分子指纹图谱库、特征库和数据库。立足国家库(圃)保存的资源,开展库(圃)资源的基因型鉴定,探明遗传背景和构成,构建“分子身份证”;在基因型鉴定基础上,开展核心种质资源的表型精准鉴定。

关键词：分子身份证特征库数据库基因型鉴定生物多样性保护 DNA分子行动计划遗传背景

基于转录组SNP构建油茶主要品种资源的分子身份证

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中国农业科学 2023年第2期56卷 217-235页

作者：林萍王开良姚小华任华东中国林业科学研究院亚热带林业研究所/浙江省林木育种技术研究重点实验室

【目的】近年来，油茶（Camellia oleifera）产业发展迅速，已成为中国四大油料之一。油茶良种不断涌现，但品质参差不齐，“同名异物、同物异名”等现象时有发生。建立油茶品种资源的单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism,... 详细信息

【目的】近年来，油茶（Camellia oleifera）产业发展迅速，已成为中国四大油料之一。油茶良种不断涌现，但品质参差不齐，“同名异物、同物异名”等现象时有发生。建立油茶品种资源的单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism,SNP）分子标记数据库，筛选重要SNP位点，开发油茶品种资源DNA指纹图谱，构建油茶品种资源的分子身份证，为品种鉴别、品种追溯等提供分子水平鉴别技术支撑。【方法】以221份普通油茶品种资源为材料，提取未成熟种子RNA，进行转录组测序。以二倍体南荣油茶基因组为参考，识别供试油茶品种资源的SNP位点并基因分型，利用SNP数据分析油茶群体及亚群的遗传多样性，分析SNP位点的观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量（PIC）等信息，筛选核心SNP位点并采用Sanger测序验证，得到最优SNP位点组合后，结合品种资源基本信息构建油茶品种资源分子身份证。【结果】从油茶转录组中共检测到1 849 953个高质量SNP位点。群体遗传多样性分析发现，油茶群体观测杂合度为0.2966，期望杂合度为0.2462，固定指数为-0.2048,PIC为0.2073，最小等位基因频率为0.1648。参试群体的各亚群间遗传分化较小，存在较高的基因流，主要变异存在于亚群内。根据PIC、连锁不平衡衰退距离（LD）等参数从所有SNP位点中筛选出31个多态性高的核心位点，Sanger测序验证其中8个核心位点基因分型的准确率在91.36%以上。利用核心位点组成DNA指纹图谱，可区分出全部参试油茶品种资源。DNA指纹图谱结合油茶品种资源基本信息，构建成由66位数字组成的油茶品种资源分子身份证。【结论】依据SNP标记的PIC、LD等指标，筛选出31个核心SNP位点，精准区分全部供试油茶品种资源。将31个SNP位点所构建的油茶品种资源DNA指纹图谱与品种资源的起源、资源类型和亚群分布等基本属性信息相结合，构建了每份油茶品种资源唯一的分子身份证，并生成相应的条形码和二维码。

关键词：普通油茶品种鉴别单核苷酸多态性指纹图谱分子身份证