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构建分子系统树的简易方法

生物学通报 2013年第4期48卷 4-6页

作者：杜玉杰湛江师范学院基础教育学院广东湛江524037

利用大分子序列差异构建分子系统树已成为现代系统分类和生物进化研究工作者的基本方法和工具,掌握建树方法对该领域的研究工作具有十分重要的意义。构建分子系统树的软件很多。就DNAMAN6.0和MEGA5.1联合建树的简易方法进行阐述,帮助初... 详细信息

利用大分子序列差异构建分子系统树已成为现代系统分类和生物进化研究工作者的基本方法和工具,掌握建树方法对该领域的研究工作具有十分重要的意义。构建分子系统树的软件很多。就DNAMAN6.0和MEGA5.1联合建树的简易方法进行阐述,帮助初学者建树。

关键词： DNAMAN6 0 MEGA5 1 构建分子系统树

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稻蝗属部分种类RAPD及其分子系统学关系

Acta Genetica Sinica 2003年第6期30卷 533-539页

作者：张建珍马恩波郭亚平山西大学生命科学与技术学院太原030006

用经筛选的 8个随机引物对稻蝗属 (OxyaAudient Serville)中的中华稻蝗 (Oxyachinensis)、日本稻蝗 (Oxyajaponica)、山稻蝗 (Oxyaagavisa)、短翅稻蝗 (Oxyabrachyptera)和小稻蝗 (Oxyaintricata)等 5个种 4 1个个体进行扩增 ,均扩增出特异性产物 ,在 96条清晰稳定的扩增片段中 ,多态性片段为 95条 ,种间共有片段 1条 (引物S36 2扩增的约 85 0bp的片段 ) ,所获片段的长度大小为 2 0 0～ 2 5 0 0bp ,单个引物扩增的条带数在 8～ 16之间 ,平均为 12。根据扩增结果 ,应用SPSS软件包中的Between groupslinkage法进行聚类分析 ,得到 5种稻蝗的分子系统树。结果显示 :中华稻蝗与短翅稻蝗关系密切 ,日本稻蝗与山稻蝗关系较近 ,而小稻蝗与它们的亲缘关系较远。聚类图所呈现的种间关系与传统的形态及细胞分类学结果基本一致 ,5种稻蝗亲缘关系的远近程度得以清楚显示。

关键词：稻蝗 RAPD 分子系统树亲缘关系

家蚕基因特异性CAPs标记获得及其分子系统学应用

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遗传 2005年第4期27卷 584-588页

作者：黄健华苗雪霞李木旺张勇赵卫国黄勇平中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所上海200032 中国农业科学院镇江蚕业研究所镇江212018

选取家蚕attacin和alphaamylase基因序列,设计特异性引物,在家蚕品系P50、C108和子一代(F1)中扩增。分别采用4种不同的限制性内切酶对扩增产物酶切,最后每个基因都获得了一个CAPs分子标记。依据所得的两个CAPs分子标记对12个品系的家蚕... 详细信息

选取家蚕attacin和alphaamylase基因序列,设计特异性引物,在家蚕品系P50、C108和子一代(F1)中扩增。分别采用4种不同的限制性内切酶对扩增产物酶切,最后每个基因都获得了一个CAPs分子标记。依据所得的两个CAPs分子标记对12个品系的家蚕遗传多样性进行了初步研究,构建了其分子系统树。

关键词：家蚕 CAPs标记多态酶切分子系统树

从12S rRNA基因序列推测鹭科13种鸟类的系统发生关系

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动物学报 2003年第2期49卷 205-210页

作者：常青张保卫金宏朱立峰周开亚南京师范大学遗传资源研究所南京210097

对鹭科 12个种的线粒体 12SrRNA基因全长约 975bp的序列进行了测定 ,并从GenBank获得黄顶夜鹭12SrRNA基因全序列。比对后的序列长 993bp ,含 36 3变异位点 ,2 88个多态位点 ,187个简约信息位点。使用邻接法和最大简约法重建的分子系统树... 详细信息

对鹭科 12个种的线粒体 12SrRNA基因全长约 975bp的序列进行了测定 ,并从GenBank获得黄顶夜鹭12SrRNA基因全序列。比对后的序列长 993bp ,含 36 3变异位点 ,2 88个多态位点 ,187个简约信息位点。使用邻接法和最大简约法重建的分子系统树将 13种鹭聚为 2支 :第一支包括白鹭、中白鹭、大白鹭、池鹭、牛背鹭、苍鹭、草鹭、夜鹭、黄顶夜鹭 ,第二支由黄苇、黑苇、栗苇、大麻组成。结果提示将鹭科分为鹭亚科和亚科的传统观点是合理的 ,不支持Payne将鹭科分为日鹭亚科 (Ardeinae)、夜鹭亚科 (Nycticracinae)、亚科 (Botaurinae)和虎鹭亚科 (Tigrisomatinae)的观点。进一步的分析表明 :白鹭在系统演化中要早于大白鹭和中白鹭分支出来 ,大白鹭和中白鹭与苍鹭、草鹭和牛背鹭间的亲缘关系较近 ,而与白鹭较远 ,支持Sibley(1990 )将大白鹭和中白鹭作为独立的大白鹭属 (Casmerodius)和中白鹭属 (Mesophoyx)的建议 :黑、栗苇与黄苇在系统发生中构成一单系群 ,提示将黑置于苇属 (Ixobrychus)

关键词：鹭科鸟类 12S-rRNA基因序列系统发生关系分子系统树

蝮亚科蛇线粒体细胞色素b基因序列分析及其系统发育

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动物学报 2001年第4期47卷 361-366页

作者：周继亮张亚平黄美华陈永久陈小青姚耿东浙江大学医学院中国科学院昆明动物所细胞与分子进化开放实验室昆明650223 中国科学院昆明动物所细胞与分子进化开放实验室

对中国产蝮亚科 (Crotalinae)亚洲蝮属 (Gloydius) 6种蛇 (其中短尾蝮取自两个不同地区 ) [短尾蝮Gloydiusbrevicaudus (Stejneger) ,黑眉蝮Gloydiussaxatilis (Emelianov) ,蛇岛蝮Gloydiusshedaoensis (Zhao) ,雪山蝮Gloydiusstrauchii (Bedriaga) ,高原蝮Gloydiusstrauchiimonticola (Werner) ,乌苏里蝮Gloydiusussurriensis(Emelianov) ]与竹叶青属竹叶青蛇TrimeresurusstejnegeriSchmidt共 7种蛇 8个个体测定了 789bp或 744bp线粒体细胞色素b基因序列 ,用MEGA1 0 2软件分析了其碱基组成及变异情况 ,以游蛇科链蛇属半棱鳞链蛇Din odonsemicarinatus序列为外群 ,用PAUP4 0b2软件构建最简约分子系统树。结果显示 ,竹叶青蛇在全部受试物种中处于原始地位 ,分布于东北地区的蛇岛蝮、乌苏里蝮、黑眉蝮与浙江和陕西产的短尾蝮所组成的分枝与横断山区的高原蝮、雪山蝮聚集形成的分枝组成姐妹群 ,支持分布于中国境内的亚洲蝮属蛇种的两个起源及分化地的假说 ,同时探讨了蝮蛇的分类地位问题。

关键词：蝮亚科细胞色素b基因序列分子分子系统树蛇类系统发育

基于细胞色素b基因探讨昆明禄劝地区树鼩的分类意义

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动物学杂志 2008年第4期43卷 26-33页

作者：贾婷杨晓密李宗瀚朱万龙肖彩虹刘春燕王政昆云南师范大学生命科学学院生物能源持续开发利用教育部工程研究中心昆明650092

通过对云南省昆明市禄劝地区30只中缅树鼩(Tupaia belangeri)细胞色素b(Cytochromeb,Cytb)基因全序列(1 140 bp)的遗传分析,对禄劝地区中缅树鼩Cytb基因特征进行初步探讨。结果表明,禄劝地区中缅树鼩Cytb基因包含32个核苷酸变异位点,占... 详细信息

通过对云南省昆明市禄劝地区30只中缅树鼩(Tupaia belangeri)细胞色素b(Cytochromeb,Cytb)基因全序列(1 140 bp)的遗传分析,对禄劝地区中缅树鼩Cytb基因特征进行初步探讨。结果表明,禄劝地区中缅树鼩Cytb基因包含32个核苷酸变异位点,占全序列的2.81%,其转换/颠换为10.4。基于Cytb基因的遗传距离构建的分子系统树显示,本实验研究的中缅树鼩是一个独立的分类单位而非普通树鼩(***)的亚种;同时显示攀鼩目(Scandentia)与皮翼目(Dermoptera)亲缘关系较近。

关键词：中缅树鼩细胞色素b基因分子系统树

从细胞色素b基因全序列差异分析岩羊和矮岩羊的系统进化关系

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动物学报 2003年第2期49卷 198-204页

作者：曹丽荣王小明方盛国华东师范大学生命科学学院上海200062 浙江大学生命科学学院杭州310029

矮岩羊的分类地位从它被发现后就一直存在着争议。本文测定了分别来自四川和青海的岩羊 (Pseudoisnayaur)和矮岩羊 (Pseudoisschaeferi)共 7个个体的Cytb基因全序列 (114 0bp) ,结合山羊 (Caprahircus)、北山羊 (Capraibex)、绵羊 (Ovis... 详细信息

矮岩羊的分类地位从它被发现后就一直存在着争议。本文测定了分别来自四川和青海的岩羊 (Pseudoisnayaur)和矮岩羊 (Pseudoisschaeferi)共 7个个体的Cytb基因全序列 (114 0bp) ,结合山羊 (Caprahircus)、北山羊 (Capraibex)、绵羊 (Ovisaries)和盘羊 (Ovisammon)同源DNA序列进行比较 ,分析了碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异。用简约法和距离距阵法构建了分子系统树 ,得到了相同的拓扑结构。结果显示 :岩羊和矮岩羊互为单系群 ,有着较山羊、北山羊、绵羊和盘羊间更近的亲缘关系 ,它们之间的序列差异 (Cytb=3 2 % )低于牛科不同种间的序列差异水平 (8 3%～ 12 1% ) ,明显高于种内个体的序列差异 ,而处于牛科亚种的序列差异范围内。因此 ,推测矮岩羊与岩羊之间的差异可能已经达到了亚种的水平。它们的分歧时间为

关键词：岩羊矮岩羊细胞色素b基因序列分析分子系统树单系群亲缘关系亚种系统进化关系

基于18Sr DNA的蝗总科分子系统发育关系研究及分类系统探讨

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昆虫学报 2005年第2期48卷 232-241页

作者：刘殿锋蒋国芳南京师范大学生命科学学院遗传资源研究所南京210097

将自测的我国直翅目蝗总科7科7种和从GenBank中下载的17种直翅目昆虫的18S rDNA序列片段进行了同源性比较,用似然比检验的方法对序列比对结果进行了碱基替代模型的选择, 以蚱总科的 Paratettix cucullatus 和蜢总科的Stiphra robusta作... 详细信息

将自测的我国直翅目蝗总科7科7种和从GenBank中下载的17种直翅目昆虫的18S rDNA序列片段进行了同源性比较,用似然比检验的方法对序列比对结果进行了碱基替代模型的选择, 以蚱总科的 Paratettix cucullatus 和蜢总科的Stiphra robusta作外群, 用NJ、MP、ML和贝叶斯法构建了分子系统树。在获得的1 849 bp的序列中, 有205个变异位点, 74个简约信息位点; A、T、C和G的碱基平均含量分别为23.9%、24.3%、23.8%和28.0%, 碱基组成基本上无偏异。分子系统树表明:所研究的内群聚为4支, 锥头蝗科、瘤锥蝗科、斑腿蝗科、网翅蝗科、槌角蝗科和剑角蝗科都不是单系。建议将蝗总科分为4科, 即锥头蝗科、大腹蝗科、癞蝗科和蝗科。

关键词：直翅目蝗总科 18S rDNA 分子系统树系统发育分类系统

从12SrRNA和Cyt b基因部分序列研究13种猫科动物的分子系统关系

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动物学报 2005年第4期51卷 630-639页

作者：郑涛费荣梅吴孝兵安徽师范大学生命科学学院芜湖241000 南京农业大学动物医学院南京210095

为探讨中国猫科动物(Felidae)的系统发生关系,本文对中国产13种猫科动物的12SrRNA基因(约371bp)和细胞色素b基因(Cytb)部分序列(约355bp)进行了分析,并采用“最大简约法”和“最大似然法”构建了分子系统树。结果表明:在Cytb基因序列中,... 详细信息

为探讨中国猫科动物(Felidae)的系统发生关系,本文对中国产13种猫科动物的12SrRNA基因(约371bp)和细胞色素b基因(Cytb)部分序列(约355bp)进行了分析,并采用“最大简约法”和“最大似然法”构建了分子系统树。结果表明:在Cytb基因序列中,有113个位点存在变异(约为总位点数的31.8%),高于12SrRNA基因序列的44个变异位点(约为总位点数的11.9%);构建的分子系统树显示,猞猁(Lynxlynx)可能是中国最早起源的猫科动物,与其它猫科动物之间的亲缘关系较远,支持将其立为猞猁属(Lynx)的观点;草原斑猫(Felislibyca)、丛林猫(Felischaus)、兔狲(Otocolobusmanul)和荒漠猫(Felisbieti)具有较近的亲缘关系,支持将兔狲划归于猫属(Felis)的观点;金猫(Caopumatemminckii)、云猫(Pardofelismarmorata)具有较近的亲缘关系,但它们与猫属物种之间的亲缘关系可能较远,不支持将它们划归于猫属;豹猫(Ponailurusribengalensis)、渔猫(Prionailurusviverrinus)具有较近的亲缘关系,支持将它们同归于豹猫属(Ponailurus);云豹(Neofelisnebulosa)、豹(Pantherapardus)、雪豹(Unciauncia)、虎(Pantheratigris)具有较近的亲缘关系,支持将它们同归于豹属(Panthera)

关键词：中国猫科动物 12S rRNA基因 Cyt b基因系统发生 rRNA基因序列细胞色素b基因分子系统树