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我国林蛙分子系统关系及染色体演化的研究

四川大学学报（自然科学版） 2002年第S1期39卷 85-89页

作者：江建平谢锋郑中华中国科学院成都生物研究所成都610041

通过现有线粒体Ctyb和 12S基因共 72 7bp的序列数据的联合分析 ,对我国林蛙 7个物种的分子系统发育关系进行了研究 .结果表明 ,我国林蛙分为 2组 ,即北方组包括中国林蛙、高原林蛙、黑龙江林蛙和桓仁林蛙 ;南方组包括镇海林蛙、昭觉林... 详细信息

通过现有线粒体Ctyb和 12S基因共 72 7bp的序列数据的联合分析 ,对我国林蛙 7个物种的分子系统发育关系进行了研究 .结果表明 ,我国林蛙分为 2组 ,即北方组包括中国林蛙、高原林蛙、黑龙江林蛙和桓仁林蛙 ;南方组包括镇海林蛙、昭觉林蛙和峨眉林蛙 .这不仅澄清了黑龙江林蛙和桓仁林蛙的系统发育地位 ,而且提出染色体 2n =2 4的林蛙物种为并系 ,进而探讨了该类群核型演化的途径 .

关键词：林蛙属分子系统关系染色体演化

东北虎种质资源及其与几种猫科动物分子系统关系研究

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东北虎种质资源及其与几种猫科动物分子系统关系研究

作者：吴云良扬州大学

学位级别：硕士

东北虎(Panthera tigris altaica)为大型猫科动物,主要分布于我国东北地区以及俄罗斯和朝鲜。目前我国野生东北虎的数量极少,约12-16只,是我国一级濒危保护动物。因此,对东北虎种质资源进行研究,评估其遗传多样性的现状,并据此及时采取... 详细信息

东北虎(Panthera tigris altaica)为大型猫科动物,主要分布于我国东北地区以及俄罗斯和朝鲜。目前我国野生东北虎的数量极少,约12-16只,是我国一级濒危保护动物。因此,对东北虎种质资源进行研究,评估其遗传多样性的现状,并据此及时采取有效措施,对保护利用东北虎资源是具有重要意义的。在分类地位上,东北虎属哺乳纲、食肉目、猫科、虎种中的一个虎亚种,而对其是否应归为豹属,一度有些争议。本研究利用微卫星技术,对圈养东北虎繁育群体基因组DNA的多态性进行分析,评价其种质资源多样性,为更有效的保护利用东北虎资源提供理论参考,同时对所研究东北虎群体的亲缘关系作了初步分析与推断。本研究还测定了东北虎、波斯猫、非洲狮及金钱豹的线粒体DNA细胞色素b基因的部分序列(570 bp),并进行了序列比较和系统分类地位分析,为探讨东北虎及几种猫科动物的群体遗传多态性以及在猫科动物中的分子系统关系提供理论参考。研究结果如下:1、利用15对微卫星引物扩增东北虎基因组DNA,15个微卫星位点均处于高度多态,平均多态信息含量为0.7140;等位基因数3-7个不等,平均等位基因数为5.53个,有效等位基因数为4.3664,表明东北虎群体所提供的多态信息含量较为丰富;平均期望杂合度为0.7504,显示出丰富的遗传多样性和较高的选择潜力。2、欧氏距离聚类结果显示,扬州茱萸湾动物园6窝东北虎中,A、B、C来自同一父亲虎;D来自第二个父亲虎;E、F来自第三个父亲虎。来自南京珍珠泉动物园G窝东北虎,在5.25水平上与扬州的E、F聚在一起。3、线粒体DNA Cytb部分序列共发现138个变异位点,约占分析位点总数的24.86%,其中单一多态位点18个,简约信息位点118个,有2个位点插入/缺失。核苷酸位点有5种类型的变异,转换占85.5%,颠换占6.52%,转换和颠换之比为13.11,转换与颠换在同一位置占6.52%,插入/缺失占0.73%,转换与插入/缺失在同一位置占0.73%。共检测到22种单倍型,均为各群体所特有,无共享单倍型。群体内单倍型多样度差异不大,从0.7636到1.000;单倍型变异度总体为0.9571±0.017,总体上单倍型多样度丰富。4、东北虎、金钱豹、非洲狮、波斯猫核苷酸分歧度(Dxy)为0.05286%-0.14261%,核苷酸净遗传距离(Da)为0.02456%-0.12955%,kimura双参数距离变异0.056-0.164,总体均显示波斯猫与其他三种猫科动物的遗传距离较远;Fst值显示东北虎与金钱豹的亲缘系数最近。5、对22种单倍型构建NJ、ME及UPGMA分子系统发生树,支持将虎、豹、狮归于豹属的观点。

关键词：东北虎微卫星种质资源多样性亲缘关系细胞色素b基因分子系统关系

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福建蛇类新纪录——黄家岭脊蛇

野生动物学报 2024年第1期45卷 228-230页

作者：章铁睿龚宴安杨典成黄汝怡黄松安徽省重要生物资源保护与利用研究重点实验室地安徽师范大学生命科学学院芜湖241000 环境DNA技术与水生态健康评估中心上海海洋大学水产与生命学院上海201306

2023年4月25日,在福建省福州市闽侯县(26°25’52’’N,119°1’52’’E;海拔1 026 m)采集到蛇类幼体1号(标本号HSR23021,现保存于安徽师范大学生命科学学院)。通过形态比对和线粒体COI基因序列重建分子系统关系,确认其为闪皮蛇科(Xenod... 详细信息

2023年4月25日,在福建省福州市闽侯县(26°25’52’’N,119°1’52’’E;海拔1 026 m)采集到蛇类幼体1号(标本号HSR23021,现保存于安徽师范大学生命科学学院)。通过形态比对和线粒体COI基因序列重建分子系统关系,确认其为闪皮蛇科(Xenodermidae)脊蛇属(Achalinus)的黄家岭脊蛇(A.huangjietangi)。

关键词：生命科学学院安徽师范大学分子系统关系新纪录福建省福州市蛇类闽侯县

基于rpl16序列的中国野牡丹属植物分子系统关系初探

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广东农业科学 2015年第13期42卷 135-139页

作者：白岳峰李淑娴江鸣涛吴沙沙翟俊文彭东辉福建农林大学园林学院福建福州350002

针对目前中国原产野牡丹属植物系统关系存在的争议,采用叶绿体基因上的rpl16序列,以野牡丹科野牡丹属之外的3个属4种植物为外类群,对中国野牡丹属植物进行了分子系统关系研究。结果表明,rpl16序列在野牡丹属植物中没有足够的变异位点,... 详细信息

针对目前中国原产野牡丹属植物系统关系存在的争议,采用叶绿体基因上的rpl16序列,以野牡丹科野牡丹属之外的3个属4种植物为外类群,对中国野牡丹属植物进行了分子系统关系研究。结果表明,rpl16序列在野牡丹属植物中没有足够的变异位点,最大简约法(Maximum parsimony,MP)构建的分子系统树中,地菍(Melastoma dodecandrum)形成单独的一支,贝叶斯分析(Bayesian Inference,BI)构建的分子系统树中,整个野牡丹属植物形成一支;两种方法构建的分子系统树中,野牡丹科同一个属的植物都可以形成单独的分支。因此,rpl16序列并不适合野牡丹属植物的分子系统关系研究,可能比较适合野牡丹科植物属间的分子系统关系研究。

关键词：野牡丹属植物 rpl16序列分子系统关系

基于ITS和cpDNA序列的梭梭和白梭梭物种分化

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林业科学 2019年第3期55卷 43-53页

作者：孙芳芳聂迎彬马松梅魏博吉万全石河子大学理学院石河子832000 石河子大学生命科学学院绿洲城镇与山盆系统生态兵团重点实验室石河子832000 新疆农垦科学院作物研究所石河子832000 西北农林科技大学农学院杨凌712100

【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基... 详细信息

【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基础数据。【方法】基于2个nrDNA序列(ITS2、ITS1-ITS4)和3个cpDNA非编码区序列(trnS-trnG、rps4和trnV),对古尔班通古特沙漠南缘同域分布的梭梭和白梭梭共30个个体进行序列分析;利用距离法(基于Kimura 2-parameter)研究2种植物的遗传分化;基于贝叶斯方法分析个体间的分子系统关系;并利用距离法、系统发育树法、BLAST比对法和诊断特征法评价ITS和cpDNA的单序列及其组合对2种植物的物种鉴别力。在此基础上,利用生态位分析软件ENMTools V1.4定量分析梭梭与白梭梭生态位分化的程度。【结果】1)对于梭梭和白梭梭,2个ITS序列拼接比对的总长均为1 117 bp,G+C含量平均分别为34.74%和34.82%,总的信息位点数分别占片段总长的2.33%和1.43%; 3个cpDNA序列拼接比对的总长均为2 344 bp,G+C含量平均分别为59.62%和59.39%,信息位点数分别占片段总长的0.68%和0.43%。2)基于ITS和cpDNA序列组合构建的贝叶斯系统发育树都表明梭梭和白梭梭各聚为一支。3)基于ITS和cpDNA序列组合计算的2种植物的种间最小遗传距离均大于种内的最大遗传距离,并且种间种内都存在1个明显的距离间隙,表明本研究所用的ITS和cpDNA的序列组合可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列。4)基于4种方法评价的ITS和cpDNA序列对梭梭和白梭梭的物种鉴别力表明:2个ITS的单序列及其序列组合的鉴别率均为100%; cpDNA序列中,rps4的单序列及其与trnS-trnG,trnV的两两序列组合的鉴别率均为0,而trnS-trnG,trnV的单序列及其序列组合,以及trnS-trnG+trnV+rps4组合的鉴别率均为100%。5)生态位参数D值和I值的观察值和一致性检验的模拟值都集中在0.65和0.90左右,表明梭梭和白梭梭的生态位分化不明显。【结论】基于ITS和cpDNA序列组合,梭梭和白梭梭物种间的遗传分化明显,分子系统关系清楚; ITS和cpDNA序列组合都可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列;梭梭和白梭梭的生态位分化不明显,说明生态因素很可能对2种植物的分化与进化没有起到明显的作用,2种植物很可能也具有相近的进化历史。本研究的结论可以为梭梭和白梭梭的系统发育、遗传和进化研究提供重要的理论依据和数据支撑。

关键词：梭梭白梭梭 ITS序列 cpDNA序列物种分化分子系统关系生态位分化

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南极鱼亚目鱼类DNA条形码及分子系统学

中国水产科学 2021年第11期28卷 1396-1405页

作者：姜郦轩张吉昌樊钢洲李昂柳淑芳庄志猛浙江海洋大学水产学院中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室

以南极海域"南极海洋生物资源养护委员会"(The Commission for the Conservation Antarctic Marine Living Resources, CCAMLR) 48.1、48.2和48.3亚区的南极磷虾(Euphausia superba)渔业兼捕所得97份南极鱼样品为研究对象,经形态学特征分析和DNA条形码将其鉴定为南极鱼亚目4科17属17个有效种,其中依据形态学特征只鉴定出6个物种,其余11个物种则依据DNA条形码得到准确鉴定。可见,在形态学鉴定经验不足或样品形态不完整的情况下, DNA条形码可以有效地实现物种鉴定。继而,分析了南极鱼类97条DNA条形码的碱基组成特征,发现GC含量第一密码子最高且第二密码子最低可能为南极鱼亚目类群的特有现象,但其生物学意义尚有待于进一步研究。将本研究采集的南极鱼亚目17种鱼类与从BOLD数据库中筛选的64种鱼类的DNA条形码合并,构建了南极鱼亚目4科39属81种鱼类的系统关系树,这是迄今为止包含种类最多的南极鱼亚目鱼类分子鉴别和系统进化关系分析。遗传距离和系统关系树分析进一步证明DNA条形码对于南极鱼类物种鉴定的适用性与可行性,另外还发现南极鱼亚目鱼类的个别物种其分子系统关系与形态学分类地位不一致。本研究结果证实了DNA条形码技术对南极鱼亚目分类群的识别效率,弥补了传统形态学鉴定方法的局限和不足,丰富了南极鱼类DNA条形码数据库,为南大洋鱼类多样性与适应性进化研究奠定了基础,同时为南极渔业资源保护和可持续开发利用提供了科学依据。

关键词：南极鱼亚目 COI基因 DNA条形码遗传距离分子系统关系

生物古地理、分子分异时间及化石纪录：古中华貂在内蒙古阿巴嘎旗晚中新世宝格达乌拉组的新材料(英文)

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古脊椎动物学报 2012年第3期50卷 293-307页

作者：王晓鸣曾志杰竹内哲二美国洛杉矶自然历史博物馆洛杉矶CA90007 中国科学院古脊椎动物与古人类研究所脊椎动物进化系统学重点实验室北京100044 美国南加州大学洛杉矶CA90089 美国乔治·佩奇沥青湖博物馆洛杉矶CA90036

北美现生的潘氏貂Martes pennanti(荷兰殖民区俗名fisher,北美印地安土著俗名pe-kan)传统被归入貂属(Martes)。20世纪70年代初Elaine Anderson首先认识到北美fisher的祖先可以追溯到中国山西保德晚中新世的古中华貂M.palaeosinensis。... 详细信息

北美现生的潘氏貂Martes pennanti(荷兰殖民区俗名fisher,北美印地安土著俗名pe-kan)传统被归入貂属(Martes)。20世纪70年代初Elaine Anderson首先认识到北美fisher的祖先可以追溯到中国山西保德晚中新世的古中华貂M.palaeosinensis。它们的共同特征是上裂齿唇侧具有一个孤立的小齿根。因此在众多的化石和现生貂中,这些具有多一个小齿根的种类可以归入它们自己的一个分支,并重新启用已建立的Pekania属来区别于其他种类。近年来新兴的分子系统研究也趋于把北美的fisher与中、南美的Eira及北半球的狼獾(Gulo)并列,甚至指示它可能是狼獾的姊妹群。因此把fisher独立归入Pekania属中可能是未来的方向。2009年我们在内蒙古阿巴嘎旗宝格达乌拉组的晚中新世地层中发现了一个古中华貂的上颌。这是该种在内蒙古的首次发现,借此机会对目前的分子系统关系、分异年代及化石记录进行综合探讨。虽然保德和宝格达乌拉的古中华貂在时代上与分子钟估算的5～8Ma比较一致,狼獾的化石记录却远比古中华貂的老(可以追到11Ma左右)。如果狼獾确实是fisher的姊妹群或与它并系的话,那么fisher的分异时间也可能更早。

关键词：内蒙古中新世保德期宝格达乌拉组古中华貂狼獾动物地理分子系统关系分子钟分异时间

几种蚊虫线粒体DNA-16S rRNA序列及其相互关系的研究

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动物分类学报 2002年第4期27卷 665-671页

作者：宋社吾赵彤言董言德蒋书楠陆宝麟军事医学科学院微生物流行病研究所北京100071 西南农业大学植保系重庆北400716

测定我国尖音库蚊复合组 4亚种 (尖音库蚊、淡色库蚊、致倦库蚊和骚扰库蚊 )、三带喙库蚊、白纹伊蚊和中华按蚊的线粒体DNA 16SrRNA基因 (mtDNA 16SrRNA)序列 ,发现我国尖音库蚊复合组 4亚种mtDNA 16SrRNA序列基本一致 ,长度为 5 5 5bp(... 详细信息

测定我国尖音库蚊复合组 4亚种 (尖音库蚊、淡色库蚊、致倦库蚊和骚扰库蚊 )、三带喙库蚊、白纹伊蚊和中华按蚊的线粒体DNA 16SrRNA基因 (mtDNA 16SrRNA)序列 ,发现我国尖音库蚊复合组 4亚种mtDNA 16SrRNA序列基本一致 ,长度为 5 5 5bp(5 5 4bp) ,GC含量为 2 5 4 1%。该序列与其他 3种蚊虫在种间存在差异 ,与三带喙库蚊的种间差异为 0 5 4% ;与白纹伊蚊的种间差异为 5 77% ;与中华按蚊的种间差异为 9 6 2 %。

关键词：蚊虫线粒体DNA-16S rRNA序列相互关系分子系统关系