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长沙地区临床分离碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌的分子流行病学特征

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中南大学学报（医学版） 2012年第5期37卷 521-526页

作者：梁伟邹明祥邬靖敏邬国军李军豆清娅刘文恩中南大学湘雅医院检验科长沙410008 长沙市第三人民医院检验科长沙410015 中南大学基础医学院微生物学系长沙410078

目的:了解长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌的耐药性,探讨碳青霉烯类抗生素耐药菌株的分子流行病学特征。方法:收集长沙地区10所综合性医院2010年3月至2010年12月间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株205株;采用K-B法检测药物敏感性,改良双纸... 详细信息

目的:了解长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌的耐药性,探讨碳青霉烯类抗生素耐药菌株的分子流行病学特征。方法:收集长沙地区10所综合性医院2010年3月至2010年12月间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株205株;采用K-B法检测药物敏感性,改良双纸片协同试验检测金属β-内酰胺酶(金属酶),改良Hodge试验筛查碳青霉烯酶;PCR扩增OXA-23,OXA-24,OXA-51,OXA-58及IMP-1和VIM-2型碳青霉烯酶基因,并进行测序分析。应用肠杆菌科基因间一致重复序列聚合酶链反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR,ERIC-PCR)对菌株进行DNA分型及同源性分析。结果:在监测的18种药物中,耐药率超过50%的达14种。其中哌拉西林耐药率最高(80.5%),头孢哌酮/舒巴坦耐药率最低(2.5%)。共筛选出耐碳青霉烯类药物鲍曼不动杆菌115株,其金属酶表型及基因检测均为阴性;改良Hodge试验阳性71株,其中64株OXA-23基因扩增阳性。115株菌株OXA-51均阳性,未检出OXA-24,OXA-58基因。115株菌株共分为7个ERIC基因型。其中A型19株,B型72株,为主要的流行克隆。结论:长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌多重耐药十分严重;产OXA-23和OXA-51型碳青霉烯酶是鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类药物耐药的重要机制,且碳青霉烯类耐药菌株存在克隆流行。

关键词：鲍曼不动杆菌碳青霉烯酶肠杆菌基因间一致重复序列聚合酶链反应分子流行病学特征

2010-2022年上海市犬狂犬病病毒分子流行病学特征

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疾病监测 2024年第1期39卷 63-68页

作者：刘健王建张亮许炜迪王曲直俞向前龚国华孙盛赵洪进上海市动物疫病预防控制中心上海201103 军事医学研究院军事兽医研究所吉林长春130122 上海市青浦区农产品质量安全中心上海201700 上海市浦东新区动物疫病预防控制中心上海201299

目的了解上海地区犬狂犬病病毒分子流行病学特征。方法应用狂犬病病毒(RABV)直接免疫荧光法(DFA)对2010—2022年上海市送检的44份犬脑组织标本进行检测,对检测阳性标本进行核蛋白基因序列测定和种系发生分析。结果25份被动监测的样本中R... 详细信息

目的了解上海地区犬狂犬病病毒分子流行病学特征。方法应用狂犬病病毒(RABV)直接免疫荧光法(DFA)对2010—2022年上海市送检的44份犬脑组织标本进行检测,对检测阳性标本进行核蛋白基因序列测定和种系发生分析。结果25份被动监测的样本中RABV阳性率为92.00%(23/25),18份“一犬伤多人”样本阳性率达到94.44%(17/18);23株RABV上海市分离株均属于ChinaⅠ群,分布在全市北部、中部地区,可以分为4个分支,不同分支流行时间相对集中。结论“一犬伤多人”事件的积极监测能有效获得RABV阳性病例,2010—2022年上海市犬狂犬病的流行是ChinaⅠ传播扩散的结果。

关键词：狂犬病病毒分子流行病学特征核蛋白基因流浪犬上海市

从化市小儿呼吸道人类偏肺病毒感染的临床与分子流行病学特征

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广东医学 2010年第23期31卷 3082-3085页

作者：蔡旗周晓光陈能郝金斗黄维本刘金辉沈玉才邱丹丹叶凤娟广东省从化市中心医院儿科 510900 广东省广州市妇女儿童医疗中心新生儿科 510623 广东省佛山市妇幼保健院新生儿科 528000 广东省深圳市妇幼保健院新生儿科 518000

目的了解从化市小儿呼吸道人类偏肺病毒(human metapenumovirus,hMPV)感染的临床与分子流行病学特征。方法收集260例6岁以下呼吸道感染患儿分泌物,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测hMPV M基因,采用多重PCR检测呼吸道合胞病毒A、B... 详细信息

目的了解从化市小儿呼吸道人类偏肺病毒(human metapenumovirus,hMPV)感染的临床与分子流行病学特征。方法收集260例6岁以下呼吸道感染患儿分泌物,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测hMPV M基因,采用多重PCR检测呼吸道合胞病毒A、B型(RSV-A、RSV-B)、流感病毒甲、乙型(Flu-A、Flu-B)和副流感病毒1、2、3型(PIV-1、PIV-2、PIV-3)。随机挑选7例hMPV阳性PCR产物进行基因测序。结果 260例标本中hMPV阳性21例(8.1%),其中发生混合感染7例(33.3%),hMPV/RSV-A 1例,hMPV/Flu-B 3例,hMPV/PIV-3 3例。2—5月份hMPV检出阳性率高于其他月份,以4月份阳性率最高。21例hMPV阳性患儿,临床表现以咳嗽、喘息、发热、憋气为主。hMPV感染患儿喘息症状及中性粒细胞百分比(%)与PIV-3感染比较差异有统计学意义(P病原体,2—5月份hMPV阳性检出率较高,以4月份最高,临床表现以咳嗽、喘息、发热、憋气为主。7例hMPV阳性PCR产物核酸序列与HMPVgz01(基因序列编号:GQ153651.1)序列同源性为97%～99%。

关键词：呼吸道感染人类偏肺病毒临床特征分子流行病学特征从化市

从化市小儿呼吸道人类偏肺病毒感染的临床与分子流行病学特征

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从化市小儿呼吸道人类偏肺病毒感染的临床与分子流行病学特征

作者：陈能广州医学院

学位级别：硕士

背景与目的:呼吸道感染(respiratory tract infection,RTI)是儿童发病和死亡的一个重要原因。呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)、流感病毒(influenza virus,Flu)、副流感病毒(parainfluenza virus,PIV)是病毒性呼吸道感染的病原体。即便运用敏感有效的诊断方法,仍有1/3病例的感染源尚不明确,提示存在未知或尚未被认识的病原体。2001年,van den Hoogen BG从荷兰呼吸道感染患儿气道分泌物中分离出一种新的呼吸道病毒。根据病毒学数据、序列同源性和基因结构分析表明该病毒属于副黏病毒科肺病毒亚科偏肺病毒属,被命名为人类偏肺病毒(human metapenumovirus,hMPV)。该病毒全球分布与流行,欧洲、北美、南美、澳大利亚、亚洲、非洲等地方先后报道了大量有关hMPV感染的临床和分子流行病学特征的数据。虽然各个年龄组均可检测到hMPV感染,婴幼儿似乎对hMPV特别易感,疾病诊断包括上、下呼吸道感染。目前,尚未有关从化市hMPV感染的临床与分子流行病学特征的报道。研究从化市hMPV感染的临床与分子流行病学特征对于了解从化市hMPV感染及防治具有重要的意义。本研究的目的:(1)研究从化市小儿呼吸道hMPV感染的临床与分子流行病学特征。(2)探讨hMPV感染与小儿毛细支气管炎、支气管肺炎、支气管炎、支气管哮喘的关系。(3)通过对hMPV感染阳性PCR产物进行基因测序及种系进化分析,探讨从化市小儿呼吸道感染的hMPV分离株与其他地区hMPV分离株的同源性及基因分型的差异。(4)了解其他常见呼吸道病毒感染的临床与分子流行病学特征。材料与方法:(1)标本收集:收集2008年12月至2009年10月从化中心医院6岁以下呼吸道感染住院患儿气道分泌物标本260例。(2)采用巢式聚合酶链式反应(nested PCR)检测呼吸道分泌物hMPV感染,两轮PCR扩增产物(hMPV-1, hMPV-2)经2%琼脂糖凝胶电泳后成像并存档。(3)采用多重PCR(multiple PCR)检测呼吸道合胞病毒A、B型(RSV-A, RSV-B),流感病毒甲、乙型(Flu-A, Flu-B),副流感病毒1、2、3型(PIV-1, PIV-2, PIV-3),PCR产物经2%琼脂糖凝胶电泳后成像并存档。(4)随机挑选7例hMPV-1阳性PCR产物进行基因测序,测序工作由上海英骏生物技术有限公司(invitrogen)完成。(5)所有测序结果与GenBank中的序列进行比对,分析同源性;多重序列比对采用Clustal W软件;种系进化分析采用DNAStar软件。结果:(1)hMPV-1阳性PCR产物经2%琼脂糖凝胶电泳后成像并存档,阳性标本和阳性对照于450bp～600bp间各出现一条目的条带,与预期条带大小一致(462bp);hMPV-2阳性PCR产物经2%琼脂糖凝胶电泳后成像,阳性标本和阳性对照于400bp～500bp间各出现一条目的条带,与预期条带大小一致(431bp)。(2)hMPV-1男性阳性标本17例,阳性率9.83%;女性标本4例,阳性率4.60%。男、女感染阳性率比较差异无统计学意义(χ=2.132,P>0.05);hMPV-2男性阳性标本36例,阳性率20.81%;女性标本12例,阳性率13.79%。男、女感染阳性率比较差异无统计学意义(χ=2.132,P>0.05)。hMPV-2男、女感染阳性率与hMPV-1比较差异有统计学意义(χ=8.04, P病年龄中年龄学意义;hMPV-2年龄学意义。hMPV-2发病年龄中1岁病率较高,春季高发,发病高峰期与RSV感染有重叠。(3)hMPV-1阳性标本21例,阳性率为8.08%;hMPV-2阳性标本48例,阳性率为18.46%。两轮扩增产物阳性率比较差异有统计学意义(χ=54.14, P学意义(χ=4.219,P学意义(t = - 2.26, P<0.05)。hM

关键词：人类偏肺病毒呼吸道感染上呼吸道感染下呼吸道感染临床特征分子流行病学特征从化市

深圳社区人群肠道携带optrA肠球菌的风险因素及分子流行病学特征

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深圳社区人群肠道携带optrA肠球菌的风险因素及分子流行病学特征

作者：项秋梅福建医科大学

学位级别：硕士

背景利奈唑胺是临床上治疗革兰阳性菌的“最后一道防线”药物,可转移利奈唑胺耐药基因optrA的发现可能迫使这道防线被攻破,因此引起了全球的广泛关注。目的研究深圳某社区人群肠道中optrA阳性肠球菌的携带情况及其定植风险因素;阐明optr... 详细信息

背景利奈唑胺是临床上治疗革兰阳性菌的“最后一道防线”药物,可转移利奈唑胺耐药基因optrA的发现可能迫使这道防线被攻破,因此引起了全球的广泛关注。目的研究深圳某社区人群肠道中optrA阳性肠球菌的携带情况及其定植风险因素;阐明optrA阳性肠球菌的耐药表型和分子流行病学特征、为深圳社区人群肠道耐药性提供基础数据,同时为预防optrA阳性肠球菌定植人群肠道提供理论依据。方法1.横断面研究的方法,共调取2018年3月至2019年12月年社区志愿者人群粪便样本565份;采用肠球菌选择培养基（含氟苯尼考10μg/m L）筛选耐氟苯尼考肠球菌;使用MALDI-TOF MS进行细菌种属鉴定及PCR检测optrA基因。***肠球菌在肠道中定植的风险因素研究,以102位optrA阳性肠球菌的携带人群作为定植组,按1:4比例挑选未携带人群408人为非定植组,采用多因素logistic回归模型分析optrA阳性肠球菌定植于社区人群肠道的风险因素。3.对optrA阳性肠球菌和部分optrA阴性粪肠球菌进行药物敏感性实验、明确其耐药表型。4.采用全基因组测序获得128株肠球菌分离株的全基因序列、通过序列比对、构建系统发育树等方法明确optrA阳性肠球菌的分子流行特征。5.比较同一个体来源的optrA阳性与阴性粪肠菌的耐药表型和分子流行病学差异。结果1.2018-2019年间深圳某社区人群肠道中optrA阳性肠球菌的携带率为18.1%（102/565,95%CI:14.9%1.2%）,粪肠球菌为最主要流行种属（76.1%,340/447）。2.风险因素结果:猪肉摄入量大于50.0 g/d（OR:1.614,95%CI:1.018～2.560,P=0.042）、3个月内住院治疗史（OR:11.131,95%CI:2.076～59.693,P=0.005）是optrA阳性肠球菌在社区人群肠道中定植的风险因素。3.（1）药敏结果:一方面:optrA阳性肠球菌对利奈唑胺的耐药率为33.3%（34/102）,社区人群肠道中利奈唑胺耐药肠球菌（linezolid-resistant Enterococcuss、LRE）携带率为6.01%（34/565,95%CI:4.1%.0%）,呈低水平耐药（MIC:8～16μg/m L）;另一方面optrA阳性肠球菌对氟苯尼考（100%）、红霉素（96.1%）、多西环素（63.7%）、环丙沙星（27.5%）呈较高的耐药率,多重耐药率为82.4%（84/102）,而对万古霉素等7种药物敏感;（2）耐药基因携带情况:在optrA阳性粪肠球菌中,氟苯尼考药物耐药基因fex A携带率为97.3%（73/75）、红霉素药物耐药基因erm（A）或erm（B）携带率为94.6%（71/75）,这与耐药表型一致;此外四环素药物耐药基因tet（M）携带率为97.3%（73/75）、甲氧苄啶药物耐药基因dfr G携带率为84%（64/75）,截短侧耳素-林可酰胺-链霉素A药物耐药基因lsa（E）携带率为22.6%（17/75）。未发现万古霉素、替加环素等耐药基因;（3）optrA基因与编码心内膜炎特异性抗原基因efa A（100%）、明胶酶基因gel E（84%）、胶原蛋白黏附素基因ace（37.3%）、细胞溶血素的cyl A（24%）共存于optrA阳性肠球菌,而编码溶血素的基因cyl A/B/I/L/M主要在ST16型菌株中存在,编码肠球菌表面蛋白的基因esp却未发现;（4）optrA阳性粪肠球菌被分成26种ST分型,其中以ST16型（10/75,13.3%）肠球菌最多,但ST型整体呈多样性;（5）亲缘关系:75株optrA阳性粪肠球菌可以划分成5个不同的分支（种群结构）,在菌株编号为497P1与655P1与544P2、713P1与628P1、151P1与942P1,445P1与536P1和723P1、712P1与252P1之间分别存在亲缘关系接近的菌株（SNPs:0～41）,提示optrA粪肠球菌在不同人群中传播的可能性;（6）optrA阳性粪肠球菌对利奈唑胺、氟苯尼考、红霉素、多西环素的耐药率以及各类耐药基因的携带率远高于optrA阴性粪肠球菌。结论***阳性肠球菌已在一部分深圳某社区人群肠道中定植,其在社区人群肠道中的定植风险与猪肉摄入量>50 g/d,住院治疗史（3个月）有关联。***阳性粪肠球菌呈现多重耐药现象,其常携带氟苯尼考耐药基因fex A、四环素耐药基因[tet（M）、tet（L）]和多重耐药基因lsa（E）,同时也携带多种毒力基因。***阳性粪肠球菌以ST16型肠球菌最多,但整体多样性,此外存在亲缘关系亲近的菌株,提示其在不同人群之间传播的可能性。***基因可能存在宿主特异性,opt

关键词：利奈唑胺肠球菌 optrA 风险因素分子流行病学特征

黑龙江省2019年肠炎沙门菌分子流行病学特征分析

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中国公共卫生管理 2020年第6期36卷 846-848页

作者：高飞张剑峰李敬晶仲伟麒李鑫郑晓华董锐谢平会闫军黑龙江省疾病预防控制中心黑龙江哈尔滨150030

目的对2019年黑龙江省食源性疾病监测哨点医院分离的肠炎沙门菌菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)试验,并对其分子流行病学特征进行分析,查找可疑危险因素,为相关部门制定政策和采取防控措施提供参考依据。方法参照《2019年国家食源性疾病... 详细信息

目的对2019年黑龙江省食源性疾病监测哨点医院分离的肠炎沙门菌菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)试验,并对其分子流行病学特征进行分析,查找可疑危险因素,为相关部门制定政策和采取防控措施提供参考依据。方法参照《2019年国家食源性疾病监测工作手册》,采用限制性内切酶XbaⅠ对40株肠炎沙门菌开展PFGE分子溯源分析,最后利用BioNumerics软件对PFGE图谱进行聚类分析。结果2019年黑龙江省食源性疾病监测分离的肠炎沙门菌指纹图谱型别相对集中,哈尔滨市、齐齐哈尔市、大庆市、双鸭山市、鹤岗市、大兴安岭地区的菌株谱型相似度较高,均呈现出2019年黑龙江省的肠炎沙门菌优势图谱。结论需要继续对食源性疾病来源的肠炎沙门菌进行监测,重点关注优势谱型肠炎沙门菌的变化趋势,识别和分析肠炎沙门菌的跨区域传播,有效控制暴发,为食源性疾病的防控工作指明方向。

关键词：肠炎沙门菌分子流行病学特征溯源分析

泉州市成人尖锐湿疣患者HPV感染的分子流行病学特征分析及临床研究

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中国卫生标准管理 2021年第9期12卷 25-28页

作者：姚燕冰江连枝李志民何天管王秀枝吴丽惠康贵民林秀娟泉州市皮肤病防治院皮肤科福建泉州362000

目的探讨泉州成人尖锐湿疣患者人乳头瘤病毒HPV(human papillomavirus)感染的分子流行病学特征分析及临床研究。方法选取2019年1月—2020年1月到我院门诊进行就诊的成人尖锐湿疣患者,共120例,对患者的HPV感染的分子流行病学特征及感染... 详细信息

目的探讨泉州成人尖锐湿疣患者人乳头瘤病毒HPV(human papillomavirus)感染的分子流行病学特征分析及临床研究。方法选取2019年1月—2020年1月到我院门诊进行就诊的成人尖锐湿疣患者,共120例,对患者的HPV感染的分子流行病学特征及感染亚型分布情况、感染类型分布情况、不同性别的HPV感染亚型与感染类型分布情况进行观察。结果在120例患者中,共检测出110例HPV-DNA患者,检出率为91.67%;患者主要为低危型HPV感染,排列在前四位的分别为HPV6、HPV11、HPV16、HPV18;在110例患者中,单一感染率最高,其次为二重感染、三重感染与多重感染;男性低危HPV感染率明显较高,女性高危HPV感染率明显较高,二者相比差异具有统计学意义(P学意义(P<0.05)。结论泉州成人尖锐湿疣患者的HPV感染率较高,并且具有不同的分布特点,需要进行有效的明确,以便能够采取针对性的方式进行治疗。

关键词：成人尖锐湿疣 HPV 感染分子流行病学特征 HPV感染

儿童耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染临床及分子流行病学特征研究

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儿童耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染临床及分子流行病学特征研究

碳青霉烯耐药阴沟肠杆菌复合群的耐药谱和分子流行病学特征分析

2012年江浙沪儿科学术年会暨浙江省医学会儿科学分会学术年会、儿内科疾病诊治新进展国家级学习班

作者：吴霞严秀峰俞蕙王爱敏何磊燕王传清糜祖煌复旦大学附属儿科医院感染传染科复旦大学附属儿科医院细菌室无锡市克隆遗传技术研究所

目的探讨上海地区儿童耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)感染临床及分子流行病学特征。方法采用队列研究方法,对我院2009年3月-2011年11月MRSA感染住院患儿的临床特征进行分析;采用聚合酶链式反应(PCR)检测mecA、pvl基因在MRSA菌株中的分... 详细信息

目的探讨上海地区儿童耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)感染临床及分子流行病学特征。方法采用队列研究方法,对我院2009年3月-2011年11月MRSA感染住院患儿的临床特征进行分析;采用聚合酶链式反应(PCR)检测mecA、pvl基因在MRSA菌株中的分布情况;多重PCR法检测MRSA SCCmec分型。结果 (1)37株MRSA中,56.8%(21株)来源于医院,43.2%(16株)来源于社区。(2)MRSA感染以呼吸道感染最常见,分布以重症监护病房最多。(3)CA-MRSA感染可引起皮肤软组织感染、上呼吸道感染等,严重者亦可引起肺炎、败血症等,而HA-MRSA感染更具侵袭性,其多引起肺炎、败血症,亦可引起脑膜炎;HA-MRSA与CA-MRSA感染所致发热患儿中,HA-MRSA感染者表现出更长的热程(10.5天);HA-MRSA感染患儿C反应蛋白(63.00mg/L)较CA-MRSA(9.50mg/L)高,其差异具有统计学意义(P=0.019),而白细胞计数、降钙素原差异无统计学意义。(4)37株MRSA中,mecA基因的检出率为100%,SCCmec分型以SCCmecⅢ型最多见,共17株(45.95%),其次是SCCmecⅣ型8株(21.62%),SCCmecⅡ型1株(2.70%),未分型11株(29.73%),未发现SCCmecⅠ、Ⅴ型。其中,在21株HA-MRSA中,SCCmecⅢ型最多见,为15株(71.42%),SCCmecⅣ型1株(4.76%),未分型者5株(23.82%);在16株CA-MRSA中,SCCmecⅣ型最多见,为7株(43.75%),Ⅲ型2株(12.50%),Ⅱ型1株(6.25%),未分型者6株(37.5%)。(5)37株MRSA的杀白细胞素基因(PVL)检出率为75.7%,在HA-MRSA中为80.95%,在CA-MRSA中为68.75%,统计学检验无明显差异(P=0.244)。结论 HA-MRSA与CA-MRSA相比,其感染更具侵袭性,所致炎性指标(C反应蛋白)更高;CA-MRSA主要为SCCmecⅣ型,而HA-MRSA主要为SCCmecⅢ型;pvl毒力基因检出率高。

关键词： SCCmec 分子流行病学特征耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染

来源： cnki会议评论

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碳青霉烯耐药阴沟肠杆菌复合群的耐药谱和分子流行病学特征分析