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分子检测在分化型甲状腺癌术前诊断中的应用进展

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中华耳鼻咽喉头颈外科杂志 2020年第6期55卷 641-644页

作者：叶子恒郭明高上海交通大学附属第六人民医院甲乳疝外科 200233

近年来,甲状腺癌的发病率急剧升高,但作为术前诊断常用手段的超声引导下细针穿刺细胞学检查(fine needle aspiration,FNA)仍有许多局限性。随着越来越多与甲状腺癌发生发展相关的体细胞基因改变被发现,以这些基因改变为基础的检测手段... 详细信息

近年来,甲状腺癌的发病率急剧升高,但作为术前诊断常用手段的超声引导下细针穿刺细胞学检查(fine needle aspiration,FNA)仍有许多局限性。随着越来越多与甲状腺癌发生发展相关的体细胞基因改变被发现,以这些基因改变为基础的检测手段也应运而生,即分子检测。分子检测在应用中有较高的准确性,可作为FNA的辅助手段,成为甲状腺癌精准诊疗的一部分。

关键词：分化型甲状腺癌术前诊断 needle 分子检测超声引导下细针穿刺细胞学检查 FNA 精准诊疗基因改变

湿地土壤硫酸盐还原菌的分子检测及其与植物的相互作用

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湿地科学 2015年第2期13卷 223-232页

作者：佘晨兴王静仝川福建师范大学环境科学与工程学院福建福州350007 福建省污染控制与资源循环利用重点实验室福建福州350007 湿润亚热带生态一地理过程省部共建教育部重点实验室、福建师范大学亚热带湿地研究中心福建福州350007

硫酸盐还原菌(SRB)是一类利用硫酸盐作为末端电子受体进行有机物降解的厌氧微生物,在湿地土壤硫循环和碳循环中发挥着极其重要的作用。分子检测方法弥补了传统基于培养的检测方法的不足,可以充分描述湿地土壤硫酸盐还原菌的多样性,为硫... 详细信息

硫酸盐还原菌(SRB)是一类利用硫酸盐作为末端电子受体进行有机物降解的厌氧微生物,在湿地土壤硫循环和碳循环中发挥着极其重要的作用。分子检测方法弥补了传统基于培养的检测方法的不足,可以充分描述湿地土壤硫酸盐还原菌的多样性,为硫酸盐还原菌的多样性检测提供了一种更为精确和科学的工具。在有植被的湿地土壤中,特别是根际土壤中,硫酸盐还原菌与湿地植物之间存在着相互影响的复杂关系。综述了湿地土壤硫酸盐还原菌分子检测中两类重要的标记基因,硫酸盐还原菌定性和定量分子检测方法,包括末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、实时定量PCR(real-time q PCR)和荧光原位杂交(FISH),同时对硫酸盐还原菌与湿地植物之间相互作用的研究进行了总结,提出该领域今后应该深入研究的一些问题及建议。

关键词：湿地土壤硫酸盐还原菌分子检测植物相互作用

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等离激元增强上转换发光及其分子检测应用

无机化学学报 2024年第5期40卷 877-884页

作者：杨扬李鹏城舒展屠能榮王宗花青岛大学化学化工学院材料科学与工程学院青岛266071 宁波工程学院微纳材料与器件创新研究院宁波315211 宁波中乌新材料产业技术研究院有限公司宁波315201

针对荧光分子检测普遍灵敏度低和检测范围窄的问题,制备了具有等离子激元共振特性的重掺杂半导体纳米结构Cu_(2-x)S和典型的稀土掺杂上转换发光纳米颗粒NaYF_(4)∶Yb,Er,通过三相界面自组装方法获得了Cu_(2-x)S/NaYF_(4)∶Yb,Er薄膜基... 详细信息

针对荧光分子检测普遍灵敏度低和检测范围窄的问题,制备了具有等离子激元共振特性的重掺杂半导体纳米结构Cu_(2-x)S和典型的稀土掺杂上转换发光纳米颗粒NaYF_(4)∶Yb,Er,通过三相界面自组装方法获得了Cu_(2-x)S/NaYF_(4)∶Yb,Er薄膜基底。结合有限元模拟,计算了不同摆放情况下Cu_(2-x)S周围的局域电场分布,研究了在实际薄膜中Cu_(2-x)S纳米盘之间产生的等离激元耦合对上转换发光性能以及对拉曼信号增强的影响。结果表明,Cu_(2-x)S等离激元层与NaYF_(4)∶Yb,Er发光层的耦合,不仅得到了上转换3个数量级的提高,还实现了分子检测10^(-7)mol·L^(-1)的检测极限,并且获得了10^(-3)~10^(-7)mol·L^(-1)的宽线性响应,从而达到高灵敏度的定性和定量双功能的精确检测。

关键词： Cu_(2-x)S纳米盘等离子激元共振分子检测

云南大理栽培春兰中ORSV和CymMV的分子检测及序列分析

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园艺学报 2022年第3期49卷 655-662页

作者：陈健鑫魏玉倩唐婕竺永金马焕成伍建榕西南林业大学生物多样性保护学院云南省高校森林灾害预警控制重点实验室昆明650224 西南林业大学林学院西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室昆明650224

2018—2019年,在云南大理部分地区开展了春兰(Cymbidium goeringii)病毒病害的调查和典型植株收集,通过逆转录—聚合酶链式反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)检测春兰中的病毒。70株春兰中均检测到齿兰环... 详细信息

2018—2019年,在云南大理部分地区开展了春兰(Cymbidium goeringii)病毒病害的调查和典型植株收集,通过逆转录—聚合酶链式反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)检测春兰中的病毒。70株春兰中均检测到齿兰环斑病毒(odontoglossum ringspot virus,ORSV),未检出建兰花叶病毒(cymbidium mosaic virus,Cym MV),说明该地区潜在的病毒病害主要为ORSV。基于外壳蛋白(CoatProtein)的系统发育树分析表明,所有ORSV分离物位于一个分支。ORSV外壳蛋白属于烟草花叶病毒外壳蛋白家族,理论等电点为5.01,属于亲水性稳定蛋白质。本研究证实了ORSV已经开始感染大理地区栽培的春兰,建议尽快开展兰花病毒病的早期诊断、药剂筛选及防治工作。

关键词：春兰建兰花叶病毒齿兰环斑病毒分子检测外壳蛋白基因生物信息

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新疆棉花蚜虫-寄生蜂食物网结构的分子检测体系

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植物保护学报 2021年第5期48卷 970-979页

作者：李金花李海强杨帆吴月坤张建萍陆宴辉中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193 海南大学植物保护学院热带农林生物灾害绿色防控教育部重点实验室海口570228 新疆农业科学院植物保护研究所乌鲁木齐830091 北京市农业科学院植物保护环境保护研究所北方果树病虫害绿色防控北京市重点实验室北京100097 石河子大学农学院新疆绿洲农业病虫害治理与植保资源利用重点实验室石河子832003

为明确新疆棉花蚜虫-寄生蜂的食物网结构,通过设计新疆棉花蚜虫和寄生蜂的特异性引物,建立并优化可以在物种水平上开展棉花蚜虫-寄生蜂食物网结构分析的分子检测方法,该方法包括3个多重PCR检测体系(cMP1、cPriMP2和cHypMP3)和1个单一PCR... 详细信息

为明确新疆棉花蚜虫-寄生蜂的食物网结构,通过设计新疆棉花蚜虫和寄生蜂的特异性引物,建立并优化可以在物种水平上开展棉花蚜虫-寄生蜂食物网结构分析的分子检测方法,该方法包括3个多重PCR检测体系(cMP1、cPriMP2和cHypMP3)和1个单一PCR(cSP1)检测体系,并应用建立的方法对采自库尔勒、阿克苏、昌吉的2383头僵蚜样品进行分子检测。结果表明,4个体系的灵敏度均较高,其中蚜虫cMP1体系的检出限为500 DNA拷贝数,初级寄生蜂cPriMP2体系的检出限为5000 DNA拷贝数,重寄生蜂cHypMP3和cSP1体系的DNA检出限分别为500拷贝数和100拷贝数。该方法能够快速且准确地鉴定4种棉花蚜虫、4种初级寄生蜂和7种重寄生蜂,特异性良好。使用该方法对供试僵蚜样品进行检测并成功绘制出新疆棉花蚜虫-初级寄生蜂-重寄生蜂食物网,定量分析了不同初级寄生蜂对蚜虫的寄生作用及重寄生蜂与初级寄生蜂之间形成的食物网络关系。表明所建立的分子检测方法可以用于评估不同种类寄生蜂在新疆棉花蚜虫种群控制中的生态功能,解析物种间的食物网关系。

关键词：蚜虫-初级寄生蜂-重寄生蜂食物网物种特异性引物分子检测多重PCR

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尖孢镰刀菌分子检测技术的建立与应用

草业学报 2016年第5期25卷 109-115页

作者：伍文宪刘勇黄小琴张蕾周西全刘红雨四川省农业科学院植物保护研究所四川成都610066 农业部西南作物有害生物综合治理重点实验室四川成都610066

尖孢镰刀菌从形态学和分子生物学上与属内多种菌难于区分,为准确鉴定豆科牧草上的尖孢镰刀菌,本研究基于尖孢镰刀菌与其他镰刀菌的核糖体DNA基因间间隔区IGS(intergenic spacer)序列间的差异,设计了一对特异性引物P_1/P_2,检测体系可以... 详细信息

尖孢镰刀菌从形态学和分子生物学上与属内多种菌难于区分,为准确鉴定豆科牧草上的尖孢镰刀菌,本研究基于尖孢镰刀菌与其他镰刀菌的核糖体DNA基因间间隔区IGS(intergenic spacer)序列间的差异,设计了一对特异性引物P_1/P_2,检测体系可以特异地从尖孢镰刀菌中扩增出一条1081bp的条带;引物P_1/P_2对尖孢镰刀菌基因组DNA的检测阈值为100pg,对土壤中尖孢镰刀菌分生孢子的检测灵敏度为100个孢子/g土;同时,引物P_1/P_2也可以对发病牧草根部组织中尖孢镰刀菌的存在进行特异性检测。检测体系可不经过室内病原菌的分离纯化即可有效的从土壤和病株中提取的DNA进行PCR检测鉴定,是一种快速有效的豆科牧草根腐病病原菌分子检测技术。

关键词：根腐病尖孢镰刀菌基因间隔区分子检测

中国79个小麦品种(系)抗条锈病评价及基因分子检测

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中国农业科学 2017年第16期50卷 3122-3134页

作者：黄亮刘太国肖星芷屈春艳刘博高利罗培高陈万权中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室山东农业大学作物生物学国家重点实验室四川农业大学农学院西南大学植物保护学院

【目的】了解中国小麦品种的条锈病抗性水平,掌握条锈病抗性基因的分布与利用情况,加强小麦品种的合理应用,促进品种布局与推广,延长品种使用年限,保障小麦生产安全。【方法】在温室中采用条锈菌CYR32、CYR33、G22-9、G22-14对中国小麦... 详细信息

【目的】了解中国小麦品种的条锈病抗性水平,掌握条锈病抗性基因的分布与利用情况,加强小麦品种的合理应用,促进品种布局与推广,延长品种使用年限,保障小麦生产安全。【方法】在温室中采用条锈菌CYR32、CYR33、G22-9、G22-14对中国小麦主产区的79个小麦品种(系)进行苗期抗性鉴定,喷雾接种的幼苗在(10±1)℃的黑暗保温桶中保湿12—18 h,取出置于白天16—18℃,夜晚14—16℃温室中,光周期为L﹕D=16 h﹕8 h,15 d后按0—9级分级标准进行调查;在河北廊坊大田中采用条锈菌CYR32、CYR33对79个小麦品种(系)进行成株期抗性鉴定,接种适期为小麦拔节期,接种前3 d灌水确保田间土壤温度。采用1 g夏孢子﹕300 m L矿物油的条锈菌夏孢子悬浮液喷雾接种诱发行感病品种铭贤169,待矿物油晾干后,喷水并覆塑料薄膜保湿12—16 h,待充分发病后调查病害的普遍率、严重度和侵染型,调查两次,以最高等级作为病情发病的级数;利用小麦抗条锈病基因Yr5、Yr10、Yr18、Yr26和1B/1R易位系的相应分子标记Wmc175F/R、SC200F/R、cs Lv34 F/R、We173 F/R和AF1/AF4对供试小麦进行分子检测;结合系谱分析、抗病性鉴定和分子检测结果分析确定参试小麦品种的抗性基因情况。【结果】在所有的参试小麦品(系)中,苗期对CYR32和CYR33均具有抗性的16份,占20.3%;对条锈菌致病类型G22-9和G22-14均具有抗性的4份,占5.1%;对CYR32、CYR33、G22-9和G22-14这4个小种均具有抗性的4份,占5.1%;成株期对CYR32和CYR33表现中抗及以上水平的24份,占30.4%;对CYR32表现全生育期抗性的12份,占15.2%;对CYR33表现全生育期抗性的16份,占20.3%;对CYR32和CYR33均表现全生育期抗性的11份,占14.0%。苗期对4个菌系均具有抗性并且成株期对CYR32和CYR33表现中抗或以上水平的共4份,占5.1%。结合系谱分析、抗病性鉴定和分子检测结果得出,供试小麦品种中4份携带Yr5,占5.1%;8份携带Yr10,占10.1%;3份携带Yr18,占3.8%;仅1份携带Yr26,占1.3%;35份携带1B/1R,占44.3%;4份携带2个抗性基因;远丰139携带Yr5、Yr10和Yr26。【结论】中国主产麦区的79个小麦品种(系)对当前条锈菌流行小种抗性水平普遍较低,1B/1R易位系使用率依然较高,在今后的育种工作中应加大Yr5、Yr18等有效抗性基因的利用,育成多基因聚合的有效持久抗性品种,进一步减少对1B/1R易位系的使用。

关键词：小麦小麦条锈病抗病鉴定抗病基因分子检测

快速现场评估的细胞学涂片对非小细胞肺癌分子检测的补充作用

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中国肺癌杂志 2023年第12期26卷 910-918页

作者：唐诗琪唐纯丽林泽云姜桔红广州医科大学附属第一医院广州呼吸健康研究院呼吸疾病国家重点实验室/国家呼吸系统疾病临床医学研究中心广州510120

背景与目的胸部小活检标本取材包括经支气管镜肺活检术(transbronchial forceps lung biopsy,TBLB)以及超声内镜引导下的经支气管针吸活检(endobronchial ultrasound transbronchial needle aspiration,EBUS-TBNA)可采用术中快速现场评估(rapid on-site evaluation,ROSE)细胞学涂片为操作者迅速给出初步诊断。本研究旨在分析ROSE细胞学涂片对非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)分子检测的补充作用。方法回顾性分析2020年8月至2022年12月我院收治的308例TBLB及EBUS-TBNA活检并行术中ROSE、病理诊断为NSCLC的病例,评估分析了配对的石蜡切片及ROSE细胞学涂片的肿瘤细胞量和比例,提取细胞学涂片的DNA并定量,部分合格的细胞学涂片标本用于实时定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)和第二代测序(next-generation sequencing,NGS)检测。结果大部分ROSE细胞学涂片均具有丰富的肿瘤细胞,78例(25.3%)石蜡切片分子检测不合格的病例中有44例(14.3%)具有分子检测合格的细胞涂片。石蜡切片检测到的细胞突变均可在合格的细胞学涂片标本中检测到。结论胸部小活检标本的ROSE细胞学涂片标本对NSCLC的分子检测有很好的补充作用,细胞学涂片与传统的石蜡切片联合应用能促进晚期NSCLC患者靶向治疗驱动基因的检测。建议实验室在评估石蜡切片分子检测不合格时,可进一步评估患者的ROSE细胞学涂片,合格的细胞学涂片可作为NSCLC分子检测的补充标本。

关键词：肺肿瘤活检快速现场细胞学评估分子检测

云南省番茄莴苣褪绿病毒分子检测及遗传进化分析

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园艺学报 2022年第1期49卷 141-147页

作者：冯丽肖胡荣卜姗张德咏罗香文李凡丁铭张卓张松柏刘勇湖南大学研究生院隆平分院长沙410125 湖南省农业科学院植物保护研究所长沙410125 云南农业大学植物保护学院昆明650201 云南省农业科学院昆明650231

采集了77份云南省疑似感染莴苣褪绿病毒(lettuce chlorosis virus,LCV)的番茄样本,采用特异性反转录PCR扩增LCV次要外壳蛋白基因(minor coatprotein,CPm)近全长序列,常规Sanger测序法测定相应片段序列,并对其进行遗传进化分析。结果表明... 详细信息

采集了77份云南省疑似感染莴苣褪绿病毒(lettuce chlorosis virus,LCV)的番茄样本,采用特异性反转录PCR扩增LCV次要外壳蛋白基因(minor coatprotein,CPm)近全长序列,常规Sanger测序法测定相应片段序列,并对其进行遗传进化分析。结果表明,LCV特异性反转录PCR扩增得到与预期大小(1.38 kb)—致的特异性条带;采集的77份番茄样本中LCV检出率为12.99%。测定的LCV CPm;发育分析表明,所有LCV分离物可分为3个亚簇,具有明显的地域特性,其中LCV云南分离物与中国其他地区LCV分离物聚为一亚簇,来自美洲和欧洲分离物分别聚为一个簇。遗传进化分析表明,LCV云南分离物YN58有1个重组事件,序列中嘧啶(C/T)替换率最高(25.25),呈现独立进化、加速扩展趋势。这是在云南省首次报道发现LCV。

关键词：番茄莴苣褪绿病毒分子检测系统发育分析进化