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基于公共数据库挖掘肝细胞癌预后相关的长链非编码RNA分子标签

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中华流行病学杂志 2019年第7期40卷 805-809页

作者：肖金荣王可刘颖李泽武周玉静王唤卓卢静雅程珊珊魏晟华中科技大学同济医学院公共卫生学院流行病与卫生统计学系环境与健康教育部重点实验室武汉430030

目的通过对癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)公共数据库中肝细胞癌病例癌和癌旁组织RNA测序数据的分析,挖掘与肝细胞癌预后相关的长链非编码RNA(lncRNA)分子标签。方法截至2018年2月,从TCGA数据库中获得377例肝细胞癌病例的癌及癌旁组织RNAseq... 详细信息

目的通过对癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)公共数据库中肝细胞癌病例癌和癌旁组织RNA测序数据的分析,挖掘与肝细胞癌预后相关的长链非编码RNA(lncRNA)分子标签。方法截至2018年2月,从TCGA数据库中获得377例肝细胞癌病例的癌及癌旁组织RNAseq数据及临床预后信息,将50对癌和癌旁组织的lncRNA表达水平进行差异t检验分析,进而采用LASSO Cox回归分析筛选肝细胞癌预后相关的lncRNA,并构建lncRNA分子标签。将所有病例按分子标签表达水平分为4组(分子标签表达水平对肝细胞癌病例总体生存率的影响。结果筛选出951个癌和癌旁组织中表达水平有统计学意义差异的lncRNA,通过LASSO Cox回归分析进一步筛选出3个lncRNA(LNCSRLR、MKLN1-AS及ZFPM2-AS1),并构建分子标签。分子标签表达水平≥P75组的死亡风险是分子标签表达水平与肝细胞癌病例的预后有关。

关键词：肝细胞肿瘤分子标签

红麻线粒体基因atp9克隆及不育细胞质分子标签的利用

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南方农业学报 2015年第6期46卷 964-970页

作者：赵艳红廖小芳赵洪涛黄其椿唐兴富李初英周瑞阳广西大学农学院南宁530005 广西农业科学院经济作物研究所南宁530007

【目的】快速克隆红麻线粒体atp9基因编码区(CDS)序列并分析其系统进化关系,为atp9基因功能验证奠定基础;利用基于atp9基因开发的不育细胞质分子标签MM556检测红麻种质资源的细胞质育性,为鉴定红麻不育细胞质种质资源提供参考。【方法... 详细信息

【目的】快速克隆红麻线粒体atp9基因编码区(CDS)序列并分析其系统进化关系,为atp9基因功能验证奠定基础;利用基于atp9基因开发的不育细胞质分子标签MM556检测红麻种质资源的细胞质育性,为鉴定红麻不育细胞质种质资源提供参考。【方法】以红麻细胞质雄性不育系P3A及保持系P3B为材料,采用同源克隆方法克隆线粒体基因atp9的CDS区并进行序列比对和进化分析。利用分子标签MM556对84份未知细胞质育性的红麻种质资源进行不育细胞质材料筛选,并利用6个金钱吊芙蓉品种进行验证。【结果】红麻细胞质雄性不育系与保持系的CDS区碱基均为339 bp,两者间存在4个碱基的差异,推导编码112个氨基酸。红麻atp9基因与葡萄的亲缘关系最近,其节点支持率为72,其次为十字花科的油菜和拟南芥,与韭菜亲缘关系最远。MM556分子标签鉴定结果表明,84份红麻种质资源中,UG93-2ms-1、UG93-2ms-2、UG93-2ms-3、UG93-2ms-4、UG93-2-22、KN250、KN250-1、KN142、ZB90和09-7等10份材料具有不育细胞质,其中UG93-2ms-1、UG93-2ms-2、UG93-2ms-3和UG93-2ms-4均为红麻野败型UG93雄性不育突变体的衍生株系。经对金钱吊芙蓉品种的分子检测和田间育性验证,发现MM556分子标签同样适用于金钱吊芙蓉材料育性的辨别。【结论】克隆获得的红麻atp9基因编码区序列及筛选获得的不育细胞质种质资源可用于进一步研究红麻细胞质雄性不育分子机理;基于atp9基因开发的分子标签MM556可用于红麻不育细胞质的鉴定。

关键词：红麻不育细胞质 atp9 分子标签育性检测

海岛棉H276A/H276B AFLP分析与分子标签发掘

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海岛棉H276A/H276B AFLP分析与分子标签发掘

作者：陈春妍广西大学

学位级别：硕士

棉花(Gossypium hirsutum L.)是我国重要的经济作物之一,在国民经济中占有重要地位。棉花具有强大的杂种优势,利用棉花细胞质雄性不育系,实现“三系”配套长期以来是棉花育种家追求的目标。揭示植物细胞质雄性不育(CMS)机理,为人工创造... 详细信息

棉花(Gossypium hirsutum L.)是我国重要的经济作物之一,在国民经济中占有重要地位。棉花具有强大的杂种优势,利用棉花细胞质雄性不育系,实现“三系”配套长期以来是棉花育种家追求的目标。揭示植物细胞质雄性不育(CMS)机理,为人工创造CMS种质资源及有效调控CMS的表达提供理论依据,是国内外关于植物CMS的重要研究方向。本研究以刘冬梅等基于转红麻HcPDIL5-2α创造的海岛棉细胞质雄性不育系H276A为材料,以其非转基因保持系H276B (H276A的野生型)为对照,利用多态性丰富、稳定性好、灵敏度高的AFLP分子标记技术,选择256对选择性扩增引物对其基因组DNA进行多态性分析,得出如下主要研究结果：1、AFLP标记技术体系优化首先,本试验建立了棉花幼叶高纯度、高质量的基因组DNA提取方法,在传统CTAB法的基础上结合纯化柱式提取方法,所提取的DNA质量可以满足后续AFLP技术要求,完全适于其分析;其次,从模板用量、酶切时间、连接产物及预扩增产物稀释倍数等方面进行优化,建立了最适于本试验研究材料的AFLP标记技术体系和反应条件;最后,对变性聚丙烯酰胺凝胶的银染做了优化,使显影效果更佳。2、H276A与H276B的AFLP分析利用AFLP标记技术,从DNA水平上对H276A、H276B进行分析,在256对选择性扩增引物中,有17对引物能稳定扩增出差异条带,共获得24条有无差异条带,其中H276A有13条,多态性比例占2.63%;H276B有11条,多态性比例占2.23%。对差异片段进行回收,最终成功回收到19条片段,大小主要集中在100-700bp之间。3、差异片段克隆测序纯化回收后的目的片段经连接转化、菌液PCR检测,最终成功检测到13个大小与回收片段相同的差异片段,测序结果经NCBI Blast比对分析,共得到6个陆地棉细胞质基因同源序列。分别是2条叶绿体同源序列(均为ndhH基因的编码序列),4条线粒体同源序列(其中两条相同ccmC基因上游非编码区序列,一条nad6与sdh3编码区基因之间的一段非编码区序列,一条rps3基因的编码序列)。通过对两个材料的差异片段进行再克隆测序比对,共发现6个碱基替换,5个碱基缺失的突变。4、分子标签的开发基于海岛棉H276A、H276B线粒体基因ccmC上游保守区91bp处存在的一个碱基替换的差异,开发了两个能特异区别海岛棉不育系细胞质的PCR分子标签。通过对5对与H276同质异核的海岛棉不育系与保持系进行分子标签验证,这两对标签能根据有无条带明显区分出不育细胞质与可育细胞质。

关键词：棉花 CMS AFLP 分子标签

基于内生真菌群落结构地域性差异的铁皮石斛产地分子标签研究

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基于内生真菌群落结构地域性差异的铁皮石斛产地分子标签研究

作者：高林怡上海中医药大学

学位级别：硕士

目的:本课题组在前期研究发现不同产地铁皮石斛内生真菌群落结构存在明显地域性差异的基础上,比较分析浙江、云南和四川人工栽培铁皮石斛内生真菌群落关系,筛选出可用于产地区分的指示菌,利用其核苷酸序列构建产地分子标签,确定利用内... 详细信息

目的:本课题组在前期研究发现不同产地铁皮石斛内生真菌群落结构存在明显地域性差异的基础上,比较分析浙江、云南和四川人工栽培铁皮石斛内生真菌群落关系,筛选出可用于产地区分的指示菌,利用其核苷酸序列构建产地分子标签,确定利用内生真菌群落结构地域性差异进行铁皮石斛产地区分的方法。方法:比较不同产地铁皮石斛18s rDNA与ITS宏基因测序获得的内生真菌群落结构信息,结合内生真菌物种检出率与丰度筛选产地指示菌,根据其核苷酸序列设计、构建产地分子标签,确定适用范围和产地区分度,并使用q-PCR结合随机森林的统计方法予以验证,确定产地鉴别方法的稳定性和准确性。结果:铁皮石斛在大规模异地引种栽培的背景下,不同产地铁皮石斛种苗来源、栽培基质以及栽培方法趋同性强,但具有地域属性的灌溉用水和空气等环境因素在铁皮石斛内生真菌群落结构的重建中仍能形成地域性差异并可据此在铁皮石斛各类市售品中进行产地区分。铁皮石斛市售品中的干品由于经历高温干燥等加工过程,内生真菌群落结构发生显著变化,但其地域性差异仍足以进行产地区分。本研究利用产地差异指示菌菌株的特异性核苷酸序列,成功构建了分别适用于铁皮石斛鲜品和干品的两套铁皮石斛产地分子标签,其准确率近100%,为其它中药材的产地鉴别提供了创新性的思路和方法。结论:本课题确立了利用产地间内生真菌群落结构的地域性差异进行产地鉴别的方法,筛出了产地指示菌并成功构建产地分子标签,结果准确可靠且方便、快捷,能有效鉴别华东、西南三个省份的铁皮石斛种植区,为其它人工引种栽培中药材的产地鉴别提供借鉴。

关键词：铁皮石斛内生真菌分子标签产地鉴别

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胃肠道肿瘤预后相关分子标签的发掘与鉴定

胃肠道肿瘤预后相关分子标签的发掘与鉴定

作者：朱小强上海交通大学

学位级别：硕士

背景:基于解剖学的TNM分期是目前指导肿瘤治疗、预后评估的唯一有效手段,然而由于胃肠道肿瘤在分子发生机制方面的高异质性,TNM分期已经不能完全满足胃癌的治疗及预后的评估的需求。本研究旨在利用大样本的胃肠肿瘤表达谱数据,构建稳定... 详细信息

背景:基于解剖学的TNM分期是目前指导肿瘤治疗、预后评估的唯一有效手段,然而由于胃肠道肿瘤在分子发生机制方面的高异质性,TNM分期已经不能完全满足胃癌的治疗及预后的评估的需求。本研究旨在利用大样本的胃肠肿瘤表达谱数据,构建稳定的预后分子标签模型,以提高胃癌的预后预测及指导治疗。方法:本研究共纳入2799例胃肠肿瘤病例,分别利用随机森林、LASSO Cox回归模型及K-means算法建立预后、治疗相关的分子标签模型,同时在独立的大样本数据集中对其进行验证。结果:本研究首先利用两种不同的方法分别构建了两个与胃癌预后相关的分子标签,即基于随机森林预后模型构建的lnc RNAs分子标签和基于LASSO-Cox预后模型构建的m RNA分子标签,均能将胃癌患者分为高、低危组,提高胃癌预后的预测能力;其次,本研究还通过与化疗反应相关的间质特异表达的基因分子标签建立了由六个亚型组成的大肠癌分子分型模型。六个亚型在临床病理分子特征、突变、表观遗传改变、信号通路、药物反应、预后和免疫细胞比例方面有着显著的差别。结论:利用基因表达谱构建的分子标签能后显著提高胃癌的预后预测效能。大肠癌间质与上皮间异常表达的基因从一定程度上能反应大肠癌对化疗药物的反应程度和大肠癌的预后情况,进一步把大肠癌分为六个亚型。该分子分型在大肠癌化疗药物的选择方面有其明显优势,还能提高对大肠癌的预后预测,具有潜在的应用价值。

关键词：胃肠肿瘤基因表达分子标签化疗反应预后预测

基于分子标签二代测序技术的非小细胞肺癌驱动基因变异分析

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分子诊断与治疗杂志 2019年第6期11卷 468-473页

作者：刘小云吴小延邵琼龙亚康王海云邓玲中山大学肿瘤防治中心华南肿瘤学国家重点实验室肿瘤医学协同创新中心

目的通过对非小细胞肺癌(NSCLC)患者的血浆 ctDNA标本采用基于分子标签(UMI) 的二代测序(NGS)技术进行相关驱动基因突变分析,评估血浆 ctDNA二代测序技术指导靶向用药的价值及注意事项。方法纳入了163例2017年7月至2019年7月期间在... 详细信息

目的通过对非小细胞肺癌(NSCLC)患者的血浆 ctDNA标本采用基于分子标签(UMI) 的二代测序(NGS)技术进行相关驱动基因突变分析,评估血浆 ctDNA二代测序技术指导靶向用药的价值及注意事项。方法纳入了163例2017年7月至2019年7月期间在中山大学附属肿瘤医院就诊的 NSCLC患者血液标本,采用基于分子标签的二代测序方法,检测患者血浆ctDNA中与NSCLC相关的 11个驱动基因的突变情况。结果 98例初诊初治的NSCLC患者中,37.8%(37例)患者未检出肺癌驱动基因突变。其余患者中 TP53、EGFR、ERBB2、RET、KRAS、ALK、PIK3CA、BRAF、MET、ROS1、NRAS的突变频率分别为33%、24%、10%、8%、7%、6%、4%、3%、3%、3%和1%。57例EGFR TKI靶向治疗后进展的 NSCLC患者中,21例(36.8%)检出T790M突变,3例(27.3%)接受三代EGFR TKI治疗后进展的患者出现T790M与T797S顺式耐药突变。其他耐药突变包括KRAS基因突变(2例)、MET基因扩增(1例)以及PIK3CA基因突变(8例)。29例组织样本ARMS PCR检测结果阳性的患者,组织EGFR突变阳性患者与ctDNA检测EGFR阳性患者之间的一致性为13.8%。结论该方法不仅能够检出初诊初治NSCLC 患者中靶向治疗的敏感突变,还可以对靶向治疗进展后的耐药突变情况进行监测。因此,可选择基于分子标签的二代测序检测技术来指导 NSCLC患者的个性化用药。

关键词：非小细胞肺癌二代测序分子标签液体活检循环肿瘤游离DNA 耐药突变

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大肠癌转移相关分子标签的筛选

现代生物医学进展 2012年第27期12卷 5225-5229页

作者：齐鲁袁理吴萍冶亚平丁彦青南方医科大学基础医学院病理学系广东广州510515 南方医科大学南方医院病理科广东广州510515

目的:筛选与转移相关的大肠癌分子标签。方法:本文通过对大肠癌表达谱数据进行分析,按照表达谱中大肠癌转移情况,组织学分化程度以及患者生存时间进行显著性分析,将与大肠癌转移相关的具有显著性意义的基因群进行聚类,通过主成分分析以... 详细信息

目的:筛选与转移相关的大肠癌分子标签。方法:本文通过对大肠癌表达谱数据进行分析,按照表达谱中大肠癌转移情况,组织学分化程度以及患者生存时间进行显著性分析,将与大肠癌转移相关的具有显著性意义的基因群进行聚类,通过主成分分析以及自组织映射的方法计算出差异表达基因中,起着主体分类作用的基因群。结果:筛选出与肿瘤组织分化程度以及患者生存时间相关的差异表达基因,进行功能富集,并筛选出了一批与大肠癌转移密切相关的重要基因,这些基因对大肠癌早期诊断,及时治疗,预后评估有着重要意义。结论:细胞代谢,趋化因子信号通路和细胞因子受体等分子事件与大肠癌分化程度密切相关,是否发生转移与大肠癌的预后生存期密切相关。

关键词：大肠癌转移分子标签

基于免疫相关基因的肾透明细胞癌预后分子标签的建立与验证

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国际泌尿系统杂志 2023年第1期43卷 21-25页

作者：管波杜永强钱永单卫民阜阳市人民医院泌尿外科阜阳236000

目的通过挖掘TCGA数据库中肾透明细胞癌(ccRCC)的免疫相关基因数据,构建ccRCC预后分子标签。方法从TCGA数据库中提取611例的RNA-Seq测序数据(正常样本72例,ccRCC样品539例)和530例ccRCC患者的临床数据,筛选出免疫相关基因(IRGS)表达数据... 详细信息

目的通过挖掘TCGA数据库中肾透明细胞癌(ccRCC)的免疫相关基因数据,构建ccRCC预后分子标签。方法从TCGA数据库中提取611例的RNA-Seq测序数据(正常样本72例,ccRCC样品539例)和530例ccRCC患者的临床数据,筛选出免疫相关基因(IRGS)表达数据,并计算正常肾组织与ccRCC组织表达差异的IRGS。在530例ccRCC肿瘤组织样品的IRGS表达数据中,随机抽取70%的样品应用LASSO-Cox回归构建预后分子标签(训练组),30%的样品验证构建的IRGS预后分子标签(测试组)。结果在ccRCC组织中筛选出差异表达的IRGS共775种。单因素Cox分析得到298种IRGS与ccRCC预后有相关性(P分子标签值在训练组、测试组、所有样本数据与ccRCC患者的生存期呈显著相关,分子标签值越高患者的预后越差,其中所有样本数据中的1、3、5年受试者工作特征曲线(ROC)的曲线下面积分别为0.797、0.763、0.780。结论ccRCC的IRGS预后模型可用于预测ccRCC患者的预后,有利于临床治疗。

关键词：癌,肾细胞分子标签免疫相关基因

基于炎症反应相关基因构建BLCA分子亚型和预后模型

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国际泌尿系统杂志 2024年第3期44卷 456-461页

作者：管波王浩宇张挺陈远哲单卫民安徽省阜阳市人民医院泌尿外科阜阳236000 阜阳市第二人民医院泌尿外科阜阳236000 阜阳市人民医院病理科阜阳236000

目的:通过TCGA数据库中膀胱尿路上皮癌(BLCA)中炎症反应相关基因(IRRGS)的表达数据和临床数据,构建BLCA分子亚型和预后分子标签,探索其在BLCA中的预后作用。方法:检索TCGA数据库中412例BLCA患者的转录组数据及临床预后数据,利用R语言中... 详细信息

目的:通过TCGA数据库中膀胱尿路上皮癌(BLCA)中炎症反应相关基因(IRRGS)的表达数据和临床数据,构建BLCA分子亚型和预后分子标签,探索其在BLCA中的预后作用。方法:检索TCGA数据库中412例BLCA患者的转录组数据及临床预后数据,利用R语言中NMF包对BLCA中的IRRGS表达进行无监督聚类分析,构建基于IRRGS的BLCA分子亚型,探索不同亚型的预后情况和肿瘤微环境情况;采用LASSO-Cox回归进行BLCA预后相关甲基化标志物筛选,并构建预后分子标签,进一步分析其在BLCA中的预后作用。结果:基于BLCA转录组数据和生存数据,发现200种IRRGS中有33种基因与BLCA预后相关(均P分子亚型,将412例BLCA患者分为3个亚组,不同亚型具有不同预后,且不同亚型具有不同肿瘤微环境;基于33种IRRGS采用LASSO-Cox回归分析从中筛选出9种与BLCA预后相关IRRGS(DCBLD2、IL-10、IRAK2、IRF1、LDLR、PVR、RIPK2、SEMA4D、TLR2),并联合9种IRRGS构建预后分子标签,结果显示,该分子标签可以很好地判断BLCA患者预后。结论:基于IRRGS构建的BLCA分子亚型,不同亚型间预后不同;不同亚型间肿瘤微环境不同。基于9种IRRGS构建的BLCA预后分子标签可以很好地判断BLCA预后,提示IRRGS在BLCA中可发挥重要作用。

关键词：炎症基因膀胱尿路上皮癌分子标签