检索结果-南通市图书馆

分子对接技术研究热休克蛋白27与β受体激动剂的相互作用

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食品工业科技 2018年第3期39卷 87-91页

作者：胡梦华王晶王方雨邓瑞广樊剑鸣郑州大学公共卫生学院河南郑州450001 河南省农业科学院河南省动物免疫学重点实验室河南郑州450002

利用分子对接技术,研究热休克蛋白27(heat shock protein 27,HSP27)与β受体激动剂类药物的结合能力,探究HSP27用于检测β受体激动剂的可能性。将人工表达的HSP27和β_2肾上腺素受体(β_2adrenergic receptor,β_2AR)分别与β受体激动... 详细信息

利用分子对接技术,研究热休克蛋白27(heat shock protein 27,HSP27)与β受体激动剂类药物的结合能力,探究HSP27用于检测β受体激动剂的可能性。将人工表达的HSP27和β_2肾上腺素受体(β_2adrenergic receptor,β_2AR)分别与β受体激动剂类药物进行分子对接,比较它们的结合能力的差异性,并对对接结果进行酶联免疫吸附实验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)验证。对接结果显示,15种β受体激动剂类药物中有9种药物与HSP27对接的总评分值高于β_2AR。ELISA的结果显示,HSP27可以与HRP-克伦特罗、HRP-非诺特罗和HRP-莱克多巴胺特异性结合,OD值分别为0.685、0525、0.662,这与分子对接结果基本一致。结论:HSP27与β肾上腺素受体激动剂类药物具有较强的结合能力,可以用于检测β肾上腺素受体激动剂的可能性较大。

关键词：分子对接技术热休克蛋白27(HSP27) β2肾上腺素受体 β受体激动剂

基于UPLC-Q-TOF/MS代谢组学和分子对接技术探索胆黄连“清肝胆实火”的物质基础

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中国实验方剂学杂志 2023年第23期29卷 140-149页

作者：董兆威田茂颖杨宇王瑾黄勤挽成都中医药大学西南特色中药资源国家重点实验室药学院民族医药学院成都611137

目的:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF/MS)代谢组学及分子对接技术研究胆黄连清肝胆实火的物质基础。方法:采用UPLC-Q-TOF/MS代谢组学技术分析黄连、清炒黄连和胆黄连的整体化学成分,流动相0.1%甲酸水溶液(A)... 详细信息

目的:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF/MS)代谢组学及分子对接技术研究胆黄连清肝胆实火的物质基础。方法:采用UPLC-Q-TOF/MS代谢组学技术分析黄连、清炒黄连和胆黄连的整体化学成分,流动相0.1%甲酸水溶液(A)-乙腈(B)梯度洗脱(0~2 min,5%B;2~20 min,5%~65%B;20~40 min,65%~10%B;40~45 min,10%B;45~46 min,10%~95%B;46~49 min,95%B),电喷雾离子源(ESI),正、负离子模式扫描,扫描范围m/z 80~1200。在此基础上,结合偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)和方差分析筛选不同黄连炮制品之间的差异化合物。利用网络药理学和分子对接技术验证差异化合物与肝胆实火证的关联程度。结果:共鉴定了33个化学成分,包括2个酚酸类、5个结合型胆汁酸类、26个生物碱类。PLS-DA和方差分析确认差异化合物16个,其中11个生物碱、5个结合型胆汁酸。在京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库进行通路富集分析得到差异成分与“肝胆实火”相关的疾病通路8条,“成分-靶点-通路”网络分析得到关键靶点磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α亚型(PIK3CA);分子对接结果显示,11种生物碱成分与PIK3CA均具有良好的结合能力。结论:猪胆汁在胆黄连炮制中具有独特性,可以促进小檗红碱、二氢白屈菜红碱等11种生物碱的生成和溶出。结合分子对接结果和文献结果可认为小檗红碱、二氢白屈菜红碱、牛磺猪去氧胆酸等16个差异化合物是胆黄连清肝胆实火的物质基础。

关键词：胆黄连肝胆实火物质基础代谢组学分子对接技术网络药理学超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱法(UPLC-Q-TOF/MS)

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分子对接技术在化学生物传感领域中的应用

化学传感器 2022年第4期42卷 23-35页

作者：薛书蕾肖敏之尹碧露袁荣耀刘成肖忠良曹忠长沙理工大学化学化工学院电力与交通材料保护湖南省重点实验室细胞化学湖南省重点实验室长沙410114

分子对接技术是一种广泛应用于化学生物传感以及制药领域的理论计算方法。基于对分子之间亲和力的预测和评估,为传感器设计、揭示信号转导机制、性能优化和传感器构建提供了有力的工具。该文对不同分子对接方法进行了说明和比较,并概述... 详细信息

分子对接技术是一种广泛应用于化学生物传感以及制药领域的理论计算方法。基于对分子之间亲和力的预测和评估,为传感器设计、揭示信号转导机制、性能优化和传感器构建提供了有力的工具。该文对不同分子对接方法进行了说明和比较,并概述了分子对接技术为构建高效、高灵敏和高选择性的化学传感器提供了理论指导,重点阐述了分子对接技术在电化学传感、光学传感和气体传感中的研究进展和应用,表明了分子对接技术对化学传感器的构建具有十分重要的意义。

关键词：分子对接技术分子识别化学传感器分析应用

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

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吉林大学学报（医学版） 2023年第1期49卷 74-83页

作者：汪洺卉刘墨祎王鹤霖李迎汪香君惠赫童范馨元王添琦刘丽梅北华大学医学技术学院微生物学检验教研室吉林吉林132000

目的:基于网络药理学探讨锦灯笼(PCF)在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点... 详细信息

目的:基于网络药理学探讨锦灯笼(PCF)在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库(PDB)和小分子药物靶点预测在线平台(Swiss Target Prediction)网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具(STRING)数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作(PPI)网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库(DAVID)对交集基因进行基因本体(GO)生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用AutoDock和PyMol软件进行分子对接验证。结果:对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子(TNF)和T细胞受体(TCR)等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1(AKT1)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(Caspase-3)等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均对接较好。结论:PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。

关键词：网络药理学分子对接技术锦灯笼白血病

分子对接技术筛选黑沙蒿中黄酮类化合物的PPAR-γ激动活性成分

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中国药房 2018年第1期29卷 58-62页

作者：肖音肖斌赵娜张娜武心亮苏伊新海口市人民医院药学部海口570000 内蒙古医科大学鄂尔多斯临床医学院药剂科内蒙古鄂尔多斯017000 天津市宝坻区人民医院药剂科天津301800

目的:从黑沙蒿所含黄酮类化合物中筛选过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPAR-γ)的激动活性成分,为发现黑沙蒿中抗糖尿病药效物质提供参考。方法:以已知PPAR-γ激动药罗格列酮为阳性对照,采用分子对接技术对黑沙蒿中已分离得到的18个黄酮... 详细信息

目的:从黑沙蒿所含黄酮类化合物中筛选过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPAR-γ)的激动活性成分,为发现黑沙蒿中抗糖尿病药效物质提供参考。方法:以已知PPAR-γ激动药罗格列酮为阳性对照,采用分子对接技术对黑沙蒿中已分离得到的18个黄酮类化合物与PPAR-γ靶点进行一一分子对接,并对化合物与PPAR-γ靶点的对接亲和力、对接构象等进行分析比较,筛选黑沙蒿中可能的PPAR-γ激动活性成分。结果:有5个黄酮类化合物呈现了较好的对接亲和力,其中以化合物3(5,3′,4′-三羟基-7-甲氧基黄酮)亲和力最高(-8.3 kcal/mol);对接构象分析发现,黄酮类化合物A环与B环上的氧原子易与PPAR-γ配体结合域活性位点形成1个(Tyr327)或2个(Tyr327、Arg288)氢键结合,这对于黄酮类化合物与PPAR-γ的结合以及PPAR-γ构象的稳定起着重要作用。结论:采用分子对接技术进行的虚拟筛选结果表明,黑沙蒿中的黄酮类化合物(大多含有多个自由酚羟基)易与PPAR-γ形成较好的对接模式与较高亲和力,具有潜在抗糖尿病活性;本研究可为黑沙蒿治疗2型糖尿病的化学成分研究提供参考。

关键词：黑沙蒿分子对接技术黄酮类化合物过氧化物酶体增殖物激活受体-γ 亲和力抗糖尿病

肾病III号方治疗慢性肾脏病大鼠肾脏纤维化的作用机制:基于网络药理学和分子对接技术

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南方医科大学学报 2023年

作者：罗冠峰刘华熙谢钡邓伊健谢鹏辉赵晓山孙晓敏南方医科大学中医药学院南方医科大学珠江医院中医科

目的观察肾病III号方对5/6肾切除大鼠肾功能、肾脏病理的改善作用及联合网络药理学和分子对接技术分析肾病III号方抗慢性肾脏病肾脏纤维化的作用机制。方法 SPF级雄性SD大鼠40只，从中随机选取10只作为假手术组，30只制作5/6肾切除模... 详细信息

目的观察肾病III号方对5/6肾切除大鼠肾功能、肾脏病理的改善作用及联合网络药理学和分子对接技术分析肾病III号方抗慢性肾脏病肾脏纤维化的作用机制。方法 SPF级雄性SD大鼠40只，从中随机选取10只作为假手术组，30只制作5/6肾切除模型，造模2周后测血清肌酐，并将造模组随机分为肾病III号方组、氯沙坦组、模型组。肾病III号方组予肾病III号方灌胃，氯沙坦组予氯沙坦钾灌胃，模型组与假手术组予生理盐水灌胃，给药16周后测定血清肌酐、尿素氮，HE染色及免疫印迹法观察肾脏病理学改变和纤维化相关因子。网络药理学联合分子对接技术探索肾病III号方抗慢性肾脏病肾脏纤维化的作用机制，免疫印迹法验证核心靶点表达。结果与模型组比较，肾病III号方治疗后，5/6肾切除大鼠的血清肌酐、尿素氮降低（P分子对接结果显示，肾病III号方的活性成分与STAT3、SRC、CTNNB1、PIK3R1、AKT1靶点都有良好的结合活性。免疫印迹法验证发现肾病III号方能恢复5/6肾切除大鼠肾组织中STAT3、PI3K、AKT的蛋白表达（P<0.05）。结论肾病III号方能减轻5/6肾切除大鼠所致的肾脏损伤，其主要的药效成分可能通过调控STAT3、PIK3R1、AKT1等多靶点发挥抗慢性肾脏病肾脏纤维化的作用。

关键词：肾病III号方 5/6肾切除肾脏纤维化网络药理学分子对接技术

基于数据挖掘和分子对接技术探讨中药抗再灌注损伤的用药规律

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中成药 2022年第7期44卷 2381-2386页

作者：徐方飚赵哲谢抗王新志河南中医药大学河南郑州450000 广东药科大学中医药研究院广东广州510006 河南中医药大学第一附属医院河南郑州450000

目的基于数据挖掘和分子对接技术探讨中药抗再灌注损伤的用药规律。方法采用网络药理学研究方法,通过检索Genecards数据库、Disgenet数据库获取再灌注损伤的靶点,利用STRING数据库获取蛋白之间的相互作用,并利用度值条件筛选再灌注损... 详细信息

目的基于数据挖掘和分子对接技术探讨中药抗再灌注损伤的用药规律。方法采用网络药理学研究方法,通过检索Genecards数据库、Disgenet数据库获取再灌注损伤的靶点,利用STRING数据库获取蛋白之间的相互作用,并利用度值条件筛选再灌注损伤的核心靶点,通过检索TCMSP数据库,挖掘用于抗再灌注损伤的中药用药规律及配伍规律。结果共挖掘出6个核心靶点、41种相关成分及381味中药,STAT3靶点与41种成分均有良好的结合活性。中药以苦、寒药,入肝、肺经为主。结论 STAT3靶点可作为新的中药抗再灌注损伤的作用靶点,在中医角度而言以调理全身气机为主。

关键词：中药再灌注损伤用药规律数据挖掘网络药理学分子对接技术

光谱法和分子对接技术研究胡桃醌与人血清白蛋白的相互作用

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分析化学 2020年第10期48卷 1383-1391页

作者：申炳俊柳婷婷长春理工大学生命科学技术学院

胡桃醌（Jug）是民间抗癌验方青龙衣的主要活性物质之一,其与蛋白质的相互作用及作用机理研究鲜见报道。本研究在模拟人体生理条件下,利用内源荧光光谱、紫外吸收光谱、同步荧光光谱、三维荧光光谱以及分子对接技术,研究了Jug与人血清... 详细信息

胡桃醌（Jug）是民间抗癌验方青龙衣的主要活性物质之一,其与蛋白质的相互作用及作用机理研究鲜见报道。本研究在模拟人体生理条件下,利用内源荧光光谱、紫外吸收光谱、同步荧光光谱、三维荧光光谱以及分子对接技术,研究了Jug与人血清白蛋白（HSA）之间的作用机理。荧光光谱结果表明,Jug能有效猝灭HSA内源荧光,猝灭机制属静态猝灭,通过Lineweaver-Burk方程求得两者间结合常数（K;）为3.72×10;L/mol （310 K）,结合位点数（n）约为1。根据Van′t Hoff定律计算得到的热力学参数(ΔH=-142.07 kJ/mol和ΔS=-409.08 J/（mol·K）)表明,Jug与HSA之间的主要作用力为氢键和范德华力。根据F9rster′s能量转移定律,确定Jug与HSA结合距离为2.61 nm。紫外吸收光谱、同步荧光光谱和三维荧光光谱研究发现,Jug对HSA二级结构有轻微影响,使酪氨酸（Tyr）残基周围微环境疏水性增加。分子对接结果进一步表明,Jug通过范德华力、氢键和疏水作用力与HSA的亚域ⅢA中氨基酸残基进行作用。本研究有助于从分子水平上了解Jug在人体内的储藏运输过程以及对蛋白质功能的影响机制。

关键词：胡桃醌人血清白蛋白荧光光谱紫外吸收光谱同步荧光分子对接技术

分子对接技术在中药抗新型冠状病毒研究中的应用

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分子对接技术在中药抗新型冠状病毒研究中的应用