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基于细胞色素b基因河鲈养殖群体与野生群体遗传多样性分析

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淡水渔业 2015年第6期45卷 16-21页

作者：武菲王翠华胡文革郭飏莫超石河子大学生命科学学院新疆石河子832003

利用线粒体DNA细胞色素b基因的421 bp部分序列对北屯、乌伦古湖、博斯腾湖3个野生河鲈(Perca fluviatilis)群体和北湖、五家渠2个养殖河鲈群体序列多样性与种群遗传结构进行分析。结果表明:100个个体中检测到7个单倍型,变异位点10个,其... 详细信息

利用线粒体DNA细胞色素b基因的421 bp部分序列对北屯、乌伦古湖、博斯腾湖3个野生河鲈(Perca fluviatilis)群体和北湖、五家渠2个养殖河鲈群体序列多样性与种群遗传结构进行分析。结果表明:100个个体中检测到7个单倍型,变异位点10个,其中野生群体60个个体检测到9个变异位点和6个单倍型,养殖群体40个个体共检测到8个变异位点和4种单倍型;野生群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性(Hd=0.496±0.121,Pi=0.002 53±0.001 54)高于养殖群体(Hd=0.416±0.127,Pi=0.001 23±0.001 13),分子方差分析揭示,98.74%的遗传变异性出现在种群内个体间。群体间的FST分析揭示野生群体和养殖群体分化程度较低(0.05群体和养殖群体不存在显著分化。

关键词：河鲈(Perca fluviatilis) 细胞色素b 养殖群体野生群体遗传多样性

岱衢洋与官井洋大黄鱼养殖群体遗传多样性的AFLP分析

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海洋科学进展 2015年第3期33卷 361-366页

作者：娄剑锋雷世勇竺俊全吴雄飞宁波大学教育部应用海洋生物技术重点实验室浙江宁波315211 宁波市海洋与渔业研究院浙江宁波315012

应用扩增片段长度多态性技术(AFLP),比较研究了岱衢洋大黄鱼养殖群体和官井洋大黄鱼养殖群体的遗传多样性。9对选择性引物组合,在2个群体的40个个体中共扩增出381个位点,其中多态位点为288个。2个养殖群体的多态位点比例、Nei′s基因多... 详细信息

应用扩增片段长度多态性技术(AFLP),比较研究了岱衢洋大黄鱼养殖群体和官井洋大黄鱼养殖群体的遗传多样性。9对选择性引物组合,在2个群体的40个个体中共扩增出381个位点,其中多态位点为288个。2个养殖群体的多态位点比例、Nei′s基因多样性指数、Shannon多样性指数分别为65.01%和57.50%,0.162 3和0.1175,0.254 7和0.185 6,显示岱衢洋大黄鱼F2代养殖群体的遗传多样性高于官井洋大黄鱼繁育多代养殖群体的遗传多样性。UPGMA聚类分析图显示2个群体各自聚成一支。遗传分化系数Gst及AMOVA分析表明,2个群体的遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已有一定程度的遗传分化。

关键词：大黄鱼扩增片段长度多态性技术(AFLP) 养殖群体遗传多样性

河南省鳙养殖群体的遗传多样性与选择压力分析

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淡水渔业 2018年第5期48卷 22-29页

作者：刘慧芬王静黄建美陈秋凤陈蕃锦马晓朱国超宋东萦聂国兴李学军河南师范大学水产学院河南省水产动物养殖工程技术研究中心河南新乡453007

为了解人工养殖和选育活动对鳙(Hypophthalmichthys nobilis)遗传多样性的影响,利用线粒体COI基因对河南省鳙养殖群体的遗传多样性进行研究。165个样品共检测出14个单倍型,平均单倍型多样性为0.862 37,平均核苷酸多样性为0.002 23。AMOV... 详细信息

为了解人工养殖和选育活动对鳙(Hypophthalmichthys nobilis)遗传多样性的影响,利用线粒体COI基因对河南省鳙养殖群体的遗传多样性进行研究。165个样品共检测出14个单倍型,平均单倍型多样性为0.862 37,平均核苷酸多样性为0.002 23。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于鳙群体内(97.65%),群体间的遗传变异为4.60%。系统发育树结果表明,养殖鳙群体交叉在一起,没有形成明显的地理格局分布。选择压力分析推测鳙养殖群体主要受到纯化选择作用,说明当前的人工选择对鳙线粒体基因的影响有限。河南省鳙养殖群体的遗传多样性差异较大,可能与其地理距离、异地引种有关。

关键词：鳙(Hypophthalmichthys nobilis) COI 遗传多样性养殖群体遗传结构

基于线粒体控制区的许氏平鲉养殖群体与野生群体比较研究

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水产学报 2014年第6期38卷 769-777页

作者：丁奎张辉张秀梅宋娜高天翔中国海洋大学海洋生物多样性与进化研究所中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室中国海洋大学水产学院

为研究许氏平鲉养殖群体与野生群体遗传结构及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得许氏平鲉线粒体DNA控制区高变区片段,并对其进行比对分析。结果显示,在长度为451 bp的线粒体控制区片段中,养殖群体单倍型多样度（0.540±0.067;.815±0.021... 详细信息

为研究许氏平鲉养殖群体与野生群体遗传结构及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得许氏平鲉线粒体DNA控制区高变区片段,并对其进行比对分析。结果显示,在长度为451 bp的线粒体控制区片段中,养殖群体单倍型多样度（0.540±0.067;.815±0.021）明显低于野生群体（0.883±0.053;.944±0.028）,而核苷酸多样度（0.001±0.001;.007±0.004）与野生群体（0.004±0.003;.007±0.004）相差不大,遗传多样性水平均较低。在52个单倍型中,养殖群体仅占12个,且有6个单倍型与野生群体共享。群体间遗传分化指数和AMOVA分析结果显示,养殖群体和野生群体之间以及养殖群体之间的遗传分化较大,而野生群体间遗传变异较小,组群间的遗传分化较小且不显著（ΦCT=-0.013;P>0.05）。单倍型最小跨度树和NJ系统发育树均未检测到明显的谱系结构。

关键词：许氏平鲉线粒体控制区遗传多样性养殖群体野生群体

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贵州克氏原螯虾养殖群体种质评价及利用研究

贵州克氏原螯虾养殖群体种质评价及利用研究

作者：安丹丹贵州大学

学位级别：硕士

克氏原螯虾(Procambarus Clarkii)隶属于节肢动物门、甲壳纲、十足目、螯虾科、原螯虾属。在中国分布较广,是目前淡水养殖业中具有较好养殖前景的品种之一。自1970年起,我国克氏原螯虾开始进行人工养殖,但近年来,克氏原螯虾种质出现了退... 详细信息

克氏原螯虾(Procambarus Clarkii)隶属于节肢动物门、甲壳纲、十足目、螯虾科、原螯虾属。在中国分布较广,是目前淡水养殖业中具有较好养殖前景的品种之一。自1970年起,我国克氏原螯虾开始进行人工养殖,但近年来,克氏原螯虾种质出现了退化,包括性早熟、规格变小、商品率低、抗病能力下降等极大的影响了克氏原螯虾养殖业的效益。要实现克氏原螯虾养殖业的可持续发展,迫切需要对克氏原螯虾进行资源保护和遗传改良。本研究以克氏原螯虾贵州引进养殖群体(江苏、湖北、四川)和贵州本地养殖群体(麻线河)共4个养殖群体为研究对象,从形态学和分子生物学的角度对克氏原螯虾进行形态性状对体质量的影响、形态学差异分析、遗传多样性及遗传结构研究,为克氏原螯虾优良品种的选育提供理论依据。1、克氏原螯虾4个群体形态指标对体质量的影响通过测定了克氏原螯虾25项形态性状,通过各性状间的描述性统计分析、简单相关分析、通径分析、决定程度分析、多元回归分析及复相关分析研究其中24项指标对克氏原螯虾体质量的程度影响。描述性统计结果显示,除麻线河外,其余3个养殖群体(四川、江苏、湖北)变异系数最大的形态性状均为体质量,其变异系数分别为18.209%、21.687%、28.529%。经简单相关分析显示,4个养殖群体各形态性状对体质量的相关分析均达到了显著水平(P养殖群体形态性状对体质量的影响程度具有一定差异,即麻线河、四川、江苏和湖北被保留下来对体质量起主要影响的性状分别为5、3、6、5项。但存在共同点,即都保留了头胸甲相关性状。各群体保留性状的单独性状决定系数和两两性状共同决定系数的总和均大于0.85,这表明保留性状是影响各群体体质量的关键指标,可为人工选育优良品种提供一定的参考价值。2、克氏原螯虾4个养殖群体间形态差异运用聚类分析、主成分分析、判别分析及单因素方差分析对克氏原螯虾4个养殖群体的形态差异进行了研究。聚类分析显示,麻线河和四川群体的形态差异最接近,江苏群体与这4个群体的形态差异最大,独立成为一支。经主成分分析得到了8个主成分,其贡献率分别为:22.172%、9.688%、8.296%、7.811%、7.351%、7.263%、6.750%、6.729%,8个主成分的累计贡献率为76.0.59%,其中主成分1主要反映的特征是克氏原螯虾的头胸甲及胸部附肢的情况。判别分析得到了10个贡献较大的比例性状的判别函数系数,并分别构建了4个养殖群体的判别函数,综合判别率达73.13%。单因素方差分析结果显示,江苏群体已经产生了较大的形态差异,两两群体间的差异系数均小于1.28,表明克氏原螯虾各群体间的形态差异尚未达到亚种水平。3、基于线粒体COI基因对克氏原螯虾群体遗传多样性本研究采用线粒体COI基因对克氏原螯虾4个养殖群体进行遗传多样性研究。结果显示,在1168bp中共检测到核苷酸变异位点23个,其中转换位点15个,颠换位点8个。碱基T、C、A、G的含量分别为41.7%、12.5%、25.5%和20.3%,其中AT含量(67%)高于GC含量(32.8%)。4个养殖群体136个个体共定义了21个单倍型,总体单倍型多样性、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性分别为0.6430,1.5829和0.0014,表明遗传多样性偏低。4个群体的单倍型多样性指数为0.4084.7652,核苷酸多样性为0.0006.0019,江苏群体具有较丰富的遗传多样性,具有一定的育种潜力,可以作为良好的育种材料。而四川群体的遗传多样性偏低,在后续养殖中要避免近亲繁殖。AMOVA分析结果显示,群体内分子变异占94.5%,群体间分子变异占5.5%,群体间的遗传分化系数Fst=0.055(P群体间存在中等程度的遗传分化。运用K-2P模型构建了4个养殖群体的21个单倍型的NJ系统发育树,单倍型之间并没有按照单倍型所属群体的分类聚簇,表现为不同群体个体相互交错形成复杂的簇群。4、基于核DNAITS1序列对克氏原螯虾群体遗传结构采用直接测序法,分析克氏原螯虾4个养殖群体的核糖体第一内转录间隔区(ITS1)序列。结果显示,碱基T、C、A、G的含量分别为22.5%、26.8%、23.6%和27.2%,其中AT含量(46.1%)高于GC含量(54%)。克氏原螯虾ITS1长度为83860 bp,137个个体共定义了26种单倍型。总体的单倍型多样性、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性分别为0.6225,1.2017和0.0015,表明遗传多样性偏低。其中,江苏群体具有较高的遗传多样性,可作为优良的亲本。基于AMOVA分析,群体间的遗传分化指数Fst=0.03984(P群体间遗传分化较弱,与线粒体COI基因得出群体间存在中等的遗传分化不同,可能与两种不同进化速率和遗传方式的分子标记导致的。综上所述,江苏群体

关键词：克氏原螯虾养殖群体形态特征 COI基因 ITS1 遗传多样性种质

基于形态学特征和线粒体Cyt b序列的横带髭鲷野生与养殖群体比较

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安徽农业科学 2023年第5期51卷 70-73页

作者：刘灏宇宋日雨郑昀亚冯啉晓刘璐杨天燕高天翔浙江海洋大学水产学院浙江舟山316022 山东交通学院船舶与港口工程学院山东威海264200

对横带髭鲷形态特征以及野生群体和养殖群体的遗传差异进行了分析。共测定94尾横带髭鲷的19项生物学特征。结果表明,野生群体和养殖群体间形态差异不明显。同时,扩增了野生群体和养殖群体的线粒体Cyt b基因片段,22尾横带髭鲷个体共检测... 详细信息

对横带髭鲷形态特征以及野生群体和养殖群体的遗传差异进行了分析。共测定94尾横带髭鲷的19项生物学特征。结果表明,野生群体和养殖群体间形态差异不明显。同时,扩增了野生群体和养殖群体的线粒体Cyt b基因片段,22尾横带髭鲷个体共检测到5种单倍型,其中养殖群体仅有1种单倍型,野生群体具有5种单倍型,且养殖群体的单倍型多样度及核苷酸多样度均低于野生群体。基于横带髭鲷线粒体Cyt b片段构建的单倍型网络图及系统发育树未发现该物种存在明显的谱系结构。综上所述,相较于野生群体,横带髭鲷养殖群体的遗传多样性水平较低,因此有必要采取科学的人工繁育技术与方法,提高养殖群体的遗传多样性水平,以保护横带髭鲷的种质资源。

关键词：横带髭鲷形态学 Cyt b基因野生群体养殖群体

大黄鱼养殖群体和野生群体骨骼micro CT扫描显微结构比较

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海洋科学 2016年第12期40卷 36-40页

作者：王映赵金良柯巧珍刘家富陈佳翁华松韩坤煌上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室上海201306 大黄鱼育种国家重点实验室福建宁德352103 宁德市富发水产有限公司福建宁德352103 国家级官井洋大黄鱼原种场福建宁德352103

为了了解大黄鱼(Larimichthyscrocea)野生群体和养殖群体脊椎骨骨骼显微结构的差异,本研究运用了MicroCT技术对大黄鱼全鱼骨骼系统进行了扫描与三维重建,选取野生群体和养殖群体背部和尾部脊椎骨进行了显微结构参数差异分析。结果显示,... 详细信息

为了了解大黄鱼(Larimichthyscrocea)野生群体和养殖群体脊椎骨骨骼显微结构的差异,本研究运用了MicroCT技术对大黄鱼全鱼骨骼系统进行了扫描与三维重建,选取野生群体和养殖群体背部和尾部脊椎骨进行了显微结构参数差异分析。结果显示,大黄鱼脊椎骨与头骨、尾骨相连,脊椎骨26个,肋骨附着在第1~11腹椎,无肌间刺,胸鳍位于头骨后,背鳍、腹鳍、臀鳍和尾鳍与脊椎骨并不相连。大黄鱼野生群体背部和尾部脊椎骨的组织矿物质密度和骨矿物质密度均显著高于养殖群体(P养殖群体大(P养殖群体小(P群体和养殖群体食物组成、生活环境以及活动情况等差异造成的。

关键词：大黄鱼(Larimichthys crocea) 养殖群体野生群体骨骼 microCT扫描

漠斑牙鲆养殖群体微卫星遗传多样性的初步分析

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海洋科学 2013年第12期37卷 10-16页

作者：覃盼廖梅杰徐永江潘传燕李彬王印庚张正上海海洋大学水产与生命学院上海201306 中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室山东青岛266071 中国海洋大学水产学院山东青岛266100

为评估养殖过程对漠斑牙鲆遗传结构的影响,本研究利用微卫星标记对漠斑牙鲆(Paralichthys lethostigma)山东胶南养殖群体(子一代)和江苏南通养殖群体(子三代)的遗传结构进行分析比较,结果表明所使用的14对引物中,11对引物在所选取的群... 详细信息

为评估养殖过程对漠斑牙鲆遗传结构的影响,本研究利用微卫星标记对漠斑牙鲆(Paralichthys lethostigma)山东胶南养殖群体(子一代)和江苏南通养殖群体(子三代)的遗传结构进行分析比较,结果表明所使用的14对引物中,11对引物在所选取的群体中具有多态性,两个群体中共检测出了70个等位基因(42个有效等位基因),总群体的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.36和0.60。两个群体的Shannon’s遗传多样性指数分别为1.18和1.07,Nei’s遗传多样性指数分别为0.56和0.51,表明山东胶南群体的遗传多样性显著高于江苏南通养殖群体。两个养殖群体间的两群体间的遗传分化系数Fst平均为0.1246,遗传距离(Ds)为0.171,遗传相似度为0.8432,表明两个群体中度分化。由此可以得出,在中国随着漠斑牙鲆累代养殖的开展,其遗传多样性下降显著,遗传结构已经出现了显著分化。因此,在将来的繁育过程中应制定合理的育苗规划以维持漠斑牙鲆的多样性水平并保障产业可持续发展。

关键词：漠斑牙鲆(Paralichthys lethostigma) 养殖群体微卫星遗传多样性

福建沿海葡萄牙牡蛎养殖群体遗传多样性的AFLP分析

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上海海洋大学学报 2013年第3期22卷 328-333页

作者：巫旗生宁岳曾志南王晓清祁剑飞马晓林凤飞福建省水产研究所福建厦门361013 湖南农业大学动物科学技术学院湖南长沙410128

应用AFLP方法对福建沿海葡萄牙牡蛎自然苗群体(福清、莆田、石狮、厦门)和人工苗群体(宁德、连江、石狮、诏安)进行了遗传多样性分析。采用4对选择性引物组合对8个养殖群体239个个体进行扩增,共得到331个位点,多态位点233个。8个养殖群... 详细信息

应用AFLP方法对福建沿海葡萄牙牡蛎自然苗群体(福清、莆田、石狮、厦门)和人工苗群体(宁德、连江、石狮、诏安)进行了遗传多样性分析。采用4对选择性引物组合对8个养殖群体239个个体进行扩增,共得到331个位点,多态位点233个。8个养殖群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为57.10%～69.54%,0.196 7～0.249 2,0.290 2～0.362 6。其中4个自然苗群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数和Shannon遗传多样性指数均高于4个人工苗群体。遗传分化系数Gst及AMOVA分析表明,8个养殖群体的遗传变异主要来源于群体内个体间。UPGMA聚类图及PCA聚类图分析表明,人工苗群体和自然苗群体之间及人工苗群体内都存在一定的遗传分化,而自然苗群体内所有个体基本是随机交叉聚类,没有形成明显的类群分支。以上结果表明,自然苗群体的遗传多样性高于人工苗群体,群体间存在一定的遗传分化。

关键词：扩增片段长度多态性葡萄牙牡蛎养殖群体遗传多样性遗传分化