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凡纳滨对虾全基因组SSR标记开发及不同养殖群体的遗传多样性

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水产学报 2023年第6期47卷 64-74页

作者：王佳佳王琼秦桢陈耀辉李健李吉涛中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室青岛海洋科学与技术国家试点实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室

为了探究SSR标记对凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构的影响，为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。实验利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记，基于PO... 详细信息

为了探究SSR标记对凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构的影响，为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。实验利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记，基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星，约占基因组序列总长度的18.56%，其中，二碱基微卫星最丰富，占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体[桂海1号(CG)、海兴农2号(CH)和山东养殖群体(CT)]，及3个国外群体[厄瓜多尔1号(FO)、厄瓜多尔2号(FT)和墨西哥群体(FM)]的遗传特征。结果显示，14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异，等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918；遗传多样性丰富程度为CH>FO>FM>CT>FT>CG。桂海1号与山东养殖群体、3个国外群体间属于中等程度的遗传分化。聚类分析结果显示，国内群体桂海1号和海兴农2号聚为一大类，山东养殖群体与国外群体厄瓜多尔1号、厄瓜多尔2号和墨西哥群体聚为一大类。研究表明，筛选的14个SSR标记可用于凡纳滨对虾群体遗传多样性的评估；3个国外群体的遗传多样性相对较高，且与国内群体桂海1号和海兴农2号的亲缘关系较远。本研究对凡纳滨对虾种质资源的开发利用与新品种选育具有十分重要的意义。

关键词：凡纳滨对虾养殖群体遗传多样性基因组微卫星标记

黄颡鱼养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

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淡水渔业 2023年第3期53卷 3-14页

作者：李燕平覃川杰吕云云龚全王均颉江文正勇内江师范学院长江上游鱼类资源保护与利用四川省重点实验室四川内江641112 四川省农业科学院水产研究所成都611730

为研究14个不同养殖群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及遗传结构,采用8对多态性微卫星引物对14个群体的209尾个体进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示:14个群体的平均等位基因数在8~10之间,平均有效等位基因在5.160... 详细信息

为研究14个不同养殖群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及遗传结构,采用8对多态性微卫星引物对14个群体的209尾个体进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示:14个群体的平均等位基因数在8~10之间,平均有效等位基因在5.160~6.882之间,平均观测杂合度在0.633~0.717之间,平均期望杂合度在0.358~0.749之间,平均多态信息含量在0.594~0.681之间,均大于0.5。分子方差分析结果表明:3.69%的遗传变异来自群体间,3.93%来自群体内个体间,92.38%来自所有个体间,变异来源主要来自个体间,其中RB群体和WH群体的遗传分化最大(F_(st)=0.116),ZL群体和XB群体的遗传分化最小(F_(st)=-0.009)。基于遗传距离构建了UPGMA系统树,发现14个群体共分为5个聚类支,HJ、YZ、YH、YB 4个群体聚为一支,HQ和LG单独各自聚为一支,LZ和RB 2个群体聚为一支,DB、ZJ、WH、XH、XB和ZL 6个群体聚为一支。基于贝叶斯的Structure聚类分析同样支持14个黄颡鱼群体可分为5个聚类支,与聚类树的结果吻合。14个黄颡鱼群体的遗传多样性均处于高度多态水平,遗传分化处于低等分化水平。

关键词：黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco) 养殖群体微卫星标记遗传多样性

海南金鲳人工养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

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水生生物学报 2024年

作者：袁鑫宋飞彪姚富城桂建芳骆剑申惠君海南大学海洋生物与水产学院中国科学院大学中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室水产品种创制与高效养殖重点实验室湖北洪山实验室中国科学院种子创新研究院大连海洋大学水产与生命学院海南大学三亚南繁研究院

为评估海南省金鲳(Trachinotus blochii)人工养殖群体的种质资源背景及群体遗传结构,研究利用16对微卫星标记对采集自海南东方基地(晨海群体,CH)、陵水基地(青利群体,QL)、三亚基地(蓝粮群体,LL)共3家繁育公司的210尾金鲳进行了群体遗... 详细信息

为评估海南省金鲳(Trachinotus blochii)人工养殖群体的种质资源背景及群体遗传结构,研究利用16对微卫星标记对采集自海南东方基地(晨海群体,CH)、陵水基地(青利群体,QL)、三亚基地(蓝粮群体,LL)共3家繁育公司的210尾金鲳进行了群体遗传学分析。结果显示,16个微卫星标记在3个群体中共检测到251个等位基因(Na),平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)及平均多态信息含量(PIC)分别为0.630、0.714及0.679各位点的基因流(Nm)平均为5.217。其中QL群体具有较高的遗传多态性。群体间的Nei’s遗传分化系数(Fst)介于0.017—0.038,AMOVA结果显示个体间的遗传变异占总变异的87%。STRUCTURE遗传聚类分析将3个群体分为两个亚群(K=2),QL与LL构成遗传亚群I,而CH构成遗传亚群II。UPGMA聚类分析结果与STRUC-TURE基本一致,并进一步揭示了CH群体与QL、LL群体之间在遗传结构上的差异。综上,3个不同来源的海南省金鲳养殖群体尚保持较高的遗传多样性,且存在一定的遗传结构差异。研究结果可为金鲳种质资源的评价与利用提供一定的数据支撑。

关键词：养殖群体微卫星标记遗传多样性遗传结构金鲳

苏皖地区中华绒螯蟹养殖群体微卫星遗传多样性的评估

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渔业科学进展 2024年

作者：胡玉婷凌俊江河汪焕潘庭双段国庆周华兴杨敏李彤安徽省农业科学院水产研究所水产增养殖安徽省重点实验室

为评估奇数年江苏和安徽中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖群体的遗传背景，进而为后续的遗传改良及新品种培育提供科学依据，本研究利用10对微卫星标记分析了6个中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构。结果显示，所有群体的遗... 详细信息

为评估奇数年江苏和安徽中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖群体的遗传背景，进而为后续的遗传改良及新品种培育提供科学依据，本研究利用10对微卫星标记分析了6个中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构。结果显示，所有群体的遗传多样性水平都较高且相近(等位基因数Na=16.0～18.4，有效等位基因数Ne=10.1～12.4，观测杂合度Ho=0.759～0.836，期望杂合度He=0.897～0.916，多态信息含量PIC=0.870～0.892)。群体间遗传距离Dn(0.154～0.277)、遗传分化系数Fst(0.001～0.011)均较小，分子方差分析(AMOVA)结果中群体间遗传变异仅占0.47%，一致表明群体间不存在显著遗传分化。群体间系统发育树显示，6个养殖群体具有共同的祖先型，高淳群体与其他群体亲缘关系最远，结合其高的遗传多样性水平，高淳群体可作为选育基础群之一。Structure遗传结构分析显示，每个养殖群体的遗传组成多样且比例近似，结合近交系数和瓶颈效应分析表明，中华绒螯蟹养殖群体存在较大程度的外源种质混杂。综上，苏皖地区中华绒螯蟹养殖群体遗传多样性仍然较高，具有潜在的开发与利用价值，但其可能存在种质混杂，在开展后续的良种选育时，需对养殖群体进行进一步的研究，提纯种质，使其种质资源得到合理的可持续性利用。

关键词：中华绒螯蟹遗传多样性微卫星养殖群体

基于线粒体D-loop区和Cyt b基因序列的四川裂腹鱼养殖群体遗传多样性

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西南农业学报 2022年第2期35卷 475-480页

作者：刘伟曾圣王雪詹会祥周路熊畔向燕贵州省农业科学院水产研究所贵阳550025 毕节市水产技术推广站贵州毕节551700 毕节市鑫有农业综合开发有限责任公司贵州毕节551700

【目的】研究贵州毕节地区四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)养殖群体的遗传多样性,为其选育和遗传改良工作提供理论依据。【方法】PCR扩增、DNA测序获取四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列,采用相关软件分析序列变异和群体遗... 详细信息

【目的】研究贵州毕节地区四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)养殖群体的遗传多样性,为其选育和遗传改良工作提供理论依据。【方法】PCR扩增、DNA测序获取四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列,采用相关软件分析序列变异和群体遗传多样性。【结果】四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列分别检测到9、34个核苷酸多态位点(S),对应定义7和8种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.765、0.842和0.00519、0.00826;中性检测和核苷酸错配分析显示四川裂腹鱼养殖群体近期历史上可能未经历群体扩张事件。【结论】毕节地区四川裂腹鱼养殖群体具有较为丰富的遗传多样性,四川裂腹鱼养殖群体选择压力主要受到负向选择的影响,当前的人工选择对其Cyt b基因进化的影响有限。

关键词：四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi) 养殖群体 D-loop和Cyt b 遗传多样性选择压力

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14个克氏原螯虾养殖群体遗传多样性分析

水产科学 2023年第3期42卷 457-465页

作者：刘小宇熊礼静彭波罗翠荣蓬国辉朱玺白旭峰华中农业大学双水双绿研究院作物遗传改良全国重点实验室湖北武汉430070 华中农业大学水产学院湖北武汉430070 华中农业大学生命科学技术学院湖北武汉430070 湖北洪山实验室湖北武汉430070 长江经济带大宗水生生物产业绿色发展教育部工程研究中心湖北武汉430070

克氏原螯虾种苗自繁自育使其种质严重退化。遗传多样性是反映种质退化与否的重要指标之一。为评估我国克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性,采集我国江西、浙江、广东和湖北省14个地域的464尾克氏原螯虾养殖群体,利用35个微卫星分子标记分... 详细信息

克氏原螯虾种苗自繁自育使其种质严重退化。遗传多样性是反映种质退化与否的重要指标之一。为评估我国克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性,采集我国江西、浙江、广东和湖北省14个地域的464尾克氏原螯虾养殖群体,利用35个微卫星分子标记分别对其等位基因数、期望杂合度、观测杂合度、多态性信息含量、哈迪-温伯格平衡、遗传距离及群体结构等进行分析。结果显示:14个养殖群体的不同标记位点的等位基因数为2~3个;多态信息含量、平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.33~0.43、0.32~0.41与0.36~0.44;各标记位点均存在杂合子缺失而未达到哈迪-温伯格平衡;14个群体可聚类为4个遗传群体,其中香树坝、温州、衢州群体与吉安、天荒坪、递铺群体分别聚为2个遗传群体,龙南群体及其余的群体属于另外2个遗传群体。以上结果表明,我国克氏原螯虾养殖群体仅具有中等遗传多样性,收集和保护遗传多样性较高的克氏原螯虾野生种质资源对其遗传育种具有重要意义。

关键词：克氏原螯虾微卫星分子标记养殖群体遗传多样性群体结构

中华绒螯蟹4个养殖群体遗传多样性与遗传结构分析

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江苏农业科学 2022年第16期50卷 54-59页

作者：胡玉婷凌俊江河汪焕潘庭双周华兴安徽省农业科学院水产研究所/水产增养殖安徽省重点实验室安徽合肥230031

分析中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构,可为中华绒螯蟹的遗传改良及新品种培育提供科学依据。研究采用微卫星标记对偶数年江苏、安徽4个主要养殖群体的遗传特征进行分析。10个微卫星位点在4个群体中均表现出高度的遗传多样性,... 详细信息

分析中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构,可为中华绒螯蟹的遗传改良及新品种培育提供科学依据。研究采用微卫星标记对偶数年江苏、安徽4个主要养殖群体的遗传特征进行分析。10个微卫星位点在4个群体中均表现出高度的遗传多样性,有效等位基因数(N_(e))为9.810~11.660、预期杂合度(H_(e))为0.904~0.918、多态信息含量(PIC)为0.874~0.891。综合遗传多样性大小为无为群体>张家港群体>高淳群体>宜兴群体;成对群体间的遗传距离较小(群体内;结构分析显示,所有个体可分为4个遗传组,但每个养殖群体中均包含4个遗传组。群体系统进化树显示,高淳和张家港群体最先聚类为一支,互为姊妹群,然后依次与无为群体、宜兴群体聚类。中华绒螯蟹4个养殖群体遗传多样性水平高,群体间无显著遗传分化,群体间可能存在种质混杂。

关键词：中华绒螯蟹遗传多样性微卫星养殖群体遗传结构

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5个棘胸蛙养殖群体微卫星遗传多样性分析

广西师范大学学报（自然科学版） 2022年第6期40卷 206-214页

作者：魏朝宇汪小冬魏秀英袁鸿姚红艳陈敦学贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州大学渔业资源与环境研究中心贵州贵阳550025 高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室(贵州大学) 贵州贵阳550025 湖南农业大学动物科学学院湖南长沙410128

养殖群体繁殖过程往往受到人为干扰,经过多年养殖后容易出现近亲繁殖现象,影响养殖效益。为了解棘胸蛙Quasipaa spinosa养殖群体的遗传多样性,评估棘胸蛙的遗传现状,本研究选用9个微卫星分子标记对5个养殖群体(江西、浙江、广西、广东... 详细信息

养殖群体繁殖过程往往受到人为干扰,经过多年养殖后容易出现近亲繁殖现象,影响养殖效益。为了解棘胸蛙Quasipaa spinosa养殖群体的遗传多样性,评估棘胸蛙的遗传现状,本研究选用9个微卫星分子标记对5个养殖群体(江西、浙江、广西、广东、福建)148个实验样本进行遗传多样性分析,结果显示:9个微卫星位点在5个养殖群体中共检测到46个等位基因位点,其中,平均等位基因和平均有效等位基因数分别为5.111和2.702,平均观测杂合度和期望杂合度为0.182和0.589,平均多态信息含量为0.536;养殖群体内观测杂合度和期望杂合度分别在0.130~0.230和0.353~0.468,且观测杂合度均小于期望杂合度。广东和广西群体遗传相似度最高(0.819),福建和江西群体的遗传相似度最低(0.441),与利用MEGA软件构建UPGMA进化树结果相一致。实验结果揭示棘胸蛙养殖群体已经存在一定的近亲繁殖现象。建议在人工养殖棘胸蛙的过程中,应尽量扩大选种范围,避免近亲繁殖;同时,定期从外地良种场引进良种作为繁殖亲本,提高亲本遗传多样性。

关键词：棘胸蛙养殖群体微卫星标记遗传多样性遗传结构

基于线粒体Cyt b基因序列的长江中上游草鱼野生和养殖群体遗传多样性比较研究

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淡水渔业 2021年第4期51卷 65-74页

作者：欧阳美张晓宇张富铁刘焕章中国科学院水生生物研究所中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京100049

为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个... 详细信息

为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个简约信息位点和42个多态位点;野生群体遗传多样性最高(H_(d):0.769;P_(i):0.00143),原种场群体次之(H_(d):0.766;P_(i):0.00113),苗种场群体最低(H_(d):0.649;P_(i):0.00084)。野生群体中,万州群体遗传多样性最高(H_(d):0.857;P_(i):0.00205),中性检验结果表明万州群体曾经历过种群扩张事件;遗传结构分析表明草鱼野生群体间不存在遗传分化,群体间基因交流广泛;对比历史数据,草鱼野生群体多样性水平近10年来未出现下降。苗种场群体中,遗传多样性最高(H_(d):0.791;P_(i):0.00147)和最低(H_(d):0.247;P_(i):0.00024)的分别是阳新和蔡甸1群体,部分养殖群体遗传多样性下降;遗传结构分析表明养殖群体间存在大范围的显著遗传分化,群体间缺乏交流。综上,草鱼养殖群体遗传多样性下降明显,在进行草鱼苗种繁育时要注意近交等带来的不利影响。

关键词：草鱼(Ctenopharyngodon idellus) Cyt b基因野生群体养殖群体遗传多样性历史动态种质资源