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与绵羊KAP6-1相似的6个绒山羊全长cdna的克隆与序列分析

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Acta Genetica Sinica 2004年第5期31卷 502-507页

作者：尹俊扈庭茂李金泉张春兰郭志成周欢敏内蒙古农业大学生物工程学院内蒙古大学生命科学学院呼和浩特010021 内蒙古大学生命科学学院内蒙古农业大学动物与医学学院内蒙古农业大学生态环境学院

用SMARTTM技术构建了绒山羊体侧部皮肤组织的cdna文库 ,随机挑选克隆提取质粒 ,用M13正向测序引物对插入片段进行测序 ,得到 6 36个cdna序列。与GenBank数据库比对 ,有 4 1个序列与绵羊角蛋白关联蛋白(KeratinAssociatedProtein ,KAP6 ... 详细信息

用SMARTTM技术构建了绒山羊体侧部皮肤组织的cdna文库 ,随机挑选克隆提取质粒 ,用M13正向测序引物对插入片段进行测序 ,得到 6 36个cdna序列。与GenBank数据库比对 ,有 4 1个序列与绵羊角蛋白关联蛋白(KeratinAssociatedProtein ,KAP6 1)cdna高度同源。 4 1个序列可归为 6个不同的cdna ,GenBank登陆号分别为AY310 74 9、AY310 75 0、AY310 75 1、AY310 75 2、AY310 75 3和AY310 75 4。与绵羊KAP6 1基因组基因比较 ,推测这 6个序列为全长cdna ,分别为编码 82、84、71、71、83和 83个氨基酸的碱性蛋白质 ,甘氨酸和酪氨酸的含量大于 6 0 % ,它们之间核苷酸序列的一致性大于 5 5 4 % ,读码框氨基酸序列的一致性大于 79 8%。与其他物种KAP6s比较 ,绒山羊的 6个cdna和绵羊的KAP6 1cdna的序列一致性最高 ,为 81 9%～ 98 8% ,不同物种KAP6 1之间氨基酸序列一致性大于 5 0 %。

关键词：绒山羊 KAP6-1 全长cdna

中国对虾蜕皮抑制激素全长cdna的克隆及序列分析

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Acta Genetica Sinica 2003年第2期30卷 128-134页

作者：王在照焦传珍张晓军相建海中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室青岛266071

对虾的蜕皮活动由蜕皮抑制激素和蜕皮激素调控 ,蜕皮抑制激素是甲壳动物CHH家族神经肽的成员之一 ,通过抑制Y器官蜕皮激素的合成而调节蜕皮。以中国对虾 (Fennropenaeuschinensis)眼柄总RNA为材料 ,采用cdna末端快速扩增 (RACE)方法 ,... 详细信息

对虾的蜕皮活动由蜕皮抑制激素和蜕皮激素调控 ,蜕皮抑制激素是甲壳动物CHH家族神经肽的成员之一 ,通过抑制Y器官蜕皮激素的合成而调节蜕皮。以中国对虾 (Fennropenaeuschinensis)眼柄总RNA为材料 ,采用cdna末端快速扩增 (RACE)方法 ,首次得到蜕皮抑制激素的全长cdna (GenBank登录号 :AF4 6 9187)。该全长cdna大小为 6 97bp ,是由 32 0bp的 3′RACE产物和 4 6 8bp的 5′RACE产物拼接而成。Blast搜索结果显示 ,该全长cdna与甲壳动物的MIH基因序列具有较高的相似性 ;用ClustalX进行多序列比较结果表明 ,由该全长cdna推导的氨基酸序列与对虾类的MIH的氨基酸序列同源性最高 ,其中与日本对虾、斑节对虾、刀额新对虾MIH的同源性分别为95 1%、83 1%、79 1%。根据以上数据 ,推断该 6 97bp的全长cdna为编码中国对虾MIH前体的cdna。进一步序列分析表明 ,编码中国对虾MIH前体cdna包括 312bp的开放阅读框、81bp的 3′UTR和 30 2bp的 5′UTR ;编码 10 3个氨基酸的MIH前体分子包括信号肽和成熟肽 ,信号肽由 2 8个氨基酸组成 ,成熟肽由 75个氨基酸组成 ,成熟肽中6个半胱氨酸非常保守。

关键词：中国对虾蜕皮抑制激素全长cdna 克隆序列分析

玉米果糖-6-磷酸,2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酶基因的全长cdna克隆及表达

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Acta Genetica Sinica 2003年第2期30卷 163-168页

作者：王东杜喜玲胡建广张红生杨金水翟虎渠南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室南京210095 复旦大学生命科学学院遗传学研究所上海200433

以来自“掖单 4号”的玉米果糖 6 磷酸 ,2 激酶果糖 2 ,6 二磷酸酶 (F2KP)基因cdna片段 (AF0 0 75 82 )为基础 ,运用RT PCR和RACE技术 ,从“紫玉糯 1号”中获得了 1个 2 4 6 9bp的玉米F2KP基因cdna克隆 ,命名为mF2KP ,GenBank登... 详细信息

以来自“掖单 4号”的玉米果糖 6 磷酸 ,2 激酶果糖 2 ,6 二磷酸酶 (F2KP)基因cdna片段 (AF0 0 75 82 )为基础 ,运用RT PCR和RACE技术 ,从“紫玉糯 1号”中获得了 1个 2 4 6 9bp的玉米F2KP基因cdna克隆 ,命名为mF2KP ,GenBank登录号为AF33414 3。该cdna包含 1个 2 2 2 6bp的开放阅读框 ,编码 74 1个氨基酸。序列分析表明 ,两个玉米品种的F2KP基因存在一定差异 :mF2KP基因的 3′端非编码区比AF0 0 75 82序列短 38bp ;在mF2KP的15 92、15 93和 16 0 5位置上 ,分别比AF0 0 75 82序列多出了 1个碱基 ,导致阅读框在一个小范围内发生了移位。North ern杂交表明 :不同玉米组织中mF2KP的表达差异明显。在茎中mF2KP的表达水平比叶片、苞叶以及雄花序中的表达水平低 ,但比未成熟种子中的表达水平高。在未成熟种子中。

关键词：玉米果糖-6-磷酸 2-激酶果糖-2 6-二磷酸酶全长cdna 克隆基因表达

狂犬病毒街毒株全长基因cdna克隆的构建及鉴定

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病毒学报 2009年第1期25卷 17-22页

作者：明平刚黄莹唐青杜加亮陶小燕严家新扈荣良病毒基因工程国家重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京100052 武汉生物制品研究所武汉443006 军事医学科学院军事兽医研究所长春130062

利用分子克隆的方法,将狂犬病毒街毒株的全基因组分为4个片段按照它们基因组上的顺序克隆到真核表达载体pVAX1上,并将G-L间隔区的非编码区替换为表达绿色荧光蛋白(GFP)的核苷酸,构建出表达绿色荧光蛋白(GFP)的重组狂犬病毒HN10株全长基... 详细信息

利用分子克隆的方法,将狂犬病毒街毒株的全基因组分为4个片段按照它们基因组上的顺序克隆到真核表达载体pVAX1上,并将G-L间隔区的非编码区替换为表达绿色荧光蛋白(GFP)的核苷酸,构建出表达绿色荧光蛋白(GFP)的重组狂犬病毒HN10株全长基因组cdna真核表达质粒,同时,在全长cdna的两侧嵌入锤头状核酶(HamRz)和丁型肝炎病毒核酶(HdvRz)的序列,并置于CMV启动子的控制下,为下一步拯救出该嵌合病毒提供了可直接使用的全长cdna真核表达质粒。

关键词：狂犬病毒全长cdna 克隆

口蹄疫病毒泛亚型O／CHINA／99株全长cdna分子克隆构建和感染性鉴定

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病毒学报 2009年第1期25卷 58-62页

作者：吕建亮张永光王永录潘丽刘力宽方玉珍蒋守田张维德中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业部畜禽病毒学重点开放实验室兰州730046

设计并合成了O型口蹄疫泛亚型代表毒株O/CHINA/99基因组9条引物,利用RT-PCR扩增各基因片段,酶切后连到pOK-12载体上,经酶切、PCR和序列测定表明,O/CHINA/99全基因组由8 200个核苷酸组成,构建的感染性cdna与原毒株的序列同源性为99.1%;利... 详细信息

设计并合成了O型口蹄疫泛亚型代表毒株O/CHINA/99基因组9条引物,利用RT-PCR扩增各基因片段,酶切后连到pOK-12载体上,经酶切、PCR和序列测定表明,O/CHINA/99全基因组由8 200个核苷酸组成,构建的感染性cdna与原毒株的序列同源性为99.1%;利用T7 RNA聚合酶系统进行体外转录,转录产物RNA用脂质体转入BHK-21细胞传代培养,可观察到典型的FMDV致细胞病变效应;拯救病毒接种2日龄乳鼠后,可出现典型的临床症状,并于16～48h内死亡。以上结果表明,O/CHINA/99株全长cdna分子克隆构建成功,并从构建的全长cdna拯救出了口蹄疫病毒。

关键词：口蹄疫病毒全长cdna 反向遗传学

草珊瑚叶片全长cdna文库构建及EST序列分析

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中草药 2016年第23期47卷 4235-4241页

作者：谢德金沈少炎姚旺荣俊冬何天友陈礼光郑郁善福建农林大学林学院福建福州350002 福建农林大学园林学院福建福州350002

目的构建草珊瑚Sarcandra glabra叶片全长c DNA文库,进一步发掘与草珊瑚代谢及抗逆相关的基因,为草珊瑚功能基因的发现提供实验基础。方法以草珊瑚的嫩叶为实验材料,利用SMART法(即Clontech公司SMARTer试剂盒)构建草珊瑚全长c DNA文库... 详细信息

目的构建草珊瑚Sarcandra glabra叶片全长c DNA文库,进一步发掘与草珊瑚代谢及抗逆相关的基因,为草珊瑚功能基因的发现提供实验基础。方法以草珊瑚的嫩叶为实验材料,利用SMART法(即Clontech公司SMARTer试剂盒)构建草珊瑚全长c DNA文库。利用ABI3730 DNA序列分析测序获得大量的EST序列,利用生物信息分析方法对EST序列进行功能注释。结果构建了草珊瑚叶片的全长c DNA文库,经过鉴定草珊瑚c DNA文库的文库滴度为1.14×107 cfu/m L,平均插入片段为1 000 bp。利用该文库测序了221个单克隆,共获得EST序列177条,拼接出151个单一序列;利用NCBI数据库进行同源比对分析,共有119条(79%)与已知基因有显著的同源性,进行GO功能注释,显示其表达术语涉及了细胞生长,信号转导,蛋白质合成、转录,抗逆反应以及能量代谢等。结论构建了符合要求的草珊瑚叶片全长c DNA文库,并对相关EST序列进行了生物信息学分析,为草珊瑚基因组学研究提供一定的参考。

关键词：草珊瑚全长cdna 表达序列标签(EST) 基因注释 GO功能注释

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丙型肝炎病毒全长cdna模板的构建及鉴定

中华实验和临床病毒学杂志 2004年第2期18卷 122-126页

作者：毛红霞胡芸文吴瑛兰水云袁正宏复旦大学上海医学院

目的　构建具有功能的丙型肝炎病毒 (HCV)全长cdna克隆。方法　应用长模板RT PCR法扩增 1份上海地区HCV感染者血清的RNA(基因型为 1b) ,分段扩增、融合拼接成 9 2kb的基因片段 ,克隆入含有HCV基因两端非编码区序列的载体作为模板。为检... 详细信息

目的　构建具有功能的丙型肝炎病毒 (HCV)全长cdna克隆。方法　应用长模板RT PCR法扩增 1份上海地区HCV感染者血清的RNA(基因型为 1b) ,分段扩增、融合拼接成 9 2kb的基因片段 ,克隆入含有HCV基因两端非编码区序列的载体作为模板。为检测此过程是否发生对特定变异株的选择 ,分析 4个独立克隆的HVR1序列。对原核细胞中表达的HCV核心蛋白、NS3蛋白酶及解旋酶 ,以蛋白印迹实验确证其免疫反应性。并构建NS3 4A SEAP表达系统检验NS3的蛋白酶活性。结果　获得丙型肝炎病毒全长cdna模板。不同克隆间HVR1序列存在较大差异 ,提示长模板RT PCR所制备HCVcdna具有HCV基因准种 (quasispecies)的特性。该模板编码基因在原核细胞内得到高效表达 ,并具有良好的免疫反应性。在NS3 4A SEAP表达系统内 ,NS3可切割、释放其下游的SEAP ,具有蛋白酶活性。结论　本工作为构建全长功能性HCVcdna模板及感染性克隆奠定了基础。

关键词：丙型肝炎病毒全长cdna 模板鉴定克隆逆转录聚合酶链反应

全长cdna的获得──RACE及其他方法进展

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生命科学 1999年第2期11卷 92-96页

作者：赵炜郑佐华毛裕民复旦大学遗传学研究所遗传工程国家重点实验室上海200433

全长cdna的获得是基因克隆的重要内容，也是基因组研究的重要内容之一。cdna末端快速扩增技术（RACE）是获得全长cdna的主要辅助手段之一，本文对RACE技术的原理、改进和近几年发展起来的新型RACE（包括RNA连接酶介导的RACE、oligo－cap... 详细信息

全长cdna的获得是基因克隆的重要内容，也是基因组研究的重要内容之一。cdna末端快速扩增技术（RACE）是获得全长cdna的主要辅助手段之一，本文对RACE技术的原理、改进和近几年发展起来的新型RACE（包括RNA连接酶介导的RACE、oligo－capping等）作了综述。同时，对用干全长cdna克隆的其他技术，如引物载体法、固相支持物法作了介绍。

关键词： RACE 全长cdna 基因组

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全长cdna文库的构建方法

中国农学通报 2006年第2期22卷 51-55页

作者：董志敏张宝石关荣霞常汝镇邱丽娟沈阳农业大学农学院中国农科院作物所农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室北京100081 中国农科院作物所农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室

全长cdna文库的构建是进行功能基因组研究的一种经济、快速、有效的途径,克服了传统cdna文库的缺点,节省了基因克隆和功能鉴定的时间,促进了功能基因组的研究进程。目前有6种构建全长cdna文库的方法,包括Oligo-Capping、CAPture、SMART... 详细信息

全长cdna文库的构建是进行功能基因组研究的一种经济、快速、有效的途径,克服了传统cdna文库的缺点,节省了基因克隆和功能鉴定的时间,促进了功能基因组的研究进程。目前有6种构建全长cdna文库的方法,包括Oligo-Capping、CAPture、SMART、CAP-trapper、CapSelect、CAP-jumping。这几种方法在起始材料用量、文库构建技术、实验操作复杂程度和文库构建质量等方面构存在不同程度的优缺点,但综合比较而言,SMART和CAP-trapper这两种方法比较有实际应用价值。SMART法适于简单、快速地构建一般质量的cdna文库,如果采用Little-cycleSMART和Large-sizeSMART这两种改进技术,所建文库质量也非常好;CAP-trapper法虽然对实验技术要求较高,实验过程复杂,但所建文库全长率高,冗余性低,建库效率高,是目前构建高质量文库最好的方法。

关键词：全长cdna 5’帽子结构 cdna文库的构建