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2株兔出血症病毒全基因测定与遗传进化分析

江苏农业学报 2018年第4期34卷 854-861页

作者：蒙正群周丽军罗怡琳冷依伊张鹏飞王印姚学萍耿毅杨泽晓四川农业大学动物医学院四川温江611130 动物疫病与人类健康四川省重点实验室四川温江611130

对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析。按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到p MD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照Ge... 详细信息

对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析。按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到p MD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照Gen Bank上登陆的31株RHDV毒株全基因核苷酸序列、VP60基因核苷酸序列以及ORF2编码基因核苷酸序列对2株病毒进行同源性和遗传进化分析。结果显示,SCH04基因组全长7 439 bp,Sch07基因组全长7 438 bp,2株病毒全基因的核苷酸序列同源性为99.8%,与31株参考毒株全基因的核苷酸序列同源性为78.3%~97.0%;2株病毒的VP60基因核苷酸序列同源性为99.7%,ORF2编码基因核苷酸序列同源性为99.2%。进化树显示2株病毒同属于抗原变异株RHDVa(GI.1a)基因群,且亲缘关系最近。VP60基因核苷酸序列与ORF2编码基因核苷酸序列均可以作为RHDV遗传进化分析。

关键词：兔出血症病毒全基因序列遗传进化

鸭坦布苏病毒GZSS2022株分离鉴定及其全基因序列遗传进化分析

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病毒学报 2024年第2期40卷 392-401页

作者：安而立嵇辛勤阮涌陈泽辉曹伟王晗晗罗晓宇龙丹丹陈佳琪杨纯培吴宗豪王丽娟姚碧琼贵州大学动物科学学院贵阳550025 贵州省动物疫病研究所贵阳550025 贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵阳550025 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵阳550025 三穗县动物疫病预防控制中心三穗556500

本研究从贵州省黔东南地区某麻鸭养殖场采集到疑似感染鸭坦布苏病毒(Duck tembusu virus,DTMUV)病的组织病料,无菌处理后接种于鸡胚连续传代培养,分离到一株病毒,通过RT-PCR、PCR鉴定及透射电镜形态观察确定该分离病毒为DTMUV,命名为GZS... 详细信息

本研究从贵州省黔东南地区某麻鸭养殖场采集到疑似感染鸭坦布苏病毒(Duck tembusu virus,DTMUV)病的组织病料,无菌处理后接种于鸡胚连续传代培养,分离到一株病毒,通过RT-PCR、PCR鉴定及透射电镜形态观察确定该分离病毒为DTMUV,命名为GZSS2022株。为了解该分离病毒的遗传变异特点,对该分离病毒进行动物回归实验、PCR扩增及测序其全基因组、在线BLAST比对其全基因组核苷酸同源性并绘制系统发育进化树后再进行遗传进化分析。结果显示:用该病毒感染SPF雏鸭后临床症状与病理剖检基本符合DTMUV感染特征,且在病理切片中可观察到鸭脑部血管渗出淋巴细胞和单核细胞聚集在血管周围形成“血管袖套”这一典型的DTMUV感染现象。GZSS2022株与NCBI上已上传的其他DTMUV参考毒株全基因组核苷酸同源性均在96%以上,其中与广西分离株GXQZ01-2020同源性最高为99.5%,且同属于中国谱系I群毒株,与多数分离于北方地区的中国谱系II群相比,具有明显流行地域性。本次所分离的DTMUV及其全基因组序列分析结果以期为坦布苏病毒地域性流行情况与该病毒遗传变异情况的研究提供参考。

关键词：鸭坦布苏病毒分离鉴定全基因遗传进化

CSFV陕西分离株SXCDK全基因的克隆与分析

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2011年第1期39卷 1-7页

作者：李玲伟张志吴发兴程伟杨若松张燕霞刘爽郑辉李晓成陈德坤西北农林科技大学动物医学院陕西杨凌712100 中国动物卫生与流行病学中心山东青岛266032

【目的】分离猪瘟病毒（CSFV）SXCDK株,测定其全基因组序列,研究其分子特性及与其他毒株的亲缘关系,为猪瘟病毒分子流行病学研究积累材料。【方法】从陕西省西安市采集疑似猪瘟病料进行病毒分离,获得猪瘟病毒SXCDK株。根据GenBank上发... 详细信息

【目的】分离猪瘟病毒（CSFV）SXCDK株,测定其全基因组序列,研究其分子特性及与其他毒株的亲缘关系,为猪瘟病毒分子流行病学研究积累材料。【方法】从陕西省西安市采集疑似猪瘟病料进行病毒分离,获得猪瘟病毒SXCDK株。根据GenBank上发表的猪瘟病毒全基因序列及相关参考文献,合成11对引物,应用RT-PCR技术分11段扩增CSFV分离株SXCDK基因,拼接后获得其全基因组（GenBank登录号：GQ923951）。利用DNAstar、ClustalX1.83和Mega 4.1等软件,对分离株SXCDK与其他猪瘟病毒毒株的核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。【结果】CSFV陕西分离株SXCDK基因组全长12 296 nt,由373 nt的5′非翻译区、编码3 899个氨基酸的11 697 nt开放阅读框和226 nt的3′非翻译区组成。分离株SXCDK和其他毒株的核苷酸序列同源性为83.6%~96.2%,氨基酸序列的同源性为91.3%~97.8%。从进化的角度来看,分离株SXCDK与台湾分离株96TD的亲缘关系最近,两者之间的进化距离为0.038,分离株SXCDK与2006年陕西省分离株SXYL2006进化距离较远,两者之间的进化距离为0.065。CSFV SXCDK株属于2.1a亚群毒株。【结论】分离株SXCDK是我国内地首株已确定全基因序列的猪瘟病毒2.1a亚群毒株,与同亚群的96TD亲缘关系最近。

关键词：猪瘟病毒全基因分离株SXCDK 序列分析 2.1a亚群

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高通量测序分析20株禽流感病毒全基因

畜牧兽医学报 2016年第7期47卷 1443-1450页

作者：王楷宬庄青叶张笑春邱源王通侯广宇刘朔王素春中国动物卫生与流行病学中心青岛266032

为探索使用高通量测序测定和分析禽流感病毒全基因的方法,使用Ion Torrent PGM测序仪对20株自华东地区分离的禽流感病毒进行全基因测序,分析该方法的优缺点,以及此20株病毒的基因组特性和进化特征。结果显示,应用Ion Torrent PGM测序仪... 详细信息

为探索使用高通量测序测定和分析禽流感病毒全基因的方法,使用Ion Torrent PGM测序仪对20株自华东地区分离的禽流感病毒进行全基因测序,分析该方法的优缺点,以及此20株病毒的基因组特性和进化特征。结果显示,应用Ion Torrent PGM测序仪能够测出全部20株病毒的全基因,确定其均为H9亚型h9.***.2.5分支的低致病性毒株,NA基因均为N2亚型,并分析了其6个内部基因分子演化关系。说明高通量测序可用于禽流感病毒全基因分析。

关键词：高通量测序禽流感全基因分子演化

三株鸭源H9N2亚型禽流感病毒福建株全基因的测序及遗传进化分析

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中国兽医科学 2012年第4期42卷 362-367页

作者：万春和傅光华施少华程龙飞陈红梅黄瑜福建农业科学院畜牧兽医研究所福建省畜禽疫病防治工程技术研究中心福建福州350013

为明确3株鸭源H9N2亚型禽流感病毒福建株A/Muscovy duck/Fujian/CL/1997(H9N2)(简称CL株)、A/duck/Fujian/MH/2003(H9N2)(简称MH株)和A/duck/Fujian/FQ2/2007(H9N2)(简称FQ2株)全基因组的分子特征和遗传进化情况,采用RT-PCR方法扩增这3株病毒全基因片段,并进行序列比较及遗传进化分析。结果表明,所克隆的8个基因片段均有完整的开放阅读框,其血凝素基因蛋白裂解位点的氨基酸组成为-RSSR*GLF-,为不连续的碱性氨基酸,其静脉接种指数远小于1.2,均符合低致病性AIVHA蛋白裂解位点特征;CL株和MH株的HA基因在遗传进化上属于常见的CK/BJ/1/94群系;FQ2株HA基因在遗传进化上属于DK/HK/Y280/97群系,3株H9N2亚型AIV HA基因在遗传进化上均属于经典的欧亚种系。3株H9N2亚型AIV NA基因颈部均存在缺失,CL株和MH株的NA基因在遗传进化上属于常见的CK/BJ/1/94群系,FQ2株NA基因在遗传进化上属于G1群系。CL株和MH株的其他6个基因在遗传进化上均和经典的CK/BJ/1/94一致,而FQ2株则可能是由不同流感病毒基因亚系间发生自然重排的产物。

关键词：鸭源H9N2亚型禽流感病毒全基因序列分析遗传进化

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鹦鹉源禽博尔纳病毒的鉴定及全基因序列分析

中国兽医学报 2021年第7期41卷 1270-1275,1320页

作者：翟俊琼单芬李婉萍周妞罗满林陈武广州动物园广州市野生动物研究中心广东广州510070 华南农业大学兽医学院广东广州510642

为了对疑似禽博尔纳病毒感染病例进行确诊,并了解鹦鹉源禽博尔纳病毒毒株的流行特点,本试验设计合成1对特异性引物,对疑似感染禽博尔纳病毒而死亡的鹦鹉进行检测,并设计7对首尾重叠的引物对其中1株确诊的博尔纳病毒全基因进行RT-PCR扩... 详细信息

为了对疑似禽博尔纳病毒感染病例进行确诊,并了解鹦鹉源禽博尔纳病毒毒株的流行特点,本试验设计合成1对特异性引物,对疑似感染禽博尔纳病毒而死亡的鹦鹉进行检测,并设计7对首尾重叠的引物对其中1株确诊的博尔纳病毒全基因进行RT-PCR扩增、测序,应用DNAStar和MEGA6.06软件将本次获得的PaBV-4与GenBank上公布的PaBV序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,死亡的10只鹦鹉中,有5只感染PaBV-4,1只感染PaBV-5。选取其中1份PaBV-4组织样品做全基因测序和序列分析,结果显示PaBV-4基因组全长8915 nt,编码6种蛋白,与NM20分离株核苷酸相似性最高(99.6%),与6758分离株氨基酸相似性最高(99.8%);遗传进化分析显示,与PaBV-4各分离株M14、AG5、6758亲缘关系最近,同属一个小的分支,其次是NM01,与PaBV-5各分离株亲缘关系最远。

关键词：博尔纳病毒鹦鹉全基因序列分析

丙型肝炎病毒全基因重组质粒的构建及其转染细胞系的建立

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中国生物制品学杂志 2009年第1期22卷 45-48页

作者：张丽颖赵志辉扈荣良吉林大学畜牧兽医学院长春130062 军事医学科学院军事兽医研究所长春130062

目的构建丙型肝炎病毒(HCV)全基因重组质粒,并建立其转染细胞系。方法双酶切质粒JFH1,回收HCVDNA,分别与真核表达载体pIRESneo和逆转录病毒载体pLNCX连接,构建重组质粒pIRESneo-HCV和pLNCX-HCV。将重组质粒pIRESneo-HCV转染BHK细胞,pLNC... 详细信息

目的构建丙型肝炎病毒(HCV)全基因重组质粒,并建立其转染细胞系。方法双酶切质粒JFH1,回收HCVDNA,分别与真核表达载体pIRESneo和逆转录病毒载体pLNCX连接,构建重组质粒pIRESneo-HCV和pLNCX-HCV。将重组质粒pIRESneo-HCV转染BHK细胞,pLNCX-HCV转染pA317细胞,通过PCR、间接ELISA和免疫荧光试验鉴定转染细胞。结果重组质粒PCR和酶切鉴定证明构建正确。转染细胞上清经PCR检测均可见目的基因条带;ELISA结果表明,转染细胞冻融上清均可与抗HCV小鼠血清发生强的结合反应;转染细胞均可与抗HCV小鼠血清反应,产生荧光,但荧光不多且斑点不亮。结论已成功构建HCV全基因重组质粒,并建立了可表达HCV蛋白的转染细胞系,为转基因动物模型的建立奠定了基础。

关键词：丙型肝炎病毒全基因真核表达转染细胞系

家蚕微粒子病原虫(Nosema bombycis)小亚基核糖体RNA全基因的克隆及其二级结构的构建

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昆虫学报 2002年第3期45卷 290-295页

作者：王见杨黄可威陆长德中国农业科学院蚕业研究所镇江212018 中国科学院上海生物化学研究所上海200031

在用PCR技术扩增、克隆、测序了家蚕微粒子病原虫Nosemabombycis (镇江株 )小亚基核糖体RNA基因核心序列(5′ 端起 12 0 0bp)的基础上 ,用SSP PCR技术克隆了核心序列 3′ 端下游序列 ,从而获得了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA基因的... 详细信息

在用PCR技术扩增、克隆、测序了家蚕微粒子病原虫Nosemabombycis (镇江株 )小亚基核糖体RNA基因核心序列(5′ 端起 12 0 0bp)的基础上 ,用SSP PCR技术克隆了核心序列 3′ 端下游序列 ,从而获得了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA基因的全序列共 12 33bp。用RnaViz、Forcon、DCSE等生物软件构建了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA的二级结构 ,与其它微孢子虫及真核生物小亚基核糖体RNA的二级结构相比 ,该二级结构缺乏螺旋 10、E10 1、 11、 18、E2 3 n和43。

关键词：家蚕微粒子病原虫 SSP-PCR 小亚基核糖体RNA SSUrRNA 全基因二级结构螺旋

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烟草脉带花叶病毒云南分离物全基因序列分析

中国烟草科学 2015年第5期36卷 44-46页

作者：秦西云卢训方琦尹跃艳丁铭张仲凯云南省烟草农业科学研究院昆明650031 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业部西南农业基因资源与种质创制重点实验室昆明650223

应用电子显微镜负染色法在烟草叶片斑驳、脉间褪绿病样中观察到马铃薯Y病毒属病毒粒子,通过马铃薯Y病毒属兼并引物扩增获得目的片段,序列分析表明病样中病原物为TVBMV,命名为YN-YX-TVBMV。根据Gen Bank已知序列,分别合成引物,对YN-YX-TV... 详细信息

应用电子显微镜负染色法在烟草叶片斑驳、脉间褪绿病样中观察到马铃薯Y病毒属病毒粒子,通过马铃薯Y病毒属兼并引物扩增获得目的片段,序列分析表明病样中病原物为TVBMV,命名为YN-YX-TVBMV。根据Gen Bank已知序列,分别合成引物,对YN-YX-TVBMV进行克隆及测序,得到一条6047 bp的不完整的病毒基因组核苷酸序列,将该序列与国内报道的TVBMV全基因序列进行对比分析发现该分离物与报道的TVBMV其他分离物具有明显的地域分布差异,即云南获得的分离物均独立聚为一簇。

关键词：烟草脉带花叶病毒全基因分析