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涉案偶蹄目动物DNA条形码构建

南京林业大学学报（自然科学版） 2020年第6期44卷 27-32页

作者：刘大伟侯森林周用武费宜玲何建南京森林警察学院野生动植物物证技术国家林业和草原局重点实验室国家林业和草原局森林公安司法鉴定中心江苏南京210023

【目的】利用线粒体DNA条形码标记鉴定涉案偶蹄目动物,为解决偶蹄目动物残体、制品的鉴定难题提供技术参考。【方法】对16个偶蹄目动物物种共67份样本,采用试剂盒提取DNA,扩增、测定物种的线粒体DNA的COI基因、Cyt b基因片段;在GenBank... 详细信息

【目的】利用线粒体DNA条形码标记鉴定涉案偶蹄目动物,为解决偶蹄目动物残体、制品的鉴定难题提供技术参考。【方法】对16个偶蹄目动物物种共67份样本,采用试剂盒提取DNA,扩增、测定物种的线粒体DNA的COI基因、Cyt b基因片段;在GenBank上Blast搜索进行同源性分析;利用MEGA 7.0软件分别比较这两个基因片段种内和种间遗传距离,构建系统发育树。【结果】在同源性分析中,西伯利亚狍(Capreolus pygargus)的Cyt b基因片段与GenBank中西伯利亚狍、欧洲狍(Capreolus capreolus)基因序列的同源性均为99.64%~99.82%,该片段不能区分西伯利亚狍与欧洲狍这两个近缘种。其余测序结果与数据库中参考序列一致且相似度较高。对于COI片段,种内遗传距离为0~1.4%,种间遗传距离为1.8%~18.8%。对于Cyt b基因片段种内遗传距离为0~0.5%,种间遗传距离为4.0%~15.8%。两个片段的种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在较为明显的条形码间隔。COI和Cyt b基因片段的系统发育树中,同物种的不同个体均能形成具有较高支持度的单分支;不同物种之间界限清晰,每个物种的所有个体均能够形成具有较高支持度的单分支。【结论】基于COI和Cyt b基因片段构建的DNA条形码均可用于对涉案偶蹄目动物的物种鉴定。在物种鉴定中,可采用两个片段联合使用的方式,尤其是对于近缘种的鉴定,以降低错误风险。

关键词：偶蹄目 DNA条形码物种鉴定 COI Cyt b 基因片段

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偶蹄目TLR1-4基因的分子进化研究

偶蹄目TLR1-4基因的分子进化研究

作者：顾棚四川农业大学

学位级别：硕士

偶蹄目(Artiodactyla)属于脊索动物门(Phylum Chordata)哺乳纲(Mammalia),至始新世出现以来其已经发展成为最为繁盛的有蹄类动物。在脊椎动物的进化过程中,不同种类的病原微生物同时也在不断出现与进化,整个野生动物种群都面临着一个极... 详细信息

偶蹄目(Artiodactyla)属于脊索动物门(Phylum Chordata)哺乳纲(Mammalia),至始新世出现以来其已经发展成为最为繁盛的有蹄类动物。在脊椎动物的进化过程中,不同种类的病原微生物同时也在不断出现与进化,整个野生动物种群都面临着一个极具威胁的生存环境。Toll样受体(Toll-like receptors, TLR)作为天然免疫的重要功能性蛋白分子,同时也是连接着天然免疫和获得性免疫的桥梁。当微生物突破机体的物理屏障,如皮肤、粘膜等时,TLRs可以识别它们并激活机体产生免疫应答。因此,通过对偶蹄目Toll样受体的分子进化研究有助于理解野生动物在面对复杂病原微生物这一自然选择压力的时候,表现出怎样的适应和进化。本研究利用PCR扩增和测序技术,获得了偶蹄目动物中的8个物种的目的基因编码区序列包括盘羊、梅花鹿、林麝、斑羚、鬣羚、水鹿、小麂、羚牛;从公共数据库GenBank中下载获得了双峰驼、羊驼、猪、牛、山羊、绵羊、水牛、牦牛、藏羚羊的相关序列,总共获得了17个物种的TLR1-4基因的编码区序列。在基于这些物种编码区序列基础上,我们利用MEGA5.0和Lasergene分别对所得物种编码区序列进行整理并获得了其核苷酸和氨基酸序列特性,通过BioEdit软件中内置程序计算了序列间的同源性。利用SMART在线程序预测各个科代表种的蛋白质结构域。通过NJ法和ML法构建4个目的基因的系统发育树。借助分子演化的相关理论,初步探讨偶蹄目动物TLR基因家族中这4个成员的演化情况。并且得到了以下主要结果：1)成功扩增出8个物种的TLR1、2、3和4编码区序列,获得了其编码区完整序列长度分别为2196bp、2352bp、2715bp.2523bp;在GenBank中下载获得了其它物种序列,其中双峰驼和羊驼的序列与其他各物种序列有所不同;2)利用已经测得的基因序列和结合GennBank中已经报道偶蹄目动物的TLR相关基因序列,同源性计算结果显示,除了驼科中两个物种的TLR1与TLR3基因与其它科同源性较低在70%左右,其它TLR基因的同源性都较高,尤其TLR4在各物种间核苷酸序列的相似度在85%以上;3)在TLR蛋白质结构比较中,我们分别对各个物种的TLR1-4进行了结构域的预测,发现对于同一个基因,不同代表种间亮氨酸拉链重复区(LRRs)数量不尽相同,可能与不同基因识别的病原微生物的配体数量有关系：4)通过构建ML和N-J树进行的系统发育分析显示,属于相同科的各个物种紧密的聚在一起,不同物种间同一个基因聚在一起,TLR1和TLR2亲缘关系较近,然后与TLR3、TLR4进行分开;5)通过PAML计算各分支dN/dS值发现,选择压力检验显示出TLR1、2、3、4基因受到的选择压力有所不同,可能与它们相关联的功能有关,在各个分支上主要经历的是纯净化选择,在部分分支上也发现有选择压力放松的趋势,并且通过位点模型共鉴定出TLR4基因中有13个氨基酸位点发生了正向选择;此次研究从分子进化的角度,为偶蹄目中天然免疫相关基因表现出适应性进化提供了证据。在生物医学的基础上,本研究为更好的了解偶蹄目的各种免疫疾病的发展也起着一定的帮助作用：

关键词：偶蹄目 TLR基因免疫受体进化分析

华南河马齿河猪(偶蹄目,哺乳纲)的新材料(英文)

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古脊椎动物学报 2014年第2期52卷 201-216页

作者：董为张立民中国科学院古脊椎动物与古人类研究所中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室北京100044 中国科学院大学北京100039

2004年以来,广西崇左系统发掘出土了一些与巨猿共生的早更新世最后河马齿河猪(Hippopotamodon ultimus)的新材料。根据新材料及以前积累的各地点材料,产于广西、贵州和重庆的原"最后双齿尖河猪(Dicoryphochoerus ultimus)"的系统分类位... 详细信息

2004年以来,广西崇左系统发掘出土了一些与巨猿共生的早更新世最后河马齿河猪(Hippopotamodon ultimus)的新材料。根据新材料及以前积累的各地点材料,产于广西、贵州和重庆的原"最后双齿尖河猪(Dicoryphochoerus ultimus)"的系统分类位置由"双齿尖河猪"属修订到河马齿河猪属(Hippopotamodon),而最后河马齿河猪(H.ultimus)是河马齿河猪属中的有效种。这种猪的个体较大,大于猪属(Sus)的成员。其鼻吻部很长,P1和P2间的齿隙发育,M3第三叶相对窄小,下犬齿verrucosus型,p4主尖在顶部分裂成双尖,m3的第三叶由两个主尖组成。最后河马齿河猪仅分布于华南地区,其时代分布局限于早更新世早期和中期,是河马齿河猪的最晚代表。

关键词：广西早更新世偶蹄目河马齿河猪 “双齿尖河猪”

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四川三例疑似偶蹄目动物的分子鉴定

四川动物 2012年第3期31卷 383-386,392页

作者：刘洋刘少英孙治宇范振鑫侯全芬四川省林业科学研究院成都610066 四川大学生命科学学院成都610064 四川农业大学林学院四川雅安625014

测定了3例来自四川崇州的疑似偶蹄目动物样本细胞色素b基因(Cytb),利用NCBI数据库中的BLAST功能对目标序列进行相似性搜索,发现与所测序列相似性高的分别为偶蹄目鹿科毛冠鹿Elaphodu scephalophus和牛科台湾鬣羚Capricornis swinhoei;... 详细信息

测定了3例来自四川崇州的疑似偶蹄目动物样本细胞色素b基因(Cytb),利用NCBI数据库中的BLAST功能对目标序列进行相似性搜索,发现与所测序列相似性高的分别为偶蹄目鹿科毛冠鹿Elaphodu scephalophus和牛科台湾鬣羚Capricornis swinhoei;联合下载四川有分布偶蹄目动物4科19种以及1条台湾鬣羚Cytb基因序列进行系统发育关系重建分析,结果显示有两例待鉴定样本(4#、5#)以置信度值100与毛冠鹿聚在一起;另一例待鉴定样本(1#)对应序列和鬣羚Capricornis milneedwardii聚在一起后与台湾鬣羚形成姊妹关系,然后以置信度值100和斑羚Naemorhedus griseus又形成姊妹关系。因此,3例疑似偶蹄目动物有2例可能为毛冠鹿,1例可能为鬣羚;在MEGA4.0软件中以Kimura2-parameter模型计算2例疑似为毛冠鹿(4#、5#)的目标序列与GenBank上毛冠鹿及赤麂Mun-tiacus muntjak、小麂Muntiacus reevesi序列间的遗传距离,发现两例疑似为毛冠鹿个体间遗传距离为0,2例疑似为毛冠鹿样本序列和下载的毛冠鹿序列间的遗传距离小(0.017),和赤麂、小麂间遗传距离大(0.119～0.120、0.116～0.119);1例疑似鬣羚(1#)的样本和下载鬣羚序列间遗传距离很小(0.006～0.009),和台湾鬣羚的遗传距离较大(0.043),和斑羚遗传距离更大(0.098)。结合四川有分布偶蹄目状况,认为3例待鉴定样本2例可能为毛冠鹿,1例可能是鬣羚。

关键词：细胞色素b 分子鉴定偶蹄目鹿科牛科

Foraging behavior of Chleuastochoerus(Suidae, Artiodactyla): A case study of skull and mandible morpho-functional analysis

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Science China Earth Sciences 2014年第6期57卷 988-998页

作者： HOU SuKuan DENG Tao HE Wen CHEN ShanQin Key Laboratory of Vertebrate Evolution and Human Origins of Chinese Academy of Sciences Institute of Vertebrate Paleontology and PaleoanthropologyChinese Academy of Sciences Hezheng Paleozoological Museum

The skull and mandible of a Late Miocene fossil pig,Chleuastochoerus,are compared morphologically with those of extant pigs and peccaries,and subjected to a functional analysis.The presence of a rostral bone in the skull and relatively strong rostral muscles indicates that Chleuastochoerus possessed considerable digging ability,though the relatively narrow occipital surface and the shortness of the skull would have restricted the range of motion through which the skull could be swung.The distinctive pre-zygomatic plate and over-canine arch-niche may have played a role in protecting the skull and canines during digging.The massive masticatory muscles,reconstructed based on well-developed parietal and zygomatic crests,would have enabled the mouth to close quickly and contributed to moving the mandible both longitudinally and laterally.The configuration of the cranio-mandibular joint and its relatively high position show clearly that Chleuastochoerus was capable of both crushing and grinding movements during mastication.The comparatively simple structure of the crown surfaces of the cheek teeth suggests that the food of Chleuastochoerus may have been softer than that of extant suids.The diet of Chleuastochoerus is postulated to fall between those of true forest pigs and open habitat pigs,and the habitat of Chleuastochoerus to be relatively humid forest edge or nearby areas of open steppe.

关键词：形态功能下颌骨头骨野猪觅食行为偶蹄目案例限制运动

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赤麂SRY基因的测序及其与部分偶蹄目动物SRY基因序列的比较

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动物学报 2001年第2期47卷 145-149页

作者：郭金虎单祥年常青余多慰武景阳南京师范大学生物学系南京210097 南京铁道医学院生物学教研室南京210009

采用人SRY基因的一段保守序列的引物 ,通过PCR在雄性赤麂中扩增出了赤麂SRY基因的特异片段 ,通过DNA斑点杂交证实其扩增产物与人SRY基因有着较高的同源性。将PCR产物克隆到载体 pGEM TVec tor中 ,转化DH5α菌 ,经与人SRY基因探针进行菌... 详细信息

采用人SRY基因的一段保守序列的引物 ,通过PCR在雄性赤麂中扩增出了赤麂SRY基因的特异片段 ,通过DNA斑点杂交证实其扩增产物与人SRY基因有着较高的同源性。将PCR产物克隆到载体 pGEM TVec tor中 ,转化DH5α菌 ,经与人SRY基因探针进行菌落杂交筛选出赤麂SRY基因的阳性克隆 ,并对其进行了测序 .将其序列与基因库中录入的所有偶蹄目动物的SRY基因序列进行同源性比较 ,用UPGMA法构建了其系统进化树 ,从分类和进化上对赤麂SRY基因进行分析。

关键词：赤麂 SRY基因性别决定偶蹄目 DNA序列系统进化

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偶蹄目兽类掠影

科学大众(中学生) 2000年第1期 18-19页

作者：周世锷哲夫

偶蹄目多数是大中型的食草兽,之所以称为“偶蹄”是因为这种兽类的前后足有2个或4个脚趾,对称排列。踝部的距骨有两个滑车,使后肢弯曲伸展能力强,因而偶蹄炎都有较大的跳跃能力。偶蹄目含有驼科、鹿科、猪科及牛科等,属陆栖兽类,喜群居... 详细信息

偶蹄目多数是大中型的食草兽,之所以称为“偶蹄”是因为这种兽类的前后足有2个或4个脚趾,对称排列。踝部的距骨有两个滑车,使后肢弯曲伸展能力强,因而偶蹄炎都有较大的跳跃能力。偶蹄目含有驼科、鹿科、猪科及牛科等,属陆栖兽类,喜群居,善奔跑,除猪科为杂食性外,其余均为植物食

关键词：偶蹄目野生动物

中国新近纪大型植食性哺乳动物演化和生物地层

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第四纪研究 2023年第3期43卷 637-672页

作者：王世骐中国科学院古脊椎动物与古人类研究所中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室北京100044

中国新近纪大型植食性哺乳动物包括长鼻目、蹄兔目、奇蹄目、偶蹄目4个目至少32科,超过300种。它们在全球的演化和迁徙受到新近纪全球气候改变的驱动以及海陆分布的影响,各门类组成和地理分布由古近纪的古老面貌向第四纪的现代面貌转变... 详细信息

中国新近纪大型植食性哺乳动物包括长鼻目、蹄兔目、奇蹄目、偶蹄目4个目至少32科,超过300种。它们在全球的演化和迁徙受到新近纪全球气候改变的驱动以及海陆分布的影响,各门类组成和地理分布由古近纪的古老面貌向第四纪的现代面貌转变。长鼻目和蹄兔目是非洲起源的类群;中国蹄兔目的种类和地史分布非常局限,但非常特化;中国的长鼻目则相当繁盛,成为长鼻类的第二演化中心和跨洲交流的十字路口。奇蹄目和偶蹄目是欧亚大陆起源的类群;相比古近纪,奇蹄类在新近纪持续衰落,但马科和犀科的多样性高,演化速率快,成为地层对比的标志性类群;偶蹄类则呈持续繁荣的状态,特别是反刍的优势使鹿科和牛科达到非常高的多样性,成为新近纪大型植食性哺乳动物中占优势的类群。中国新近纪大型植食性哺乳动物各门类中的现代类型均在山旺阶开始适应辐射,时间上对应于中中新气候适宜期,到通古尔阶中中新气候转型期开始多样性下降,在通古尔和灞河阶界线上发生了大型哺乳动物的灭绝和重组事件,90%的类群灭绝;至灞河阶下部,开阔生态系统成为中国北方的主导,产生了早期适应开阔环境的哺乳动物群,并逐渐扩散到全球;保德阶上部气候转湿润,诱发了南方哺乳动物群的北迁事件,并持续到高庄阶;至麻则沟阶开始出现了大量的现生属。青藏高原的隆升使当地在上新世时产生了适应寒冷气候的高原动物群,成为第四纪冰期动物群的先声。

关键词：长鼻目蹄兔目奇蹄目偶蹄目生物年代

用mtDNA序列探讨羚牛亚种分类(偶蹄目:牛科)

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动物分类学报 2002年第4期27卷 865-870页

作者：李明魏辅文冯祚建蒙世杰中国科学院动物研究所北京100080 西北大学生命科学学院西安710069

羚牛 4个亚种在我国均有分布 ,且四川亚种和秦岭亚种是我国的特产动物 ,但对于分布于甘肃南部羚牛种群的亚种归属则有着不同的观点。本文就羚牛 3个亚种的分类地位从线粒体DNA细胞色素b和D Loop序列水平上进行探讨 ,分析结果基本支持形... 详细信息

羚牛 4个亚种在我国均有分布 ,且四川亚种和秦岭亚种是我国的特产动物 ,但对于分布于甘肃南部羚牛种群的亚种归属则有着不同的观点。本文就羚牛 3个亚种的分类地位从线粒体DNA细胞色素b和D Loop序列水平上进行探讨 ,分析结果基本支持形态学上的亚种划分 ,但甘肃南部羚牛种群在两个DNA片段上均与羚牛四川亚种存在着一定的差异 ,而与秦岭亚种则完全一致。结合羚牛地理分布特点。

关键词： mtDNA序列羚牛亚种分类偶蹄目牛科